TRIM28 - TRIM28

TRIM28
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1FP0, 2RO1, 2YVR
Идентификаторы
Псевдонимы	TRIM28, KAP1, PPP1R157, RNF96, TF1B, TIF1B, трехчастный мотив, содержащий 28
Внешние идентификаторы	OMIM: 601742 MGI: 109274 ГомолоГен: 21175 Генные карты: TRIM28
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 19 (человек)[1] Группа 19q13.43 Начинать 58,544,064 бп[1] Конец 58,550,722 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 7 (мышь)[2] Группа 7 | 7 A1 Начинать 12,999,114 бп[2] Конец 13,031,035 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность протеинкиназы • Привязка к домену коробки, ассоциированного с Krueppel • связывание теневого домена хромо • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность • промотор-специфическое связывание хроматина • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции • связывание ионов металлов • активность убиквитин-протеинтрансферазы • GO: 0001948 связывание с белками • связывание убиквитин-протеин-лигазы • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • последовательное связывание ДНК • Связывание ДНК • связывание хроматина • связывание ионов цинка • Связывание РНК • трансферазная активность • SUMO трансферазная активность Сотовый компонент • ядерный эухроматин • внутриклеточный • ядерный гетерохроматин • хроматин • Комплекс факторов транскрипции РНК-полимеразы II • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • положительная регуляция зависимого от метилирования молчания хроматина • конвергентное расширение, участвующее в удлинении оси • эмбриональный морфогенез плаценты • положительное регулирование репарации ДНК • внутриутробное эмбриональное развитие • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция деметилирования ДНК • фосфорилирование белков • олигомеризация белков • аутофосфорилирование • Метилирование ДНК, участвующее в развитии эмбриона • Передача сигнала белка Ras • инициация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • Ремонт ДНК • имплантация эмбриона • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • регулирование генетического импринтинга • белковое сумоилирование • эпителиально-мезенхимальный переход • убиквитинирование белков • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • ковалентная модификация хроматина • положительное регулирование связывания ДНК • врожденная иммунная система • отрицательная регуляция репликации одноцепочечной вирусной РНК через промежуточное соединение двухцепочечной ДНК • организация хроматина • GO: 0022415 вирусный процесс • положительная регуляция импорта белка в ядро • отрицательная регуляция высвобождения вируса из клетки-хозяина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10155	21849
Ансамбль	ENSG00000130726	ENSMUSG00000005566
UniProt	Q13263	Q62318
RefSeq (мРНК)	NM_005762	NM_011588
RefSeq (белок)	NP_005753	NP_035718
Расположение (UCSC)	Chr 19: 58,54 - 58,55 Мб	Chr 7: 13 - 13,03 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Трехчастный мотив, содержащий 28 (TRIM28), также известный как транскрипционный промежуточный фактор 1β (TIF1β) и KAP1 (KRAB-ассоциированный белок-1), представляет собой белок что у людей кодируется TRIM28 ген.^[5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, обеспечивает контроль транскрипции путем взаимодействия с Krüppel -ассоциированный домен репрессии бокса, обнаруженный во многих факторы транскрипции. Белок локализуется в ядро и считается, что он связан с определенными хроматин регионы. Белок входит в состав трехсторонняя семья мотивов. Этот трехчастный мотив включает три цинк-связывающих домена, RING, B-бокс типа 1 и B-бокса типа 2, а также спиральная катушка область, край.^[7]

KAP1 - это повсеместно экспрессируемый белок, участвующий во многих критических функциях, включая регуляцию транскрипции, дифференциацию и пролиферацию клеток, восстановление повреждений ДНК, подавление вируса и апоптоз. Его функциональность зависит от посттрансляционных модификаций. Фосфорилирование KAP1 действует как дезактиватор белка во многих его механизмах, в то время как сумоилирование действует как активатор.^[8]

Клеточная дифференциация и пролиферация

Исследования показали, что делеция KAP1 у мышей перед гаструляцией приводит к смерти (что означает, что он является необходимым белком для пролиферации), в то время как делеция у взрослых мышей приводит к повышенной тревожности и вызванным стрессом изменениям в обучении и памяти. Было показано, что KAP1 участвует в поддержании плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток и способствует и ингибирует клеточную дифференцировку линий взрослых клеток. Повышенные уровни KAP1 были обнаружены при раке печени, желудка, молочной железы, легких и предстательной железы, что указывает на то, что он может играть важную роль в пролиферации опухолевых клеток (возможно, путем ингибирования апоптоза).^[8]

Транскрипционная регуляция

KAP1 может регулировать геномную транскрипцию посредством множества механизмов, многие из которых остаются в некоторой степени неясными. Исследования показали, что KAP1 может репрессировать транскрипцию путем связывания непосредственно с геномом (что может быть достаточным само по себе) или посредством индукции образования гетерохроматина через макромолекулярный комплекс Mi2α-SETB1-HP1.^[9][10] KAP1 может также взаимодействовать с гистоновыми метилтрансферазами и деацетилазами через C-концевой PHD и бромодомен для эпигенетического контроля транскрипции.^[8]

Ответ на восстановление повреждений ДНК

Было показано, что ATM фосфорилирует KAP1 при обнаружении поврежденной или разорванной ДНК. Фосфорилированный KAP1, наряду со многими другими белками повреждения ДНК, быстро мигрирует к месту повреждения ДНК. Его точное участие в этом пути до некоторой степени неясно, но оно было вовлечено в запуск клеточного ареста, что позволило восстановить поврежденную ДНК.^[8]

Апоптоз

KAP1 образует комплекс с MDM2 (лигазой убиквитина E3), который связывается с p53. Комплекс отмечает связанный р53 для деградации. p53 - известный предшественник апоптоза, который способствует синтезу белков, необходимых для гибели клеток, поэтому его деградация приводит к ингибированию апоптоза.^[8]

Клиническое значение

Роль в установлении вирусной задержки

KAP1 способствует установлению вирусной латентности в определенных типах клеток цитомегаловируса человека (HCMV) и других эндогенных ретровирусов.^[8][9]. KAP1 действует как корепрессор транскрипции вирусного генома. Белок связывается с гистонами вирусного хроматина, а затем рекрутирует Mi2α и SETB1. SETB1 представляет собой гистон-метилтрансферазу, которая рекрутирует HP1, тем самым вызывая образование гетерохроматина. Это образование гетерохроматина предотвращает транскрипцию вирусного генома. mTOR участвует в фосфорилировании KAP1, что приводит к переключению с латентного периода на литический цикл.^[9]

Манипуляции и потенциал для будущего лечения

Атаксия, телеангиэктазия, мутировавшая (ATM) представляет собой киназу, которая (подобно mTOR) может фосфорилировать KAP1, что приводит к переключению с вирусной латентности на литический цикл. Было показано, что активатор хлорохина (ATM) приводит к увеличению транскрипции генома HCMV. Этот эффект усиливается за счет использования фактора некроза опухоли. Было высказано предположение, что это лечение (сопровождаемое антиретровирусным лечением) потенциально может очистить вирус от инфицированных людей.^[9]

Взаимодействия

TRIM28 был показан взаимодействовать с:

• CBX5,^{[11][12][13][14]}
• CEBPB,^[15]
• Рецептор глюкокортикоидов,^[15]
• SETDB1^[16] и
• ZNF10.^[17][18]

Смотрите также

• Корегулятор транскрипции

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000130726 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005566 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Реймонд А., Мерони Дж., Фантоцци А., Мерла Дж., Каир С., Лузи Л., Риганелли Д., Занария Е., Мессали С., Кайнарка С., Гуффанти А., Минуччи С., Пеликчи П. Г., Баллабио А. (май 2001 г.). «Семейство трехчастных мотивов идентифицирует клеточные компартменты». Журнал EMBO. 20 (9): 2140–51. Дои:10.1093 / emboj / 20.9.2140. ЧВК  125245. PMID  11331580.
6. Capili AD, Schultz DC, RauscherIII FJ, Borden KL (январь 2001 г.). «Структура раствора домена PHD из корепрессора KAP-1: структурные детерминанты для цинк-связывающих доменов PHD, RING и LIM». Журнал EMBO. 20 (1–2): 165–77. Дои:10.1093 / emboj / 20.1.165. ЧВК  140198. PMID  11226167.
7. "Entrez Gene: TRIM28 трехчастный мотив, содержащий 28".
8. Айенгар, Сушма; Фарнем, Пегги (29 июля 2011 г.). «Белок KAP1: загадочный главный регулятор генома». Журнал биологической химии. 286 (30): 26267–26276. Дои:10.1074 / jbc.r111.252569. ЧВК  3143589. PMID  21652716.
9. Раувель, Бенджамин (07.04.2015). «Высвобождение цитомегаловируса человека из латентного периода с помощью переключателя фосфорилирования KAP1 / TRIM28». eLife. 4. Дои:10.7554 / eLife.06068. ЧВК  4384640. PMID  25846574.
10. Срипатия, Смита (20 марта 2006 г.). «Функции корепрессора KAP1 для координации сборки De Novo HP1-демаркированного микроокружения гетерохроматина, необходимого для репрессии транскрипции, опосредованной белком цинкового пальца KRAB». Молекулярная и клеточная биология. 26 (22): 8623–8638. Дои:10.1128 / mcb.00487-06. ЧВК  1636786. PMID  16954381.
11. Нильсен А.Л., Санчес К., Ичиносе Х., Червиньо М., Леруж Т., Шамбон П., Лоссон Р. (ноябрь 2002 г.). «Селективное взаимодействие между фактором ремоделирования хроматина BRG1 и гетерохроматином-ассоциированным белком HP1alpha». Журнал EMBO. 21 (21): 5797–806. Дои:10.1093 / emboj / cdf560. ЧВК  131057. PMID  12411497.
12. Каммас Ф., Улад-Абдельгани М., Вонеш Дж. Л., Хус-Гарсия И., Шамбон П., Лоссон Р. (сентябрь 2002 г.). «Дифференцировка клеток индуцирует ассоциацию TIF1beta с центромерным гетерохроматином через взаимодействие HP1». Журнал клеточной науки. 115 (Пт 17): 3439–48. PMID  12154074.
13. Нильсен А.Л., Улад-Абдельгани М., Ортис Дж. А., Рембоутсика Е., Шамбон П., Лоссон Р. (апрель 2001 г.). «Образование гетерохроматина в клетках млекопитающих: взаимодействие между гистонами и белками HP1». Молекулярная клетка. 7 (4): 729–39. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00218-0. PMID  11336697.
14. Lechner MS, Begg GE, Speicher DW, Rauscher FJ (сентябрь 2000 г.). «Молекулярные детерминанты для нацеливания на опосредованное гетерохроматиновым белком 1 молчание гена: прямое взаимодействие хромотеневого домена и корепрессора KAP-1 имеет важное значение». Молекулярная и клеточная биология. 20 (17): 6449–65. Дои:10.1128 / mcb.20.17.6449-6465.2000. ЧВК  86120. PMID  10938122.
15. Чанг CJ, Чен YL, Ли SC (октябрь 1998 г.). «Коактиватор TIF1beta взаимодействует с фактором транскрипции C / EBPbeta и глюкокортикоидным рецептором, вызывая экспрессию гена альфа-1-кислого гликопротеина». Молекулярная и клеточная биология. 18 (10): 5880–7. Дои:10.1128 / mcb.18.10.5880. ЧВК  109174. PMID  9742105.
16. Шульц Д.К., Айянатан К., Негорев Д., Мол Г.Г., Раушер Ф.Д. (апрель 2002 г.). «SETDB1: новый ассоциированный с KAP-1 гистон H3, лизин-9-специфическая метилтрансфераза, которая способствует HP1-опосредованному подавлению эухроматических генов белками цинкового пальца KRAB». Гены и развитие. 16 (8): 919–32. Дои:10.1101 / gad.973302. ЧВК  152359. PMID  11959841.
17. Моосманн П., Георгиев О., Ле Дуарен Б., Буркин Дж. П., Шаффнер В. (декабрь 1996 г.). «Репрессия транскрипции белком RING finger TIF1 beta, который взаимодействует с репрессорным доменом KRAB KOX1». Исследования нуклеиновых кислот. 24 (24): 4859–67. Дои:10.1093 / nar / 24.24.4859. ЧВК  146346. PMID  9016654.
18. Peng H, Begg GE, Harper SL, Friedman JR, Speicher DW, Rauscher FJ (июнь 2000 г.). «Биохимический анализ домена репрессии транскрипции Kruppel-ассоциированного бокса (KRAB)». Журнал биологической химии. 275 (24): 18000–10. Дои:10.1074 / jbc.M001499200. PMID  10748030.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Фридман JR, Фредерикс WJ, Jensen DE, Speicher DW, Huang XP, Neilson EG, Rauscher FJ (август 1996 г.). «KAP-1, новый корепрессор для высококонсервативного домена репрессии KRAB». Гены и развитие. 10 (16): 2067–78. Дои:10.1101 / gad.10.16.2067. PMID  8769649.
• Ким С.С., Чен Ю.М., О'Лири Э., Витцгалл Р., Видаль М., Бонвентре СП (декабрь 1996 г.). «Новый член семейства RING finger, KRIP-1, ассоциируется с доменом-репрессором транскрипции KRAB-A белков цинкового пальца». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 93 (26): 15299–304. Дои:10.1073 / пнас.93.26.15299. ЧВК  26399. PMID  8986806.
• Моосманн П., Георгиев О., Ле Дуарен Б., Буркин Дж. П., Шаффнер В. (декабрь 1996 г.). «Репрессия транскрипции белком RING finger TIF1 beta, который взаимодействует с репрессорным доменом KRAB KOX1». Исследования нуклеиновых кислот. 24 (24): 4859–67. Дои:10.1093 / nar / 24.24.4859. ЧВК  146346. PMID  9016654.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Чанг CJ, Чен YL, Ли SC (октябрь 1998 г.). «Коактиватор TIF1beta взаимодействует с фактором транскрипции C / EBPbeta и глюкокортикоидным рецептором, вызывая экспрессию гена альфа-1-кислого гликопротеина». Молекулярная и клеточная биология. 18 (10): 5880–7. Дои:10.1128 / mcb.18.10.5880. ЧВК  109174. PMID  9742105.
• Eng FC, Barsalou A, Akutsu N, Mercier I, Zechel C, Mader S, White JH (октябрь 1998 г.). «Различные классы коактиваторов распознают отдельные, но перекрывающиеся сайты связывания на лигандсвязывающем домене рецептора эстрогена». Журнал биологической химии. 273 (43): 28371–7. Дои:10.1074 / jbc.273.43.28371. PMID  9774463.
• Райан Р.Ф., Шульц, округ Колумбия, Айянатан К., Сингх П.Б., Фридман-младший, Фредерикс В.Дж., Раушер Ф.Дж. (июнь 1999 г.). «Корепрессорный белок KAP-1 взаимодействует и колокализуется с гетерохроматическими и эухроматическими белками HP1: потенциальная роль Krüppel-ассоциированных белков бок-цинковых пальцев в опосредованном гетерохроматином замалчивании генов». Молекулярная и клеточная биология. 19 (6): 4366–78. Дои:10.1128 / mcb.19.6.4366. ЧВК  104396. PMID  10330177.
• Агата Ю., Мацуда Е., Симидзу А. (июнь 1999 г.). «Два новых белка с цинковыми пальцами, связанных с Krüppel-ассоциированным боксом, KRAZ1 и KRAZ2, подавляют транскрипцию посредством функционального взаимодействия с корепрессором KAP-1 (TIF1beta / KRIP-1)». Журнал биологической химии. 274 (23): 16412–22. Дои:10.1074 / jbc.274.23.16412. PMID  10347202.
• Нильсен А.Л., Ортис Дж. А., Ю Дж., Улад-Абдельгани М., Хечумян Р., Гансмюллер А., Шамбон П., Лоссон Р. (ноябрь 1999 г.). «Взаимодействие с членами семейства гетерохроматиновых белков 1 (HP1) и деацетилирование гистонов по-разному вовлечены в подавление транскрипции членами семейства TIF1». Журнал EMBO. 18 (22): 6385–95. Дои:10.1093 / emboj / 18.22.6385. ЧВК  1171701. PMID  10562550.
• Peng H, Begg GE, Harper SL, Friedman JR, Speicher DW, Rauscher FJ (июнь 2000 г.). «Биохимический анализ домена репрессии транскрипции Kruppel-ассоциированного бокса (KRAB)». Журнал биологической химии. 275 (24): 18000–10. Дои:10.1074 / jbc.M001499200. PMID  10748030.
• Lechner MS, Begg GE, Speicher DW, Rauscher FJ (сентябрь 2000 г.). «Молекулярные детерминанты для нацеливания на опосредованное гетерохроматиновым белком 1 молчание гена: прямое взаимодействие хромотеневого домена и корепрессора KAP-1 имеет важное значение». Молекулярная и клеточная биология. 20 (17): 6449–65. Дои:10.1128 / MCB.20.17.6449-6465.2000. ЧВК  86120. PMID  10938122.
• Андерхилл С., Кутоб М.С., Йи С.П., Торчиа Дж. (Декабрь 2000 г.). «Новый корепрессорный комплекс ядерного рецептора, N-CoR, содержит компоненты комплекса SWI / SNF млекопитающих и корепрессор KAP-1». Журнал биологической химии. 275 (51): 40463–70. Дои:10.1074 / jbc.M007864200. PMID  11013263.
• Гебелейн Б., Уррутия Р. (февраль 2001 г.). «Последовательно-специфическая репрессия транскрипции с помощью KS1, белка-бокса, связанного с множеством цинковых пальцев и Krüppel». Молекулярная и клеточная биология. 21 (3): 928–39. Дои:10.1128 / MCB.21.3.928-939.2001. ЧВК  86683. PMID  11154279.
• Capili AD, Schultz DC, RauscherIII FJ, Borden KL (январь 2001 г.). «Структура раствора домена PHD из корепрессора KAP-1: структурные детерминанты для цинк-связывающих доменов PHD, RING и LIM». Журнал EMBO. 20 (1–2): 165–77. Дои:10.1093 / emboj / 20.1.165. ЧВК  140198. PMID  11226167.
• Шульц, округ Колумбия, Фридман-младший, Раушер Ф.Дж. (февраль 2001 г.). «Нацеливание на комплексы гистондеацетилазы через белки KRAB-цинковые пальцы: PHD и бромодомены KAP-1 образуют кооперативную единицу, которая рекрутирует новую изоформу субъединицы Mi-2alpha NuRD». Гены и развитие. 15 (4): 428–43. Дои:10.1101 / gad.869501. ЧВК  312636. PMID  11230151.
• Реймонд А., Мерони Дж., Фантоцци А., Мерла Дж., Каир С., Лузи Л., Риганелли Д., Занария Е., Мессали С., Кайнарка С., Гуффанти А., Минуччи С., Пеликчи П. Г., Баллабио А. (май 2001 г.). «Семейство трехчастных мотивов идентифицирует клеточные компартменты». Журнал EMBO. 20 (9): 2140–51. Дои:10.1093 / emboj / 20.9.2140. ЧВК  125245. PMID  11331580.
• Сюй С.И., Ян С.М., Сим К.Г., Хентшель Д.М., О'Лири Э., Бонвентре СП (май 2001 г.). «TRIP-Br: новое семейство белков, взаимодействующих с цинковыми пальцами и бромодоменами PHD, которые регулируют транскрипционную активность E2F-1 / DP-1». Журнал EMBO. 20 (9): 2273–85. Дои:10.1093 / emboj / 20.9.2273. ЧВК  125435. PMID  11331592.
• Нильсен А.Л., Улад-Абдельгани М., Ортис Дж. А., Рембоутсика Е., Шамбон П., Лоссон Р. (апрель 2001 г.). «Образование гетерохроматина в клетках млекопитающих: взаимодействие между гистонами и белками HP1». Молекулярная клетка. 7 (4): 729–39. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00218-0. PMID  11336697.

внешняя ссылка

• Белок TRIM28, человек в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
• НУРСА C153
• FactorBook KAP1
• TRIM28 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
• TRIM28 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.