C1orf141 - C1orf141

Открытая рамка считывания хромосомы 1 141, или же C1orf141 это белок который у людей кодируется ген C1orf141.[1] Это белок-предшественник, который становится активным после расщепления.[2] Функция еще не совсем понятна, но рекомендуется использовать ее во время разработки.[3]

Ген

Locus

Этот ген расположен на хромосома 1 в позиции 1p31.3. Он закодирован на антисмысловая нить ДНК охватывает от 67 092 176 до 67 141 646 и имеет 10 общих экзоны. Он немного перекрывается с геном IL23R, кодируемым на чувственная нить.[1]

Хромосома 1 охватывает от 66 924 895 до 67 267 726.[1]

Регулирование транскрипции

Особый промоутер регион не был предсказан для C1orf141, поэтому 1000 пар оснований до начала транскрипция анализировали на сайты связывания факторов транскрипции.[4] В факторы транскрипции ниже представлены подмножество сайтов связывания факторов транскрипции, обнаруженных в этой области, которые дают представление о типах факторов, которые могут связываться с промотором.[4]

мРНК

Альтернативная сварка

Ген C1orf141, по-видимому, имеет два общих изоформы и семь менее распространенных варианты расшифровки.[1]

C1orf141 Изоформы
ИмяДлина мРНК (пары оснований)Длина белка (аминокислоты)
C1orf141 Изоформа 12177400
C1orf141 Изоформа 22203217
C1orf141 Изоформа X12348471
C1orf141 Изоформа X22265458
C1orf141 Изоформа X31875333
C1orf141 Изоформа X4920243
C1orf141 Изоформа X5612154
C1orf141 Изоформа X6639146
C1orf141 Изоформа X7514138

Протеин

Первичное кодирование белок-предшественник (C1orf141 Isoform 1) состоит из 400 аминокислота остатков и имеет длину 2177 пар оснований. Он состоит из 7 экзонов и область неизвестной функции DUF4545.[5] Его прогнозируемая молекулярная масса составляет 54,4 кДа, а прогнозируемая изоэлектрическая точка - 9,63.[6]

Сочинение

Концептуальный перевод C1orf141, который показывает прогнозируемые посттрансляционные модификации.

Белок-предшественник C1orf141 имеет больше лизин аминокислотные остатки и менее глицин аминокислотных остатков, чем ожидалось, по сравнению с другими белками человека. Последовательность содержит 11,7% лизина и только 2,1% глицина.[6]

Посттрансляционные модификации

C1orf141 - это измененный перевод сообщения с образованием зрелого белкового продукта. Он подвергается О-связанное гликозилирование, сумоилирование, гликирование, и фосфорилирование.[7][8][9][10] Один N-концевой происходит расщепление с последующим ацетилирование. Пропептидное расщепление происходит в стартовом участке последнего экзона.[2]

Модель третичной структуры человеческого белка-предшественника C1orf141, предсказанная I-TASSER.[11]

Структура

В вторичная структура для нерасщепленного C1orf141 состоит в основном из альфа спирали с несколькими небольшими сегментами бета-листы. Эти спирали можно увидеть на модели третичная структура предсказано программой I-ТАССЕР.[11] Программа Phyre2 также предсказывает, что белок состоит в основном из альфа-спиралей.[12] I-TASSER предсказывает, что после отщепления C1orf141 пропептидом остаются только альфа-спирали.

Взаимодействия

В настоящее время нет экспериментально подтвержденных взаимодействий для C1orf141. База данных STRING для белковых взаимодействий идентифицировала десять потенциальных белков, которые взаимодействуют с C1orf141 через интеллектуальный анализ текста.[13] К ним относятся СОЛЬ 1, C8orf74, SHCBP1L, ACTL9, RBM44, CCDC116, ADO, WDR78, ZNF365, SPATA45.[14][15][16][17] Изучив документы, в которых были обнаружены эти предсказания взаимодействия, прочная связь не была ясна ни для одного из идентифицированных белков.

Выражение

Данные по экспрессии C1orf141 из проекта нормальных тканей HPA RNA-Seq.[3]

C1orf141 экспрессируется в 30 различных тканях, но прежде всего в яички.[1] Другие ткани, где выражение выше базового уровня - мозг, легкие, и яичники.[3]

Локализация

В субклеточная локализация для C1orf141 прогнозируется ядро. Внутри белковой последовательности есть два сигнала ядерной локализации, один из которых остается после расщепления пропептида.[18]

Функция

Функция C1orf141 еще полностью не изучена и не подтверждена экспериментально. Однако данные по экспрессии показывают, что белок активен в некоторых стадии развития. РНК-Seq данные, полученные на разных стадиях развития, показывают выраженность на разных уровнях повсюду.[3] Показатели экспрессии видны на более высоких уровнях в плод стадии развития, чем взрослый в профиле белка ETS.[19] Микрочип данные для кучевые клетки во время естественных и стимулированных экстракорпоральное оплодотворение показывают относительно высокий уровень экспрессии.[20] Нет значительного изменения в экспрессии при болезненных состояниях тканей у взрослых.[19]

Гомология

Паралоги

Нет паралоги для C1orf141[21]

Ортологи

Ортологические последовательности видны прежде всего в других млекопитающее разновидность. Самый далекий ортолог идентифицированный с помощью поиска NCBI BLAST, является Рептилоид видов, но это единственный вид, не относящийся к млекопитающим.[21] Этот список содержит подмножество видов, идентифицированных как ортологи, чтобы показать разнообразие видов, в которых можно найти ортологи. Каждый вид сравнивали с изоформой C1orf141 человека, которая включает каждый кодирующий экзон, изоформу X1.[1]

C1orf141 Ортологи
Род и видРаспространенное имяТаксономическая группаРегистрационный номерДата расхождения (миллионы лет)Длина последовательности (аминокислоты)Идентичность последовательностиСходство последовательности
Homo sapiensЧеловекПримасXP_011539768.10471100%100%
Горилла горилла гориллаЗападная равнинная гориллаПримасXP_018892062.18.6146997%98%
Отолемур гранаттийСеверный Большой ГалагоПримасXP_023365656.18445759%70%
Тупая китайскаяСеверная ДеревушкаScandentiaXP_006171456.18846862%74%
Ориктолаг

куникус

Европейский кроликЗайцеобразныеXP_017201685.18847056%68%
Fukomys damarensisДамаралендская кротовая крысаRodentiaXP_010603404.18847954%66%
Шиншилла ланигераДлиннохвостая шинциллаRodentiaXP_013369940.19447650%65%
Охотона принцепсАмериканская пищухаЗайцеобразныеXP_012783463.19445050%67%
Miniopterus natalensisНатальская длиннопалая летучая мышьРукокрылыеXP_016064273.19439063%72%
Panthera pardusЛеопардХищникXP_019304485.19445062%74%
Энхидра лутрис кеньониМорская выдраХищникXP_022351992.19445162%74%
Balaenoptera acutorostrata scammoniМалый полосатик китКитообразныеXP_007164359.19443260%60%
Дельфинаптер левкасБелугаКитообразныеXP_022436606.19443259%72%
Sus scrofaДикий кабанCetartiodactylaXP_005656203.19444256%70%
Pteropus vampyrusБольшая летучая лисицаРукокрылыеXP_011367916.19447056%68%
Овис ОвенОвцаCetartiodactylaXP_012026840.19443155%69%
Bos taurusКрупный рогатый скотCetartiodactylaNP_001070559.19443054%69%
Condylura cristataЗвездоносый кротEulipotyphlaXP_012577585.19443252%64%
Desmodus rotundusОбычная летучая мышь-вампирРукокрылыеXP_024421106.19439848%59%
Sarcophilus harrisiiТасманский дьяволМарсупиалаXP_012405605.116035643%63%
Phascolarctos cinereusКоалаМарсупиалаXP_020848724.116020429%50%
Monodelphis domesticaСерый короткохвостый опоссумМарсупиалаXP_007480481.116052425%48%
Погона виттицепсЦентральный Бородатый ДраконРептилииXP_020661721.132050128%54%

Эволюционная история

С использованием Гипотеза молекулярных часов значение m (число исправленных аминокислотных замен на 100 остатков) было рассчитано для C1orf141 и нанесено на график в зависимости от дивергенции видов. По сравнению с тем же графиком значений m для гемоглобин, альфа-цепь фибриногена, и цитохром с очевидно, что ген C1orf141 развивается быстрее, чем все три.

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж "Открытая рамка считывания 141 хромосомы 1 C1orf141 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-03.
  2. ^ а б «Сервер ProP 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-03.
  3. ^ а б c d "Экспрессия гена C1orf141 - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-03.
  4. ^ а б "Genomatix: подзадачи Gene2Promoter". www.genomatix.de. Получено 2019-05-03.
  5. ^ «Ген C1orf141 (кодирование белка)». www.genecards.org. Получено 2019-05-03.
  6. ^ а б «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-03.
  7. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  8. ^ "Программа анализа SUMOplot ™ | Abgent". www.abgent.com. Получено 2019-05-05.
  9. ^ "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  10. ^ «Сервер NetPhos 3.1». www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  11. ^ а б «Итоги I-TASSER». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2019-05-03.
  12. ^ "Сервер распознавания складок PHYRE2". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2019-05-03.
  13. ^ «Белок C1orf141 (человек) - сеть взаимодействия STRING». string-db.org. Получено 2019-05-03.
  14. ^ Саммут, Стивен Дж .; Файхтингер, Юлия; Стюарт, Николас; Wakeman, Jane A .; Ларкомб, Ли; Макфарлейн, Рамзи Дж. (06.05.2014). «Новая когорта генов биомаркеров рака яичка, выявленная посредством метаанализа наборов клинических данных». Онкология. 1 (5): 349–359. Дои:10.18632 / oncoscience.37. ISSN  2331-4737. ЧВК  4278308. PMID  25594029.
  15. ^ Свами, Мира (2014). «Полногеномное исследование ассоциации выявило три новых локуса восприимчивости к меланоме». Природа Медицина. 17 (11): 1357. Дои:10,1038 / 2568 нм. ISSN  1078-8956.
  16. ^ Лу, Вейнинг; Кинтеро-Ривера, Фабиола; Фан, Янли; Alkuraya, Fowzan S .; Донован, Диана Дж .; Си Цюнчао; Турбе-Доан, Анник; Ли, Цин-Ган; Кэмпбелл, Крейг Г. (2007). «Гаплонедостаточность NFIA связана с синдромом порока развития ЦНС и дефектами мочевыводящих путей». PLoS Genetics. 3 (5): e80. Дои:10.1371 / journal.pgen.0030080. ISSN  1553-7390. ЧВК  1877820. PMID  17530927.
  17. ^ Яо, Фанг; Чжан, Чи; Ду, Вэй; Лю, Чао; Сюй, Инь (2015-09-16). «Идентификация сигнатур экспрессии генов и белковых маркеров для оценки и определения стадии рака груди». PLOS ONE. 10 (9): e0138213. Bibcode:2015PLoSO..1038213Y. Дои:10.1371 / journal.pone.0138213. ISSN  1932-6203. ЧВК  4573873. PMID  26375396.
  18. ^ «Добро пожаловать на psort.org !!». www.psort.org. Получено 2019-05-03.
  19. ^ а б "Профиль EST - Hs.666621". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-03.
  20. ^ «Модифицированные естественные и стимулированные циклы экстракорпорального оплодотворения: клетки кумулюса - - Наборы данных GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-03.
  21. ^ а б "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-03.