Ретровирусная аспартил протеаза - Retroviral aspartyl protease
| Ретровирусная аспартил протеаза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Протеаза ВИЧ-1 димер в белом и сером цвете, с пептидом субстрат в черном и активный сайт боковые цепи аспартата красного цвета. (PDB: 1KJF) | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | RVP | ||||||||
| Pfam | PF00077 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR001995 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00128 | ||||||||
| МЕРОПЫ | A2 | ||||||||
| SCOP2 | 1ida / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| OPM суперсемейство | 100 | ||||||||
| Белок OPM | 2q63 | ||||||||
| Мембранома | 532 | ||||||||
| |||||||||
Ретровирусные аспартилпротеазы или же ретропепсины являются одним доменом аспартил протеазы из ретровирусы, ретротранспозоны, и баднавирусы (растение дцДНК вирусы). Эти протеазы обычно являются частью более крупного pol или gag полипротеин. Ретровирусные протеазы гомологичны одному домену двухдоменного эукариотического аспартил протеазы Такие как пепсины, катепсины, и ренины (Pfam PF00026; MEROPS A1). Ретропепсины являются членами MEROPS A2, клан AA. Все известные участники эндопептидазы.
Фермент активен только как гомодимер, поскольку каждый из них соответствует половине эукариотического двухлепесткового фермента. Каждая из двух частей вносит один каталитический аспартильный остаток.[1]
Ретровирусная аспартил протеаза синтезируется как часть ПОЛ полипротеин который содержит аспартил протеаза, а обратная транскриптаза, РНКаза H и интегрировать. Полипротеин POL подвергается специфическому ферментативному расщеплению с образованием зрелых белков.
Не все ретровирусные аспартилпротеазы, полученные из pol ретропепсины в строгом смысле слова. Спумапепсин от пенистый вирус достаточно расходится, чтобы получить собственное семейство MEROPS A9. Многие другие примеры можно найти в клане AA.
Белки человека, содержащие этот домен
Рекомендации
- ^ Петтит С.К., Эверитт Л.Е., Чоудхури С., Данн Б.М., Каплан А.Х. (август 2004 г.). «Первоначальное расщепление предшественника вируса иммунодефицита человека типа 1 GagPol его активированной протеазой происходит по внутримолекулярному механизму». Журнал вирусологии. 78 (16): 8477–85. Дои:10.1128 / JVI.78.16.8477-8485.2004. ЧВК 479095. PMID 15280456.
