Podoviridae - Podoviridae

Podoviridae
Podoviridae.svg
Типичная структура подовируса
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство:Дуплоднавирия
Королевство:Heunggongvirae
Тип:Уровирикота
Класс:Caudoviricetes
Порядок:Caudovirales
Семья:Podoviridae
Подсемейства и роды

см текст

Podoviridae это семья вирусы в порядке Caudovirales. Бактерии служат естественными хозяевами. В настоящее время это семейство насчитывает 132 вида, разделенных на 3 подсемейства и 45 родов.[1][2] Для этого семейства характерны очень короткие несокращающиеся хвосты.

Структура

Электронная микрофотография подовируса ΦCP7R Clostridium perfringens.
Геномы некоторых подовирусов Clostridium perfringens

Вирусы в Podoviridae без оболочки, с геометрией икосаэдра и головы-хвоста. Диаметр около 60 нм,[1] и состоит из 72 капсомеров. Головной белок имеет молекулярную массу ~ 38 килодальтон и присутствует в количестве 460 копий на вирион. Есть 9 структурных белков. Хвост не сократительный и имеет 6 коротких субтерминальных волокон. Он толстый, имеет форму стержня и состоит из дисков, уложенных друг на друга. Максимальная длина ~ 17 нм.

Геном двухцепочечной ДНК является линейным, длиной около 40-42 килобайт,[1] и кодирует ~ 55 генов. В гуанин + цитозин содержание ~ 50%. Он имеет окончательно повторяющиеся последовательности и не переставляется. По весу геном составляет ~ 50% вирона. Геном кодирует 9 структурных белков, ДНК-полимеразу аденилированной трансферазы типа B и РНК-полимеразу. Три внутренних белка составляют полимеразный комплекс. Различают два класса генов (ранние и поздние). Эта классификация основана на времени транскрипции, которая регулируется во времени. Гены со связанными функциями сгруппированы вместе. Репликация генома двунаправленная.

Жизненный цикл

Репликация вируса происходит в цитоплазме. Попадание в хозяйскую клетку достигается путем адсорбции в хозяйской клетке. Репликация следует модели смещения цепи ДНК. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Вирус покидает клетку-хозяина путем лизиса и белков холина / эндолизина / спанина. Бактерии служат естественным хозяином. Пути передачи - пассивное распространение.[1]

Таксономия

Роды этого семейства имеют ~ 40% гомологии между соответствующими белками. Подсемейства имеют ~ 20% гомологии между соответствующими белками.

Выделяются следующие подсемейства и их роды (-virinae обозначает подсемейство и -вирус обозначает род):[2]

Следующие роды не относятся к подсемейству:[2]

Следующие виды не отнесены к роду:[2]

Предлагаемые роды

Следующие роды были предложены, но в настоящее время не ратифицированы Международным комитетом по таксономии вирусов:[3][4][5][6][7][8]

  • Род 119xlikevirus; типовой вид: Фаг Pseudomonas 119X
    • Виды:
      • Фаг Pseudomonas 119X
  • Род Cba40unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi40: 1
    • Виды:
      • Фаг целлулофага phi40: 1
      • Фаг целлулофага phi38: 1
  • Род Cba183likevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi18: 3
    • Виды:
      • Фаг целлулофага phi18: 3
      • Фаг Cellulophaga phi13: 2
      • Фаг целлулофага phi19: 3
      • Фаг целлулофага phi46: 3
  • Род Cba142likevirus; типовой вид: Фаг Cellulophaga phi14: 2
    • Виды:
      • Фаг Cellulophaga phi14: 2
  • Род Cba4unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi4: 1
    • Виды:
      • Фаг Cellulophaga phi4: 1
      • Фаг Cellulophaga phi17: 2
  • Род Cpvunalikevirus; типовой вид: Clostridium фаг CpV1
    • Виды:
      • Clostridium фаг CpV1
  • Род Gap227likevirus; типовой вид: Фаг Cronobacter vB CsaP GAP227
    • Виды:
      • Фаг Cronobacter vB CsaP GAP227
      • Фаг иерсиний phiR8-01
      • Иерсиний фаг phi80-18
      • Фаг Aeromonas phiAS7
  • Род P60likevirus (синонимы = подгруппа морских пикоцианобактерий Podovirus или подгруппа MPP); типовой вид: Synechococcus фаг P60
    • Виды:
      • Synechococcus фаг P60
  • Род pelagiphages (неофициальный); типовой вид: Фаг пелагибактера HTVC010P
    • Виды:
      • Фаг пелагибактера HTVC010P MAR122
      • Фаг пелагибактера HTVC010P MAR123
      • Фаг пелагибактера HTVC010P MAR124
  • Род Vp2likevirus; типовой вид: Вибриофаг VP2
    • Виды:
      • Вибриофаг VP2
  • Род Ys6unalikevirus; типовой вид: Фаг Weissella phiYS61
    • Виды:
      • Фаг Weissella phiYS61

В 2017 году предлагалось добавить crAssphage в эту семью.[9]

использованная литература

  1. ^ а б c d «Вирусная зона». ExPASy. Получено 1 июля 2015.
  2. ^ а б c d «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 4 мая 2020.
  3. ^ Lavigne, R .; Seto, D .; Mahadevan, P .; Ackermann, H.W .; Кропинский, А. М. (2008). «Объединение классической и молекулярной таксономической классификации: анализ Podoviridae с использованием инструментов на основе BLASTP». Исследования в области микробиологии. 159 (5): 406–14. Дои:10.1016 / j.resmic.2008.03.005. PMID  18555669.
  4. ^ Аббасифар Р., Кропински А.М., Сабур П.М., Аккерманн Х.В., Аланис Вилла А, Аббасифар А, Гриффитс М.В. (2013). "Геном Cronobacter sakazakii Бактериофаг vB_CsaP_GAP227 предлагает новый род в пределах Autographivirinae ». Объявление о геноме. 1 (1). Дои:10.1128 / геномA.00122-12. ЧВК  3569369. PMID  23409275.
  5. ^ Лабри С.Дж., Фруа-Мониз К., Осборн М.С., Келли Л., Роггенсак С.Е., Салливан МБ, Герин Дж., Зенг К., Фицджеральд М., Хенн М.Р., Чизхолм С.В. (2013). «Геномы морских цианоподовирусов обнаруживают множественное происхождение разнообразия» (PDF). Environ. Микробиол. 15 (5): 1356–76. Дои:10.1111/1462-2920.12053. HDL:1721.1/78852. PMID  23320838.
  6. ^ Kleppen HP, Holo H, Jeon SR, Nes IF, Yoon SS (2012) Новый бактериофаг семейства Podoviridae, заражающий Weissella cibaria изолирован от кимчи. Appl Environ Microbiol Дои:10.1128 / AEM.00031-12
  7. ^ Mizuno, C.M .; Родригес-Валера, Ф .; Kimes, N.E .; Гай Р. (2013). «Расширение морской виросферы с помощью метагеномики». PLOS Genetics. 9 (12): e1003987. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003987. ЧВК  3861242. PMID  24348267.
  8. ^ Holmfeldt, K .; Солоненко, Н .; Shah, M .; Corrier, K .; Riemann, L .; Verberkmoes, N.C .; Салливан, М. Б. (2013). «Двенадцать ранее неизвестных родов фагов повсеместно распространены в мировом океане». Труды Национальной академии наук. 110 (31): 12798–12803. Дои:10.1073 / pnas.1305956110. ЧВК  3732932. PMID  23858439.
  9. ^ Наталья Ютина, Кира С. Макарова, Айял Б. Гуссов, Март Крупович, Анка Сегалл, Роберт А. Эдвардс и Евгений В. Кунин: Открытие обширного семейства бактериофагов, которое включает самые распространенные вирусы из кишечника человека., in: Nature Microbiology3, pages 38–46 (2018), опубликовано в Интернете 13 ноября 2017 г., DOI: 10.1038 / s41564-017-0053-у; и Евгений Кунин: За бумагой: самый распространенный вирус, связанный с человеком, больше не является сиротой, 13 ноября 2017 г.

внешние ссылки