C10orf67 - C10orf67

C10orf67
Идентификаторы
ПсевдонимыC10orf67, C10orf115, LINC01552, bA215C7.4, открытая рамка считывания хромосомы 10 67
Внешние идентификаторыГомолоГен: 82326 Генные карты: C10orf67
Расположение гена (человек)
Хромосома 10 (человек)
Chr.Хромосома 10 (человек)[1]
Хромосома 10 (человек)
Геномное расположение C10orf67
Геномное расположение C10orf67
Группа10п12.2Начинать23,202,696 бп[1]
Конец23,344,845 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

256815

н / д

Ансамбль

ENSG00000179133

н / д

UniProt

Q8IYJ2

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_153714
NM_001351306
NM_001365862
NM_001371909

н / д

RefSeq (белок)

NP_714925
NP_001338235
NP_001352791
NP_001358838

н / д

Расположение (UCSC)Chr 10: 23,2 - 23,34 Мбн / д
PubMed поиск[2]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Открытая рамка считывания 67 хромосомы 10 (C10orf67), также известный как C10orf115, LINC01552, и BA215C7.4, представляет собой не охарактеризованный ген, кодирующий белок человека. Несколько исследований указывают на возможную связь между генетические полиморфизмы этого и нескольких других генов хронических заболеваний воспалительного барьера, таких как Болезнь Крона и саркоидоз.[3][4][5]

Ген

Карта хромосомы 10 с местоположением C10orf67, отмеченным красным

Ген охватывает 142366 пар оснований и расположен в локусе 10p12.2 на минусе (-) или чувственная нить хромосомы 10. Она фланкируется выше геном ARMC3[6] и ниже по течению гена KIAA1217.[7][8] Эти гены составляют примерно 150 000 п.н. и 350 000 п.н. от C10orf67 соответственно.

Этот сегмент изображает приблизительно 1 700 000 пар оснований хромосомы 10. Зеленые линии указывают на начало транскрипции, а красные ромбы указывают на окончание транскрипции. C10orf67 транскрибируется в направлении, противоположном его фланкирующим генам, которые расположены на антисмысловая нить.

Стенограмма

Есть 23 альтернативно соединенных экзоны, который кодирует 13 варианты расшифровки. Первичный транскрипт, всего 2943 п.н., не очень консервативен среди ортологи скорее, вариант X2, 3417 п.н., имеет гораздо большую идентичность с ортологичными белками. Этот вариант транскрипции X2 содержит 15 экзоны которые дают полипептид из 551 аминокислоты.[9][10]

Протеин

Общие свойства

СвойствоПрепротеинРасщепленный белокЗрелый белок
Длина аминокислот551515515
Изоэлектрическая точка9.38.68.3-8.9*
Молекулярный вес63 кДа59 кДа~ 59-61 кДа **

* в зависимости от посттрансляционных модификаций (ПТМ)

** Без PTM - все возможные PTM

Изоэлектрическая точка значительно выше среднего для белков человека (6,81).[11]

Предсказанная третичная структура C10orf67, созданная с помощью программного обеспечения.[12] На основе белковой матрицы, покрывающей 74% белковой последовательности с 96% идентичностью.

Структура

Справа показана предсказанная третичная структура белка. Он отмечен длинными альфа-спиралями с несколькими участками клубков и бета-цепями, расположенными на конце белка, противоположном N- и C-концевым концам.

Выражение

Экспрессия C10orf67 в различных тканях.[13]

C10orf67 умеренно экспрессируется (50-75%) в большинстве тканей организма.[13] Тем не менее, исследование NCBI GEO, в котором обсуждается влияние интерлейкин-13 (IL-13) на экспрессию генов[14] обнаружили, что экспрессия белка снижалась до нуля в присутствии IL-13 в эпителии дыхательных путей.

Субклеточная локализация

Белок содержит митохондриальный сигнальный пептид, локализующий его в митохондриальном матриксе.[15] Анализ с помощью ПО для субклеточной локализации[16][17] подтвердил этот вывод. Однако было предсказано, что некоторые ортологи также будут локализоваться в ядре. Хотя высокая изоэлектрическая точка человеческого белка является дополнительным доказательством митохондриальной локализации из-за высокого pH митохондриального матрикса.

Посттрансляционные модификации

Сайты расщепления

Изначально белок расщепляется для удаления 36 аминокислот. N-концевой сигнальный пептид после локализации на митохондрия.[18]

Фосфорилирование

Возможные сайты фосфорилирования C10orf67. Концентрация возможных сайтов фосфорилирования намного выше около С-конца белка и намного ниже около N-конца, который содержит сигнальный пептид.

Есть ряд предсказанных фосфорилирование сайтов, однако существует один экспериментально подтвержденный сайт фосфорилирования на треонине 69.[19] Другие сайты фосфорилирования приведены на диаграмме белков ниже.

Сумоилирование

Есть пять предсказанных сумоилирование сайты в пределах C10orf67. Они представлены в следующей таблице:

Нет.Поз.ГруппаСчет
1K461NSFHV LKNE MFTRH0.91
2K401МПККА LKED QAVVE0.91
3K224EVIKE LKEE LDQYK0.91
4K136КФЕДР LKEE SLS L0.91
5K130KQLLQ LKFE ДРЛКЕ0.91
Пост-трансляционные модификации C10orf67. N-конец находится слева с сигнальным пептидом из 36 аминокислот, а C-конец - справа.

Гомология и эволюция

Эволюция

C10orf67 не знает паралоги но есть много ортологи в эукариоты и сохраняет значительную идентичность с видами, столь же отдаленно связанными, как беспозвоночные. Несколько избранных ортологов перечислены ниже с некоторой идентифицирующей информацией.

Род и видРаспространенное имяТип организмаВремя с последнего

Общий предок

(миллион лет назад)

Номер доступа

(NCBI)

Длина последовательности% ЛичностьИзоэлектрическая точка

(предварительно протеин)

Homo SapiensЛюдиПримас0XP_0168715185511009.3
Пан троглодитыШимпанзе6.65XP_009456334573959.27
Макака неместринаЮжно-хвостатая макака29.44XP_01173676857288.19.17
Bubalus bubalisБуйволМлекопитающее96XP_00608004256556.66.24
Felis catusКот96XP_01968963056055.17.68
Sus scrofaДикий кабан96XP_013835714515556.53
Panthera pardusЛеопард96XP_01931607150453.96.24
Овис ОвенОвца96XP_01204372451653.66.61
Mustela putorius furoХорек96XP_01291437956650.89.34
Castor canadensisБобр90XP_020038711617448.92
Mus musculusМышь90NP_08187656043.65.89
Myotis lucifugusМаленькая коричневая летучая мышь96XP_01431600159838.96.22
Myotis brandtiiЛетучая мышь Брандта96XP_01439486963938.36.7
Элефантулус ЭдвардаСлоновая землеройка105XP_00688716449337.95.62
Gallus gallusКурицаПтица312XP_00364068743026.35.44
Astyanax mexicanusМексиканская тетраРыбы435XP_00725306847526.14.76
Lepisosteus oculatusПятнистый Гар435XP_01520895747925.26.73
Данио РериоДанио435XP_69834646124.55.93
Salmo salarАтлантический лосось435XP_01399588745521.66.18
Амфимедон королевскийRenieraБеспозвоночные951.8XP_01140287251324.17.05
Branchiostoma belcheriБранкиостома684XP_01964594156323.56.24

Эволюция

Скорость эволюции C10orf67 по отношению к фибриногену и цитохрому c.

Скорость эволюции C10orf67 сравнивалась со скоростью фибриноген и цитохром с, которые представляют собой быструю и медленную скорость эволюции соответственно. Виды, выделенные жирным шрифтом в таблице, были выбраны для обозначения ортологов фибриногена и цитохрома с для определения скорости эволюции соответствующих белков.

Скорость эволюции C10orf67 очень любопытна тем, что она следует логарифмическому тренду, а не линейному тренду, как большинство белков.

Клиническое значение

Саркоидоз

Хотя функция C10orf67 неизвестна, его взаимодействия с IL-13 дополнительно предполагают роль C10orf67 в саркоидоз как известно, болезнь включает различные интерлейкины.

Рак

Хотя несколько Профили NCBI GEO изучение различных факторов на экспрессия гена показывают, что C10orf67 экспрессируется на разных уровнях в разных раковых тканях,[20][21] локализация митохондрий может дать некоторое представление о клинической функции. Было показано, что митохондрии влияние в пролиферации клеток. Учитывая высокую потребность в энергии от клеточной пролиферации, было несколько гипотез о том, что митохондрии могут играть роль в клеточном цикле и что C10orf67, будучи локализованным в митохондриях, также может участвовать в этом.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000179133 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ Тиебо Р., Эсмиол С., Лесин П., Махфуз Б., Хермант А., Николетти С., Парнис С., Перрой Дж., Борг Дж. П., Паско Л., Хьюгот Дж. П., Оллендорф В. (01.01.2016). «Характеристика и генетический анализ новых генов, кодирующих белки, взаимодействующие с NOD2». PLOS ONE. 11 (11): e0165420. Дои:10.1371 / journal.pone.0165420. ЧВК  5094585. PMID  27812135.
  4. ^ Уютный Ю.К., Руис-Нарваес Е.А., Маккиннон С.Дж., Берман Дж.С., Розенберг Л., Палмер Дж. Р. (октябрь 2012 г.). «Тонкое картирование афро-американских женщин подтверждает важность локуса 10p12 для саркоидоза». Гены и иммунитет. 13 (7): 573–8. Дои:10.1038 / gene.2012.42. ЧВК  3475762. PMID  22972473.
  5. ^ Franke A, Fischer A, Nothnagel M, Becker C, Grabe N, Till A, Lu T, Müller-Quernheim J, Wittig M, Hermann A, Balschun T, Hofmann S, Niemiec R, Schulz S, Hampe J, Nikolaus S, Nürnberg P, Krawczak M, Schürmann M, Rosenstiel P, Nebel A, Schreiber S (октябрь 2008 г.). «Полногеномный анализ ассоциации саркоидоза и болезни Крона раскрывает общий локус восприимчивости на 10p12.2». Гастроэнтерология. 135 (4): 1207–15. Дои:10.1053 / j.gastro.2008.07.017. PMID  18723019.
  6. ^ «Повтор броненосца ARMC3, содержащий 3 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov.
  7. ^ «KIAA1217 KIAA1217 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov.
  8. ^ "C10orf67 хромосома 10 открытая рамка считывания 67 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-04-30.
  9. ^ «Открытая рамка считывания 67 (C10orf67) хромосомы 10 человека (Homo sapiens), мРНК». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-05.
  10. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген C10orf67 - Генные карты | Белок CJ067 | Антитело CJ067». www.genecards.org. Получено 2017-02-06.
  11. ^ Козловский, Лукаш П. "Proteome-pI - Статистика базы данных изоэлектрических точек протеома". isoelectricpointdb.org. Получено 2017-04-30.
  12. ^ Келли, Лоуренс. "Сервер распознавания складок PHYRE2". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2017-05-05.
  13. ^ а б "GDS4794 / 1553845_x_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-04-30.
  14. ^ "GDS4981 / ILMN_1719577". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-04-30.
  15. ^ «неохарактеризованный белок C10orf67, митохондриальный [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-05.
  16. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2017-05-05.
  17. ^ "MitoFates". mitf.cbrc.jp. Получено 2017-05-05.
  18. ^ "WoLF PSORT: прогноз субклеточной локализации белка". wolfpsort.hgc.jp. Получено 2017-04-30.
  19. ^ "Thr69". www.phosphosite.org. Получено 2017-04-30.
  20. ^ "GDS4080 / 1553844_a_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  21. ^ "GDS1807 / 1553843_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.