BacDive - BacDive

BacDive
BacDive logo.png
Содержание
Описаниеинформация о бактериальный и архей напряжения
Типы данных
захвачен		метаданные
Контакт
Исследовательский центрИнститут Лейбница DSMZ - Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур GmbH
Основное цитированиеPMID  26424852
Дата выхода2012
Доступ
Интернет сайтhttp://bacdive.dsmz.de/
веб-сервис URLhttp://bacdive.dsmz.de/api/

BacНырять (База метаданных по бактериальному разнообразию) является бактериальным база метаданных который предоставляет связанную с деформацией информацию о бактериальный и архей биоразнообразие.

Вступление

BacНырять это ресурс для различных типов метаданных, таких как таксономия, морфология, физиология, окружающая среда и молекулярная биология.[1][2][3][4][5][6]Большинство данных аннотируются и обрабатываются вручную. С выпуском в июле 2018 года BacНырять предлагает информацию для 63 669 штаммов.[7]База данных размещена на Институт Лейбница DSMZ - Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур GmbH и является частью de.NBI Немецкая сеть инфраструктуры биоинформатики.

Содержание и особенности

База данных

Выпуск базы данных в июле 2018 г. охватывал более 600 различных полей данных, разделенных на категории «Название и таксономическая классификация», «Морфология и физиология», «Условия культивирования и роста», «Изоляция, отбор проб и информация об окружающей среде». «Применение и взаимодействие», «Молекулярная биология» и «Доступность штаммов». База данных содержала 712 958 записей, связанных с соответствующим штаммом и эталоном.[7]Данные взяты из внутренних описаний коллекций культур, составленных экспертами сборников по штаммам и первичной научной литературы.

Доступ к данным

Доступ к данным можно получить либо через GUI или через RESTful веб-сервис. Используя графический интерфейс, пользователь может выбирать между простым поиском для поиска в основных полях, таких как таксономия или идентификатор штамма, или пользователь может использовать расширенный поиск, который позволяет выполнять поиск в 130 полях данных и дает возможность выполнять сложные запросы путем объединения нескольких полей. . Данные можно скачать в PDF формат (для одиночных штаммов) или в CSV формат для больших наборов данных (для нескольких штаммов). портал веб-сервисов не только бакНырять содержание, а также список ссылок на таксон Современная номенклатура прокариот можно получить доступ.

Другие базы данных

Для данных, которые не рассматриваются BacНырять, предоставляются ссылки на другие базы данных, которые предоставляют данные о штаммах:

Рекомендации

  1. ^ Söhngen, C; Бойк, Б; Подставка, А; Gleim, D; Оверманн, Дж. (13 октября 2013 г.). "БакНырять - База метаданных по бактериальному разнообразию ". Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D592 – D599. Дои:10.1093 / nar / gkt1058. ЧВК  3965005. PMID  24214959.
  2. ^ Fernández-Suárez, X.M .; Ригден, Д. Дж .; Гальперин М.Ю. (5 декабря 2013 г.). «Выпуск базы данных исследований нуклеиновых кислот за 2014 год и обновленная онлайн-коллекция базы данных молекулярной биологии NAR». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D1 – D6. Дои:10.1093 / nar / gkt1282. ЧВК  3965027. PMID  24316579.
  3. ^ Лаборатория Кохана (23 октября 2015 г.). "База данных по разнообразию бактерий BacDive DSMZ".
  4. ^ Абу-Джамус, Базель; Фа, Руи; Нанди, Асоке К. (2015). Интегративный кластерный анализ в биоинформатике. Джон Вили и сыновья. п. 448. ISBN  9781118906552.
  5. ^ Жулин И.Б. (1 августа 2015 г.). «Базы данных для микробиологов». Журнал бактериологии. 197 (15): 2458–2467. Дои:10.1128 / JB.00330-15. ЧВК  4505447. PMID  26013493.
  6. ^ Söhngen, C; Подставка, А; Бойк, Б; Gleim, D; Вецининова, А; Reimer, LC; Эбелинг, К; Пендаровски, C; Оверманн, Дж. (30 сентября 2015 г.). "БакНырять - База метаданных по бактериальному разнообразию в 2016 г. ". Исследования нуклеиновых кислот. 44 (Проблема с базой данных): D581 – D585. Дои:10.1093 / нар / gkv983. ЧВК  4702946. PMID  26424852.
  7. ^ а б Reimer, LC; Вецининова, А; Сарда Карбасс, Дж; Söhngen, C; Gleim, D; Эбелинг, К; Оверманн, Дж. (17 сентября 2018 г.). "БакНырять в 2019 году: фенотипические данные бактерий для высокопроизводительного анализа биоразнообразия ». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (Проблема с базой данных): D631 – D636. Дои:10.1093 / нар / gky879. ЧВК  6323973. PMID  30256983.

внешняя ссылка