TEDC2 - TEDC2

TEDC2
Идентификаторы
ПсевдонимыTEDC2, C16orf59, открытая рамка считывания 59 хромосомы, тубулин-эпсилон и дельта-комплекс 2
Внешние идентификаторыMGI: 1919266 ГомолоГен: 45943 Генные карты: TEDC2
Расположение гена (человек)
Хромосома 16 (человек)
Chr.Хромосома 16 (человек)[1]
Хромосома 16 (человек)
Геномное расположение TEDC2
Геномное расположение TEDC2
Группа16p13.3Начинать2,460,086 бп[1]
Конец2,464,963 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

80178

72016

Ансамбль

ENSG00000162062

ENSMUSG00000024118

UniProt

Q7L2K0

Q6GQV0

RefSeq (мРНК)

NM_025108

NM_028056

RefSeq (белок)

NP_079384

NP_082332

Расположение (UCSC)Chr 16: 2,46 - 2,46 МбChr 17: 24.22 - 24.22 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Тубулин эпсилон и дельта комплекс 2 (TEDC2), также известная как открытая рамка считывания 59 хромосомы 16 (C16orf59), представляет собой белок что у людей кодируется TEDC2 ген. Его регистрационный номер в NCBI - NP_079384.2.[5]

Ген

Диаграмма из NCBI, показывающая TEDC2 и его окрестности гена на хромосоме 16.

Locus

TEDC2 находится на хромосома 16 в местоположении 16p13.3 или chr16: 2,460,080-2,464,963 (охват 4883 п.н.) на положительной нити.[6]

Гомология и эволюция

Ортологи

TEDC2 появился между 684-797 миллионами лет назад. Самый далекий ортолог находится в Branchiostoma floridae, то Флоридский ланцетник,[7] которые отклонились от других хордовых около 684 миллионов лет назад.[8] Однако ген возник совсем недавно, чем 797 миллионов лет назад, когда протостомы и дейтеростомы расходились,[8] так как он не встречается ни у каких беспозвоночных. Ниже представлена ​​таблица с 20 выбранными ортологами, найденными с помощью NCBI BLAST.[5]

Род и видыРаспространенное имяCladeДата расхождения (приблизительная)[8]Регистрационный номерДлинаЛичностьСходство
Homo sapiensЧеловекМлекопитающие0 MYANP_079384.2433 лет назад100%100%
Пан троглодитыШимпанзеМлекопитающие6.65 MYAXP_001163226.2433 лет назад98%98%
Mus musculusДомовая мышьМлекопитающие90 млн летNP_082332.1436 лет назад62%72%
Orcinus orcaOrcaМлекопитающие96 млн лет назадXP_012388677.1445 лет назад71%78%
Vulpes vulpesрыжая лисаМлекопитающие96 млн лет назадXP_025840713.1432 аа68%74%
Dasypus novemcinctusДевятиполосный броненосецМлекопитающие105 млн летXP_012385078.1469 лет назад69%77%
Cyanistes caeruleusЕвразийская лазоревкаАвес312 MYAXP_023792200.1366 лет назад44%59%
Pygoscelis adeliaeПингвин АделиАвес312 MYAXP_009325519.1490 лет назад43%58%
Columba LiviaГолубьАвес312 MYAXP_021147488.1511 аа43%56%
Нумида МелеагрисЦесарка в шлемеАвес312 MYAXP_021267460.1574 аа40%67%
Dromaius novaehollandiaeЭмуАвес312 MYAXP_025956253.1547 лет назад40%68%
Анолис каролинскийЗеленый анолРептилии312 MYAXP_008122311.2473 аа32%47%
Питон бивиттатусБирманский питонРептилии312 MYAXP_007433089.1607 лет назад32%50%
Погона виттицепсБородатый драконРептилии312 MYAXP_020663843.1578 лет назад31%45%
Xenopus tropicalisЗападная когтистая лягушкаАмфибия352 MYAXP_002932464.1452 аа30%45%
Lepisosteus oculatusПятнистый гарOsteichthyes435 MYAXP_015215377.1193 лет назад37%48%
Scleropages formosusАзиатская арованаOsteichthyes435 MYAXP_018598511.1186 аа29%47%
Paramormyrops kingsleyaeРыба-слонOsteichthyes435 MYAXP_023666461.1473 аа29%46%
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призракChondrichthyes473 MYAXP_007891790.1540 лет назад32%49%
Branchiostoma floridaeФлоридский ланцетникГоловнохордовые684 MYAXP_002611730.1602 аа23%42%

Паралоги

Других участников TEDC2 нет. генная семья, поскольку у него нет паралоги в любых живых организмах.[5]

Выражение

Факторы транскрипции

Сохранено предсказано фактор транскрипции сайты связывания, обнаруженные в 5'-области перед TEDC2 находятся WT1, ZKSCAN3 (x2), AREB6, MZF1 (х2), ATF6, ER, и P53.[9] Это предполагает, что эти факторы транскрипции, в частности, и особенно ZKSCAN3 и MZF1 на основе множества консервативных сайтов связывания, имеют решающее значение в регуляции TEDC2. ZKSCAN3 - репрессор транскрипции аутофагии,[10] и MZF1, как полагают, играет роль супрессора опухолей и регулятора пролиферации клеток.[11] Эти консервативные сайты MZF1, наряду с консервативным сайтом p53, предполагают, что TEDC2 может играть роль в пролиферации клеток и, следовательно, может влиять на генез и развитие рака.

Локализация

Предполагается, что TEDC2 будет локализован на ядро и также может присутствовать в цитоплазме, митохондриях, пероксисомах и внеклеточном пространстве.[12]

Выражение

Он высоко экспрессируется в яичках и трансформируется в EBV. лимфоциты.[13] Он также высоко экспрессируется в лимфатических узлах, печени плода, ранних эритроидных клетках и B-лимфобластах.[14] Он также наблюдается на более высоких уровнях как в эмбриональных стволовых клетках, так и в индуцированных плюрипотентных стволовых клетках, чем в фибробластах.[14] Наконец, по сравнению с другими генами, экспрессия TEDC2 значительно снижается в клетках рака груди при голодании по эстрогену.[14]

Варианты стенограммы

Таблица, показывающая, какие экзоны обнаружены в 6 изоформах TEDC2. Зеленый = содержит стартовый кодон. Красный = содержит стоп-кодон. Отметьте = экзон включен в окончательный транскрипт мРНК. - = экзон исключен из окончательного транскрипта мРНК. U = экзон присутствует, но не переведен.

В гене 10 экзоны.[15] Ген имеет 13 транскриптов с альтернативным сплайсингом, 6 из которых кодируют белок, 1 подвергается нонсенс-опосредованному распаду и 6 сохраняются интронами.[16]

Протеин

Общие особенности

TEDC2 кодируется TEDC2 ген с инвентарным номером NCBI NM_025108.3. Белок состоит из 433 аминокислот и прогнозируемой молекулярной массы 46,4 кДа.[6] Есть антитела против этого белка, но образец вестерн-блоттинга недоступен.[17]

Домены

TEDC2 содержит домен с неизвестной функцией, DUF4693, который у людей состоит из белков 148-431, примерно последних двух третей белка.[5]

Вторичная структура

Используя онлайн-инструменты биоинформатики, предполагается, что TEDC2 будет иметь много альфа-спиралей и два хорошо законсервированных, предсказанных бета-складчатых листа около конца белка.[18][19]

Третичная структура

Прогнозируемая модель третичной структуры TEDC2 с наибольшей вероятностью, созданная I-TASSER.[20]

Предполагается, что TEDC2 образует третичную структуру на основе своих альфа-спиралей. Многие из этих предсказанных альфа-спиралей высоко консервативны в ортологах, и один из примеров предсказанной третичной структуры, созданной I-TASSER, показан справа.[20]

Посттрансляционные модификации

Графическое представление TEDC2, показывающее домены и сайты модификации, созданные с помощью DOG.[21]

TEDC2 имеет хорошо сохраненный прогноз O-GlcNAc сайт на S114 у человека.[22] O-GlcNAцилированные белки находятся в основном в ядре, иногда также в ядре. цитоплазма, и это динамическая модификация, которую часто удаляют и снова прикрепляют.[23]

TEDC2 также имеет три консервативных, предсказанных сайта C-маннозилирования.[24] Функция C-маннозилирования все еще неясна, но это присоединение альфа-маннозы к триптофану.[25]

TEDC2 также имеет много возможных фосфорилирование сайтов, в том числе семь хорошо сохраняемых.[26] Фосфорилирование является важным средством регуляции, активации и инактивации белков, поэтому сложно определить какую-либо конкретную функцию по присутствию серина или треонина, которые могут быть фосфорилированы.[27]

Взаимодействия

Белок-белковые взаимодействия

KDM1A, лизин-специфичный деметилаза, было показано, что он физически связан с TEDC2.[28][29] TEDC2 также взаимодействует с СЭЗ1, белок фасцикуляции и удлинения. FEZ1, или белок 1 фасцикуляции и удлинения, необходим для роста аксонов, но также считается, что он участвует в контроле транскрипции.[30]

Имеются также экспериментальные доказательства взаимодействия TEDC2 с TUBE1 и C14orf80. TUBE1, или Tubulin epsilon 1, участвует в центриоли во время деления клеток, а функция C14orf80 неизвестна.[31] TEDC2 также коэкспрессируется с CDC45, или белок 45, контролирующий деление клетки, который необходим для инициации репликации хромосомной ДНК, а также коэкспрессии с CDT1, фактор лицензирования репликации ДНК, необходимый для сборки до репликации.[32]

Функция и клиническое значение

Функция TEDC2 еще не известна с достоверностью научному сообществу, но его профиль экспрессии, предсказанные сайты связывания факторов транскрипции и другие взаимодействия белок-белок позволяют делать некоторые прогнозы. TEDC2 локализуется в ядре и часто экспрессируется в развивающихся тканях, таких как стволовые клетки а также дифференцированная ткань плода, поэтому она, вероятно, играет роль в Репликация ДНК и / или деление клеток.[12][14] Это также согласуется с предсказанными или известными белок-белковыми взаимодействиями TEDC2, поскольку он может взаимодействовать с белками, участвующими в делении клеток (TUBE1, CDC45, CDT1), а также оставаться под транскрипционным контролем супрессоров опухоли (WT1, MZF1, P53).[9] Кроме того, учитывая наличие сайта связывания элемента, отвечающего за эстрогеновый ответ, возможно, что TEDC2 играет роль в развитии опухоли при мутации.[9]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000162062 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024118 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d «тубулин эпсилон и дельта комплексный белок 2 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-03-03.
  6. ^ а б www.genecards.org https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TEDC2. Проверено 8 февраля 2019.
  7. ^ «гипотетический белок BRAFLDRAFT_128731 [Branchiostoma floridae] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-02-25.
  8. ^ а б c «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2019-03-03.
  9. ^ а б c «Genomatix: ввод в MatInspector». www.genomatix.de. Получено 2019-05-05.
  10. ^ Чаухан С., Гудвин Дж. Г., Чаухан С., Маньям Дж., Ван Дж., Камат А. М., Бойд Д. Д. (апрель 2013 г.). «ZKSCAN3 - главный репрессор транскрипции аутофагии». Молекулярная клетка. 50 (1): 16–28. Дои:10.1016 / j.molcel.2013.01.024. ЧВК  3628091. PMID  23434374.
  11. ^ Габоли М., Коци П.А., Гурриери С., Катторетти Г., Рончетти С., Кордон-Кардо С., Броксмайер Х.Э., Хромас Р., Пандольфи П.П. (июль 2001 г.). «Mzf1 контролирует пролиферацию клеток и туморогенез». Гены и развитие. 15 (13): 1625–30. Дои:10.1101 / гад.902301. ЧВК  312729. PMID  11445537.
  12. ^ а б «ОТДЕЛЕНИЯ - C16orf59». отсеков.jensenlab.org. Получено 2019-02-08.
  13. ^ «Портал GTEx - C16orf59». GTEx. Проверено 8/2/19.
  14. ^ а б c d «Главная - ГЕО - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-04-22.
  15. ^ «Тубулин эпсилон и дельта-комплекс 2 (TEDC2) человека (Homo sapiens), мРНК». 2018-12-29. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  16. ^ «Ген: TEDC2 (ENSG00000162062) - Краткое содержание - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 95». useast.ensembl.org. Получено 2019-02-25.
  17. ^ «Антитело против C16ORF59, продуцируемое кроличьим HPA051394». Сигма-Олдрич. Получено 2019-05-05.
  18. ^ "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2019-04-22.
  19. ^ "JPred: Сервер прогнозирования вторичной структуры белка". www.compbio.dundee.ac.uk. Получено 2019-04-22.
  20. ^ а б «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2019-05-05.
  21. ^ «DOG 2.0 - Визуализация структуры белкового домена». dog.biocuckoo.org. Получено 2019-05-05.
  22. ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-04-22.
  23. ^ Варки А., Каммингс Р.Д., Эско Д.Д., Стэнли П., Харт Г.В., Эби М. и др. (2015). «Модификация O-GlcNAc». В Варки А., Каммингс Р. Д., Эско Дж. Д., Стэнли П. (ред.). Основы гликобиологии (3-е изд.). Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. Дои:10.1101 / гликобиология.3e.019 (неактивно 09.09.2020). PMID  28876858. Получено 2019-04-22.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на сентябрь 2020 г. (связь)
  24. ^ "Сервер NetCGlyc 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-04-22.
  25. ^ Ихара Й, Инаи Й, Икезаки М., Мацуи И.С., Манабе С., Ито И (2015). «C-маннозилирование: модификация триптофана в клеточных белках». Гликонаука: биология и медицина. С. 1091–9. Дои:10.1007/978-4-431-54836-2_67-1. ISBN  9784431548362.
  26. ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-04-22.
  27. ^ Грингард, Пол; Нестлер, Эрик Дж. (1999). «Фосфорилирование белков имеет фундаментальное значение в биологической регуляции». Основы нейрохимии: молекулярные, клеточные и медицинские аспекты (6-е изд.).
  28. ^ «База данных Molecular INTeraction - основной ресурс ELIXIR». Получено 2019-04-22.
  29. ^ "mentha: интерактивный браузер". www.mentha.uniroma2.it. Получено 2019-04-22.
  30. ^ Ассманн Э.М., Алборгетти М.Р., Камарго М.Э., Кобарг Дж. (Апрель 2006 г.). «Димеризация FEZ1 и взаимодействие с белками, регулирующими транскрипцию, включает его область спиральной спирали». Журнал биологической химии. 281 (15): 9869–81. Дои:10.1074 / jbc.M513280200. PMID  16484223.
  31. ^ Breslow DK, Hoogendoorn S, Kopp AR, Morgens DW, Vu BK, Kennedy MC, Han K, Li A, Hess GT, Bassik MC, Chen JK, Nachury MV (март 2018 г.). «Скрининг на основе CRISPR для передачи сигналов Hedgehog дает представление о функции ресничек и цилиопатиях». Природа Генетика. 50 (3): 460–471. Дои:10.1038 / s41588-018-0054-7. ЧВК  5862771. PMID  29459677.
  32. ^ "STRING: функциональные сети ассоциации белков". string-db.org. Получено 2019-04-22.