NOD1 - NOD1

NOD1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2B1W, 2DBD, 2НСН, 2NZ7, 4Э9М, 4JQW
Идентификаторы
Псевдонимы	NOD1, CARD4, CLR7.1, NLRC1, нуклеотид-связывающий домен олигомеризации, содержащий 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 605980 MGI: 1341839 ГомолоГен: 4440 Генные карты: NOD1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 7 (человек)[1] Группа 7п14.3 Начинать 30,424,527 бп[1] Конец 30,478,784 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[2] Группа 6 | 6 B3 Начинать 54,923,949 бп[2] Конец 54,972,612 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • активность гомодимеризации белков • GO: 0001948 связывание с белками • связывание пептидогликана • идентичное связывание с белками • активность активатора эндопептидазы цистеинового типа, участвующего в апоптотическом процессе • Привязка домена CARD • Связывание АТФ • GO: 0032403 связывание макромолекулярного комплекса Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • мембрана • клеточная мембрана • базолатеральная плазматическая мембрана • апикальная плазматическая мембрана Биологический процесс • регуляция апоптотического процесса • ответ защиты • обнаружение биотического стимула • GO: 0007243 внутриклеточная передача сигнала • положительное регулирование гибели клеток • иммунная система • положительное регулирование каскада JNK • положительная регуляция ксенофагии • положительная регуляция передачи сигналов NIK / NF-kappaB • клеточный ответ на мурамилдипептид • Каскад JNK • положительная регуляция активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе • положительное регулирование процессинга и презентации антигенов дендритными клетками • положительная регуляция активности синтазы оксида азота • активация активности MAPK • защитный ответ на бактерию • положительная регуляция активности фактора транскрипции NF-kappaB • олигомеризация белков • обнаружение бактерии • положительное регулирование выработки бета интерлейкина-1 • положительная регуляция каскада ERK1 и ERK2 • положительное регулирование продукции интерлейкина-6 • положительное регулирование выработки фактора некроза опухоли • положительная регуляция передачи сигналов I-kappaB киназы / NF-kappaB • воспалительная реакция • активация активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе • нуклеотид-связывающий домен олигомеризации, содержащий сигнальный путь • преобразование сигнала • положительная регуляция стресс-активируемого каскада MAPK • защитный ответ на грамположительные бактерии • апоптотический процесс • врожденная иммунная система • сигнальный путь, опосредованный интерлейкином-1 Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10392	107607
Ансамбль	ENSG00000106100	ENSMUSG00000038058
UniProt	Q9Y239	Q8BHB0
RefSeq (мРНК)	NM_006092 NM_001354849	NM_001171007 NM_172729
RefSeq (белок)	NP_006083 NP_001341778	NP_001164478 NP_766317
Расположение (UCSC)	Chr 7: 30,42 - 30,48 Мб	Chr 6: 54.92 - 54.97 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Нуклеотид-связывающий домен олигомеризации, содержащий белок 1 (NOD1) это белок рецептор, который у человека кодируется NOD1 ген.^[5][6] Он распознает молекулы бактерий и стимулирует иммунную реакцию.^[7].

Белок NOD1 содержит домен найма caspase (КАРТА). NOD1 является членом NOD-подобный рецептор семейства белков и является близким родственником NOD2. NOD1 - это внутриклеточный рецептор распознавания образов, сходный по структуре с устойчивыми белками растений, опосредует врожденный и приобретенный иммунитет распознавая молекулы, содержащие фрагмент D-глутамил-мезо-диаминопимелиновой кислоты (iE-DAP), включая бактериальные пептидогликан. Nod1 взаимодействует с РИПК2 через КАРТЫ обеих молекул (см. структуру КАРТЫ NOD1 на правой панели). Стимуляция NOD1 молекулами, содержащими iE-DAP, приводит к активации фактора транскрипции. NF-κB.

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000106100 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038058 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Бертин Дж., Нир В. Дж., Фишер К. М., Тайбер О. В., Эррада П. Р., Грант Дж. Р., Кейлти Дж. Дж., Госселин М. Л., Робисон К. Э., Вонг Г. Х., Глюксманн М. А., ДиСтефано П. С. (май 1999 г.). «Человеческий белок CARD4 представляет собой новый член семейства клеточной смерти CED-4 / Apaf-1, который активирует NF-kappaB». Журнал биологической химии. 274 (19): 12955–8. Дои:10.1074 / jbc.274.19.12955. PMID  10224040.
6. Инохара Н., Косеки Т., дель Песо Л., Ху И, Йи С., Чен С., Каррио Р., Мерино Дж., Лю Д., Ни Дж., Нуньес Дж. (Май 1999 г.). «Nod1, Apaf-1-подобный активатор каспазы-9 и ядерного фактора-kappaB». Журнал биологической химии. 274 (21): 14560–7. Дои:10.1074 / jbc.274.21.14560. PMID  10329646.
7. Махла Р.С., Редди М.С., Прасад Д.В., Кумар Х. (сентябрь 2013 г.). «Подслащенные PAMP: роль сахарных комплексов PAMP в врожденном иммунитете и биологии вакцины». Границы иммунологии. 4: 248. Дои:10.3389 / fimmu.2013.00248. ЧВК  3759294. PMID  24032031.

дальнейшее чтение

• Мартинон Ф., Чопп Дж. (Август 2005 г.). «NLR присоединяются к TLR как врожденные сенсоры патогенов». Тенденции в иммунологии. 26 (8): 447–54. Дои:10.1016 / j.it.2005.06.004. PMID  15967716.
• Стробер В., Мюррей П.Дж., Китани А., Ватанабе Т. (январь 2006 г.). «Сигнальные пути и молекулярные взаимодействия NOD1 и NOD2». Обзоры природы. Иммунология. 6 (1): 9–20. Дои:10.1038 / nri1747. PMID  16493424. S2CID  33505741.
• Инохара Н., Косеки Т., Лин Дж., Дель Песо Л., Лукас П.С., Чен Ф.Ф., Огура Ю., Нуньес Дж. (Сентябрь 2000 г.). «Модель индуцированной близости для активации NF-каппа B в путях передачи сигналов Nod1 / RICK и RIP». Журнал биологической химии. 275 (36): 27823–31. Дои:10.1074 / jbc.M003415200. PMID  10880512.
• Инохара Н., Огура И., Чен Ф.Ф., Муто А., Нуньес Г. (январь 2001 г.). «Человеческий Nod1 придает чувствительность к бактериальным липополисахаридам». Журнал биологической химии. 276 (4): 2551–4. Дои:10.1074 / jbc.M009728200. PMID  11058605.
• Chu ZL, Pio F, Xie Z, Welsh K, Krajewska M, Krajewski S, Godzik A, Reed JC (март 2001 г.). «Новый усилитель апоптосомы Apaf1, участвующий в цитохром c-зависимой активации каспазы и апоптозе». Журнал биологической химии. 276 (12): 9239–45. Дои:10.1074 / jbc.M006309200. PMID  11113115.
• Ю Нью-Джерси, Пак В.С., Ким СИ, Рид Дж.С., Сон С.Г., Ли Дж.Й., Ли С.Х. (декабрь 2002 г.) «Nod1, белок CARD, усиливает процессинг про-интерлейкина-1бета за счет взаимодействия с прокаспазой-1». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 299 (4): 652–8. Дои:10.1016 / S0006-291X (02) 02714-6. PMID  12459189.
• Мацуда А., Сузуки Ю., Хонда Дж., Мурамацу С., Мацузаки О, Нагано Ю., Дои Т., Шимотохно К., Харада Т., Нисида Е., Хаяси Н., Сугано С. (май 2003 г.). «Крупномасштабная идентификация и характеристика человеческих генов, активирующих сигнальные пути NF-kappaB и MAPK». Онкоген. 22 (21): 3307–18. Дои:10.1038 / sj.onc.1206406. PMID  12761501.
• Стехлик С., Хаяси Х, Пио Ф., Годзик А., Рид Дж. К. (август 2003 г.). «CARD6 является модулятором активации NF-каппа B путями, опосредованными Nod1 и Cardiak». Журнал биологической химии. 278 (34): 31941–9. Дои:10.1074 / jbc.M300009200. PMID  12775719.
• Girardin SE, Boneca IG, Carneiro LA, Antignac A, Jéhanno M, Viala J, Tedin K, Taha MK, Labigne A, Zähringer U, Coyle AJ, DiStefano PS, Bertin J, Sansonetti PJ, Philpott DJ (июнь 2003 г.). «Nod1 обнаруживает уникальный муропептид из грамотрицательного бактериального пептидогликана». Наука. 300 (5625): 1584–7. Дои:10.1126 / science.1084677. PMID  12791997. S2CID  1320864.
• Хисамацу Т, Сузуки М, Подольский ДК (август 2003 г.). «Интерферон-гамма увеличивает экспрессию гена и белка CARD4 / NOD1 за счет фактора регуляции интерферона-1 в эпителиальных клетках кишечника». Журнал биологической химии. 278 (35): 32962–8. Дои:10.1074 / jbc.M304355200. PMID  12813035.
• Girardin SE, Travassos LH, Hervé M, Blanot D, Boneca IG, Philpott DJ, Sansonetti PJ, Mengin-Lecreulx D (октябрь 2003 г.). «Молекулярные требования пептидогликана, позволяющие обнаруживать Nod1 и Nod2». Журнал биологической химии. 278 (43): 41702–8. Дои:10.1074 / jbc.M307198200. PMID  12871942.
• Ким Дж. Г., Ли С. Дж., Кагнофф М. Ф. (март 2004 г.). «Nod1 является важным преобразователем сигнала в эпителиальных клетках кишечника, инфицированных бактериями, которые избегают распознавания toll-подобными рецепторами». Инфекция и иммунитет. 72 (3): 1487–95. Дои:10.1128 / IAI.72.3.1487-1495.2004. ЧВК  356064. PMID  14977954.
• Дамиано Дж. С., Оливейра В., Валлийский К., Рид Дж. С. (июль 2004 г.). «Гетеротипические взаимодействия между доменами NACHT: значение для регуляции врожденных иммунных ответов». Биохимический журнал. 381 (Пт 1): 213–9. Дои:10.1042 / BJ20031506. ЧВК  1133779. PMID  15107016.

внешняя ссылка

• NOD1 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
• NOD1 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.