Мимотоп - Mimotope

А мимотоп макромолекула, часто пептид, который имитирует структуру эпитоп. Благодаря этому свойству он вызывает антитело ответ подобен тому, который вызывается эпитопом. Антитело к данному эпитопному антигену распознает мимотоп, который имитирует этот эпитоп. Мимотопы обычно получают из фаговый дисплей библиотеки через биопэннинг. Вакцина с использованием мимотопов. Мимотопы - это своего рода пептиды Аптамеры.

Когда термин мимотоп был впервые введен в употребление Марио Гейзеном в 1986 году,[1] его использовали для описания пептидов, имитирующих эпитоп. Однако эта концепция была расширена для обозначения пептидов, имитирующих все типы сайтов связывания. Как имитатор сайта связывания, мимотопный анализ широко используется для картирования эпитопов,[2] идентификация лекарственной мишени и предположение сетей взаимодействия белков.[3][4] Кроме того, мимотоп также показал свой потенциал в разработке новых диагностических средств,[5] терапия[6] и вакцины.[7] Кроме того, особое сродство мимотопов к различным полупроводникам и другим материалам показало обнадеживающие перспективы в исследованиях новых материалов и энергии.[8] Поэтому стоит сбор информации о мимотопах в специальной базе данных. В 2010 г. MimoDB выпущена версия базы данных 1.0.[9] В нем было 10716 пептидов, сгруппированных в 1229 наборов. Эти пептиды были извлечены из результатов биопэннинга случайных пептидных библиотек, отображаемых на фаге, о которых сообщалось в 571 статье. База данных MimoDB была обновлена ​​до текущей версии 2.0 совсем недавно.[10] В версии 2.0 он содержит 15633 пептида, собранных из 849 статей и сгруппированных в 1818 наборов. Помимо основных данных об экспериментах по панорамированию и их результатах, включена обширная справочная информация о цели, шаблоне, библиотеке и структуре. Для специалистов по биоинформатике был также составлен сопутствующий эталонный тест для разработки и оценки своих новых моделей, алгоритмов и программ. Кроме того, база данных MimoDB предоставляет инструменты для простого и расширенного поиска, визуализации структуры, BLAST и просмотра на лету. Биологи-экспериментаторы могут легко использовать базу данных в качестве виртуального контроля для исключения возможных не связанных с мишенью пептидов. База данных MimoDB[11] находится в свободном доступе.

Рекомендации

  1. ^ Гейзен, HM; Родда, SJ; Мейсон, Т.Дж. (июль 1986 г.). «Априорное описание пептида, который имитирует прерывистую антигенную детерминанту». Молекулярная иммунология. 23 (7): 709–15. Дои:10.1016/0161-5890(86)90081-7. PMID  2432410.
  2. ^ Smith, GP; Петренко, В.А. (1997-04-01). «Фаговый дисплей». Химические обзоры. 97 (2): 391–410. Дои:10.1021 / cr960065d. PMID  11848876.
  3. ^ Тонг, АХ; Drees, B; Нарделли, G; Bader, GD; Браннетти, Б; Кастаньоли, L; Евангелиста, М; Ферракути, S; Нельсон, Б. Паолузи, S; Куондам, М; Цуккони, А; Hogue, CW; Поля, S; Бун, C; Чезарени, G (2002-01-11). «Комбинированная экспериментальная и вычислительная стратегия для определения сетей взаимодействия белков для модулей распознавания пептидов». Наука. 295 (5553): 321–4. Дои:10.1126 / science.1064987. PMID  11743162.
  4. ^ Thom, G; Кокрофт, AC; Buchanan, AG; Candotti, CJ; Коэн, ES; Lowne, D; Монах, П; Шоррок-Харт, CP; Джермутус, L; Минтер, Р.Р. (16 мая 2006 г.). «Исследование взаимодействия белок-белок с помощью эволюции in vitro». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (20): 7619–24. Bibcode:2006ПНАС..103.7619Т. Дои:10.1073 / pnas.0602341103. ЧВК  1458619. PMID  16684878.
  5. ^ Hsiung, PL; Харди, Дж; Фридланд, S; Soetikno, R; Du, CB; Wu, AP; Sahbaie, P; Кроуфорд, JM; Лоу, AW; Contag, CH; Ван, Т. Д. (апрель 2008 г.). «Выявление дисплазии толстой кишки in vivo с использованием целевого гептапептида и конфокальной микроэндоскопии». Природа Медицина. 14 (4): 454–8. Дои:10,1038 / нм 1692. ЧВК  3324975. PMID  18345013.
  6. ^ Macdougall, IC; Россерт, Дж; Casadevall, N; Стед, РБ; Duliege, AM; Фруассар, М; Эккардт, KU (2009-11-05). «Агонист рецептора эритропоэтина на основе пептидов для чистой аплазии красных клеток». Медицинский журнал Новой Англии. 361 (19): 1848–55. Дои:10.1056 / NEJMoa074037. PMID  19890127.
  7. ^ Knittelfelder, R; Riemer, AB; Дженсен-Яролим, Э (апрель 2009 г.). «Мимотопная вакцинация - от аллергии к раку». Мнение эксперта по биологической терапии. 9 (4): 493–506. Дои:10.1517/14712590902870386. ЧВК  3049225. PMID  19344285.
  8. ^ Ли, YJ; Yi, H; Ким, WJ; Канг, К; Юн, DS; Страна, MS; Седер, G; Белчер, AM (22 мая 2009 г.). «Производство генно-инженерных мощных литий-ионных батарей с использованием нескольких вирусных генов». Наука. 324 (5930): 1051–5. Bibcode:2009Sci ... 324.1051L. Дои:10.1126 / science.1171541. PMID  19342549.
  9. ^ Тереть; Хуанг, Дж; Дай, П; Ли, S; Ся, Z; Дин, Н; Lin, H; Guo, F; Ван, X (15 ноября 2010 г.). «MimoDB: новый репозиторий для мимотопных данных, полученных с помощью технологии фагового дисплея». Молекулы (Базель, Швейцария). 15 (11): 8279–88. Дои:10.3390 / молекулы15118279. ЧВК  6259156. PMID  21079566.
  10. ^ Хуанг, Дж; Тереть; Чжу, П; Nie, F; Ян, Дж; Ван, Х; Дай, П; Lin, H; Guo, FB; Рао, Н. (2011-11-03). «MimoDB 2.0: база данных мимотопов и не только». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (1): D271–7. Дои:10.1093 / nar / gkr922. ЧВК  3245166. PMID  22053087.
  11. ^ «База данных MimoDB». Архивировано из оригинал на 2012-11-16. Получено 2011-11-07.