TMEM126B - TMEM126B
TMEM126B | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | TMEM126B, HT007, трансмембранный белок 126B | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | OMIM: 615533 MGI: 1915722 ГомолоГен: 10222 Генные карты: TMEM126B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) |
| ||||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | н / д | Chr 7: 90.47 - 90.48 Мб | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Трансмембранный белок 126B это белок что у людей кодируется TMEM126B ген.[4][5] TMEM126B - митохондриальный трансмембранный белок который является компонентом комплекса сборки митохондриального комплекса I. В TMEM126B ген законсервирован у млекопитающих.[6] Кодируемый белок служит фактором сборки, который необходим для образования мембранного плеча комплекса. Он взаимодействует с НАДН дегидрогеназа Фактор сборки субкомплекса [убихинон] 1 альфа 13. Встречается в природе мутации в этом гене связаны с изолированным дефицитом комплекса I. А псевдоген этого гена был определен на хромосома 9.[4]
Структура
TMEM126B расположен на q рука из хромосома 11 в позиции 14.1 и имеет 7 экзоны.[4] В TMEM126B ген продуцирует белок 4,6 кДа, состоящий из 54 аминокислоты.[7][8]Это часть митохондриальный комплекс I сборочный (MCIA) комплекс, состоящий из NDUFAF1, ECSIT, и ACAD9 (по сходству). Он ассоциируется с промежуточным субкомплексом 370 кДа не полностью собранного комплекса I.[9] Комплекс I состоит из 45 эволюционно консервативных ядерных субъединиц, включая обе митохондриальная ДНК и субъединицы, кодируемые ядром. Одно из его плеч встроено в внутренняя мембрана митохондрий, а другой встроен в органелла. Два плеча расположены в L-образной конфигурации. Общая молекулярный вес площади комплекса составляет 1МДа.[10] Карикатурное изображение предполагаемой ориентации TMEM126B внутри клеточной мембраны, ориентировочно на основе фосфорилирование[11] и данные гидрофобности[12] показано ниже.
Функция
В TMEM126B ген кодирует митохондриальный трансмембранный белок который является компонентом комплекса сборки митохондриального комплекса I. Кодируемый белок служит фактором сборки, который необходим для образования мембранного плеча комплекса.[4] TMEM126B совместим с другими факторами сборки, включая ACAD9, CIA30, и ECSIT. В отсутствие TMEM126B такие факторы сборки не использовались в митохондриальная мембрана, и в сложной I сборке не участвовал. Известно, что дисфункция TMEM126B вызывает несколько осложнений в комплексе I, характеризующихся серьезными трудностями в митохондриальное дыхание и полный отказ сложной I сборки. Однако не известно, что он оказывает существенное влияние на ансамбли митохондриальных комплексов III, IV и V.[13]
Клиническое значение
Мутации в TMEM126B как известно, приводит к митохондриальным заболеваниям и связанным с ними нарушениям. Это в основном связано с дефицитом комплекса I, дефицитом первого комплекса митохондриальная дыхательная цепь.[4] Дефицит комплекса I, связанный с дисфункцией митохондриальная дыхательная цепь может вызывать широкий спектр клинических проявлений от летального неонатального заболевания до нейродегенеративных расстройств у взрослых. Фенотипы включают макроцефалия с прогрессивным лейкодистрофия, неспецифический энцефалопатия, кардиомиопатия, Синдром Ли, миопатия, болезнь печени, Наследственная оптическая нейропатия Лебера, и некоторые формы болезнь Паркинсона.[9] Помимо дефицита комплекса I, TMEM126B мутации также показывают связь с тяжелыми мультисистемными расстройствами в младенчестве, такими как хронические почечная недостаточность и кардиомиопатия, и миопатия в детстве или в зрелом возрасте.[13]
Открытие
TMEM126B был впервые обнаружен при изучении экспрессии белка в тканях гипоталамус -гипофиз -надпочечник ось с использованием полного кДНК клонирование.[5] С тех пор он был обнаружен в других тканях.[14]
Ген
TMEM126B находится на хромосома 11 у человека, между которыми находятся следующие гены:[15]
- DLG2: Член мембраносвязанного гуанилаткиназа семья.
- TMEM126A: Паралог TMEM126B, выраженный в митохондрии.[16]
- CREBZF: Также известен как Белок чжанфэй, а белок который взаимодействует с Вирус простого герпеса.[17]
Перевод
Концептуальный перевод белка TMEM126B, включая проекцию вторичная структура,[18] предсказания трансмембранных регионов,[12] и предполагаемое фосфорилирование[11] и сайты гликирования[19] включен ниже:
Распределение тканей
TMEM126B экспрессируется в большинстве ткань типы, за заметными исключениями жировая ткань, ухо ткань, гортань, лимфа ткань, нерв ткань, гипофиз, селезенка, вилочковая железа, щитовидная железа, трахея, и пуповина.[20] Это также, по-видимому, сильно выражено в паращитовидная железа, Костный мозг, и мочевой пузырь ткань.[20] Есть также свидетельства того, что один из изоформы TMEM126B выражается в клеточная мембрана из В-клетки памяти из адаптивная иммунная система.[21]
Прогнозируемые свойства
Следующие свойства TMEM126B были предсказаны с использованием биоинформатический анализ:
- Молекулярный вес: 22,7 кДал [22]
- Изоэлектрическая точка: 9.02[23]
- TMEM126B ортологи имеют сильно изменчивые изоэлектрические точки.[23]
- Посттрансляционная модификация: несколько возможных сайты фосфорилирования были обнаружены,[11] и пара возможных сайты гликирования были предсказаны[19]
- Нет сигнальный пептид было предсказано.[24]
Взаимодействия
Помимо ко-субъединиц для комплекса I, TMEM126B имеет белок-белковые взаимодействия с ECSIT, NDUFAF1, NDUFC2, NDUFA13, и другие.[9]
Рекомендации
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030614 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б c d е «Ген Энтреза: трансмембранный белок 126B».
- ^ а б Ху РМ, Хан З.Г., Сонг ХД, Пэн Ю.Д., Хуанг К.Х., Рен С.Х. и др. (Август 2000 г.). «Профили экспрессии генов в оси гипоталамус-гипофиз-надпочечники человека и клонирование полноразмерной кДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (17): 9543–8. Bibcode:2000PNAS ... 97.9543H. Дои:10.1073 / pnas.160270997. ЧВК 16901. PMID 10931946.
- ^ «Результаты HomoloGene: трансмембранный белок TMEM126B 126B».
- ^ Zong NC, Li H, Li H, Lam MP, Jimenez RC, Kim CS и др. (Октябрь 2013). «Интеграция биологии кардиального протеома и медицины с помощью специализированной базы знаний». Циркуляционные исследования. 113 (9): 1043–53. Дои:10.1161 / CIRCRESAHA.113.301151. ЧВК 4076475. PMID 23965338.
- ^ Яо, Даниэль. "Атлас кардиоорганических белков" База знаний (COPaKB) - Информация о белках ". amino.heartproteome.org. Получено 2018-07-27.
- ^ а б c «Комплекс I сборочного фактора TMEM126B, митохондриальный». www.uniprot.org. Получено 2018-07-27.
- ^ Райн В.Ф., Кэрролл Дж., Динг С., Фернли И.М., Уокер Дж. Э. (июль 2016 г.). «NDUFAF5 гидроксилаты NDUFS7 на ранней стадии сборки человеческого комплекса I». Журнал биологической химии. 291 (28): 14851–60. Дои:10.1074 / jbc.M116.734970. ЧВК 4938201. PMID 27226634.
- ^ а б c "Прогнозы NetPhos 2.0 для TMEM126B".
- ^ а б Перссон Б., Аргос П. (март 1994 г.). «Прогнозирование трансмембранных сегментов в белках с использованием множественного выравнивания последовательностей». Журнал молекулярной биологии. 237 (2): 182–92. Дои:10.1006 / jmbi.1994.1220. PMID 8126732.
- ^ а б Alston CL, Compton AG, Formosa LE, Strecker V, Oláhová M, Haack TB и др. (Июль 2016 г.). «Двуаллельные мутации в TMEM126B вызывают серьезный дефицит комплекса I с различным клиническим фенотипом». Американский журнал генетики человека. 99 (1): 217–27. Дои:10.1016 / j.ajhg.2016.05.021. ЧВК 5005451. PMID 27374774.
- ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, et al. (Декабрь 2002 г.). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
- ^ «TMEM126B в Map Viewer».
- ^ «Ген Entrez: трансмембранный белок TMEM126A 126A».
- ^ «Протеин OMIM Zhangfei».
- ^ Берджесс А. В., Поннусвами П. К., Шерага Н. А. (1974). «Анализ конформации аминокислотных остатков и прогноз топографии остова в белках». Израильский химический журнал. 12 (1–2): 239–286. Дои:10.1002 / ijch.197400022.
- ^ а б "Прогнозы NetGlycate 1.0 для TMEM126B".
- ^ а б "Профиль EST - Hs.525063".
- ^ «КЛЕТКИ, ПРИНАДЛЕЖАЩИЕ АДАПТИВНОЙ ИММУННОЙ СИСТЕМЕ, ВЫРАЖАЮЩИЕ PAQ ISOFORM OF TMEM126B».
- ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК 48584. PMID 1549558.
- ^ а б «Программа PI (прогнозирование изоэлектрической точки)». Архивировано из оригинал на 2008-10-26.
- ^ Бендцен Дж. Д., Нильсен Х., фон Хейне Г., Брунак С. (июль 2004 г.). «Улучшенное предсказание сигнальных пептидов: SignalP 3.0». Журнал молекулярной биологии. 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784. Дои:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320.
дальнейшее чтение
- Киль Д.П., Демисси С, Дюпюи Дж., Лунетта К.Л., Мурабито Дж. М., Карасик Д. (сентябрь 2007 г.). «Общегеномная связь с костной массой и геометрией в исследовании сердца во Фрамингеме». BMC Medical Genetics. 8 Приложение 1: S14. Дои:10.1186 / 1471-2350-8-S1-S14. ЧВК 1995606. PMID 17903296.
- Estrada K, Krawczak M, Schreiber S, van Duijn K, Stolk L, van Meurs JB, Liu F, Penninx BW, Smit JH, Vogelzangs N, Hottenga JJ, Willemsen G, de Geus EJ, Lorentzon M, von Eller-Eberstein H , Lips P, Schoor N, Pop V, de Keijzer J, Hofman A, Aulchenko YS, Oostra BA, Ohlsson C, Boomsma DI, Uitterlinden AG, van Duijn CM, Rivadeneira F, Kayser M (сентябрь 2009 г.). «Полногеномное ассоциативное исследование северо-западных европейцев включает сигнальный путь натрийуретического пептида С-типа в этиологии изменения роста человека». Молекулярная генетика человека. 18 (18): 3516–24. Дои:10.1093 / hmg / ddp296. ЧВК 2729669. PMID 19570815.