Gram домен, содержащий 1b - Gram domain containing 1b
GRAM домен, содержащий 1B, также известный как GRAMD1B, Aster-B и KIAA1201, является белок который закодирован GRAMD1B ген.[5][6] Он содержит трансмембранная область и два домены известной функции; в GRAM домен и VASt домен. Предполагается, что он локализуется в ядре, поддерживаясь несколькими сигналами ядерного транспорта и связанными с ядром мотивами. Этот высококонсервативный ген обнаружен у различных позвоночных и беспозвоночных, но не обнаружен у бактерий или грибов.[7]
Ген
GRAMD1B, также известный как KIAA1201, расположен в геноме человека в 11q24.1.[8] Он расположен на + цепи и окружен множеством других генов. Он охватывает 269 347 баз.[5]
мРНК
Самый проверенный изоформа, изоформа 1, содержит 21 экзон. Существует четыре утвержденных варианта изоформы человеческого GRAMD1B.[5] Они состоят из усеченных 5 ’и 3’ областей, что приводит к потере экзон.
| Изоформа | длина мРНК (п.н.) | Экзоны | Длина белка (аа) | Положение дел |
| 1 | 7927 | 21 | 745 | Подтверждено |
| 2 | 7906 | 20 | 738 | Подтверждено |
| 3 | 7636 | 20 | 698 | Подтверждено |
| 4 | 7561 | 20 | 694 | Подтверждено |
Протеин
GRAMD1B содержит несколько доменов, мотивов и сигналов.
Домены
В GRAMD1B есть два подтвержденных домена. Белок получил свое название от GRAM домен, расположенный примерно в 100 аминокислотах от стартового кодона. Домен GRAM обычно находится в фосфатазы семейства миотубуляринов и преимущественно участвует в связанных с мембранами процессах.[9] GRAMD1B также содержит VASt (VAD1 Аналог переноса липидов, связанного с StAR ) домен. Домен VASt преимущественно связан с липидсвязывающими доменами, такими как GRAM. Скорее всего, он действует при связывании больших гидрофобных лигандов и может быть специфичным для стерол.[10]
Особенности композиции
Есть два кластера отрицательного заряда, расположенные от аминокислот 232-267 и 348-377.[11] Первый кластер не является высококонсервативным и не находится в мотиве или домене. Второй кластер находится непосредственно перед доменом VASt и является консервативным.
Имеются три области повторяющейся последовательности, все в ортологах достаточно консервативны.[11]
| Повторение # | Наборы повторов | Длина (аа) | Место расположения | Оценка сходства |
| 1 | 3 | 18 | В пределах первых 100 аминокислот | 83.44 |
| 2 | 2 | 21 | GRAM домен | 77.22 |
| 3 | 2 | 22 | VASt домен | 67.94 |
Молекулярный вес и изоэлектрическая точка сохраняются в ортологи.
| Область, край | Аминокислоты[5] | Изоэлектрическая точка[12] | Молекулярный вес (кдал)[13] |
| Человеческий GRAMD1B | 745 | pH 6,02 | 86.5 |
| GRAM домен | 94 | pH 8,27 | 11.3 |
| VASt домен | 144 | pH 9,41 | 17.3 |
| Трансмембранная область | 21 | pH 5,18 | 2.3 |
Структура
Зрелый белок содержит два сигналы ядерной локализации, pat4 и pat7.[14] Имеется четыре мотива дилейцина, три из которых расположены внутри или рядом с доменом GRAM.[14] А лейцин молния узор проходит через большую часть трансмембранной области.[14] А СУМОилирование сайт находится сразу после домена VASt.[15] Вторичная структура белков состоит из альфа-спирали, бета-нити и катушки.[16] Бета-нити в основном расположены внутри двух доменов, тогда как альфа-спирали сосредоточены около трансмембранной области. Три дисульфидные связи предсказываются по всему белку.[17]
Субклеточное расположение
Предполагается, что GRAMD1B локализуется в ядре и содержит трансмембранный домен, наиболее вероятно размещая его в мембране ядра.[11]
Выражение
GRAMD1B экспрессируется во множестве тканей. Наиболее сильно он экспрессируется в ткани гонад, надпочечниках, головном мозге и плаценте.[19] Повышает экспрессию при опухолях надпочечников, легких. С точки зрения развития это наиболее выражено в младенчестве. Профиль EST поддерживается экспериментальными данными из нескольких источников.[20]
Гомология
Ортологи
В ортолог пространство для GRAMD1B охватывает большую часть эволюционного времени. GRAMD1B можно найти в млекопитающие, птица, рыбы и беспозвоночные. Его нет в бактерии, археи или же грибы.[7]
| Род виды | Распространенное имя | Регистрационный номер | Дата расхождения (MYA)[21] | Личность[7] |
| Homo sapiens | Человек | NP_001273492.1 | 0 | 100.00% |
| Aotus nancymaae | Ночная обезьяна Нэнси Ма | XP_012325676.1 | 3.2 | 99.00% |
| Папио анубис | Оливковый павиан | XP_017804515.1 | 29.44 | 97.00% |
| Castor canadensis | Бобр | XP_020037170.1 | 90 | 98.00% |
| Octodon degus | Дэнгу | XP_004636450.1 | 90 | 97.00% |
| Pantholops hodgsonii | Тибетская антилопа | XP_005958036.1 | 96 | 99.00% |
| Bos mutus | Отечественный Як | XP_005896826.1 | 96 | 98.00% |
| Tursiops truncatus | Дельфин | XP_019797543 | 96 | 83.00% |
| Элефантулус Эдвардии | Мыс Слоновая землеройка | XP_006895663.1 | 105 | 98.00% |
| Gallus gallus | Курица | XP_015153638.1 | 312 | 93.00% |
| Калипта анна | Колибри Анны | XP_008490701.1 | 312 | 91.00% |
| Pygoscelis adeliae | Пингвин Адели | XP_009331694.1 | 312 | 91.00% |
| Coturnix japonica | Японский перепел | XP_015739426.1 | 312 | 90.00% |
| Анолис каролинский | Каролина Аноль | XP_008111963.1 | 312 | 87.00% |
| Данио Рерио | Зебра Рыба | XP_009303888.1 | 435 | 73.00% |
| Callorhinchus milii | Австралийская акула-призрак | XP_007894251.1 | 473 | 77.00% |
| Branchiostoma belcheri | Ланцетник | XP_019624725.1 | 684 | 40.00% |
| Осьминог бимакулоидный | Калифорнийский осьминог с двумя пятнами | XP_014769036.1 | 797 | 40.00% |
| Lingula anatina | Брахиопод | XP_013415578 | 797 | 38.00% |
| Zootermopsis nevadensis | Термит | KDR17240.1 | 797 | 37.00% |
| Trachymyrmex cornetzi | Муравей | XP_018362289.1 | 797 | 34.00% |
Паралоги
Есть четыре паралога GRAMD1B.[7] Наиболее близким является GRAMD1A а самый далекий ортолог GRAMD2A / GRAMD2.
| Паралог | Длина последовательности | Идентичность последовательности[7] | Дата расхождения (MYA)[21] |
| GRAMD1A | 724 года назад | 46.60% | 421.0 |
| GRAMD1C | 662 аа | 37.90% | 934.7 |
| GRAMD2B / GRAMD3 | 491 аа | 18.50% | 1625.6 |
| GRAMD2A | 353 аа | 16.70% | 1724.2 |
Филогения
GRAMD2 разошелся раньше всех в истории, в то время как последний разделился на GRAMD1A. Скорость дивергенции гена GRAMD1B значительно выше, чем у Фибриноген но не так высоко, как Цитохром с.
Функция
В настоящее время функция GRAMD1B не охарактеризована.
Белковые взаимодействия
Экспериментально подтверждено или предсказано взаимодействие нескольких различных белков с GRAMD1B.[22][23]
| Протеин | Взаимодействие идентифицировано через[22][23] | Функция | Место расположения |
| COPA | Экспериментальный | Связывает дилизин мотивы. Требуется для перехода от Гольджи и ретроградного Гольджи к транспорту ER | систолический |
| SPICE1 | Сбор данных | Шпиндель и центриоль связанный. Регулирует дупликацию центриолей, правильное формирование биполярного веретена и конгрегацию хромосом в митозе | ядерный |
| GTPBP8 | Сбор данных | GTP-связывающий белок | неподтвержденный |
| Ywhae | Совместное осаждение | Адаптерный белок, связанный с регулированием ядерного транспорта в цитоплазму | ядерный |
Клиническое значение
Пометка исследования SNP из хронический лимфолейкоз обнаружил, что GRAMD1B является второй наиболее опасной областью аллеля.[24] Эта ассоциация поддерживается рядом исследований.[25][26] Аберрантное триметилирование гистона H3 лизина 27 вызывает воспаление и, как было показано, увеличивает уровни GRAMD1B в опухолях толстой кишки.[27]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000023171 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000040111 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б c d "Entrez Gene: домен GRAM, содержащий 1B". Получено 2017-02-19.
- ^ "UniProtKB - Q3KR37 (ASTRB_HUMAN)". Получено 6 марта, 2020.
- ^ а б c d е "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2 мая 2017.
- ^ «Ген GRAMD1B - GeneCards | Белок GRM1B | Антитело GRM1B». Генные Карты Человеческий Ген. Получено 2 мая 2017.
- ^ «Белковый домен GRAM».
- ^ "ПРОСТА". prosite.expasy.org. Получено 2 мая 2017.
- ^ а б c «Прогноз PSORT II». PSORT. Получено 2 мая 2017.
- ^ Тольдо Л. «Изоэлектрическая точка обслуживания». Архивировано из оригинал на 2008-10-26.
- ^ «AASTATS: Статистика, основанная на содержании аминокислот, включая вес и удельный объем».[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ а б c «SAPS: Статистический анализ PS».[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «СУМОплот».
- ^ а б «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2 мая 2017.
- ^ "ДиАННА". clavius.bc.edu. Получено 2 мая 2017.
- ^ Реммерт М. «Инструментарий биоинформатики». toolkit.tuebingen.mpg.de. Получено 2 мая 2017.
- ^ а б c "Профиль EST - Hs.144725". www.ncbi.nlm.nih.gov. Schuler Group. Получено 2 мая 2017.
- ^ "GDS1085 / 5768". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2 мая 2017.
- ^ а б «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2 мая 2017.
- ^ а б "STRING: функциональные сети ассоциации белков". string-db.org. Получено 2 мая 2017.
- ^ а б Лаборатория, Майк Тайерс. "GRAMD1B (UNQ3032 / PRO9834) Сводка результатов | BioGRID". thebiogrid.org. Получено 2 мая 2017.
- ^ «Запись OMIM: 612559 - Лейкемия, хронический лимфоцитарный, восприимчивость к, 5». Онлайн-менделевское наследование в человеке (OMIM). Получено 2 мая 2017.
- ^ Lan Q, Au WY, Chanock S, Tse J, Wong KF, Shen M, Siu LP, Yuenger J, Yeager M, Hosgood HD, Purdue MP, Liang R, Rothman N (декабрь 2010 г.). «Генетическая предрасположенность к хроническому лимфолейкозу среди китайцев в Гонконге». Европейский журнал гематологии. 85 (6): 492–5. Дои:10.1111 / j.1600-0609.2010.01518.x. ЧВК 2980583. PMID 20731705.
- ^ Slager SL, Goldin LR, Strom SS, Lanasa MC, Spector LG, Rassenti L, Leis JF, Camp NJ, Kay NE, Vachon CM, Glenn M, Weinberg JB, Rabe KG, Cunningham JM, Achenbach SJ, Hanson CA, Marti GE , Call TG, Caporaso NE, Cerhan JR (апрель 2010 г.). «Варианты генетической предрасположенности к хроническому лимфолейкозу». Эпидемиология, биомаркеры и профилактика рака. 19 (4): 1098–102. Дои:10.1158 / 1055-9965.EPI-09-1217. ЧВК 2852480. PMID 20332261.
- ^ Такэсима Х., Икегами Д., Вакабаяси М., Нива Т., Ким Ю.Дж., Ушидзима Т. (декабрь 2012 г.). «Индукция аберрантного триметилирования лизина 27 гистона H3 путем воспаления в эпителиальных клетках толстой кишки мышей». Канцерогенез. 33 (12): 2384–90. Дои:10.1093 / carcin / bgs294. PMID 22976929.