NUP98 - NUP98

NUP98
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1KO6, 2Q5X, 2Q5Y, 3ММГ, 4OWR, 5A9Q
Идентификаторы
Псевдонимы	NUP98, ADIR2, NUP196, NUP96, нуклеопорин 98 кДа, нуклеопорин 98
Внешние идентификаторы	OMIM: 601021 MGI: 109404 ГомолоГен: 35472 Генные карты: NUP98
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11п15.4 Начинать 3,671,083 бп[1] Конец 3,797,792 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 7 (мышь)[2] Группа 7 E2 | 7 54,71 см Начинать 102,119,398 бп[2] Конец 102,210,176 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • транспортная деятельность • связывание пептида • GO: 0001948 связывание с белками • связывание с последовательностью ядерной локализации • Связывание РНК • пептидазная активность • активность пептидазы серинового типа • гидролазная активность • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции • связывание мРНК • промотор-специфическое связывание хроматина • GO: 0005487 структурная составляющая ядерной поры Сотовый компонент • цитозоль • не мембрана • ядерная оболочка • ядерная периферия • мембрана • ядерная пора • внешнее кольцо ядерной поры • ядерное тело включения • ядерная пора ядерная корзина • ядро клетки • кинетохора • цитоплазматические филаменты ядерных пор • нуклеоплазма • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • ядерное тело • рибонуклеопротеин • клетка-хозяин Биологический процесс • транспорт мРНК • сборка ядерно-порового комплекса • Репликация ДНК • транспорт белка • GO: 0022415 вирусный процесс • организация ядерных пор • посттранскрипционное связывание ДНК гена РНК-полимеразы II на периферии ядра • Экспорт РНК из ядра • привязка теломер на ядерной периферии • экспорт мРНК из ядра • импорт белка в ядро • протеолиз • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • ядерно-цитоплазматический транспорт • позитивная регуляция транскрипции, основанной на нуклеиновых кислотах • регулирование гликолитического процесса • экспорт тРНК из ядра • белковое сумоилирование • вирусная транскрипция • регуляция сайленсинга генов с помощью miRNA • GO: 0046795 внутриклеточный транспорт вируса • регуляция клеточного ответа на тепло Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	4928	269966
Ансамбль	ENSG00000110713	ENSMUSG00000063550
UniProt	P52948	Q6PFD9
RefSeq (мРНК)	NM_005387 NM_016320 NM_139131 NM_139132	NM_001287164 NM_001287165 NM_001287166 NM_001287167 NM_022979
RefSeq (белок)	NP_005378 NP_057404 NP_624357 NP_624358 NP_001352054 NP_001352055 NP_001352056 NP_001352057 NP_001352058	NP_001274093 NP_001274094 NP_001274095 NP_001274096 NP_075355
Расположение (UCSC)	Chr 11: 3.67 - 3.8 Мб	Chr 7: 102.12 - 102.21 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Комплексный белок ядерной поры Nup98-Nup96 это белок что у людей кодируется NUP98 ген.^[5]

Функция

Опосредованный сигналом ядерный импорт и экспорт осуществляется через комплекс ядерных пор (NPC), который состоит из примерно 30 уникальных белков, известных под общим названием нуклеопоринов. Нуклеопорин 98 кДа генерируется путем биогенеза, который включает синтез и протеолитическое расщепление белка-предшественника 186 кДа. Это расщепление приводит к получению нуклеопорина 98 кДа, а также нуклеопорина 96 кДа, оба из которых локализованы на нуклеоплазматической стороне NPC. Исследования на крысах показывают, что нуклеопорин 98 кДа функционирует как один из нескольких нуклеопоринов сайтов стыковки транспортных субстратов. Было показано, что человеческий ген сливается с несколькими генами после транслокаций хромосом при остром миелогенном лейкозе (ОМЛ) и Т-клеточном остром лимфоцитарном лейкозе (Т-ОЛЛ). Этот ген является одним из нескольких генов, расположенных в импринтированном генном домене 11p15.5, важной области гена-супрессора опухоли. Изменения в этой области были связаны с синдромом Беквита-Видемана, опухолью Вильмса, рабдомиосаркомой, карциномой надпочечников и раком легких, яичников и груди. Альтернативный сплайсинг этого гена приводит к нескольким вариантам транскрипта; однако не все варианты описаны полностью.^[6]

Взаимодействия

NUP98 был показан взаимодействовать с:

• CREB-связывающий белок,^[7]
• КПНБ1,^[8][9]
• NUP88,^[10]
• RAE1,^[11] и
• TNPO2.^[12]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000110713 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000063550 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Араи Й., Хосода Ф., Кобаяси Х., Араи К., Хаяси Й., Камада Н., Канеко Й., Оки М. (июнь 1997 г.). «Хромосомная транслокация inv (11) (p15q22) de novo и миелоидных злокачественных новообразований, связанных с терапией, приводит к слиянию гена нуклеопорина, NUP98, с предполагаемым геном РНК-геликазы, DDX10». Кровь. 89 (11): 3936–44. Дои:10.1182 / кровь.V89.11.3936. PMID  9166830.
6. «Ген Entrez: NUP98 нуклеопорин 98 кДа».
7. Kasper LH, Brindle PK, Schnabel CA, Pritchard CE, Cleary ML, van Deursen JM (январь 1999 г.). «CREB-связывающий белок взаимодействует с нуклеопорин-специфическими повторами FG, которые активируют транскрипцию и опосредуют онкогенность NUP98-HOXA9». Мол. Клетка. Биол. 19 (1): 764–76. Дои:10.1128 / mcb.19.1.764. ЧВК  83933. PMID  9858599.
8. Морояну Дж., Блобель Дж., Раду А. (сентябрь 1997 г.). «RanGTP-опосредованный ядерный экспорт кариоферина альфа включает его взаимодействие с нуклеопорином Nup153». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (18): 9699–704. Дои:10.1073 / пнас.94.18.9699. ЧВК  23253. PMID  9275187.
9. Бонифачи Н., Морояну Дж., Раду А., Блобель Г. (май 1997 г.). «Кариоферин бета2 опосредует ядерный импорт мРНК-связывающего белка». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (10): 5055–60. Дои:10.1073 / пнас.94.10.5055. ЧВК  24630. PMID  9144189.
10. Гриффис Э. Р., Сюй С., Пауэрс М. А. (февраль 2003 г.). «Nup98 локализуется как на ядерной, так и на цитоплазматической сторонах ядерной поры и связывается с двумя различными субкомплексами нуклеопоринов». Мол. Биол. Клетка. 14 (2): 600–10. Дои:10.1091 / mbc.E02-09-0582. ЧВК  149995. PMID  12589057.
11. Притчард С.Е., Форнерод М., Каспер Л.Х., ван Дерсен Дж. М. (апрель 1999 г.). «RAE1 представляет собой фактор экспорта мРНК, который связывается с GLEBS-подобным мотивом NUP98 в комплексе ядерной поры через несколько доменов».. J. Cell Biol. 145 (2): 237–54. Дои:10.1083 / jcb.145.2.237. ЧВК  2133102. PMID  10209021.
12. Фонтура Б.М., Блобель Г., Ясин Н.Р. (октябрь 2000 г.). «Нуклеопорин Nup98 представляет собой сайт для обмена GDP / GTP при запуске и прекращении ядерного импорта кариоферина бета 2». J. Biol. Chem. 275 (40): 31289–96. Дои:10.1074 / jbc.M004651200. PMID  10875935.

дальнейшее чтение

• Slape C, Aplan PD (2004). «Роль слияния генов NUP98 в гематологических злокачественных новообразованиях». Лейк. Лимфома. 45 (7): 1341–50. Дои:10.1080/10428190310001659325. PMID  15359631. S2CID  20926084.
• Мур М.А., Чунг К.Ю., Пласилова М., Шуринга Дж. Дж., Шие Дж. Х., Чжоу П., Моррон Г. (2007). «Нарушение регуляции NUP98 в миелоидном лейкемогенезе». Анна. Акад. Наука. 1106: 114–42. Дои:10.1196 / летопись.1392.019. PMID  17442773. S2CID  25039911.
• Раду А., Мур М.С., Блобель Г. (1995). «Домен пептидного повтора нуклеопорина Nup98 функционирует как стыковочный сайт при транспортировке через комплекс ядерных пор». Клетка. 81 (2): 215–22. Дои:10.1016/0092-8674(95)90331-3. PMID  7736573. S2CID  19024872.
• Накамура Т., Ларгаэспада Д.А., Ли М.П., ​​Джонсон Л.А., Охьяшики К., Тояма К., Чен С.Дж., Уиллман К.Л., Чен И.М., Фейнберг А.П., Дженкинс Н.А., Коупленд Н.Г., Шонесси Д.Д. (1996). «Слияние гена нуклеопорина NUP98 с HOXA9 путем транслокации хромосомы t (7; 11) (p15; p15) при миелоидном лейкозе человека». Nat. Genet. 12 (2): 154–8. Дои:10.1038 / ng0296-154. PMID  8563753. S2CID  6400265.
• Заимствовать Дж., Ширман А.М., Стэнтон В.П., Бехер Р., Коллинз Т., Уильямс А.Дж., Дубе И., Кац Ф., Квонг Ю.Л., Моррис К., Охьяшики К., Тояма К., Роули Дж., Хаусман Д. «Транслокация t (7; 11) (p15; p15) при остром миелоидном лейкозе сливает гены нуклеопорина NUP98 и гомеопротеина I класса HOXA9». Nat. Genet. 12 (2): 159–67. Дои:10.1038 / ng0296-159. PMID  8563754. S2CID  21252465.
• Ху Т, Гуань Т, Джерас Л. (1996). «Молекулярная и функциональная характеристика комплекса p62, сборки гликопротеинов комплекса ядерных пор». J. Cell Biol. 134 (3): 589–601. Дои:10.1083 / jcb.134.3.589. ЧВК  2120945. PMID  8707840.
• Штутц Ф., Изаурральде Э., Маттай И.В., Росбаш М (1996). «Роль повторных доменов нуклеопорина FG в экспорте белка Rev вируса иммунодефицита человека 1 типа и РНК из ядра». Мол. Клетка. Биол. 16 (12): 7144–50. Дои:10.1128 / mcb.16.12.7144. ЧВК  231718. PMID  8943370.
• Ясин Н.Р., Блобель Г. (1997). «Клонирование и характеристика человеческого кариоферина бета3». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (9): 4451–6. Дои:10.1073 / пнас.94.9.4451. ЧВК  20743. PMID  9114010.
• Бонифачи Н., Морояну Дж., Раду А., Блобель Г. (1997). «Кариоферин бета2 опосредует ядерный импорт мРНК-связывающего белка». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (10): 5055–60. Дои:10.1073 / пнас.94.10.5055. ЧВК  24630. PMID  9144189.
• Гранди П., Данг Т., Пане Н., Шевченко А., Манн М., Форбс Д., Херт Е. (1997). «Nup93, позвоночный гомолог дрожжевого грибка Nic96p, образует комплекс с новым 205-кДа белком и необходим для правильной сборки ядерных пор». Мол. Биол. Клетка. 8 (10): 2017–38. Дои:10.1091 / mbc.8.10.2017. ЧВК  25664. PMID  9348540.
• Золотухин А.С., Фельбер Б.К. (1999). «Нуклеопорины nup98 и nup214 участвуют в ядерном экспорте вируса иммунодефицита человека типа 1 Rev». Дж. Вирол. 73 (1): 120–7. Дои:10.1128 / JVI.73.1.120-127.1999. ЧВК  103815. PMID  9847314.
• Kasper LH, Brindle PK, Schnabel CA, Pritchard CE, Cleary ML, van Deursen JM (1999). «CREB-связывающий белок взаимодействует с нуклеопорин-специфическими повторами FG, которые активируют транскрипцию и опосредуют онкогенность NUP98-HOXA9». Мол. Клетка. Биол. 19 (1): 764–76. Дои:10.1128 / mcb.19.1.764. ЧВК  83933. PMID  9858599.
• Фонтура Б.М., Блобель Г., Матунис М.Дж. (1999). «Консервативный путь биогенеза для нуклеопоринов: протеолитический процессинг 186-килодальтонного предшественника генерирует Nup98 и новый нуклеопорин, Nup96». J. Cell Biol. 144 (6): 1097–112. Дои:10.1083 / jcb.144.6.1097. ЧВК  2150585. PMID  10087256.
• Притчард К.Э., Форнерод М., Каспер Л.Х., ван Дерсен Дж. М. (1999). «RAE1 представляет собой фактор экспорта мРНК, который связывается с GLEBS-подобным мотивом NUP98 в комплексе ядерной поры через несколько доменов».. J. Cell Biol. 145 (2): 237–54. Дои:10.1083 / jcb.145.2.237. ЧВК  2133102. PMID  10209021.
• Ахуджа Х.Г., Феликс К.А., Аплан П.Д. (1999). «Хромосомная транслокация t (11; 20) (p15; q11), связанная с терапевтическим миелодиспластическим синдромом, приводит к слиянию NUP98-TOP1». Кровь. 94 (9): 3258–61. Дои:10.1182 / кровь.V94.9.3258. PMID  10556215.
• Бачи А., Браун И. К., Родригес Дж. П., Панте Н., Риббек К., фон Коббе К., Кутай Ю., Вильм М., Герлих Д., Кармо-Фонсека М., Изаурральде Е. (2000). «С-концевой домен TAP взаимодействует с комплексом ядерной поры и способствует экспорту специфических CTE-несущих РНК-субстратов». РНК. 6 (1): 136–58. Дои:10.1017 / S1355838200991994. ЧВК  1369901. PMID  10668806.
• Фонтура Б.М., Блобель Г., Ясин Н.Р. (2000). «Нуклеопорин Nup98 представляет собой сайт для обмена GDP / GTP при запуске и прекращении ядерного импорта кариоферина бета 2». J. Biol. Chem. 275 (40): 31289–96. Дои:10.1074 / jbc.M004651200. PMID  10875935.
• Родригес Дж. П., Ситтерлин Д., Бачи А., Ву Х, Вильм М., Кармо-Фонсека М., Изаурральде Е. (2000). «Матричный белок вируса везикулярного стоматита ингибирует экспрессию гена клетки-хозяина, нацеливаясь на нуклеопорин Nup98». Мол. Клетка. 6 (5): 1243–52. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 00120-9. PMID  11106761.
• Hofmann W, Reichart B, Ewald A, Müller E, Schmitt I, Stauber RH, Lottspeich F, Jockusch BM, Scheer U, Hauber J, Dabauvalle MC (2001). «Требования к кофактору для ядерного экспорта Rev response element (RRE) - и конститутивного транспортного элемента (CTE) -содержащих ретровирусных РНК. Неожиданная роль актина». J. Cell Biol. 152 (5): 895–910. Дои:10.1083 / jcb.152.5.895. ЧВК  2198816. PMID  11238447.