Международный комитет по таксономии вирусов - International Committee on Taxonomy of Viruses

Международный комитет по таксономии вирусов
Официальный логотип
Официальный логотип
СокращениеICTV
Формирование1966; 54 года назад (1966)
ЦельРегулирование таксономии вирусов
ПоляТаксономия
Вирусология
Президент (2020–2023 гг.)
Мурило Зербини
Вице-президент (2020–2023 гг.)
Стюарт Сидделл
Головная организация
Международный союз микробиологических обществ, Отдел вирусологии
ПринадлежностиОбщество микробиологов
Добро пожаловать
Интернет сайтразговаривать.ictvonline.org Отредактируйте это в Викиданных

В Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) разрешает и организует таксономический классификация и номенклатура вирусы.[1][2][3] ICTV разработала универсальную таксономическую схему вирусов и, таким образом, имеет средства для надлежащего описания, наименования и классификации каждого вируса, поражающего живые организмы. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертами. вирусологи.[4] ICTV был сформирован и управляется Отделом вирусологии Международный союз микробиологических обществ.[5] Детальная работа, такая как определение границ видов внутри семейства, обычно выполняется исследовательскими группами экспертов по семействам.[2]

История

Международная классификация вирусов - это группа, созданная в 1966 году для стандартизации именования вирусов. Группа была переименована в Международный комитет по таксономии вирусов в 1975 году.[нужна цитата ]

В 1971 году классификация ICTV для вирусов, заражающих позвоночные включали 19 родов, 2 семейства и еще 24 неклассифицированные группы.

Организационная структура

Организация разделена на исполнительный комитет, который включает в себя избранные роли с фиксированным сроком, и шесть подкомитетов, каждый из которых далее делится на многочисленные «исследовательские группы», каждая из которых состоит из одного председателя и переменного числа членов, посвященных таксономии. определенного таксона, например отряда или семейства. Эту структуру можно визуализировать следующим образом:[6]

Исполнительный комитет
  • Президент
  • Вице-президент
  • Секретари
  • Бизнес-секретарь
  • Секретарь по предложениям
  • Секретарь данных
  • Председатели - должности: 6 (по одному на каждый подкомитет)
  • Избранные члены - позиций: 8
Подкомитеты
  • Подкомитет по вирусам ДНК и ретровирусам животных - исследовательские группы: 18
  • Подкомитет по дцРНК и оцРНК-вирусов животных - исследовательские группы: 22
  • Подкомитет по ssRNA + Viruses - исследовательские группы: 15
  • Подкомитет по бактериальным и архейным вирусам - исследовательские группы: 19
  • Подкомитет по грибковым и протистским вирусам - исследовательские группы: 11
  • Подкомитет по вирусам растений - исследовательские группы: 22

Цели

Задачи Международного комитета по таксономии вирусов:

  1. Разработать международно согласованную таксономию вирусов.
  2. Установить согласованные на международном уровне названия для вирусных таксонов.
  3. Сообщать вирусологам о принятых решениях относительно классификации и номенклатуры вирусов путем проведения встреч и публикации отчетов.
  4. Поддерживать официальный указатель согласованных названий таксонов вирусов.
  5. Изучить влияние вирусов в современном обществе и их поведение.

Принципы номенклатуры

Основные принципы номенклатуры вирусов ICTV:

  • Стабильность
  • Избегать или отклонять использование имен, которые могут вызвать ошибку или путаницу
  • Чтобы избежать ненужного создания имен

Универсальная система классификации вирусов ICTV использует слегка измененную версию стандарта. биологическая классификация система. Он только признает таксоны отряд, семейство, подсемейство, род и вид. Когда неясно, как отнести вид к роду, но его классификация в семействе ясна, он будет классифицирован как не присвоенный вид этого семейства. Многие таксоны остаются без ранга. Также, по состоянию на 2005 год, GenBank последовательности, относящиеся к 3142 «видам», которые не учтены в отчете ICTV (однако из-за особенностей работы GenBank фактическое количество соответствующих видов, вероятно, значительно меньше).[2] Ожидается, что количество неидентифицированных вирусных последовательностей только увеличится, поскольку скорость секвенирования вируса резко возрастет.[2]

ICTV добился поразительных успехов в достижении стабильности с момента их создания в 1962 году. Например, все роды и семейства, признанные в 1980-х годах, продолжали использоваться с 2005 года.[2]

Название и изменение таксонов

Предложения по новым названиям, изменениям названий, а также по установлению и таксономическому размещению таксонов рассматриваются Исполнительным комитетом ICTV в форме предложений. Перед принятием решения со всеми соответствующими подкомитетами и исследовательскими группами ICTV проводятся консультации.

Имя таксон не имеет официального статуса до тех пор, пока не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с утвержденными иерархическими таксонами. Если для таксона не предложено подходящего названия, он может быть одобрен, а название не определено до тех пор, пока не будет принято приемлемое международное название, когда оно будет предложено и принято ICTV. Названия не должны передавать значение таксона, которое, казалось бы, либо исключает вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, исключает членов, которые однажды могут принадлежать этому таксону, либо включает вирусы, которые являются членами разных таксонов.

Правила для таксонов

Разновидность

Название вида должно состоять из как можно меньшего числа слов, но не должно состоять только из названия хозяина и слова вирус. Название вида должно обеспечивать соответствующую однозначную идентификацию вида. Цифры, буквы или их комбинации могут использоваться как виды. эпитеты где такие цифры и буквы уже широко используются. Однако новые обозначенные серийные номера, буквы или их комбинации не приемлемы сами по себе в качестве видовых эпитетов. Если существует серия цифр или букв, она может быть продолжена.

Роды

Род вирусов - это группа родственных видов, которые обладают некоторыми важными свойствами и часто отличаются только диапазоном хозяев и вирулентностью. Название рода должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -вирус. Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типовой вид.

Подсемейства

Подсемейство - это группа родов, обладающих определенными общими признаками. Таксон следует использовать только тогда, когда это необходимо для решения сложной иерархической задачи. Название подсемейства должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -вирины.

Семьи

Семья - это группа родов, независимо от того, организованы ли они в подсемейства или нет, разделяя определенные общие признаки друг с другом. Фамилия должна состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -viridae.

Заказы

Орден - это группа семей с определенными общими персонажами. Название заказа должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -virales.

Правила для субвирусных агентов

Правила, касающиеся классификации вирусов, также применяются к классификации вироиды. Формальным окончанием таксонов вироидов является слово вироид для видов суффикс -вироид для родов суффикс -viroinae для подсемейств, если этот таксон потребуется, и -viroidae для семей.

Ретротранспозоны считаются вирусами по классификации и номенклатуре. Спутники и прионы не классифицируются как вирусы, но им присваивается произвольная классификация, которая кажется полезной для сотрудников в определенных областях.

Правила орфографии

  1. При формальном таксономическом использовании общепринятые названия порядков, семейств, подсемейств и родов вирусов выделяются курсивом, а первые буквы имен пишутся с большой буквы.[7]
  2. Названия видов напечатаны курсивом, первая буква первого слова написана с большой буквы. Другие слова не пишутся с заглавной буквы, если они не являются собственными существительными или частями собственных существительных.
  3. В формальном использовании название таксона должно предшествовать термину таксономической единицы.

Классификация вирусов, обнаруженная методом метагеномики

Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV признает, что геномы, собранные на основе метагеномных данных, представляют собой настоящие вирусы, и поощряет их официальную классификацию в соответствии с теми же процедурами, что и для вирусов, выделенных и охарактеризованных с использованием классических вирусологических подходов.[8][9]

Отчеты ICTV

ICTV публикует отчеты по таксономии вирусов примерно два раза в десятилетие с 1971 года (перечисленные ниже - «Отчеты»). Девятый отчет ICTV был опубликован в декабре 2011 года;[10] контент теперь находится в свободном доступе на веб-сайте ICTV.[11] С 2017 года десятый отчет ICTV будет публиковаться онлайн на сайте ICTV.[12] и будет иметь свободный доступ к отдельным главам, обновляемым на постоянной основе. Таксономия 2018 доступна в Интернете.[13], включая загружаемую электронную таблицу Excel всех признанных видов.

База данных ICTVdb

ICTVdb - это база данных видов и изолятов, предназначенная для использования в качестве дополнения к базе данных таксономии ICTV. Разработка ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года и изначально предназначалась для помощи таксономическим исследованиям. База данных классифицирует вирусы, прежде всего, по их химическим характеристикам, геномный тип, нуклеиновая кислота репликация, болезни, векторов, и географическое распространение, среди других характеристик.

База данных разработана в Австралийский национальный университет при поддержке США Национальный фонд науки, и спонсируется Коллекция американских типовых культур. Он использует Язык описания таксономии (ДЕЛЬТА ), мировой стандарт обмена таксономическими данными, разработанный в Австралии Организация Содружества научных и промышленных исследований (CSIRO). DELTA может хранить самые разные данные и переводить их на язык, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сам по себе не содержит информации о геномной последовательности, но может преобразовывать данные DELTA в формат NEXUS.[14] Он также может обрабатывать большие входные данные и подходит для составления длинных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений.

ICTVdB расширилась по концепции и возможностям, чтобы стать основным справочным ресурсом и инструментом исследования; в 1999 г. он получал более 30 000 совокупных онлайн-посещений в день со своего основного сайта в Австралийском национальном университете и двух зеркальных сайтов, базирующихся в Великобритании и США.[15]

В 2011 году ICTV решило приостановить проект и веб-сайт ICTVdb. Это решение было принято после того, как стало очевидно, что таксономия, представленная на сайте, на много лет устарела и что некоторая информация на сайте была неточной из-за проблем с тем, как база данных запрашивалась и обрабатывалась для поддержки естественного языка. вывод веб-сайта ICTVdb. ICTV начала обсуждение того, как лучше всего решить эти проблемы, но решила, что сроки для обновлений и исправления ошибок были достаточно длинными, и лучше было бы остановить сайт, а не увековечивать выпуск неточной информации.[нужна цитата ] По состоянию на август 2013 года база данных приостановлена.[3] Согласно некоторым мнениям, «ICTV следует также продвигать использование общедоступной базы данных для замены базы данных ICTV в качестве хранилища первичных метаданных отдельных вирусов и следует публиковать выдержки из отчетов ICTV в этой базе данных, чтобы они были« открытыми ». Доступ'."[3]

Смотрите также

Отчеты

Рекомендации

  1. ^ Кинг, Эндрю М.К .; Lefkowitz, E .; Adams, M.J .; Карстенс, Э. (2012). Классификация таксономии вирусов и номенклатура вирусов: девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов. Эльзевир. ISBN  978-0-12-384684-6. В архиве с оригинала 10 декабря 2017 г.. Получено 13 апреля 2017.
  2. ^ а б c d е Фоке CM, Фаржетт Д. (2005). «Международный комитет по таксономии вирусов и 3 142 неназначенных видов». Virol. J. 2: 64. Дои:10.1186 / 1743-422X-2-64. ЧВК  1208960. PMID  16105179.
  3. ^ а б c Гиббс AJ (2013). «Вирусная таксономия нуждается в весенней чистке; эпоха ее исследований закончилась». Virol. J. 10: 254. Дои:10.1186 / 1743-422X-10-254. ЧВК  3751428. PMID  23938184.
  4. ^ «Разнообразные банковские данные - истоки ICTVdB». 13 ноября 2005 г. Архивировано с оригинал 13 ноября 2005 г.. Получено 6 апреля 2018.
  5. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал 30 сентября 2007 г.. Получено 22 июн 2006.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  6. ^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. Получено 17 сентября 2020.
  7. ^ Али, Мухаммед (2016). «На пути к согласованной номенклатуре вирусов растений». Virologica Sinica. 31 (3): 197–198. Дои:10.1007 / с12250-016-3741-5. PMID  27052507.
  8. ^ Симмондс П., Адамс М.Дж., Бенко М., Breitbart M, Brister JR, Carstens EB, Davison AJ, Delwart E, Gorbalenya AE, Harrach B, Hull R, King AMQ, Koonin EV, Krupovic M, Kuhn JH, Lefkowitz EJ, Nibert ML, Orton R, Roossinck MJ, Sabanadzovic S, Sullivan МБ, Саттл Калифорния, Теш РБ, ван дер Влугт Р.А., Варсани А., Зербини FM (2017). «Заявление о консенсусе: таксономия вирусов в эпоху метагеномики» (PDF). Обзоры природы Микробиология. 15 (3): 161–168. Дои:10.1038 / nrmicro.2016.177. PMID  28134265. В архиве (PDF) из оригинала 23 июля 2018 г.. Получено 18 октября 2019.
  9. ^ Адамс MJ, Лефковиц EJ, King AM, Harrach B, Harrison RL, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Mushegian AR, Nibert ML, Sabanadzovic S. , Ортон Р.Дж., Смит Д.Б., Горбаленя А.Е., Дэвисон А.Дж. (2017). «50 лет Международному комитету по таксономии вирусов: успехи и перспективы» (PDF). Архив вирусологии. 162 (5): 1441–1446. Дои:10.1007 / s00705-016-3215-y. PMID  28078475. В архиве (PDF) из оригинала 23 июля 2018 г.. Получено 17 сентября 2019.
  10. ^ Кинг, Эндрю М. К .; и др., ред. (2012). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов. Лондон: Academic Press. ISBN  978-0123846846. В архиве из оригинала 11 сентября 2014 г.. Получено 9 декабря 2014.CS1 maint: ref = harv (связь)
  11. ^ а б «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. В архиве из оригинала 2 апреля 2019 г.. Получено 18 октября 2019.
  12. ^ а б «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. В архиве с оригинала на 1 июля 2019 г.. Получено 18 октября 2019.
  13. ^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. В архиве из оригинала 4 марта 2018 г.. Получено 18 октября 2019.
  14. ^ Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файлов для систематической информации». Syst. Биол. 46 (4): 590–621. Дои:10.1093 / sysbio / 46.4.590. PMID  11975335.
  15. ^ «Разнообразные банковские данные - истоки ICTVdB». 13 ноября 2005 г. Архивировано с оригинал 13 ноября 2005 г.. Получено 18 октября 2019.

внешняя ссылка