Halostagnicola larsenii - Halostagnicola larsenii

Halostagnicola larsenii
Научная классификация
Домен:
Археи
Королевство:
Euryarchaeota
Тип:
Euryarchaeota
Учебный класс:
Галобактерии
Заказ:
Галобактерии
Семья:
Галобактерии
Род:
Halostagnicola
Биномиальное имя
Halostagnicola larsenii Штамм XH-48
Castillo et al. 2006 г.
Разновидность
  • H. larsenii

Halostagnicola larsenii неподвижен, аэробный, грамотрицательный стержневой формы Археон.[1] Это галофильный, нейтрофильный, хемоорганотроф и был выделен из образцов, взятых из соленого озера в Китае.[1] Этимология названия происходит от ореолы, нимбы По-гречески соль, застой Латынь для кусочка стоячей воды, -кола Латынь для жителя или жителя, и Ларсений назван в честь норвежского микробиолога Хельге Ларсена, который был пионером в исследованиях, касающихся галофилы.[1]

Открытие

В сентябре 2003 г. исследователи из Севильский университет, Испания, получили образцы наносов из озера в г. Внутренняя Монголия, Китай.[1] Озеро Ксилинхолт - чрезвычайно соленое озеро, что обеспечивает оптимальные условия для роста Halostagnicola larsenii .[1] Образцы культивировали в 20% физиологическом растворе.[1] Питательный агар пластины использовались для культивирования образцов.[1] СМИ содержали хлорид натрия и был оптимизирован при pH 7,5.[1] H. larsenii Оптимально растет при 15% NaCl, 37 ° Цельсия и pH 7-8.[1] Он не может расти при температуре выше 50 ° по Цельсию.[1] Была проведена дальнейшая характеристика видов, и Castillo et al. Предложили идентифицировать штамм XH-48 как новый вид в пределах Halostagnicola тип.[1]

Характеристика

Морфология

Морфология был определен с использованием фазовый контраст оптика микроскопа Olympus BX41.[1] Ячейки Halostagnicola larsenii XH48 имеют ширину 0,5-1,0 мкм и длину 1,0-3,0 мкм.[1] Ячейки H. larsenii находятся плеоморфный, и дисплейные стержневые, квадратные или дисковые ячейки.[1] Это отражает способность штамма изменять размер и форму в ответ на изменения в окружающей среде, такие как соленость.[1] Морфология колонии H. larsenii круглый, гладкий, непрозрачный и розового цвета.[1] Липиды полярных эфиров, обнаруженные в его мембране, включают: фосфатидилглицерин и фосфатидилглицерометилфосфат.[1] Эти липиды были экстрагированы хлороформ и метанол.[1] Тесты показали, что этот организм оксидаза положительный и каталаза отрицательный.[1]

Метаболизм

Halostagnicola larsenii это галофильный, нейтрофильный, хемоорганотроф и использует кислород в качестве конечного акцептора электронов.[1] H. larsenii может использовать различные углеводы Такие как фруктоза, глицерин, лактоза, глюкоза, арабиноза, ацетат, рибоза, крахмал, мальтоза, галактоза, рибоза, ксилоза, глутамат, и пропионат в качестве субстраты для роста.[1] Рост субстраты были определены с помощью изолирующая среда, который содержал субстрат проходит испытания вместе с Экстракт дрожжей.[1] Кроме того, H. larsenii подвергается ассимиляции нитрат сокращение до нитрит к аммиак.[2] Этот процесс отличается от восстановления нитратов, потому что он происходит аэробно и требует ферродоксин как донор электронов.[3]

Устойчивость к антибиотикам

H. larsenii устойчив к следующим антибиотикам: ампициллин, хлорамфеникол, эритромицин, гентамицин, налидиксовая кислота, неомицин, пенициллин G, рифампицин, стрептомицин, и тетрациклин.[1] Организм чувствителен к бацитрацин и новобиоцин.[1] Чувствительность и резистентность к антибиотикам определяли с помощью тест диффузии в агаре в котором бумажные диски, пропитанные антибиотиками, помещали на чашки с агаром.[1]

Экология

Halostagnicola larsenii был первоначально обнаружен в соленом озере в Внутренняя Монголия, Китай.[1] Он также был выделен из морской воды каменных карьеров на Западном побережье Махараштра, Индия.[4] Обычно галоархеи Такие как H. larsenii требуют среды с высокой соленостью для роста и могут быть найдены в отложениях водной среды, такой как пресная вода озера.[5]

Геномика

В 2014 году полный геном H. larsenii был секвенирован с использованием Секвенирование красителей Illumina HiSeq 2000 от Иэна Андерсона в рамках проекта «Архейское древо жизни» при поддержке Объединенный институт генома.[6] Геном состоит из 2,79 мегаоснований. [6] на круговой хромосоме с четырьмя круговыми плазмиды.[7] Геном включает 4246 генов, из которых 4171 гены, кодирующие белки, 19 - псевдогены, 6 рРНК гены и 49 тРНК гены.[6] В GC-контент генома составляет 61%.[6]

В исследовании 2008 года, проведенном Castillo и др., Хромосомная ДНК была выделена с использованием Мармур методы простого разрушения клеток детергентом лизис, нуклеиновая экстракция органическим растворитель, и восстановление ДНК осаждение этанолом были использованы.[1][8] В 16S рибосомная РНК генная последовательность H. larsenii был изучен с использованием Программное обеспечение ARB.[1] В присоединение к соседу Метод был использован для проведения анализа последовательности гена 16s рРНК и определения филогенетический отношения.[1] Ближайшие соседние виды Натриальба эгипитака и Натриальба азиатский геномное сходство имело 94,5% и 93,3% соответственно.[1] Ключевое отличие от Натриальба в том, что H. larsenii отсутствуют ключевые базы 403G и 560G.[1]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у z аа ab ac объявление ае Кастильо, А. М. и др. «Halostagnicola larsenii gen. Nov., Sp. Nov., Чрезвычайно галофильный археон из соленого озера во Внутренней Монголии, Китай». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии 56.7 (2006): 1519-1524. PUB MED DOI: 10.1099 / ijs.0.64286-0
  2. ^ «Метаболизм азота: H. Larsenii». Метаболизм азота: H. Larsenii. КЕГГ, н.д. Интернет. 23 апреля 2015 г.
  3. ^ Герреро, М. Г. «Ассимиляционное восстановление нитратов». (1985): 170-171.
  4. ^ Kanekar et al. «Исследование галоархеи Halostagnicola larsenii, выделенной из морской воды каменного карьера, западное побережье Махараштры, Индия, для производства бактериородопсина (BR)». Журнал прикладной микробиологии. (2014) ОпубликованоDOI: 10.1111 / jam.12784
  5. ^ Luque, R., et al. «Разнообразие культивируемых галофильных архей, выделенных из Рамбла Салада, Мерсия (Испания)». Экстремофилы 16.2 (2012): 205-213.
  6. ^ а б c d «Halostagnicola Larsenii XH-48, полный геном». Национальный центр биотехнологической информации. Национальная медицинская библиотека США, n.d. Интернет. 01 апреля 2015.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP007055
  7. ^ «KEGG GENOME: Halostagnicola Larsenii». КЕГГ ГЕНОМ: Halostagnicola Larsenii. N.p., n.d. Интернет. 01 апреля 2015. http://www.genome.jp/kegg-bin/show_organism?org=hlr
  8. ^ Мур, Э. и др. «Упрощенные протоколы приготовления геномной ДНК из бактериальных культур». Руководство по молекулярной микробной экологии 1.1 (1999): 1-15.

внешняя ссылка