Haladaptatus paucihalophilus - Haladaptatus paucihalophilus
| Haladaptatus paucihalophilus | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Тип: | |
| Учебный класс: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | |
| Разновидность: | H. paucihalophilus |
| Биномиальное имя | |
| Haladaptatus paucihalophilus Savage et al 2007, исправил.[1] | |
Haladaptatus paucihalophilus это галофильный архей, первоначально выделенных из источника в Оклахома.[1] Он использует новый путь к синтезировать глицин, и содержит уникальные физиологический особенности для осмоадаптация.[2]
Открытие
H. paucihalophilus первоначально был обнаружен в 2004 году, но в то время не был классифицирован как вид; только Галобактерии были изучены.[3] H. paucihalophilus был изолирован от источника Зодлетон в Оклахоме.[1] Первоначально считалось, что он имеет два разных штамма: DX253 и GY252.[1] Однако эти два штамма позже были сочтены одним видом, так как они имеют 97,7% видового сходства в 16S рибосомная РНК анализ последовательности.[1] Изолировать H. paucihalophilus в частности, были взяты образцы почвы из родника, которые затем были внесены в галофил -селективная среда, а затем анализируется после роста колонии.[1] Тестирование проводилось на окрашивание по Граму, источник углерода, продукцию кислоты, рост при минимальном уровне. концентрация соли, и антибиотик чувствительность.[1] Также, ПЦР был выполнен с грунтовки A1F и UA1406R.[1] H. paucihalophilus был назван за способность расти в среде с низким содержанием соли (лат. паукус в смысле мало, греческий Привет означает соль по-гречески философ означает любить).[1]
Экология
Большинство видов в пределах Галобактерии можно найти в таких средах, как источники и болота, которые содержат высокую концентрацию соли.[1] Однако многие из них архей виды, которые обладают высокой толерантностью к соли, также могут существовать в средах с низким содержанием соли.[1] H. paucihalophilus способен выживать и расти в широком диапазоне концентраций соли, поэтому его также можно найти живущим в среде с низким содержанием соли, как и в Zodletone Spring.[1]
Филогения
На основе 16S рибосомная РНК последовательность действий H. paucihalophilus похож на вид Халалкаликокк tibetensis на 89,5-90,8%, при этом различия сосредоточены в пар оснований 1-200 и 400-800.[1] Отличия от фосфолипид содержание в H. paucihalophilus по сравнению с другими галофильный родов в основном составляет дифференциацию.[1]
Характеристика
Морфология
H. paucihalophilus это кокк -образный хемоорганотроф, неподвижный, и с розовой пигментацией архей разновидность.[1] H. paucihalophius ячейки диаметром 1,2 мкм с время удвоения продолжительностью 12–13 часов и растут как отдельные клетки, так и парами.[1] Этот вид содержит фосфолипиды: фосфатидилглицерин, метиловый эфир фосфатидилглицеринфосфата и сульфат фосфатидилглицерина.[1] Вырабатывает кислоту, растет pH диапазон 5,0-7,5, и способен расти при концентрациях соли от 0,8-5,1 М.[1]
Метаболизм
Поток углерода для H. paucihalophilus делается с окислительным цикл трикарбоновых кислот, но не использует восстановительный цикл трикарбоновых кислот.[4] Оно использует глютаминовая кислота, гистидин, норлейцин, фенилаланин, D-глюкуроновая кислота, эскулин, трегалоза, декстрин, салицин, сахароза, фруктоза, ксилоза, глюкоза, галактоза, глицерин, цитрат, пируват, ацетат, крахмал, лактат, маннитол, фумарат, и малат как источники углерода.[1] H. paucihalophilus является аэробный, поэтому он использует кислород как терминальный акцептор электронов.[5] Он не может использовать нитрат, сульфат, тиосульфат, элементаль сера, диметилсульфоксид, или же N-оксид триметиламина как акцептор электронов для роста в анаэробный условия.[1] У этого вида лизин синтез осуществляется диаминопимелат путь, типичный путь для галофильных археи.[4] H. paucihalophillus отличается своим биосинтез из глицин используя смесь трех биосинтетические пути, которые являются серин гидроксиметилтрансфераза путь, треонин альдолаза пути, и обратное система расщепления глицином.[4]
Геномика
Размер геном из H. paucihalophilus составляет 4 317 540 баз.[5] Он содержит 4489 гены, из которых 4429 являются гены, кодирующие белок.[5] В G-C содержание из H. paucihalophilus составляет 60,5 моль %.[1]
Научное значение
Этот конкретный галофил имеет важное значение в научной области, потому что он не только может выдерживать высокие концентрации соли, но также может переносить низкие концентрации соли, что делает его целевым видом для изучения в лаборатории.[4] Это также первый обнаруженный микроб, способный синтезировать глицин различными путями, помимо обычных. серин гидроксиметилтрансфераза путь.[4] H. paucihalophilus организм, который нужно изучать из-за его уникальных физиологических особенностей для осмоадаптация, то есть способность приспосабливаться к различиям в осмолярности за счет наличия соли в цитоплазме.[2][6]
Рекомендации
- ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты Savage, K. N .; Krumholz, L. R .; Орен, А .; Эльшахед, М. (2007). «Haladaptatus paucihalophilus gen. Nov., Sp. Nov., Галофильная архея, выделенная из источника с низким содержанием соли и богатого сульфидами». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 57 (1): 19–24. Дои:10.1099 / ijs.0.64464-0. PMID 17220434.
- ^ а б Youssef, N.H .; Сэвидж-Эшлок, К. Н .; McCully, A. L .; Luedtke, B .; Shaw, E. I .; Hoff, W. D .; Эльшахед, М. С. (2014). «Биосинтез трегалозы / 2-сульфотрегалозы и захват глицин-бетаина являются широко распространенными механизмами осмоадаптации в Halobacteriales». Журнал ISME. 8 (3): 636–649. Дои:10.1038 / ismej.2013.165. ЧВК 3930309. PMID 24048226.
- ^ Эльшахед, M.S .; Najar, F. Z .; Roe, B.A .; Орен, А .; Dewers, T. A .; Крумхольц, Л. (2004). «Обзор разнообразия архейлов показывает обилие галофильных архей на источнике с низким содержанием соли, сульфидов и серы». Appl Environ Microbiol. 70 (4): 2230–2239. Дои:10.1128 / AEM.70.4.2230-2239.2004. ЧВК 383155. PMID 15066817.
- ^ а б c d е Лю, G .; Zhang, M .; Mo, T .; Он, Л .; Zhang, W .; Yu, Y .; Дин, В. (2015). "Анализ метаболического потока галофильных архей haladaptatus paucihalophilus". Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 467 (4): 1058–1062. Дои:10.1016 / j.bbrc.2015.09.174. PMID 26441084.
- ^ а б c Марковицл, Виктор М; Чен, И-Мин А .; Паланиаппан, Кришна; Чу, Кен; Сзето, Эрнест; Гречкин, Юрий; Ратнер, Анна; Джейкоб, Биджу; Хуанг, Цзинхуа; Уильямс, Питер; Huntemann, Марсель; Андерсон, Иэн; Марвроматис, Константинос; Иванова Наталья Н .; Кирпидес, Никос К. "Haladaptatus paucihalophilus DX253". IMG: интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа. Получено 26 апреля 2016.
- ^ Слейтор, Рой Д.; Хилл, Колин (2002). «Бактериальная осмоадаптация: роль осмолитов в бактериальном стрессе и вирулентности». Обзор микробиологии FEMS. 26 (1): 49–71. Дои:10.1111 / j.1574-6976.2002.tb00598.x. PMID 12007642.