CUGBP1 - CUGBP1

CELF1
Доступные конструкции PDB Human UniProt search: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CPZ, 2DHS, 2RQ4, 2RQC, 3NMR, 3NNA, 3NNC, 3NNH
Идентификаторы
Псевдонимы	CELF1, BRUNOL2, CUG-BP, CUGBP, CUGBP1, EDEN-BP, NAB50, NAPOR, hNab50, CUGBP, Elav-подобный член семьи 1, CUGBP Elav-подобный член семьи 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 601074 ГомолоГен: 136342 Генные карты: CELF1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11p11.2 Начните 47,465,933 бп[1] Конец 47,565,569 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность репрессора трансляции, связывание нуклеиновых кислот • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • связывание нуклеиновой кислоты • BRE привязка • связывание мРНК • связывание пре-мРНК Сотовый компонент • цитоплазма • мембрана • нуклеоплазма • ядро клетки • рибонуклеопротеин Биологический процесс • развитие половых клеток • развитие эмбриона • обработка мРНК • РНК-интерференция • регуляция сплайсинга РНК • Сплайсинг РНК • отрицательное регулирование перевода • Выбор сайта сплайсинга мРНК • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы • развитие эмбриона заканчивается рождением или вылуплением яйца Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	10658	н / д
Ансамбль	ENSG00000149187	н / д
UniProt	Q92879	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_001025596 NM_001172639 NM_001172640 NM_006560 NM_198700 NM_001330272	н / д
RefSeq (белок)	NP_001020767 NP_001166110 NP_001166111 NP_001317201 NP_006551 NP_941989 NP_001363298 NP_001363299 NP_001363300 NP_001363301 NP_001363302 NP_001363303 NP_001363305 NP_001363306 NP_001363307 NP_001363308 NP_001363309 NP_001363310 NP_001363311 NP_001363312 NP_001363313 NP_001363314 NP_001363315 NP_001363316 NP_001363317 NP_001363318 NP_001363319 NP_001363320 NP_001363322 NP_001363324 NP_001363325 NP_001363326 NP_001363328 NP_001363335 NP_001363336 NP_001363337 NP_001363338 NP_001363339 NP_001363340 NP_001363341 NP_001363342 NP_001363343 NP_001363344 NP_001363346 NP_001363347 NP_001363348 NP_001363349 NP_001363350 NP_001363351 NP_001363352 NP_001363353 NP_001363354 NP_001363355 NP_001363356 NP_001363357 NP_001363358 NP_001363359 NP_001363360 NP_001363361 NP_001363362 NP_001363363 NP_001363364 NP_001363365 NP_001363366 NP_001363367 NP_001363368 NP_001363369 NP_001363370 NP_001363371 NP_001363372 NP_001363373 NP_001363374 NP_001363375 NP_001363376 NP_001363377 NP_001363378 NP_001363379 NP_001363380 NP_001363381 NP_001363382 NP_001363383 NP_001363384 NP_001363385 NP_001363386 NP_001363387 NP_001363388 NP_001363389 NP_001363390 NP_001363391 NP_001363392 NP_001363304	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 11: 47.47 - 47.57 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Триплетный повтор CUG, РНК-связывающий белок 1, также известен как CUGBP1, это белок который у человека кодируется CUGBP1 ген.^[3][4][5]

Функция

Члены CELF Семейство белков / BRUNOL состоит из двух N-концевой Домены мотива распознавания РНК (RRM), один C-терминал RRM-домен и расходящийся сегмент 160–230 а.о. между вторым и третьим доменами RRM. Члены этого семейства белков регулируют альтернативный сплайсинг пре-мРНК, а также могут участвовать в редактировании и трансляции мРНК. Этот ген может играть роль в миотонической дистрофии 1 типа (DM1 ) через взаимодействие с протеинкиназой dystrophia myotonica (ДМПК ) ген. Альтернативная сварка приводит к множеству вариантов транскрипции, кодирующих разные изоформы.^[3]

фактор деградации мРНК

По оценкам, от 5 до 8% людей мРНК нестабильны из-за элементов нестабильности мРНК в их 3 'нетранслируемых областях (3'UTR ).^[6] Ряд таких элементов был назван элементами, богатыми AU (ARE ). Теперь известно, что ARE являются сайтами связывания для РНК-связывающих белков, которые нацелены на мРНК для быстрой деградации. Однако было продемонстрировано, что только некоторые из белков, связывающих ARE, играют роль в деградации мРНК. Общей особенностью этих белков является связывание только с подклассом известных ARE, которые содержат пентамер AUUUA. Конвергентные усилия нескольких исследовательских групп теперь добавляют CUGBP1 (CUG-связывающий белок 1) к короткому списку ARE-связывающих белков, которые контролируют стабильность мРНК, с той особенностью, что он связывается с не-AUUUA ARE. CUGBP1 был задействован как ключевой регулятор миотонической дистрофии 1 человека (DM1), так и в последнее время как регулятор человеческого вирус папилломы Экспрессия мРНК.^[7]

Доказательства того, что CUGBP1 действует как фактор деградации РНК, впервые были получены из Xenopus модель. Xenopus CUGBP1 (xCUGBP1, ранее известный как EDEN-BP) был идентифицирован в 1998 году.^[8] за его способность специфически связываться с GU-богатым элементом (эмбриональный элемент деаденилирования EDEN), локализованным в 3'UTR некоторых мРНК, которые быстро деаденилируются и репрессируются трансляцией после оплодотворения в раннем развитии. Поскольку деаденилирование часто является этапом, ограничивающим скорость деградации мРНК, усиление деаденилирования увеличивает оборот мРНК.^[9]

Человеческий CUGBP1 (hCUGBP1) ранее был идентифицирован Тимченко и его коллегами.^[4] за его способность связываться с повторами CUG, расположенными в 3'UTR DMPK. С тех пор большой объем работ описал роль hCUGBP1 в контроле альтернативного сплайсинга и не будет здесь обсуждаться.^[10] Затем последовала демонстрация того, что hCUGBP1 участвует в контроле деаденилирования и нестабильности мРНК, как xCUGBP1. В экстракте клеток млекопитающих, а также в экстрактах яиц ксенопусов, эксперименты по истощению и спасению показали, что специфическое связывание CUGBP1 с 3'UTR мРНК необходимо для того, чтобы произошло целевое специфическое деаденилирование.^[11] В экспериментах по спасению с экстрактами яиц ксенопусов рекомбинантный человеческий белок может заменить белок ксенопсов, делая их функциональными гомологами.^[12] Кроме того, было показано, что поли (A) рибонуклеаза PARN взаимодействует с CUGBP1.^[13] В человеческих клетках связывание hCUGBP1 с мРНК снижает его устойчивое состояние, что свидетельствует о дестабилизации мРНК.^[14] Первая человеческая мРНК, которая, как сообщается, нацелена на быстрое деаденилирование и деградацию под действием CUGBP1, - это онкоген c-jun. Несколько лет назад было показано, что ARE класса III (лишенный какого-либо мотива AUUUA) человеческого онкогена c-jun направляет быстрое деаденилирование и деградацию репортерной мРНК.^[15] Было показано, что как xCUGBP1, так и hCUGBP1 специфически связываются с c-jun ARE.^[11] Связывание CUGBP1 с 3'UTR мРНК, несущих GU-богатый элемент, будет нацеливаться на эти мРНК для быстрого деаденилирования с помощью PARN и последующей деградации. Это недавно было продемонстрировано с помощью siRNA-опосредованного нокдауна hCUGBP1, который привел к стабилизации репортерной РНК, несущей ARE, обогащенную c-jun UG.^[16]

Тетрануклеотиды UGU (G / A) являются ключевыми детерминантами сайта связывания xCUGBP1. А SELEX Подход к идентификации искусственного субстрата hCUGBP1 привел к предположению, что последовательности, содержащие UGU, являются очень предпочтительными для связывания.^[17] Совсем недавно была проведена переоценка сайтов связывания CUGBP1 на основе комбинации подхода SELEX и

Иммунопреципитация комплексов, содержащих CUGBP1, привели Graindorge et al. предложить мотив из 15 нуклеотидов в качестве ключевого детерминанта связывания CUGBP1.^[18] Такой мотив обнаружен в ряде нестабильных мРНК в клетках человека.^[16] предполагая, что они разлагаются зависимым путем деаденилирования CUGBP1.

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000149187 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. «Ген Entrez: триплетный повтор CUGBP1 CUG, РНК-связывающий белок 1».
4. Тимченко Л.Т., Миллер Д.В., Тимченко Н.А., Деворе Д.Р., Датар К.В., Лин Л., Робертс Р., Каски К.Т., Суонсон М.С. (ноябрь 1996 г.). «Идентификация (CUG) n-триплетного повтора РНК-связывающего белка и его экспрессия при миотонической дистрофии». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (22): 4407–14. Дои:10.1093 / nar / 24.22.4407. ЧВК  146274. PMID  8948631.
5. Робертс Р., Тимченко Н.А., Миллер Дж. В., Редди С., Каски К.Т., Суонсон М.С., Тимченко Л.Т. (ноябрь 1997 г.). «Измененное фосфорилирование и внутриклеточное распределение (CUG) n триплетного повтора РНК-связывающего белка у пациентов с миотонической дистрофией и у мышей с нокаутом миотониновой протеинкиназы». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (24): 13221–6. Дои:10.1073 / пнас.94.24.13221. ЧВК  24290. PMID  9371827.
6. Бакхит Т., Фревел М., Уильямс Б.Р., Грир В., Хабар К.С. (январь 2001 г.). «ARED: база данных мРНК человека, содержащая AU-богатые элементы, обнаруживает неожиданно разнообразный функциональный репертуар кодируемых белков». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (1): 246–54. Дои:10.1093 / nar / 29.1.246. ЧВК  29778. PMID  11125104.
7. Горачняк Р., Гундерсон С.И. (январь 2008 г.). «Регуляторный элемент в 3'-нетранслируемой области вируса папилломы человека 16 ингибирует экспрессию путем связывания CUG-связывающего белка 1». J. Biol. Chem. 283 (4): 2286–96. Дои:10.1074 / jbc.M708789200. PMID  18042543.
8. Paillard L, Omilli F, Legagneux V, Bassez T, Maniey D, Osborne HB (январь 1998 г.). «EDEN и EDEN-BP, цис-элемент и связанный фактор, которые опосредуют специфичное для последовательности деаденилирование мРНК в эмбрионах Xenopus». EMBO J. 17 (1): 278–87. Дои:10.1093 / emboj / 17.1.278. ЧВК  1170378. PMID  9427761.
9. Мейер С., Темме С., Уол Е. (2004). «Оборот информационной РНК в эукариотах: пути и ферменты». Крит. Rev. Biochem. Мол. Биол. 39 (4): 197–216. Дои:10.1080/10409230490513991. PMID  15596551. S2CID  21227254.
10. Ван Г.С., Кирни Д.Л., Де Биази М., Таффет Дж., Купер Т.А. (октябрь 2007 г.). «Повышение уровня РНК-связывающего белка CUGBP1 является ранним событием в индуцибельной модели миотонической дистрофии у мышей, специфичных для сердца». J. Clin. Вкладывать деньги. 117 (10): 2802–11. Дои:10.1172 / JCI32308. ЧВК  1964514. PMID  17823658.
11. Paillard L, Legagneux V, Maniey D, Osborne HB (февраль 2002 г.). «c-Jun ARE нацелен на деаденилирование мРНК с помощью пути, зависимого от EDEN-BP (белок, связывающий элемент деаденилирования эмбриона)». J. Biol. Chem. 277 (5): 3232–5. Дои:10.1074 / jbc.M109362200. PMID  11707455.
12. Paillard L, Legagneux V, Beverley Osborne H (2003). «Анализ функционального деаденилирования определяет человеческий CUG-BP как фактор деаденилирования». Биол. Ячейка. 95 (2): 107–13. Дои:10.1016 / S0248-4900 (03) 00010-8. PMID  12799066. S2CID  32334637.
13. Мораес К.С., Вилуш К.Дж., Вилуш Дж. (Июнь 2006 г.). «CUG-BP связывается с субстратами РНК и рекрутирует PARN-деаденилазу». РНК. 12 (6): 1084–91. Дои:10.1261 / rna.59606. ЧВК  1464848. PMID  16601207.
14. Барро К., Уотрин Т., Беверли Осборн Х, Пайярд Л. (сентябрь 2006 г.). «Экспрессия белка увеличивается за счет AU-богатого элемента класса III и связанного CUG-BP1». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 347 (3): 723–30. Дои:10.1016 / j.bbrc.2006.06.177. PMID  16843434.
15. Пэн С.С., Чен С.Ю., Шю А.Б. (апрель 1996 г.). «Функциональная характеристика не-AUUUA AU-богатого элемента из мРНК c-jun протоонкогена: свидетельство нового класса AU-богатых элементов». Мол. Cell. Биол. 16 (4): 1490–9. Дои:10.1128 / MCB.16.4.1490. ЧВК  231133. PMID  8657122.
16. Власова И.А., Тахо Н.М., Фан Д., Ларссон О., Раттенбахер Б., Стернджон Дж. Р., Вадевани Дж., Карипис Дж., Рейли К. С., Биттерман П. Б., Бохьянен П. Р. (февраль 2008 г.). «Консервированные элементы с высоким содержанием GU опосредуют распад мРНК путем связывания с CUG-связывающим белком 1». Мол. Ячейка. 29 (2): 263–70. Дои:10.1016 / j.molcel.2007.11.024. ЧВК  2367162. PMID  18243120.
17. Marquis J, Paillard L, Audic Y, Cosson B, Danos O, Le Bec C, Osborne HB (декабрь 2006 г.). «CUG-BP1 / CELF1 требует последовательностей, богатых UGU, для связывания с высокой аффинностью». Biochem. J. 400 (2): 291–301. Дои:10.1042 / BJ20060490. ЧВК  1652823. PMID  16938098.
18. Graindorge A, Le Tonquèze O, Thuret R, Pollet N, Osborne HB, Audic Y (апрель 2008 г.). «Идентификация целевых мРНК CUG-BP1 / EDEN-BP у Xenopus tropicalis». Нуклеиновые кислоты Res. 36 (6): 1861–70. Дои:10.1093 / nar / gkn031. ЧВК  2330240. PMID  18267972.

внешние ссылки

• Человек CELF1 расположение генома и CELF1 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Тимченко Л.Т., Тимченко Н.А., Каски К.Т., Робертс Р. (1996). «Новые белки со специфичностью связывания для повторов ДНК CTG и повторов РНК CUG: значение для миотонической дистрофии». Гм. Мол. Genet. 5 (1): 115–21. Дои:10.1093 / hmg / 5.1.115. PMID  8789448.
• Бхагвати С., Гхатпанде А., Люн Б. (1996). «Идентификация двух ядерных белков, которые связываются с повторами РНК CUG: значение для миотонической дистрофии». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 228 (1): 55–62. Дои:10.1006 / bbrc.1996.1615. PMID  8912635.
• Тимченко Л.Т., Миллер Ю.В., Тимченко Н.А. и др. (1997). «Идентификация (CUG) n-триплетного повтора РНК-связывающего белка и его экспрессия при миотонической дистрофии». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (22): 4407–14. Дои:10.1093 / nar / 24.22.4407. ЧВК  146274. PMID  8948631.
• Робертс Р., Тимченко Н.А., Миллер Дж. В. и др. (1998). «Измененное фосфорилирование и внутриклеточное распределение (CUG) n триплетного повтора РНК-связывающего белка у пациентов с миотонической дистрофией и у мышей с нокаутом миотониновой протеинкиназы». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (24): 13221–6. Дои:10.1073 / пнас.94.24.13221. ЧВК  24290. PMID  9371827.
• Михаловски С., Миллер Дж. В., Урбинати С. Р. и др. (1999). «Визуализация двухцепочечных РНК из гена протеинкиназы миотонической дистрофии и взаимодействия с CUG-связывающим белком». Нуклеиновые кислоты Res. 27 (17): 3534–42. Дои:10.1093 / nar / 27.17.3534. ЧВК  148598. PMID  10446244.
• Тимченко Н.А., Велм А.Л., Лу X, Тимченко Л.Т. (1999). «Белок, связывающий повторение CUG (CUGBP1), взаимодействует с 5'-областью мРНК C / EBPbeta и регулирует трансляцию изоформ C / EBPbeta». Нуклеиновые кислоты Res. 27 (22): 4517–25. Дои:10.1093 / nar / 27.22.4517. ЧВК  148737. PMID  10536163.
• Хороший Пи Джей, Чен Кью, Уорнер SJ, Херринг, округ Колумбия (2000). «Семейство человеческих РНК-связывающих белков, связанных с регулятором трансляции Drosophila Bruno». J. Biol. Chem. 275 (37): 28583–92. Дои:10.1074 / jbc.M003083200. PMID  10893231.
• Тимченко Н.А., Цай З.Дж., Велм А.Л. и др. (2001). «РНК CUG повторяет секвестр CUGBP1 и изменяет уровни белка и активность CUGBP1». J. Biol. Chem. 276 (11): 7820–6. Дои:10.1074 / jbc.M005960200. PMID  11124939.
• Лэдд А.Н., Шарле Н., Купер Т.А. (2001). «Семейство РНК-связывающих белков CELF вовлечено в клеточно-специфический и регулируемый развитием альтернативный сплайсинг». Мол. Cell. Биол. 21 (4): 1285–96. Дои:10.1128 / MCB.21.4.1285-1296.2001. ЧВК  99581. PMID  11158314.
• Тимченко Н.А., Якова П., Цай З.Ж. и др. (2001). «Молекулярная основа нарушения дифференцировки мышц при миотонической дистрофии». Мол. Cell. Биол. 21 (20): 6927–38. Дои:10.1128 / MCB.21.20.6927-6938.2001. ЧВК  99869. PMID  11564876.
• Такахаши Н., Сасагава Н., Усуки Ф. и др. (2002). «Коэкспрессия CUG-связывающего белка снижает экспрессию протеинкиназы DM в клетках COS». J. Biochem. 130 (5): 581–7. Дои:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a003022. PMID  11686919.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Paillard L, Legagneux V, Beverley Osborne H (2003). «Анализ функционального деаденилирования определяет человеческий CUG-BP как фактор деаденилирования». Биол. Ячейка. 95 (2): 107–13. Дои:10.1016 / S0248-4900 (03) 00010-8. PMID  12799066. S2CID  32334637.
• Ебралидзе А., Ван Ю., Петкова В. и др. (2004). «Выщелачивание РНК факторов транскрипции нарушает транскрипцию при миотонической дистрофии». Наука. 303 (5656): 383–7. Дои:10.1126 / science.1088679. PMID  14657503. S2CID  30836956.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Hillman RT, Green RE, Brenner SE (2005). «Недооцененная роль надзора за РНК». Геном Биол. 5 (2): R8. Дои:10.1186 / gb-2004-5-2-r8. ЧВК  395752. PMID  14759258.
• Болдуин Б.Р., Тимченко Н.А., Захнов CA (2004). «Стимуляция рецептора эпидермального фактора роста активирует РНК-связывающий белок CUG-BP1 и увеличивает экспрессию C / EBPβ-LIP в эпителиальных клетках молочных желез». Мол. Cell. Биол. 24 (9): 3682–91. Дои:10.1128 / MCB.24.9.3682-3691.2004. ЧВК  387752. PMID  15082764.
• Ватанабе Т., Такаги А., Сасагава Н. и др. (2004). «Измененная экспрессия мРНК CUG-связывающего белка 1 при миотонической дистрофии 1: возможное взаимодействие РНК-РНК». Neurosci. Res. 49 (1): 47–54. Дои:10.1016 / j.neures.2004.01.008. PMID  15099703. S2CID  32863977.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Данситхонг В., Пол С., Комай Л., Редди С. (2005). «MBNL1 является первичным детерминантом формирования очага и аберрантного сплайсинга инсулинового рецептора при DM1». J. Biol. Chem. 280 (7): 5773–80. Дои:10.1074 / jbc.M410781200. PMID  15546872.