Замилон вирофаг - Zamilon virophage
| Мимивирус-зависимый вирус Замилон | |
|---|---|
 | |
| Два Замилон вирофаги (вставка) в масштабе с их ассоциированным гигантским вирусом Мегавирус [1] | |
Классификация вирусов  | |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область: | Вариднавирия |
| Королевство: | Bamfordvirae |
| Тип: | Преплазмивирикота |
| Учебный класс: | Maveriviricetes |
| Заказ: | Priklausovirales |
| Семья: | Lavidaviridae |
| Род: | Sputnikvirus |
| Разновидность: | Мимивирус-зависимый вирус Замилон |
Мимивирус-зависимый вирус Замилон, или же Замилон, это вирофаг, группа малых ДНК-вирусы это заразить протисты и требуют вспомогательный вирус тиражировать; они тип спутниковый вирус.[2] Обнаружен в 2013 году в Тунисе, заражая Acanthamoeba polyphaga амебы, Замилон больше всего похож на Спутник, первый вирофаг, который был открыт. Имя арабский для "соседа".[3] Его сферический частица имеет диаметр 50–60 нм и содержит кольцевую двухцепочечную ДНК. геном около 17 КБ, что, по прогнозам, закодирует 20 полипептиды. Родственный штамм, Замилон 2, был обнаружен в Северной Америке.
Все известные вирофаги связаны с помощниками в гигантский ДНК-вирус семья Mimiviridae. Диапазон вспомогательных вирусов Замилона ограничен; может поддерживаться вирусами из Мимивирус -подобно Mimiviridae линии B и C, но не линии A. Это, по-видимому, является следствием рудиментарной иммунной системы вируса-помощника, называемого MIMIVIRE (элемент устойчивости к вирофагам мимивируса), родственный CRISPR-Cas путь.[4] В отличие от вирофага Спутника, Замилон, по-видимому, не нарушает репликацию своего вспомогательного вируса.
Замилон был открыт в 2013 г. в г. Acanthamoeba polyphaga амебы со-заражен гигантский вирус Mont1, выделенный из образца тунисской почвы.[2][3][5] По состоянию на 2015 год Замилон входит в тройку вирофаги быть изолированными физически, остальные Спутник и Мавирус; несколько других ДНК вирофагов были обнаружены с использованием метагеномика но физически не охарактеризованы.[2][6] Родственный штамм, названный Zamilon 2, был обнаружен метагеномным анализом североамериканского тополь деревянные щепки биореактор в 2015 году.[7] Другой вирофаг, Рио-Негро, также тесно связан со Спутником.[2]
Таксономия
Вирофаг Замилон был классифицирован Международный комитет по таксономии вирусов в вид Мимивирус-зависимый вирус Замилон в пределах рода Sputnikvirus в семье Lavidaviridae.[2]
Вирусология
Вирион Замилона - это сферический диаметром 50–60 нм и внешне похож на спутники Sputnik и Mavirus.[3] Его кольцевая двухцепочечная ДНК геном 17 276пар оснований в длину.[2][3] Вирофаги обычно имеют частицы диаметром в диапазоне 40–80 нм, а геномы - в диапазоне 17–30 т.п.н.[2] Вирофаг, наиболее близкий к Замилону, - это Спутник, с которым он разделяет 76% идентичности последовательности, хотя часть последовательности Замилона является обратной по сравнению со Спутником.[2][3] ДНК Замилона богата аденин и тимин базы; то соотношение оснований гуанина и цитозина составляет 29,7%.[3]
Открытые рамки для чтения
Прогнозируется, что геном Замилона будет содержать 20 открытые рамки для чтения (ORF) от 222 до 2337 оснований в длину. Из 20 прогнозируемых продуктов 15 аналогичны продуктам Sputnik, а три аналогичны Mimiviridae: от двух до Megavirus chilensis и еще один трансповирон из Moumouvirus monve. Одна ORF Zamilon дополнительно демонстрирует некоторое сходство с Мавирус, и еще один Органический озерный вирофаг и Phaeocystis globosa вирофаги, которые связаны с водоросли а не амебы. Остальные два предсказанных продукта демонстрируют ограниченное сходство с другими известными белками. Предполагаемые функции продуктов включают транспозаза, геликаза, интегрировать, цистеиновая протеаза, ДНК-примаза –полимераза и ДНК-упаковка АТФаза ферменты, основные и второстепенные капсид белки, структурный белок и коллаген -подобный белок.[3] ORF6 очень похож на главный капсидный белок Sputnik, который имеет двойной "желе-ролл " складывать.[3][8]
| ORF[а] | Прогнозируемый размер (аминокислоты) | Похожий товар | Сходство (%) | Прогнозируемая функция |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 111 | никто | – | – |
| 2 | 73 | никто | – | – |
| 3 | 135 | Megavirus chilensis генный продукт mg3 | 67 | – |
| 4 | 221 | Предполагаемый белок транспозазы A семейства IS3 вирофага 2 спутника | 40 | предполагаемая транспозаза |
| 5 | 376 | Спутник вирофаг 2 минорный белок вириона | 66 | минорный белок вириона |
| 6 | 609 | Капсидный белок вирофага Sputnik V20 | 86 | капсидный белок |
| 7 | 442 | Спутник вирофаг V21 | 70 | – |
| 8 | 81 | Moumouvirus monve гипотетический белок tv_L8 | 72 | – |
| 9 | 778 | Спутник вирофаг V13 | 67 | предполагаемая геликаза |
| 10 | 168 | Спутник вирофаг V11 | 53 | – |
| 11 | 247 | Спутник вирофаг V10 | 58 | предполагаемая интеграза |
| 12 | 175 | Спутник вирофаг V9 | 77 | – |
| 13 | 184 | Спутник вирофаг V8 | 71 | структурный белок |
| 14 | 241 | Спутник вирофаг V7 | 80 | – |
| 15 | 305 | Спутник вирофаг V6 | 75 | коллагеноподобный белок |
| 16 | 121 | Спутник вирофаг V5 | 59 | – |
| 17 | 133 | Спутник вирофаг V4 | 55 | – |
| 18 | 245 | Спутник вирофаг V3 | 81 | ДНК-упаковка АТФаза |
| 19 | 147 | Megavirus chilensis продукт гена mg664 | 50 | – |
| 20 | 147 | Спутник вирофаг V1 | 60 | – |
Жизненный цикл и вирус-помощник
Как и все другие вирофаги, Замилон реплицируется в цитоплазма, в пределах вирусная фабрика своего помощника, который действует как его хозяин.[3] Замилон был впервые выделен вместе с Mont1, а Мимивирус-подобно Mimiviridae классифицирован как линия C по его последовательности гена полимеразы B. Впоследствии было показано, что вирофаг может реплицироваться вместе с Мумувирус и Monve, два Mimiviridae от линии B, а также с Terra1 и Курдо11 из линии C; однако он не может реплицироваться в сочетании с Мимивирус или же Мамавирус, классифицируется как линия A.[3][9] Это не похоже на Sputnik, который может воспроизводиться в сочетании с любым Мимивирус-подобный член Mimiviridae.[3]
Замилон, по-видимому, не подавляет способность своего вспомогательного вируса в значительной степени реплицироваться или лизировать клетки-хозяева амеб. Хотя вирус-помощник составлял значительную часть аномальных вирионы в присутствии Замилона они также наблюдались на сопоставимом уровне в отсутствие вирофага.[3] Это снова отличается от Sputnik, который снижает инфекционность своего вируса-помощника, ингибирует его лизис амебы и связан с генерацией увеличенной доли аномальных вирусов. Mimiviridae вирионы.[2][3] Бернар Ла Скола и его коллеги, выделившие как Sputnik, так и Zamilon, заявляют, что в случае подтверждения это «поставит под сомнение концепцию вирофага», который, как считалось, отличается от большинства других спутников-вирусов, оказывая вредное воздействие на его вспомогательный вирус. .[3]
Электронная микрофотография из вирусная фабрика в амеба коинфицирован с Мимивирус-зависимый вирус Замилон (мелкие частицы) и Mont1. Стрелки показывают аномальные частицы Mont1 (шкала: 0,1 мкм)
Электронная микрофотография фабрики вирусов в амебе, коинфицированной Zamilon и Mont1 (масштабная линейка: 0,1 мкм)
Рекомендации
- ^ Дюпончель, С., Фишер, М. (2019) «Да здравствуют лавидавирусы! Пять особенностей вирофагов, паразитирующих на гигантских ДНК-вирусах». PLoS патогены, 15(3). Дои:10.1371 / journal.ppat.1007592.
Материал был скопирован из этого источника, который доступен под Международная лицензия Creative Commons Attribution 4.0. - ^ а б c d е ж грамм час я Крупович М., Кун Дж. Х., Фишер М. Г. (2016), "Система классификации вирофагов и спутниковых вирусов", Архив вирусологии, 161 (1): 233–47, Дои:10.1007 / s00705-015-2622-9, PMID 26446887
- ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о Gaia M, Benamar S, Boughalmi M, Pagnier I, Croce O, Colson P, Raoult D, La Scola B (2014), «Zamilon, новый вирофаг с Mimiviridae Специфика хоста ", PLOS One, 9 (4): e94923, Дои:10.1371 / journal.pone.0094923, ЧВК 3991649, PMID 24747414
- ^ Levasseur A, Bekliz M, Chabrière E, Pontarotti P, La Scola B & Raoult D (2016), «MIMIVIRE - это система защиты мимивируса, которая придает устойчивость к вирофагам», Природа, 531 (7593): 249–252, Дои:10.1038 / природа17146, PMID 26934229CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
- ^ Boughalmi M, Saadi H, Pagnier I, Colson P, Fournous G, Raoult D, La Scola B (2013), «Высокопроизводительная изоляция гигантских вирусов семейств Mimiviridae и Marseilleviridae в среде Туниса», Экологическая микробиология, 15 (7): 2000–7, Дои:10.1111/1462-2920.12068, PMID 23298151
- ^ Ютин Н., Капитонов В. В., Кунин Е. В. (2015), «Новое семейство гибридных вирофагов из метагенома кишечника животных», Биология Директ, 10: 19, Дои:10.1186 / s13062-015-0054-9, ЧВК 4409740, PMID 25909276
- ^ Беклиз М., Верно Дж., Бенамар С., Рауль Д., Ла Скола Б., Колсон П. (2015), «Новый частичный геном замилоноподобного вирофага, собранный из метагенома биореактора», Границы микробиологии, 6: 1308, Дои:10.3389 / fmicb.2015.01308, ЧВК 4661282, PMID 26640459CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
- ^ Чжан Икс, Сунь С, Сян И, Вонг Дж, Клозе Т, Рауль Д., Россманн М.Г. (2012), "Структура вирофага Спутник с разрешением 3,5 Å", Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки, 109 (45): 18431–36, Дои:10.1073 / pnas.1211702109, ЧВК 3494952, PMID 23091035
- ^ Aherfia S, La Scola B, Pagniera I, Raoult D, Colson P (2014), "Расширяющаяся семья Marseilleviridae", Вирусология, 466–467: 27–37, Дои:10.1016 / j.virol.2014.07.014, PMID 25104553
Материал был скопирован из этого источника, который доступен под 