C16orf46 - C16orf46

C16orf46 белок
Идентификаторы
Псевдонимы
Внешние идентификаторыГенные карты: [1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

н / д

н / д

Ансамбль

н / д

н / д

UniProt

н / д

н / д

RefSeq (мРНК)

н / д

н / д

RefSeq (белок)

н / д

н / д

Расположение (UCSC)н / дн / д
PubMed поискн / дн / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека
3D-рендеринг C16orf46.[1]

Открытая рамка считывания хромосомы 16 46 белок, функция которого еще предстоит определить Homo sapiens. Он кодируется геном C16orf46 с NCBI инвентарный номер NM_001100873. Это ген, кодирующий белок с перекрывающимся локусом.[2]

Ген

Альтернативное название этого гена - FLJ32702, однако чаще всего его называют C16orf46.[3]

Место расположения

Ген C16orf26 обнаружен на хромосома 16q23.2 отрицательная прядь.[4] В промоутер регион имеет длину 1152 пары оснований.[5] В нем три экзоны, одно от 1 до 380 п.н., второе от 381 до 1254 п.н., а третье от 1255-1982 п.н.[2]

Выражение

C16orf46 широко экспрессируется в яичко и щитовидная железа а также 18 других тканей.[4] Эти паттерны экспрессии в тканях от низкого до среднего (25-50%).[6] При рассмотрении профилей тканей наибольшее выражение проявляется в почка взрослого млекопитающего, печень, префронтальная кора, мозжечок, сердце, и мозг.[7]

Протеин

Иммунофлуоресценция для C16orf46 у кролика.[8]

Анализ белков

Полный белок C16orf46 состоит из 417 аминокислот.[9] Нет изоформы, и его самый дальний ортолог, Ринкодон тип (китовая акула), также не имеет известных изоформ.[10] Молекулярная масса составила 45,8 кДал.[11] В изоэлектрическая точка составляет 7,4, среднее значение для всех белков, а C16orf46 электрически нейтрален.[12]

C16orf46, как ожидается, будет найден в ядро всеми ортологи.[13]

Вторичная структура C16orf46 имеет чередующиеся альфа спирали и бета-листы.[14]

Регулирование уровня белка

В C16orf46 есть N-связанное гликозилирование, О-связанное гликозилирование, и СУМОилирование.[15][16]

Есть сайты фосфорилирования найдено с киназами CKII, CKI, PKC, и cdc2.[17]

А коронавирус сайт расщепления предсказывается в положении 235 аминокислот.[18] Это также тирозин расположение мотивов между аминокислотами 42-45 и 251-252.[19]

Регулирование уровня стенограммы

сворачивание мРНК на 5 'UTR предсказывает стержень петля дважды в области между парами оснований 47-90.[20]

Гомологи

Ортологи

C16orf46 насчитывает более 50 ортологи начиная с примат к хордовый.[21] В приведенной ниже таблице показано разнообразие C16orf46 путем перечисления некоторых из них. ортологи найдено с помощью NCBI. Когда C16orf46 Homo sapiens была проведена с помощью программы множественного выравнивания последовательностей, Clustal Omega, против 20 истинных ортологов и 16 отдаленных ортологов, Trp74 и Pro212 оказались консервативными во всех.[22]

РазновидностьРаспространенное имяДивергенция (MYA)Регистрационный номерЛичность
Homo sapiensЛюди---XP_016878405.1100.0%
Охотона принцепсАмериканская пищуха90XP_004584265.152.7%
Octodon degusОбыкновенный дегу90XP_003434773.247.8%
Ursus maritimusПолярный медведь96XP_008687958.167.5%
Leptonychotes weddelliiПечать Уэдделла96XP_006748170.167.2%
Canis lupusСерый волк96XP_003434773.265.8%
Pteropus vampyrusБольшая летучая лисица96XP_011354946.163.5%
Sus scrofaДикий кабан96XP_020952705.161.5%
Bos indicusЗебу96XP_019835282.160.2%
Erinaceus europaeusЕвропейский ёжик96XP_007516703.156.7%
Loxodonta africanaАфриканский слон-кустарник105XP_010596137.160.9%
Sarcophilus harrisiiТасманский дьявол159XP_003757901.143.1%
Apteryx australisЮжный коричневый киви312XP_013796688.118.5%
Aptenodytes forsteriИмператорский пингвин312XP_019327074.117.4%
Chelonia mydasЗеленая морская черепаха312XP_007059324.129.7%
Gekko japonicusГекко Японикус312XP_015261305.125.3%
Nanorana parkeriВысокая гималайская лягушка352XP_018410908.122.4%
Pygocentrus nattereriКрасная пузатая пиранья435XP_017578196.121.2%
Lepisosteus oculatusПятнистый Гар435XP_015223705.120.6%
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призрак473XP_007887408.122.7%

Паралоги

C16orf46 не знает паралоги.[21]

Мутации

C16orf46 сравнивали с Фибриноген, белок, который быстро мутирует, и Цитохром с, белок, который медленно мутирует.

Как можно увидеть ниже, когда были построены графики нескольких видов трех белков, C16orf46 более напоминал таковой из Фибриноген чем Цитохром с, что указывает на возможную быструю мутацию.[21]

Тенденция C16orf46 по сравнению с фибриногеном и цитохромом C предполагает более высокую скорость мутаций, поскольку она отклоняется от Homo sapiens.

Взаимодействующие белки

C16orf46 взаимодействует с FAT3 который был связан с нейрит взаимодействия во время разработки.[23] Считается, что C16orf46 имеет коэкспрессию с PLAC8L1 и CFAP43 ген, оба неизвестной функции.[24]

Клиническое значение

Существуют более высокие уровни экспрессии C16orf46 в аденокарцинома поджелудочной железы ткань эпителия опухоли по сравнению с контролем.[25] Также наблюдается более высокая экспрессия генов у пациентов с мелкоклеточная карцинома по сравнению с контролем.[26]

Рекомендации

  1. ^ «Итоги I-TASSER». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2018-05-07.[постоянная мертвая ссылка ]
  2. ^ а б "Ген: C16orf46 (OTTHUMG00000137629) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома Vega 68". vega.archive.ensembl.org. Получено 2018-05-07.
  3. ^ База данных, генокарты Human Gene. "Ген C16orf46 - GeneCards | Белок CP046 | Антитело CP046". www.genecards.org. Получено 2018-05-07.
  4. ^ а б "Отчет по символу C16orf46 | Комитет по номенклатуре генов HUGO". www.genenames.org. Получено 2018-05-01.
  5. ^ «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 2018-05-07.
  6. ^ гео. «Главная - ГЕО - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.
  7. ^ «Ген: C16orf46 - ENSG00000166455». bgee.org. Получено 2018-05-07.
  8. ^ «Антитело против C16orf46, продуцируемое кроличьим HPA041136». Иммуногистохимия, иммунофлуоресценция. Получено 2018-05-07.
  9. ^ "не охарактеризованный белок C16orf46 изоформа X1 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.
  10. ^ «не охарактеризованный гомолог белка C16orf46 [Rhincodon typus] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.
  11. ^ Козловский, Лукаш П. «РАСЧЕТ ИЗОЭЛЕКТРИЧЕСКОЙ ТОЧКИ БЕЛКА». isoelectric.org. Получено 2018-05-07.
  12. ^ EMBL-EBI. «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-06.
  13. ^ "WWW-сервер PSORT". psort.hgc.jp. Получено 2018-05-07.
  14. ^ «Инструментарий биоинформатики». toolkit.tuebingen.mpg.de. Получено 2018-05-07.
  15. ^ "Сервер NetNGlyc 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07.
  16. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07.
  17. ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07.
  18. ^ "Сервер NetCorona 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07.
  19. ^ "Справочная база данных белков человека". www.hprd.org. Архивировано из оригинал на 2006-04-24. Получено 2018-05-07.
  20. ^ "Веб-сервер Mfold | mfold.rit.albany.edu". unafold.rna.albany.edu. Получено 2018-05-07.
  21. ^ а б c "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.
  22. ^ EMBL-EBI. "Clustal Omega <Выравнивание множественных последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-07.
  23. ^ Лаборатория, Майк Тайерс. "BioGRID | База данных белковых, химических и генетических взаимодействий". thebiogrid.org. Получено 2018-05-07.
  24. ^ «Белок C16orf46 (человек) - сеть взаимодействия STRING». string-db.org. Получено 2018-05-07.
  25. ^ "GDS4103 / 230281_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.
  26. ^ "GDS4794 / 230281_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.