ZCCHC18 - ZCCHC18
Цинковый палец типа CCHC, содержащий 18 (ZCCHC18) это белок что у людей кодируется ZCCHC18 ген. Он также известен как взаимодействующий со Smad белок 2 цинкового пальца (SIZN2), пара-неопластический член семейства антигенов Ма 7b (PNMA7B) и LOC644353.[5][6] Другие названия, такие как цинковый палец, домен CCHC, содержащий 12 псевдоген 1, P0CG32, ZCC18_HUMAN, были использованы для описания этого белка.
ZCCHC18 принадлежит к семейству ZCCHC12 или паранеопластической ма (PNMA). Это коактиватор транскрипции лиганд-зависимого ядерного рецептора. Его домен цинкового пальца - это CCHC, который связывается с ионом цинка (подробную информацию о мотиве CCHC см. В разделе о белках).[7]
Стоит упомянуть, что у млекопитающих PNMA происходит из ретротранспозонов Ty3 / Gypsy с длинными концевыми повторами (LTR), а семейство PNMA кодирует Gag-подобный белок.[8] Хотя полные функции остаются неизвестными, большинство генов PNMA экспрессируются в мозге макак и мышей.[9] PNMA1, 2 и 3 были обнаружены в сыворотке крови пациентов с паранеопластическими неврологическими расстройствами. Семейство также включает модулятор апоптоза 1, играющий роль в апоптозе, зависимом от рецептора смерти.[10]
Ген
Место расположения
Ген ZCCHC18 расположен на длинном плече Х хромосома, положение локуса Xq22.2. Этот ген содержит 3 экзоны и 2 разных gt-ag интроны, транскрибируется в 3 альтернативно соединенных мРНК. Однако только одна сплайсированная мРНК (NM_001143978.2, 2951 п.н.) предположительно кодирует 403 аминокислоты. белок, в то время как остальные не кодируют белки.[11]
Gene Neighborhood
Соседние гены включают SLC25A53 (на отрицательной цепи) (около 8000 бит / с в восходящем направлении) и FAM199X (на положительной цепи) (около 50 800 бит / с в нисходящем направлении).[7]
Выражение
ZCCHC18 повсеместно экспрессируется в яичниках, головном мозге (мозжечке), эндометрии, лимфатических узлах, селезенке и 22 других тканях человека и других видов.[12] Основываясь на данных экспрессии RNA-Seq от GTEx (53 ткани от 570 доноров), самая высокая медиана экспрессии наблюдается в мозге-мозжечке (4,74 об / км), тогда как общая медиана экспрессии составляет 67,54 об / км.[13]
Промоутер
Возможные сайты связывания транскрипции анализируются Genomatix,[14] перечисленные в таблице ниже:
| Семья Матрицы | Подробная информация о семье | Положение якоря | Strand | Матрица сим. | Последовательность |
|---|---|---|---|---|---|
| V $ AP1R | Факторы, связанные с MAF и AP1 | 1225 | - | 0.996 | gcacggcgtcAGCAgctcggacgca |
| V $ MZF1 | Миелоидные факторы цинкового пальца 1 | 1040 | - | 0.995 | agGGGGaagcg |
| V $ ZF02 | C2H2 факторы транскрипции цинкового пальца 2 | 1916 | - | 0.993 | caccccgCCCCcgacacccaaca |
| V $ CAAT | Факторы связывания CCAAT | 1368 | - | 0.991 | gcggCCAAtcagcgg |
| V $ SORY | SOX / SRY-определение пола / яичек и связанные факторы бокса HMG | 307 | + | 0.989 | gggtcaCAAAgggctgtcgaaat |
| V $ ZFHX | Двуручные факторы транскрипции гомеодомена цинкового пальца | 1029 | + | 0.988 | acgctGTTTcccc |
| V $ ZTRE | Регулятор транскрипции цинка | 503 | - | 0.984 | gagGGAGggggtgagga |
| V $ ZTRE | Регулятор транскрипции цинка | 2165 | + | 0.984 | gcgGGAGggcaggaggc |
| V $ NEUR | NeuroD, Beta2, домен HLH | 774 | + | 0.982 | ctccCATCtggcttt |
| V $ MIZ1 | Myc-взаимодействующий белок пальца Zn 1 | 480 | + | 0.981 | tcagcCCTCtc |
| V $ IKRS | Семья цинковых пальцев Икарос | 1483 | + | 0.98 | ccttGGGAaccgt |
| V $ CEBP | Ccaat / связывающий белок-энхансер | 713 | + | 0.979 | tcatcTGTGaaatgg |
| V $ GATA | Факторы связывания GATA | 724 | + | 0.974 | tggaGATAatggt |
| O $ INRE | Основные элементы инициатора промотора | 1407 | + | 0.972 | tcTCAGtcgcc |
| V $ AP2F | Активатор белка 2 | 1281 | - | 0.936 | ctgGCCGgcgggccg |
| V $ MAZF | Цинковые пальцы, ассоциированные с Myc | 1126 | + | 0.904 | cccgGAGGagagc |
Гомология
Ортологи
Ортологи ZCCHC18 можно найти в большинстве Хордовые (Млекопитающие, Амфибия, Рептилоид, Osteichthyes, но не в Членистоногие, Авес, Chondrichthyes ), Иглокожие, и Книдарианец но не в Грибок, Растение, Инфузории, Археи, ни Бактерии.
Паралоги
Восемь возможных паралогов ZCCHC18 были идентифицированы в Homo sapiens.
| Имя Гена | Присоединение | Покрытие | E-Value | Идентичность последовательности% |
|---|---|---|---|---|
| PNMA7A (ZCCHC12) | NP_776159.1 | 99% | 0 | 84% |
| PNMA3 | NP_001269464.1 | 91% | 4.00E-40 | 29% |
| PNMA1 | NP_006020.4 | 45% | 3.00E-39 | 43% |
| PNMA5 | NP_443158.1 | 47% | 4.00E-39 | 41% |
| PNMA2 | NP_009188.1 | 48% | 5.00E-39 | 41% |
| PNMA6A (PNMA6C) | NP_116271.3 | 52% | 6.00E-27 | 38% |
| PNMA6E | NP_001338223.1 | 48% | 4.00E-21 | 36% |
| PNMA6F (PNMA6BL) | NP_001341909.1 | 54% | 1.00E-18 | 33% |
Примечание: PNMA4 (псевдонимы: модулятор апоптоза 1, MOAP1 ) не похож на ZCCHC18 (идентичность и сходство между ZCCHC18 и MOAP1 составляют 15% и 32,1% соответственно).
Стенограмма
Варианты соединения
Включая 5'-UTR и 3'-UTR, ZCCHC18 простирается от chrX: 104,112,526-104,115,846, всего 3321 пара оснований (бит / с) (5'-UTR: 1206 бит / с и 3'-UTR: 523 бит / с) . Он содержит 3 экзона и 2 отдельных интрона gt-ag, которые транскрибируются в 3 альтернативно сплайсированных мРНК. Однако только одна сплайсированная мРНК (NM_001143978.2, 2951 бит / с) предположительно кодирует белок с 403 аминокислотами (кодирующая область: hg38 chrX: 104,114,112-104,115,323, всего 1212 бит / с), тогда как другие не кодируют белки.[7][16][17]
По сравнению с мРНК ZCCHC18 человека, имеющей 3 изоформы, у мыши имеется 7 изоформ Zcchc18 (Mus musculus), а у кошки нет изоформы (Felis catus) и леопарда (Panthera pardus).
Протеин
ZCCHC18 - это человеческий белок с длиной 403 аминокислот и предполагаемой молекулярной массой 45 160 дальтон. Его базальная изоэлектрическая точка составляет 7,02 (нефосфорилированное состояние), а изоэлектрическая точка снижается с увеличением количества фосфорилируемых остатков. Общие последовательности ZCCHC18 включают KRED и LVIFM. Обычно он электронейтральный (нет кластеров или сегментов с положительным или отрицательным зарядом) без высокогидрофобных сегментов.
Вторичная структура
Прогнозирование вторичной структуры недостаточно охарактеризованного белка может быть выполнено с использованием базы данных PRBI,[18] Phyre2,[15] и И-ТАССЕР.[19] Предсказание вторичной структуры ZCCHC18 было проанализировано Phyre2.
Третичная структура
Третичная структура была предсказана И-ТАССЕР.[19] в попытке оптимизировать C-score, TM-score и плотность кластеров. Прогнозируемая третичная структура ZCCHC18 показана на рисунке.
Посттрансляционные модификации
Прогнозируемые посттрансляционные модификации (PTM) получаются с помощью Prosite,[20] и многие другие инструменты.[21][22][23][24][25][26][27] Здесь приведены основные изменения в переводе постов.
Субклеточная локализация
ZCCHC18 первично располагается в ядре (при иммунофлуоресцентной микроскопии он выглядит как ядерное пятнышко, дискретный внеядрышковый субядерный домен).[28]
Функция
Хотя точная функция ZCCHC18 до сих пор полностью не известна, основная аминокислотная последовательность белка CCHC типа цинкового пальца (Znf) может быть хорошо охарактеризована как консервативно разнесенная цистеин и гистидин.[8] Остатки Cys и His полностью законсервированы в положениях 1 (Cys), 4 (Cys), 9 (His) и 14 (Cys) [как первый Cys последовательности, обозначенной как Cys (1)]. Консервативно замещенные глицины находятся в положениях 5 и 8, а ароматические или гидрофобные аминокислоты находятся в положениях 2 (или 3) и 10. Этот мотив часто выражается как Cys-X2-Cys-X4-His-X4-Cys.
Структура доменов цинковых пальцев позволяет белку вступать в тандемный контакт с молекулами-мишенями через множество пальцевидных выступов. Эти домены могут связываться с цинком или другими металлами, такими как железо, или даже без металла (стабилизация через солевые мостики).[29] Точный механизм работы Znf-домена ZCCHC18 до сих пор неизвестен.
Взаимодействующие белки
ZCCHC18, возможно, может взаимодействовать с внутриклеточным доменом EGFR. Этот отчет был основан на двух подходах белок-белкового взаимодействия (PPI), двухгибридном мембранном дрожже (MYTH) и двухгибридном мембране млекопитающих (MMTH), для картирования PPI между рецепторными тирозинкиназами человека (RTK) и фосфатазами. .[30]
Клиническое значение
Ассоциация болезней
Изучив данные РНК-seq из Атласа генома рака (TCGA),[31] глиома имеет повышенную экспрессию РНК (медиана 1,9 FPKM [количество фрагментов на килобазу экзона на миллион чтений]), тогда как другие типы рака имеют только минимальную экспрессию (средний уровень экспрессии ниже 0,5 FPKM). Что касается экспрессии белка ZCCHC18, плоскоклеточные и базально-клеточные карциномы, а также случаи уротелиального рака проявляли цитоплазматическую иммунореактивность от умеренной до сильной. Оставшиеся раковые клетки были слабо окрашены или отрицательны. При опросе 4440 образцов опухолей 15 типов рака в TCGA,[14] анализ показал разную частоту мутаций белков при разных типах рака. Мутация ZCCHC18 часто встречалась при раке эндометрия (~ 2,4%), затем следовали рак мочевого пузыря (~ 0,8%), рак головы / шеи (~ 0,4%), рак яичников (~ 0,4%) и рак груди (<0,2%).
Генетическое тестирование
В настоящее время Fulgent Genetics является единственной коммерческой компанией, предоставляющей генетическое тестирование на делецию или дупликацию ZCCHC18 посредством анализа последовательности всей кодирующей области (Секвенирование следующего поколения ) для возможных заболеваний, вызванных мутациями в этом конкретном гене, которые унаследованы от генома родителей. Однако клиническая валидность и полезность еще не доказаны.[32]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000166707 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031428 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ген ZCCHC18". Генные Карты.
- ^ «Ген: ZCCHC18 (ENSG00000166707) - Резюме - Homo sapiens - Обозреватель генома ансамбля 91». useast.ensembl.org. Получено 2018-02-22.
- ^ а б c «Описание человеческого гена ZCCHC18 (ENST00000611638.4) и указатель страниц». genome.ucsc.edu. Получено 2018-04-30.
- ^ а б Саммерс М.Ф. (январь 1991 г.). «Мотив цинкового пальца для одноцепочечных нуклеиновых кислот? Исследования методом ядерного магнитного резонанса». Журнал клеточной биохимии. 45 (1): 41–8. Дои:10.1002 / jcb.240450110. PMID 2005183.
- ^ Такадзи М., Комацу Ю., Ватакабэ А., Хашикава Т., Ямамори Т. (декабрь 2009 г.). «Паранеопластический антигеноподобный ген 5 (PNMA5) предпочтительно экспрессируется в ассоциативных областях специфическим для приматов образом». Кора головного мозга. 19 (12): 2865–79. Дои:10.1093 / cercor / bhp062. ЧВК 2774394. PMID 19366867.
- ^ Ивасаки С., Сузуки С., Пелеканос М., Кларк Х., Оно Р., Шоу Г., Ренфри МБ, Канеко-Ишино Т., Ишино Ф. (октябрь 2013 г.). «Идентификация нового гена PNMA-MS1 у сумчатых предполагает, что гены PNMA, полученные из LTR-ретротранспозона, эволюционировали по-разному у сумчатых и моллюсков». ДНК исследования. 20 (5): 425–36. Дои:10.1093 / dnares / dst020. ЧВК 3789554. PMID 23704700.
- ^ "Обозреватель 1000 геномов". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-22.
- ^ «ZCCHC18 цинковый палец CCHC-типа, содержащий 18 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-30.
- ^ «Экспрессия гена ZCCHC18 (ENSG00000166707.6)». Портал GTEx. 2018-04-30.
- ^ а б «Genomatix: ZCCHC18 человека». www.genomatix.de. Получено 2018-05-10.
- ^ а б c Келли, Лоуренс. "Сервер распознавания складок PHYRE2". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2018-05-10.
- ^ [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: ZCCHC18, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-30.
- ^ «Ген: ZCCHC18 (ENSG00000166707) - Резюме - Homo sapiens - Обозреватель генома ансамбля 92». useast.ensembl.org. Получено 2018-04-30.
- ^ UCBL, Институт биологии и химии белков - UMR5086 - CNRS -. "NPS @: прогноз вторичной структуры GOR4". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2018-05-10.
- ^ а б c «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2018-05-10.
- ^ «Просит: ZCCHC18 человека».
- ^ «Сервер NetAcet 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-10.
- ^ "Программа анализа SUMOplot ™ | Abgent". www.abgent.com. Получено 2018-05-10.
- ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия». sumosp.biocuckoo.org. Получено 2018-05-10.
- ^ «CSS-Palm - Прогнозирование сайта пальмитоилирования». csspalm.biocuckoo.org. Получено 2018-05-10.
- ^ "::: BDM-PUB - Прогнозирование сайтов убиквитинирования с помощью байесовского дискриминантного метода :::". bdmpub.biocuckoo.org. Получено 2018-05-10.
- ^ «ExPASy - Сульфинатор». web.expasy.org. Получено 2018-05-10.
- ^ «Сервер прогнозирования MYR». mendel.imp.ac.at. Получено 2018-05-10.
- ^ а б «ZCCHC18 - белок, содержащий домен 18 CCHC цинкового пальца - Homo sapiens (Human) - ген и белок ZCCHC18». www.uniprot.org. Получено 2018-05-10.
- ^ EMBL-EBI, ИнтерПро. "Цинковый палец типа CCHC (IPR001878)
. www.ebi.ac.uk. Получено 2018-02-22. - ^ Yao Z, Darowski K, St-Denis N, Wong V, Offensperger F, Villedieu A, Amin S, Malty R, Aoki H, Guo H, Xu Y, Iorio C, Kotlyar M, Emili A, Jurisica I, Neel BG, Бабу М., Gingras AC, Stagljar I (январь 2017 г.). «Глобальный анализ взаимодействия рецепторов тирозинкиназы и протеинфосфатазы». Молекулярная клетка. 65 (2): 347–360. Дои:10.1016 / j.molcel.2016.12.004. ЧВК 5663465. PMID 28065597.
- ^ "Поиск: ZCCHC18 - Атлас человеческого белка". www.proteinatlas.org. Получено 2018-05-10.
- ^ «ZCCHC18 - Испытания - GTR - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-22.