Сульфуримонас - Sulfurimonas

Сульфуримонас
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Эпсилонпротеобактерии
Заказ:
Campylobacterales
Семья:
Helicobacteraceae
Род:
Сульфуримонас

Инагаки и др. 2003 г.[1]

Сульфуримонас это бактериальный род в классе Эпсилонпротеобактерии, известная своей способностью восстанавливать нитраты, окислять серу и водород и содержать гидрогеназы IV группы.[2][3][4] Этот род состоит из четырех видов: Sulfurimonas autorophica, Sulfurimonas denitrificans, Sulfurimonas gotlandica, и Sulfurimonas paralvinellae. Название рода происходит от "сера " на латыни и "монас" от греческого, что вместе означает «стержень, окисляющий серу».[5] Размер бактерии варьируется от 1,5-2,5 мкм в длину до 0,5-1,0 мкм в ширину.[6][7][4] Члены рода Сульфуримонас встречаются в самых разных средах, включая глубоководные жерла, морские отложения и наземную среду обитания.[3] Их способность выживать в экстремальных условиях объясняется наличием нескольких копий одного фермент[требуется дальнейшее объяснение ].[3] Филогенетический анализ предполагает, что представители рода Сульфуримонас имеют ограниченную способность к рассеянию и видообразование был подвержен влиянию географической изоляции, а не гидротермального состава[нужна цитата ]. Глубоководные океанические течения влияют на распространение Сульфуримонас spp., влияя на его видообразование.[8] Как показано в отчете MLSA[требуется дальнейшее объяснение ] глубоководных гидротермальные источники Эпсилонпротеобактерии, Сульфуримонас имеет более высокую рассеивающую способность по сравнению с глубоким морем гидротермальный источник термофилы, указывая аллопатрическое видообразование[требуется проверка ].[8]

Характеристики

Таблица 1. Специфические характеристики четырех видов в пределах Род Sulfurimonas
РазновидностьРазмерМорфология[9]ДвижениеТемпературная зависимость[6]Условия среды обитанияОптимальные условияВремя удвоения при оптимальных условиях (часы)
Sulfurimonas autotrophica1,5-2,5 х 0,5-1,0 мкм [5]стерженьОдиночный полярный жгутик [5]МезофильныйТемпература: 10-40 ° C [5] pH: 5 - 9 [5]Температура: 23 - 26 ° C[9]PH = 6.5[6]1.4[9]
Sulfurimonas denitrificansПеременная длина с шириной ~ 0,3 мкм[6]Короткий стержень или Спирилла-лайкНет данныхМезофильныйТемпература: 10-30 ° С;[9] pH: 7[10]Температура: 22 ° C [9] PH = 7[6]12 [9]
Sulfurimonas gotlandica0,66 ± 0,083 х 62,1 ± 0,54 мкм [11]Curved Rod или Spirilla-likeОдин полярный жгутик или два жгутика на противоположных полюсах [11]ПсихротолерантныйТемпература: 4-20 ° C [6] pH: 6,7–8,0 [6]Температура: 15 ° C[6]13[6]
Sulfurimonas paralvinellae1,50–2,50 мкм × 0,6–0,8 мкм [9]стерженьдвижущийся жгутик

1,5–2,5 мкм в длину и 0,6–0,8 мкм в ширину[9]

МезофильныйТемпература: 4-35 ° C[9] pH: 5,4-8,6Температура: 30 ° C [9] pH = 6,1[6]13-16[9]

История признания

"Авто" и "Трофикос" происходят от греческих слов, куда "авто" означает себя и "Трофикос" относится к уходу, уходу или кормлению, что указывает на его автотрофность.[4] Обилие и распределение подгрупп внутри Эпсилонпротеобактерии и родСульфуримонас были обнаружены в толще воды с использованием ряда методов, включая клонирование 16S рРНК, катализируемое осаждение репортера и флуоресцентную гибридизацию in situ (CARD-FISH), а также количественные измерения ПЦР.[12] Пробы воды были собраны на разной глубине, а концентрации питательных веществ, кислорода и серы были измерены сразу после отбора проб. Образец измеряли на фиксация углерода скорость, а ДНК экстрагировали и определенные последовательности амплифицировали с помощью ПЦР.[12]

"денитрифицирующие вещества " часть в имени Sulfurimonas denitrificans (С. денитрификаторы) относится к его способности уменьшать нитрат в газообразный азот, процесс, известный как денитрификация. В 2006 г. Sulfurimonas denitrificans был последним видом, включенным в род Сульфуримонас, так как в 2000 году его ошибочно отнесли к роду Тиомикроспира.[13]

Исследования Sulfurimonas gotlandica (С. готландика) в основном были из Балтийское море, с помощью просвечивающая электронная микроскопия и флуоресцентная микроскопия с фосфорновольфрамовой кислотой и DAPI пятно как формы визуализации.[6][14][13]

Sulfurimonas paralvinellae был впервые получен из гнезда глубоководных полихета черви, особенно из семьи Альвинеллиды. Представители рода Paralvinellae были найдены на сульфид курган на глубине моря гидротермальный источник на Северном месторождении Ихея в прогибе Среднего Окинавы.[9] Первоначально штамм был отделен от гнезда с помощью метода разведения до исчезновения. Штамм получил название GO25 T и имел сходные физиологические и филогенетические характеристики Sulfurimonas autotrophica. Позже было установлено, что этот вид отличается от Sulfurimonas autotrophica имея отчетливую энергию метаболизм.[3][9]

Метаболизм

Как правило, бактерии имеют много путей для метаболизм, а в случае представителей рода Сульфуримонас, так они делятся на таксоны.[15] Члены рода Сульфуримонас живут в самых разных средах и играют жизненно важную роль в хемоавтотрофных процессах, в зависимости от окружающей среды.[3] Было показано, что изоляты четырех видов в этом роде растут с широким спектром акцепторов и доноров электронов, что позволяет членам рода Сульфуримонас расти в самых разных средах.[3] Следовательно, успех Сульфуримонасвиды приписывают его способность быть хемолитотрофом, его гибкий метаболизм изменения акцепторов / доноров электронов и источников неорганического углерода, его устойчивость к кислороду и его способность изменяться в зависимости от окружающей среды.[3][16] В разных средах четыре типа энергии метаболизм видимы; включая обмен серы, водорода, азота и углерода.[13]

Обмен серы

Как сера -окислительный Эпсилонпротеобактерии, исследования показали, что Сульфуримонас виды использовать широкий спектр доноров электронов для роста, включая сульфид, серу, тиосульфат и сульфит.[3] Однако, как показано ниже, не все виды могут использовать каждый из упомянутых доноров электронов (Таблица 2). Серооксигеназная редуктаза (SOR) катализирует сера, создавая сульфит, тиосульфат и сульфид.[17] SOR гены обнаружены у S. готландика и С. autotrophica, но отсутствуют в S. denitrificans.[13] Предполагается, что S. denitrificans потерял SOR гены из-за низкого содержания сульфидов в голландских Ваттовое море.[13]

Sulfurimonas paralvinellae может использовать как молекулярные водород и уменьшил сера по обмену веществ, что делает его вторым глубоководным эпсилонпротеобактерии обнаружил, чтобы сделать это.[9] Sulfurimonas paralvinellae также может использовать дрожжи экстракт как источник серы.[3] Наблюдается, что молекулярный водород дает более высокую скорость роста, и этому способствует Sulfurimonas paralvinellae сверх свободной восстановленной серы, даже если последняя присутствует в окружающей среде в избытке. Возможно, это можно объяснить меньшим количеством молекулярного водорода, необходимого для поддержания роста бактериальной клетки, по сравнению с восстановленной серой.[9]

Таблица 2. Список доноров электронов для Сульфуримонас разновидность. [3]

Sulfurimonas autorophicaSulfurimonas denitrificansSulfurimonas gotlandicaSulfurimonas paralvinellae
Сульфид✓✓✓Икс
Сера✓✓✓✓
Тиосульфат✓✓✓✓
СульфитИксИкс✓Икс
ВодородИкс✓✓✓

Кроме S. paralvinellae, все Сульфуримонас разновидности могут использовать сульфид в качестве донора электронов, окисляя сульфид до сульфата.[3] Используемый путь окисления сульфидов называется сульфид: хинонредуктаза (SQR) и кодируется генами, участвующими в пути, ответственном за катализирование окисления сульфидов.[3][18] Во всех царствах существует шесть известных типов белков SQR.[3]

Большинство изолятов Эпсиолонпротеобактерии имеют SQR, классифицированные как Тип II, IV и VI, никогда не имеют Типа I и иногда имеют Тип III и V.[3] Сульфуримонас единственный известный род в Эпсилонпротеобактерии который имеет SQR типа III и V.[3] Тип III встречается только у S. denitrificans и S. gotlandica.[3] SQR типа IV является высококонсервативным и обнаруживается у всех четырех видов Сульфуримонас и поэтому считается наиболее важным SQR для выживания клеток в роде Сульфуримонас.[3] Согласно исследованию, посвященному гетерологичный выражение SQR гомологи в S.denitrificans, он имеет три функциональных SQR; Типа II, III и IV.[18] Другое исследование также показало, что SQR типа VI не входит в S. denitrificans, но это было у трех других видов.[13] Исследователи обнаружили, что SQR типа VI функционирует в сульфид окружающая среда,[13] и предположил, что S. 'denitrificans не требует SQR типа VI, потому что представители этого вида имеют низкую вероятность встретить свободный сульфид.[13] С другой стороны, С. автотрофный является единственным из четырех видов, который содержит SQR типа V, и был связан с организмами, живущими в кислотных шахтах. [5]

Точные роли функциональных SQR остаются неизвестными.[18] Однако в целом SQR имеют решающее значение для окисления сульфидов, ассимиляции и передачи сигналов, выработки энергии и устойчивости к тяжелым металлам.[18] Следовательно, представители рода Сульфуримонас вносят значительный вклад в глобальный цикл серы, поскольку все члены этого вида окисляют серу до сульфата.[5]

Метаболизм водорода

Все, кроме одного из Сульфуримонас виды могут использовать водород в качестве источника энергии для роста.[13] Члены S. autotrophica единственные Сульфуримонас виды не использовать водород, и было показано, что он растет вместе с водородом в аэробных и анаэробных условиях.[6] Напротив, водород иногда используется в качестве донора электронов бактериями, принадлежащими к S. denitrificans, S. gotlandica, и S. paralvinellae, вместо соединений на основе серы.[19][6]

Чтобы катализировать водородный метаболизм бактерий, принадлежащих к роду Сульфуримонас используйте [NiFe] -гидрогеназу. Реакция .[20] Существует множество различных [NiFe] -гидрогеназ, которые классифицируются в разные группы (группы с I по IV) и обнаруживаются во всех четырех Сульфуримонас разновидность.[13] С S. autotrophica содержит гидрогеназы, исследование показало, что при определенных условиях окружающей среды он может потреблять водород.[5]

Другое исследование показывает, что S. denitrificans растет более эффективно с водород чем с тиосульфат.[13] Три Сульфуримонас виды выражают активное поглощение водорода гидрогеназа и может расти на водороде.[13] Место обитания бактерий (например, морская вода, осадки или гидротермальные источники) влияет на уровень кислорода в окружающей среде и, следовательно, на вид метаболизма. [13] что они используют.

Метаболизм азота

Насколько нам известно, метаболизм азота происходит у всех членов, принадлежащих к Сульфуримонас виды, кроме S. autotrophica [13]. Было показано, что S. autotrophica не мог расти в концентрации 5 мМ нитрата натрия в лабораторных условиях.[4] Денитрификация к Сульфуримонас виды играет решающую роль в круговороте азота.[13] Нитрат оборот для S. denitrificans составляет 20 мМ в трех (с тиосульфат и водород) до шести дней (тиосульфат и без водорода).[13] Оборот нитратов у двух других видов, S. gotlandica и S. paralvinellae, совершенно разные.[13] S. gotlandica использовал только 1 мМ нитрата в течение 9 дней (с тиосульфатом) и S. paralvinellae использовали 10 мМ нитрата в течение 4 дней (с водородом и серой).[7][9] Кроме того, S. gotlandica и S. denitrificans может использовать нитрит вместо нитрата в качестве акцептора электронов.[13] Список акцепторов электронов, которые Сульфуримонас виды можно использовать, кратко изложены в Таблица 3.

Таблица 3. Список акцепторов электронов для Сульфуримонас разновидность. [13]

Sulfurimonas autorophicaSulfurimonas denitrificansSulfurimonas gotlandicaSulfurimonas paralvinellae
НитратИкс✓✓✓
НитритыИкс✓✓Икс
Кислород✓✓✓✓

Чтобы катализировать реакцию азотистого обмена, все Сульфуримонас виды имеют периплазматическую каталитическую субъединицу нитратредуктазы (Nap) (NapA). Эти NapAs эпсиолонпротеобактерий обладают высоким сродством к нитратам и могут представлять собой адаптацию представителей этого рода к низким концентрациям нитратов в окружающей среде в глубоководных жерлах.

Изоляты S. gotlandica и S. denitrificans хорошо адаптированы к колебаниям кислород и сероводород концентрации в окружающей среде, потому что они оба могут использовать нитрат, нитрит или кислород в качестве акцепторов электронов. Их способность использовать нитрат или же нитрит как акцептор электронов, вместо кислорода, расширяет их экологическая ниша вне аноксический в гораздо более глубокие участки водной толщи.

Видообразование

Виды, составляющие род Сульфуримонас различаются по своим физиологическим и генотипическим различиям.[6] Многие изоляты частично или полностью секвенированы. Например, геном изолята S. autotrophica имеет приблизительно 2 153 198 пар оснований.[5]

Представители этого рода бактерий населяют сульфидные воды, пелагические окислительно-восстановительные зоны и глубоководные жерла, где много серосодержащих соединений.[2][3][4] Виды в роду Сульфуримонас используют различные белки, которые катализируют определенные соединения, обнаруженные в этих областях, что дополнительно подчеркивает общие черты и различия в их ДНК-геномах.[2][3][4][6][8]

Сходство последовательностей гена 16S рРНК среди Sulfurimonas gotlandica, Sulfurimonas paralvinellae, Sulfurimonas autotrophica, и Sulfurimonas dentrificans больше 90%,[6] с S. gotlandica имеет сходство от 93,7 до 94,2% с другими видами.[6] По аналогии, S. paralvinellae и S. autotrophica (Штамм OK10) имеют 96,3% схожести последовательностей генов 16S рРНК,[5][9] пока S. dentrificans и S. autotrophica (OK10) имеют сходство последовательностей 93,5%.[5]

Содержание G + C в геномах некоторых видов аналогично. S. gotlandica содержит 33,6 мол.% ДНК G + C (A + T, 66,4 мол.%),[6] пока S. paralvinellae содержит 37,6 мол.% ДНК G + C (63,4 мол.% A + T).[9]

Филогенетический анализ показали, что Сульфуримонас проявляет ограниченную способность к рассеянию, поскольку на видообразование влияет географическое положение больше, чем гидротермальный состав.[8] Кроме того, глубоководные течения могут повлиять на видообразование.[8]

В следующей таблице обобщена информация, представленная выше:

Таблица 4: Содержание ДНК и сходство гена 16s рРНК между Сульфуримонас

Содержание ДНК G + C (мол.%)Содержание ДНК A + T (мол.%)Сходство гена 16s рРНК (%)
Сульфуримонас аутотрофияНет данныхНет данных96,3% похоже на S. paralvinellae.

93,7-94,2% сходство с S. gotlandica.

93,5% похоже на S. dentrificans.

Сульфуримонас

стоматологи

Нет данныхНет данных93,5% похоже на S. autrotrophica (ОК10).

93,7-94,2% сходство с S. gotlandica.

Сульфуримонас готландика33,6 мол.%66,4 мол.%93,7 - 94,2% сходства со ВСЕМИ видами.
Сульфуримонас паралвинеллы37,6 мол.%63,4 мол.%96,3% похоже на S. autrotrophica (ОК10).

93,7-94,2% сходство с S. gotlandica.

Среда обитания

Сульфуримонас обычно встречаются в (сульфидогенных) местообитаниях, таких как морские отложения, глубоководные гидротермальные источники, пелагические окислительно-восстановительные и нефтяные месторождения.[21] Среда обитания, в которой они обитают, отражается в их генах; у некоторых членов меньше гены в то время как у других больше генов, связанных со средой, в которой они встречаются.[3] Некоторые из этих генов позволяют использовать разные доноры и акцепторы электронов, позволяя им обитать в различных средах.[3] В глубоком море гидротермальные источники окисление сульфидов является наиболее важным источником химической энергии для Sulfurimonas spp.[9] По совпадению, высокие концентрации сероводорода в глубоководных жерлах возникают в результате взаимодействия морской воды и горных пород при высоких температурах.[9] Примечательно, что микроорганизмы живущие в глубоком темном океане окисляют соединения серы для хемолитоавтотрофия; этот процесс опосредован микробами.[9] Например, сульфидхинонредуктазы (SQR), обнаруженные во всех изолятах Сульфуримонас виды способствует окислению серы и тиосульфат -содержащие соединения.[4][3][18] Также, гидрогеназы и другие ферменты позволяют этому особому роду колонизировать «разрозненные» среды.[3] Из-за зависимости от серосодержащих соединений в глубоком море это может создать конкуренцию между видами.

Бактериальные маты находятся на глубине ~ 100 м рядом с активными гидротермальными жерлами.[11] Филогенетический анализ показал, что эти бактериальные маты состояли из бактерий в пределах рода Сульфуримонас .[11] Подобные бактериальные маты обычно встречаются на подводных горах, созданных подводными вулканами и сильным вулканизмом в гидротермальных жерлах.[21] Гидротермальная вентиляция способствует росту бактериальных матов, в которых Сульфуримонас происходит, например, в Loihi, Осевой, Вайлулу'у, и Подводные горы Суйо, а также дуги Мариана и Кермадек.[21]

Биотические взаимодействия

Хищничество

Сульфуримонас (подгруппа GD17) доминирует над хемотрофными денитрификация в Балтийское море пелагические редоксклины.[14][13][6] Используя такие методы, как тесты на хищников и бактериальные поправочные культуры, было обнаружено, что популяция сульфуримонаса (подгруппа GD17) имела время удвоения от 1 до 1,5 дней, что намного больше, чем их среднее время удвоения при оптимальных условиях, показанных в таблице 1.[22] Однако выпас может поглотить популяцию в течение одного дня.[22] Пять активных травоядные которые обычно встречаются в редокссклинах инфузории (Oligohymenophorea, Prostomatea) и морские жгутик группы (MAST-4, Chrysophyta, Cercozoa) были обнаружены с использованием РНК-SIP.[22] В просачивании холода экосистема, Литодидные крабы (Paralomis sp.), которые являются поедателями фильтров, питаются тиотропными бактериальными матами, которые состоят из множества различных типов бактерии.[22]

Было обнаружено, что при отсутствии других возможных предикторов бактерии, принадлежащие к роду Сульфуримонас растут в унимодальных отношениях, что позволяет предположить, что они увеличивают бактериальное разнообразие и продуктивность. Это означает, что без предикторов эти бактерии могут дифференцироваться и расти экспоненциально.[22]

Симбиоз

Сульфуримонас это род, который обычно наблюдается в симбиозе с другими организмами, в основном морскими кольчатые черви. Sulfurimonas paralvinellae ассоциируется с глубоководными полихета колонии, расположенные рядом с гидротермальные источники. Гнезда этих червей покрыты частицами восстановленной серы, полученными в результате сочетания микробиологических и химических процессов. Эти частицы серы служат легкодоступным источником энергии для бактерий, принадлежащих к роду Сульфуримонас.[9]

Биотурбация к черви на мелководье в отсутствие кислорода усиливает метаболизм бактерий в Эпсилонпротеобактерии филотип, который показывает более 95% сходства с Sulfurimonas denitrificans. Такие действия, как рытье нор и перистальтическая откачка, заставляют растворенные в воде кислород и углекислый газ переходить в осадок. Этот обогащенный слой движется вниз и смешивается с нижележащими осадками. Кислород, взятый из воды, проникает через этот анаэробный слой и создает сульфат, который бактерии могут использовать для метаболизм. Сульфид из воды также может выводиться из организма черви посредством разветвленной дыхательной цепи или окислительно-восстановительного регулирования окисления сульфидов. Конечным продуктом этих реакций является тиосульфат, который становится еще одним источником энергии для хемоавтотрофных бактерий, колонизирующих отложения. [23]

Конкуренция

Бактерии, принадлежащие к роду Сульфуримонас конкурируют с другими сульфатокисляющими бактериями (SOB) за пищевые ресурсы и интенсивно изучаются из-за их важности в нефтяной промышленности.[24][23] Сообщества SOB представляют собой физиологически разнообразных членов Эпсилонпротеобактерии, который содержит роды Сульфуримонас, Хлоробия, и Хлорофлекси.[24] Все эти роды встречаются в нефтяных коллекторах, и Сульфуримонас присутствуют в большом количестве.[23][24] Представители этого рода занимали примерно 26% водоемов, все из которых отличаются по температуре и относительным пропорциям от других SOB, что также свидетельствует о том, что этот род способен расти в широком диапазоне температур.[3][14][23][24] Несмотря на это, Сульфуримонас конкурируют с Тиоклава, Sulphuricurvum, и Тиогаломонады, которые коррелируют с 15,4%, 12,0% и 17,0% соответственно.[24] Большинство бактерий, присутствующих в этих резервуарах, - это некультивируемые бактерии, которые не были глубоко изучены.[23][24] Бактерии вышеупомянутых родов получают свою энергию от окисления восстановленных соединений серы (то есть сульфида и тиосульфата), что предполагает прямую конкуренцию между ними за серосодержащие соединения. [3][4][6]

Пищевая сеть / Интернет

Рис 7. Упрощенный Сульфуримонас Food Web / Chain Photo Credits: Суман Рана

Представители бактериального рода Сульфуримонас как известно, влияют на относительное обилие видов вокруг них.[25] В случае S. gotlandica штамм GD1, было продемонстрировано, что популяции гетеротрофных нанофлагеллят (HNF) уменьшались, в то время как инфузория и динофлагеллята содержание оставалось относительно постоянным в условиях, богатых кислородом / сероводородом.[25] Напротив, в субоксических условиях наблюдалась противоположная тенденция, в которой HNF и инфузории увеличилось в изобилии, тогда как динофлагелляты оставалась постоянной.[25] Эти изменения были связаны как с присутствием кислорода / сероводорода в окружающей среде, так и с потенциальным хищничеством HNF со стороны S. gotlandica.[25]

В другом исследовании было обнаружено, что в окислительно-восстановительных условиях обитают пять активных травоядных, а именно окислительно-восстановительные инфузории, группы морских жгутиконосцев и некоторые виды экосистемы холодного просачивания.[22][26] Фактически, эти организмы способны потреблять все Сульфуримонас население в этом конкретном районе за день [22]

Экологическая значимость

Чтобы расти, Сульфуримонас виды потребляют как восстановленные формы серы, так и окисленные формы азота. Таким образом, члены Сульфуримонас непосредственно влияют на биогеохимический цикл этих элементов в окружающей среде, где они существуют и численно многочисленны. Например, Sulfurimonas gotlandica на основе подсчета клеток CARD-FISH может составлять до 25% микробного сообщества редоксклина Балтийского моря [27] и Сульфуримонас виды составили значительное количество считываний Epsilonproteobacterial в обзоре микробного разнообразия в глубоководных диффузных истоках с использованием усиленных последовательностей 16S.

Дальнейшие исследования

Сульфуримонас гонконгский недавно обнаруженный вид в пределах рода Сульфуримонас. Он был найден в Гонконге, недалеко от прибрежных отложений на подходном канале Кай Так, соединяющем гавань Виктория. Он производит энергию в бескислородных условиях. Его донор электронов - тиосульфат, сульфид или водород, а его акцептор электронов - нитрат. Морфология палочковидная, растет при 15-35 ° C (оптимальная 30 ° C), pH 6,5-8,5 (оптимальная 7,0-7,5) и 10-60 г / л.−1 NaCl (оптимально при 30 г л−1). Его геном состоит из 34,9% содержания GC, 2290 генов, кодирующих белок, и 42 генов РНК (3 гена рРНК). Его основными клеточными жирными кислотами были C14: 0 (4,8%), C16: 0 (32,8%), 2-OH, C16: 0 (9,5%), C16: 1 (14,6%), C18: 0 (16,9%) и С18: 1 (19,2%). Состав этих жирных кислот аналогичен составу изолятов Сульфуримонас paralvinellae 'и Сульфуримонас autotrophica ', но существует уникальная жирная кислота, представленная 2-OH C16: 0, которая определяет ее вид, отличный от других представителей рода Сульфуримонас.

Рекомендации

  1. ^ Inagaki, F .; Takai, K .; Кобаяши, H .; Nealson, K.H .; Хорикоши, К. (2003). «Sulfurimonas autotrophica gen. Nov., Sp. Nov., Новая окисляющая серу ε-протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Срединно-Окинавского прогиба». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 53 (6): 1801–1805. Дои:10.1099 / ijs.0.02682-0. PMID  14657107.
  2. ^ а б c Кардман, Зена (2014). «Активные прокариотические сообщества вдоль термально и геохимически изменчивого разреза в гидротермальных отложениях бассейна Гуаймас». Издание диссертаций ProQuest. ProQuest  1612445722.
  3. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у Хан, Ючэн; Пернер, Мирьям (01.01.2015). «Глобально распространенный род Sulfurimonas: разносторонний энергетический обмен и адаптация к окислительно-восстановительным клинам». Границы микробиологии. 6: 989. Дои:10.3389 / fmicb.2015.00989. ЧВК  4584964. PMID  26441918.
  4. ^ а б c d е ж грамм час Инагаки, Фумио; Такай, Кен; Кобаяси, Хидеки; Nealson, Kenneth H .; Хорикоши, Коки (01.01.2003). «Sulfurimonas autotrophica gen. Nov., Sp. Nov., Новая окисляющая серу ε-протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Срединно-Окинавского прогиба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 53 (6): 1801–1805. Дои:10.1099 / ijs.0.02682-0. PMID  14657107.
  5. ^ а б c d е ж грамм час я j k Сикорский, Йоханнес; Мунк, Кристина; Лапидус, Алла; Ngatchou Djao, Olivier Duplex; Лукас, Сьюзен; Главина дель Рио, Тихана; Нолан, Мэтт; Тайс, Надежда; Хан, Клифф (27.10.2010). «Полная последовательность генома штамма типа Sulfurimonas autotrophica (OK10T)». Стандарты геномных наук. 3 (2): 194–202. Дои:10.4056 / sigs.1173118 (неактивно 09.11.2020). ISSN  1944-3277. ЧВК  3035374. PMID  21304749.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2020 г. (связь)
  6. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т Лабренц, Матиас; Гроте, Яна; Маммитч, Керстин; Boschker, Henricus T. S .; Лауэ, Майкл; Йост, Гюнтер; Глаубиц, Сабина; Юргенс, Клаус (01.01.2013). "Sulfurimonas gotlandica sp. Nov., Хемоавтотрофная и психротолерантная эпсилонпротеобактерия, выделенная из пелагического редоксклина, и исправленное описание рода Sulfurimonas". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 63 (11): 4141–4148. Дои:10.1099 / ijs.0.048827-0. ЧВК  3836495. PMID  23749282.
  7. ^ а б Маммитч, Керстин; Йост, Гюнтер; Юргенс, Клаус (01.02.2014). «Влияние концентрации растворенного неорганического углерода и pH на рост хемолитоавтотрофной эпсилонпротеобактерии Sulfurimonas gotlandica GD1T». МикробиологияOpen. 3 (1): 80–88. Дои:10.1002 / mbo3.153. ISSN  2045-8827. ЧВК  3937731. PMID  24376054.
  8. ^ а б c d е Мино, Саяка; Накагава, Сатоши; Макита, Хироко; Токи, Томохиро; Миядзаки, Дзюнъити; Зиверт, Стефан М; Польз, Мартин Ф; Инагаки, Фумио; Годфрой, Энн (2017). «Эндемичность космополитического мезофильного хемолитоавтотрофа Sulfurimonas в глубоководных гидротермальных источниках». Журнал ISME. 11 (4): 909–919. Дои:10.1038 / ismej.2016.178. ЧВК  5364360. PMID  28045457.
  9. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v Такай, Кен; Сузуки, Масаэ; Накагава, Сатоши; Миядзаки, Масаюки; Сузуки, Йохей; Инагаки, Фумио; Хорикоши, Коки (01.01.2006). "Sulfurimonas paralvinellae sp. Nov., Новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф внутри эпсилонпротеобактерий, выделенных из полихетного гнезда глубоководных гидротермальных источников, реклассификация Thiomicrospira denitrificans как Sulfurimonas novrificans. Сульфуримонас ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 56 (8): 1725–1733. Дои:10.1099 / ijs.0.64255-0. PMID  16901999.
  10. ^ ЯННАШ, ХОЛЬГЕР W; WIRSEN, CARL O .; НЕЛЬСОН, ДУГЛАС К .; РОБЕРТСОН, ЛЕСЛИ А. (1985). "Thiomicrospira crunogena sp. Nov., Бесцветная, окисляющая серу бактерия из глубоководных гидротермальных источников". Международный журнал систематической бактериологии. 35 (4): 422–424. Дои:10.1099/00207713-35-4-422.
  11. ^ а б c d Филлипс, Бреннан; Дунбабин, Мэтью; Хеннинг, Брэд; Хауэлл, Кори; ДеЧиччо, Алекс; Флиндерс, Эштон; Келли, Кэтрин; Скотт, Джаррод; Альберт, Саймон (2016). «Изучение« Шарккана »: биогеохимические наблюдения подводного вулкана Кавачи (Соломоновы острова)». Океанография. 29 (4): 160–169. Дои:10.5670 / oceanog.2016.85.
  12. ^ а б Гроте, Яна; Лабренц, Матиас; Пфайффер, Биргит; Йост, Гюнтер; Юргенс, Клаус (2007-11-01). «Количественное распределение Epsilonproteobacteria и подгруппы Sulphurimonas в пелагических окислительно-восстановительных линиях центральной части Балтийского моря». Прикладная и экологическая микробиология. 73 (22): 7155–7161. Дои:10.1128 / AEM.00466-07. ISSN  0099-2240. ЧВК  2168200. PMID  17921285.
  13. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т Хан, Ючэн; Пернер, Мирджам (2014). «Роль водорода в метаболизме Sulfurimonas denitrificans». PLOS ONE. 9 (8): e106218. Bibcode:2014PLoSO ... 9j6218H. Дои:10.1371 / journal.pone.0106218. ЧВК  4149538. PMID  25170905.
  14. ^ а б c Гроте, Яна; Шотт, Томас; Bruckner, Christian G .; Глёкнер, Фрэнк Оливер; Йост, Гюнтер; Тилинг, Ханно; Лабренц, Матиас; Юргенс, Клаус (10 января 2012 г.). «Геном и физиология модели Epsilonproteobacterium, ответственной за детоксикацию сульфидов в морских зонах кислородного истощения». Труды Национальной академии наук. 109 (2): 506–510. Bibcode:2012ПНАС..109..506Г. Дои:10.1073 / pnas.1111262109. ISSN  0027-8424. ЧВК  3258601. PMID  22203982.
  15. ^ Сюй, Цзяньпин (01.06.2006). «ПРИГЛАШЕННЫЙ ОБЗОР: Микробная экология в эпоху геномики и метагеномики: концепции, инструменты и последние достижения». Молекулярная экология. 15 (7): 1713–1731. Дои:10.1111 / j.1365-294X.2006.02882.x. ISSN  1365–294X. PMID  16689892. S2CID  16374800.
  16. ^ Кэмпбелл, Барбара Дж .; Энгель, Аннет Саммерс; Портер, Меган Л .; Такай, Кен (01.06.2006). «Универсальные эпсилон-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидных средах обитания». Обзоры природы. Микробиология. 4 (6): 458–468. Дои:10.1038 / nrmicro1414. ISSN  1740-1526. PMID  16652138. S2CID  10479314.
  17. ^ Янош, Клаудия (2015). «Серооксигеназная редуктаза (Sor) в умеренно термоацидофильных выщелачивающих бактериях: исследования на Sulfobacillus thermosulfidooxidans и Acidithiobacillus caldus». Микроорганизмы. 3 (4): 707–724. Дои:10.3390 / микроорганизмы 3040707. ЧВК  5023260. PMID  27682113.
  18. ^ а б c d е Хан, Ючэн; Пернер, Мирджам (2016). «Потребление сульфида в Sulfurimonas denitrificans и гетерологичная экспрессия его трех гомологов SQR» (PDF). Американское общество микробиологии. 198 (8): 1260–1267. Дои:10.1128 / JB.01021-15. ЧВК  4859588. PMID  26833414.
  19. ^ Gevertz, D .; Теланг, А. Дж .; Voordouw, G .; Дженнеман, Г. Э. (2000-06-01). «Выделение и характеристика штаммов CVO и FWKO B, двух новых нитрат-восстанавливающих, сульфидоокисляющих бактерий, выделенных из рассола нефтяных месторождений». Прикладная и экологическая микробиология. 66 (6): 2491–2501. Дои:10.1128 / aem.66.6.2491-2501.2000. ISSN  0099-2240. ЧВК  110567. PMID  10831429.
  20. ^ Vignais, Paulette M .; Биллу, Бернар (2007-10-01). «Возникновение, классификация и биологическая функция гидрогеназ: обзор». Химические обзоры. 107 (10): 4206–4272. Дои:10.1021 / cr050196r. ISSN  0009-2665. PMID  17927159.
  21. ^ а б c Эмерсон, Дэвид; Мойер, Крейг Л. (2010). Микробиология подводных гор. Роквилл, США: Океанография. п. 151.
  22. ^ а б c d е ж грамм Андерсон, Рут; Wylezich, Клаудиа; Глаубиц, Сабина; Лабренц, Матиас; Юргенс, Клаус (01.05.2013). «Влияние выпаса простейших на ключевую бактериальную группу для биогеохимического цикла в пелагических кислородно-аноксических интерфейсах Балтийского моря». Экологическая микробиология. 15 (5): 1580–1594. Дои:10.1111/1462-2920.12078. ISSN  1462-2920. PMID  23368413.
  23. ^ а б c d е Гош, Вриддхиман; Дамба, Бомба (01.11.2009). «Биохимия и молекулярная биология литотрофного окисления серы таксономически и экологически разнообразными бактериями и археями». Обзор микробиологии FEMS. 33 (6): 999–1043. Дои:10.1111 / j.1574-6976.2009.00187.x. ISSN  1574-6976. PMID  19645821.
  24. ^ а б c d е ж Тиан, Хуэймэй; Гао, Пейке; Чен, Чжаохуэй; Ли, Яншу; Ли, Ян; Ван, Янсен; Чжоу, Цзефан; Ли, Гоцян; Ма, Тинг (02.02.2017). «Состав и численность сульфатредуцирующих и окисляющих серу микроорганизмов в обводненных нефтяных пластах с различными температурами в Китае». Границы микробиологии. 8: 143. Дои:10.3389 / fmicb.2017.00143. ISSN  1664-302X. ЧВК  5288354. PMID  28210252.
  25. ^ а б c d «Изменения во время экспериментов по исключению хищников с ... - Рисунок 3 из 6». ResearchGate. Получено 2017-03-23.
  26. ^ Ниманн, Хельге; Линке, Питер; Knittel, Katrin; Макферсон, Энрике; Боэтиус, Антье; Брюкманн, Уорнер; Ларвик, Гаут; Валльманн, Клаус; Шахт, Ульрике (2013-10-07). «Поток метана и углерода в бентосную пищевую сеть на холодных выходах - пример из зоны субдукции Коста-Рики». PLOS ONE. 8 (10): e74894. Bibcode:2013PLoSO ... 874894N. Дои:10.1371 / journal.pone.0074894. ISSN  1932-6203. ЧВК  3792092. PMID  24116017.
  27. ^ Grote, J .; и другие. (2012). «Геном и физиология модели Epsilonproteobacterium, ответственной за детоксикацию сульфидов в морских зонах кислородного истощения». PNAS. 109 (2): 506–510. Bibcode:2012ПНАС..109..506Г. Дои:10.1073 / pnas.1111262109. ЧВК  3258601. PMID  22203982.