GDP-манноза 4,6-дегидратаза - GDP-mannose 4,6-dehydratase

GDP-манноза 4,6-дегидратаза
6gpj.jpg
Идентификаторы
Номер ЕС4.2.1.47
Количество CAS37211-59-9
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmiGO / QuickGO

В энзимология, а GDP-манноза 4,6-дегидратаза (ЕС 4.2.1.47 ) является фермент который катализирует то химическая реакция

ВВП-манноза GDP-4-дегидро-6-дезокси-D-манноза + H2О

Следовательно, у этого фермента есть один субстрат, ВВП-манноза, и два товары, GDP-4-дегидро-6-дезокси-D-манноза и ЧАС2О.

Этот фермент принадлежит к семейству лиасы особенно гидролазы, которые расщепляют углерод-кислородные связи. В систематическое название этого класса ферментов GDP-манноза 4,6-гидролиза (формирующая GDP-4-дегидро-6-дезокси-D-маннозу). Другие широко используемые имена включают гуанозин-5'-дифосфат-D-манноза оксидоредуктаза, гуанозиндифосфоманноза оксидоредуктаза, гуанозиндифосфоманноза 4,6-дегидратаза, GDP-D-маннозодегидратаза, GDP-D-манноза 4,6-дегидратаза, Gmd, и GDP-манноза 4,6-гидролиза. Этот фермент участвует в фруктоза и манноза метаболизм. Здесь работает один кофактор, НАД +.

GDP-манноза 4,6-дегидратазная реакция

GDP-D-Mannose.svgФермент GDP-манноза 4,6-дегидратаза находится в лиазе семейство ферментов, в частности гидролазы. Другие используемые названия включают гуанозин-5'-дифосфат-D-манноза оксидоредуктазу, гуанозиндифосфоманнозооксидоредуктазу, гуанозиндифосфоманнозо-4,6-дегидратазу, GDP-D-маннозодегидратазу, GDP-D-манноза 4,6-дегидратазу, GMD и GDP. -манноза 4,6-гидролиза. Фермент является частью пути синтеза GDP-фукозы de novo и катализирует первый этап процесса, который дает нам GDP-фукозу, которая необходима для переноса сахаров фукозы. Его первичная структура содержит 372 аминокислоты. Это важный фермент, поскольку фукоза играет важную роль в клеточном иммунитет и сигнализация. В настоящее время GDP-манноза 4,6-дегидратаза не является мишенью для каких-либо доступных лекарств, однако экспериментально нацелена на это лекарство. Гуанозин-5'-дифосфат. Химическая реакция GDP-манноза 4,6-дегидратазы выглядит следующим образом:

GDP-манноза ↔ GDP-4-дегидро-6-дезокси-D-манноза + H2О

Факторы реакции

Субстрат фермента, на который действует фермент, - это вещество GDP-манноза. Никакие другие субстраты не используют этот фермент для реакций.

Когда фермент подвергается каталитическому процессу, основной продукт получается, когда он превращает GDP-маннозу в GDP-4-дегидро-6-дезокси-D-маннозу, которая затем впоследствии превращается в GDP-фукозу, которая имеет решающее значение для обработки организмом. правильно. Он действует как промежуточный этап между ВВП-маннозой и ВВП-фукозой.

В реакции, которую использует фермент, требуется только один кофактор, соединение, необходимое для активации, которым является НАДФ (+), однако неясно, действительно ли это соединение активирует фермент.

GDP-фукоза - аллостерический ингибитор фермента.[1]

Вот вид пимола на всю структуру фермента GDP-манноза 4,6-дегидратазы.

Путь биосинтеза GDP-фукозы

Фермент GDP-манноза 4,6-дегидратаза присутствует только в одном известном нам пути. Этот путь является зависимым от GDP-маннозы путем de novo, который обеспечивает большую часть тел ВВП-Фукоза в то время как незначительные количества поступают из фукозы в организме.

Здесь мы можем увидеть полную кристаллическую структуру фермента GDP. Используйте эту ссылку, чтобы найти субъединицы фермента http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=1RPN&opt=3 PDB 1rpn

В пути фермент находится в промежуточный этап который превращает GDP-маннозу в GDP-4-дегидро-6-дезокси-D-маннозу, которая затем превращается в GDP-фукозу, которая абсолютно необходима для организма. Продукт этого пути - фукозилтрансферазы который затем используется в другом пути, который создает фукозилированные гликаны, которые используются для передачи сигналов клеток и иммунитета в организме. Фукоза - это дезоксигексоза, которая присутствует в самых разных организмах. У большинства млекопитающих фукозосодержащие гликаны играют важную роль в реакциях переливания крови, адгезии лейкоцитов и эндотелия, опосредованной селектином, взаимодействиях хозяин-микроб и многочисленных онтогенных событиях. Наряду с этим организм использует фукозу в качестве сигнальных ветвей клетки, а также как систему идентификации в иммунитете. Однако фермент работает только на высшем уровне при нормальных условиях организма. Повышенный pH или нагрев могут сильно денатурировать белок, вызывая сбои в работе фермента.

Структура GDP-маннозы 4,6-дегидратазы

Фермент состоит из четырех различных субъединиц. Вот ссылка на трехмерное изображение фермента http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=1RPN&bionumber=1

Структурные исследования

На конец 2007 г. 5 структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1DB3, 1N7G, 1N7H, 1RPN, и 1T2A.

Рекомендации

  1. ^ Аллен, Джон Дж .; Муячич, Мирна; Фрон, Майкл Дж .; Пикрелл, Алекс Дж .; Кодама, Пол; Багал, Дханашри; Сан-Мигель, Тиша; Сикмьер, Э. Аллен; Осгуд, Стив (21.10.2016). «Простая модуляция фукозилирования антител с помощью низкомолекулярных ингибиторов фукостатина и сокристаллической структуры с GDP-манноза 4,6-дегидратазой». ACS Химическая биология. 11 (10): 2734–2743. Дои:10.1021 / acschembio.6b00460. ISSN  1554-8929. OSTI  1330878. PMID  27434622.