SMG6 - SMG6

SMG6
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2DOK, 2HWW, 2HWX, 4UM2
Идентификаторы
Псевдонимы	SMG6, C17orf31, EST1A, SMG-6, hSMG5 / 7a, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК SMG6
Внешние идентификаторы	OMIM: 610963 MGI: 2144117 ГомолоГен: 23024 Генные карты: SMG6
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17p13.3 Начинать 2,059,839 бп[1] Конец 2,303,785 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 | 11 B5 Начинать 74,925,823 бп[2] Конец 75,164,448 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • связывание теломерной ДНК • связывание ионов металлов • Связывание ДНК-полимеразы • GO: 0001948 связывание с белками • нуклеазная активность • эндонуклеазная активность • гидролазная активность • связывание теломеразной РНК • эндорибонуклеазная активность • Связывание РНК • связывание рибонуклеопротеинового комплекса • рибонуклеазная активность Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • комплекс экзон-экзонный переход • хромосома • хромосома, теломерная область • каталитический основной комплекс теломеразы • ядрышко • теломеразный холоферментный комплекс • ядро клетки Биологический процесс • гидролиз фосфодиэфирной связи нуклеиновой кислоты • экспорт мРНК из ядра • отрицательная регуляция кейпинга теломер • регулирование дефосфорилирования • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, нонсенс-опосредованный распад • Гидролиз фосфодиэфирной связи РНК, эндонуклеолитический • регуляция стабильности РНК • регуляция поддержания теломер • регуляция поддержания теломер через теломеразу • регуляция активности теломеразы • поддержание теломер через теломеразу • Гидролиз фосфодиэфирной связи РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	23293	103677
Ансамбль	ENSG00000070366	ENSMUSG00000038290
UniProt	Q86US8	P61406
RefSeq (мРНК)	NM_001170957 NM_001256827 NM_001256828 NM_001282326 NM_017575	NM_001002764
RefSeq (белок)	NP_001243756 NP_001243757 NP_001269255 NP_060045	NP_001002764
Расположение (UCSC)	Chr 17: 2.06 - 2.3 Мб	Chr 11: 74.93 - 75.16 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Теломераза-связывающий белок EST1A является фермент что у людей кодируется SMG6 ген на хромосома 17.^[5][6][7] Он повсеместно экспрессируется во многих тканях и типах клеток.^[8] С-конец белка EST1A содержит PilT N-terminus (PIN) домен. Эта структура для этого домена была определена Рентгеновская кристаллография.^[9] SMG6 функции для привязки одноцепочечная ДНК в теломер обслуживание и одноцепочечная РНК в нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD).^[10][11] В SMG6 ген также содержит один из 27 SNP связано с повышенным риском ишемическая болезнь сердца.^[12]

Структура

Ген

В SMG6 ген находится на хромосоме 17 в полосе 17p13.3 и содержит 30 экзоны.^[13] Этот ген производит 3 изоформы через альтернативное сращивание.^[14]

Протеин

SMG6 - один из трех человеческих гомологи для Est1p найдено в Saccharomyces cerevisiae. Он содержит PIN-домен, характерный для белков с рибонуклеаза Мероприятия.^[15] Домен PIN образует альфа / бета складчатую структуру, аналогичную структуре 5 ' нуклеазы.^[16] В домене PIN есть каноническая триада: кислотные остатки который функционирует, чтобы расщеплять одноцепочечную РНК.^[17] SMG6 также имеет фосфосерин -binding домен, похожий на тот, что в 14–3–3 белков с двумя другими гомологами, SMG5 и SMG7. Этот 14–3–3-подобный домен и С-концевой домен спиральной шпильки с семью α-спиралями, расположенными перпендикулярно 14–3–3-подобному домену, вместе образуют мономерный тетратрикопептидный участок (TPR). Различия в ориентации и конкретных остатках в TPR между SMG6 и его гомологами могут объяснять, почему SMG6 не образует сложный с SMG5 и SMG7 при наборе UPF1.^[18]

Функция

SMG6 широко экспрессируется во всех тканях человека. Он выполняет двойную функцию в теломер обслуживание и РНК пути наблюдения. SMG6 связывает одноцепочечную теломерную ДНК и взаимодействует с теломераза обратная транскриптаза для удлинения теломер.^[6] Сверхэкспрессия SMG6 индуцирует анафазные мостики из-за слияния концов хромосом и, таким образом, влияет на кэппинг теломер, что может напрямую вызывать апоптотический ответ.^[19][5] SMG6 также функционирует как эндонуклеаза в NMD путь. Каталитическая активность SMG6 заключается в его PIN-домен, что необходимо для деградации кодоны прерывания преждевременной трансляции (PTC) -содержащие мРНК в клетках человека.^[20] SMG6 расщепляет мРНК вблизи кодонов преждевременного прекращения транслокации и требует UPF1 и SMG1 для снижения уровня репортерной мРНК.^[21]

Клиническое значение

У человека выбранные области генома на основе 150 SNP были идентифицированы в исследование ассоциации всего генома (GWAS) по ишемической болезни сердца. Соответственно, связь между недавним курением и сайтами CpG внутри и рядом с этими генами, связанными с заболеванием коронарной артерии, была исследована в 724 человека. Кавказский предметы из Роттердамского исследования. Выявленные метилирование сайты были обнаружены в SMG6 вместе с другими генами, и некоторые из этих сайтов показали более низкое метилирование у субъектов, которые в настоящее время курят, по сравнению с теми, кто никогда не курил.^[22]

Клинический маркер

Мультилокусное исследование генетической шкалы риска, основанное на комбинации 27 локусов, включая ген SMG6, выявило лиц с повышенным риском как эпизодов, так и рецидивов ишемической болезни сердца, а также усиленной клинической пользы от терапии статинами. Исследование было основано на когортном исследовании сообщества (исследование Malmo Diet and Cancer) и четырех дополнительных рандомизированных контролируемых исследованиях когорт первичной профилактики (JUPITER и ASCOT) и когорт вторичной профилактики (CARE и PROVE IT-TIMI 22).^[12]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000070366 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038290 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Reichenbach P, Höss M, Azzalin CM, Nabholz M, Bucher P, Lingner J (апрель 2003 г.). «Человеческий гомолог дрожжевого Est1 связывается с теломеразой и раскрывает концы хромосом при сверхэкспрессии». Текущая биология. 13 (7): 568–74. Дои:10.1016 / S0960-9822 (03) 00173-8. PMID  12676087. S2CID  14423276.
6. Сноу Б.Э., Эрдманн Н., Крукшанк Дж., Голдман Н., Гилл Р.М., Робинсон М.О., Харрингтон Л. (апрель 2003 г.). «Функциональное сохранение белка теломеразы Est1p у человека». Текущая биология. 13 (8): 698–704. Дои:10.1016 / S0960-9822 (03) 00210-0. PMID  12699629. S2CID  6685276.
7. «Ген Entrez: SMG6 Smg-6 гомолог, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК (C. elegans)».
8. «BioGPS - ваша система генного портала». biogps.org. Получено 2016-10-12.
9. Такешита Д., Зенно С., Ли В. К., Сайго К., Танокура М. (июль 2006 г.). «Кристаллизация и предварительный рентгеновский анализ PIN-домена человеческого EST1A». Acta Crystallographica Раздел F. 62 (Пт 7): 656–8. Дои:10.1107 / S1744309106020057. ЧВК  2242961. PMID  16820686.
10. Сноу Б.Э., Эрдманн Н., Крукшанк Дж., Голдман Н., Гилл Р.М., Робинсон М.О., Харрингтон Л. (апрель 2003 г.). «Функциональное сохранение белка теломеразы Est1p у человека». Текущая биология. 13 (8): 698–704. Дои:10.1016 / s0960-9822 (03) 00210-0. PMID  12699629. S2CID  6685276.
11. Ханцингер Э., Кашима I, Фаузер М., Сольер Дж., Изаурральде Э. (декабрь 2008 г.). «SMG6 - это каталитическая эндонуклеаза, которая расщепляет мРНК, содержащие нонсенс-кодоны у метазоа». РНК. 14 (12): 2609–17. Дои:10.1261 / rna.1386208. ЧВК  2590965. PMID  18974281.
12. Mega JL, Stitziel NO, Smith JG, Chasman DI, Caulfield MJ, Devlin JJ, Nordio F, Hyde CL, Cannon CP, Sacks FM, Poulter NR, Sever PS, Ridker PM, Braunwald E, Melander O, Kathiresan S, Sabatine MS (Июнь 2015 г.). «Генетический риск, события ишемической болезни сердца и клиническая польза от терапии статинами: анализ испытаний первичной и вторичной профилактики». Ланцет. 385 (9984): 2264–71. Дои:10.1016 / S0140-6736 (14) 61730-X. ЧВК  4608367. PMID  25748612.
13. "SMG6 SMG6, бессмысленно опосредованный фактор распада мРНК [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-10-12.
14. «SMG6 - Теломераза-связывающий белок EST1A - Homo sapiens (Человек) - ген и белок SMG6». www.uniprot.org. Получено 2016-10-12.
15. Главан Ф, Бем-Ансман I, Изаурральде Э, Конти Э (ноябрь 2006 г.). «Структуры PIN-доменов SMG6 и SMG5 выявляют нуклеазу в комплексе наблюдения за мРНК». Журнал EMBO. 25 (21): 5117–25. Дои:10.1038 / sj.emboj.7601377. ЧВК  1630413. PMID  17053788.
16. Такешита Д., Зенно С., Ли В. К., Сайго К., Танокура М. (сентябрь 2007 г.). «Кристаллическая структура PIN-домена человеческого белка EST1A, связанного с теломеразой». Белки. 68 (4): 980–9. Дои:10.1002 / prot.21351. PMID  17557331.
17. Ханцингер Э., Кашима I, Фаузер М., Сольер Дж., Изаурральде Э. (декабрь 2008 г.). «SMG6 - это каталитическая эндонуклеаза, которая расщепляет мРНК, содержащие нонсенс-кодоны у метазоа». РНК. 14 (12): 2609–17. Дои:10.1261 / rna.1386208. ЧВК  2590965. PMID  18974281.
18. Чакрабарти С., Бонно Ф., Шюсслер С., Эппингер Е., Конти Е. (август 2014 г.). «Фосфозависимые и фосфонезависимые взаимодействия геликазы UPF1 с факторами NMD SMG5-SMG7 и SMG6». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (14): 9447–60. Дои:10.1093 / нар / gku578. ЧВК  4132714. PMID  25013172.
19. Карлседер Дж., Брокколи Д., Дай Й., Харди С., де Ланге Т. (февраль 1999 г.). «p53- и ATM-зависимый апоптоз, индуцированный теломерами, лишенными TRF2». Наука. 283 (5406): 1321–5. Дои:10.1126 / science.283.5406.1321. PMID  10037601.
20. Ханцингер Э., Кашима I, Фаузер М., Сольер Дж., Изаурральде Э. (декабрь 2008 г.). «SMG6 - это каталитическая эндонуклеаза, которая расщепляет мРНК, содержащие нонсенс-кодоны у метазоа». РНК. 14 (12): 2609–17. Дои:10.1261 / rna.1386208. ЧВК  2590965. PMID  18974281.
21. Николсон П., Джози С., Куросава Х., Ямасита А., Мюлеманн О. (август 2014 г.). «Новое независимое от фосфорилирования взаимодействие между SMG6 и UPF1 имеет важное значение для NMD человека». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (14): 9217–35. Дои:10.1093 / нар / gku645. ЧВК  4132754. PMID  25053839.
22. Стенаард Р.В., Лигтхарт С., Столк Л., Петерс М.Дж., ван Мерс Дж.Б., Уиттерлинден А.Г., Хофман А., Франко О.А., Дехган А. (01.01.2015). «Табакокурение связано с метилированием генов, связанных с заболеванием коронарной артерии». Клиническая эпигенетика. 7: 54. Дои:10.1186 / s13148-015-0088-у. ЧВК  4443552. PMID  26015811.

дальнейшее чтение

• Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Х., Кикуно Р., Охара О., Нагасе Т. (июнь 2002 г.). «Конструирование готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное культивирование 330 клонов кДНК KIAA». ДНК исследования. 9 (3): 99–106. CiteSeerX  10.1.1.500.923. Дои:10.1093 / днарес / 9.3.99. PMID  12168954.
• Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О. (октябрь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XI. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК исследования. 5 (5): 277–86. Дои:10.1093 / днарес / 5.5.277. PMID  9872452.
• Хофф С., Серански П., Молленхауэр Дж., Корн Б., Детцель Т., Рейнхардт Р., Рамзер Дж., Поустка А. (ноябрь 2000 г.). «Физическое и транскрипционное картирование области 17p13.3, которая часто удаляется при раке человека». Геномика. 70 (1): 26–33. Дои:10.1006 / geno.2000.6353. PMID  11087658.
• Чиу С.Ю., Серин Г., Охара О, Макват Л.Е. (январь 2003 г.). «Характеристика человеческого Smg5 / 7a: белка, сходного с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который участвует в дефосфорилировании Upf1». РНК. 9 (1): 77–87. Дои:10.1261 / rna.2137903. ЧВК  1370372. PMID  12554878.
• Охниши Т., Ямасита А., Кашима И., Шелл Т., Андерс К.Р., Гримсон А., Хачия Т., Хентце М.В., Андерсон П., Оно С. (ноябрь 2003 г.). «Фосфорилирование hUPF1 индуцирует образование комплексов наблюдения мРНК, содержащих hSMG-5 и hSMG-7». Молекулярная клетка. 12 (5): 1187–200. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00443-X. PMID  14636577.
• Фукухара Н., Эберт Дж., Унтерхольцнер Л., Линднер Д., Изаурральде Е., Конти Е. (февраль 2005 г.). «SMG7 представляет собой 14-3-3-подобный адаптер в нонсенс-опосредованном пути распада мРНК». Молекулярная клетка. 17 (4): 537–47. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.01.010. PMID  15721257.
• Аззалин К.М., Лингнер Дж. (Февраль 2006 г.). «Фактор надзора за РНК человека UPF1 необходим для прогрессирования S-фазы и стабильности генома». Текущая биология. 16 (4): 433–9. Дои:10.1016 / j.cub.2006.01.018. PMID  16488880. S2CID  17197870.
• Такешита Д., Зенно С., Ли В. К., Сайго К., Танокура М. (июль 2006 г.). «Кристаллизация и предварительный рентгеновский анализ PIN-домена человеческого EST1A». Acta Crystallographica Раздел F. 62 (Пт 7): 656–8. Дои:10.1107 / S1744309106020057. ЧВК  2242961. PMID  16820686.
• Главан Ф, Бем-Ансман I, Изаурральде Э, Конти Э (ноябрь 2006 г.). «Структуры PIN-доменов SMG6 и SMG5 выявляют нуклеазу в комплексе наблюдения за мРНК». Журнал EMBO. 25 (21): 5117–25. Дои:10.1038 / sj.emboj.7601377. ЧВК  1630413. PMID  17053788.
• Такешита Д., Зенно С., Ли В. К., Сайго К., Танокура М. (сентябрь 2007 г.). «Кристаллическая структура PIN-домена человеческого белка EST1A, связанного с теломеразой». Белки. 68 (4): 980–9. Дои:10.1002 / prot.21351. PMID  17557331.