ROOL мотив РНК - ROOL RNA motif
| ROOL | |
|---|---|
 Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности ROOL РНК | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ROOL |
| Рфам | RF03087 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Ген; мРНК |
| ТАК | SO: 0001263 |
| PDB структуры | PDBe |
В Богато украшенный большой (ROOL) мотив РНК, происходящий из рубца был первоначально открыт биоинформатикой путем анализа метагеномный последовательности из корова рубец.[1] ROOL РНК обнаружены во множестве бактериальный видов и, по-видимому, не кодируют белки. РНК имеет комплекс Вторичная структура РНК и его средний размер 581 нуклеотид[1] необычно большой для бактериальных некодирующих РНК. Этот большой размер и структурная сложность бактериальной РНК согласуется со свойствами большого рибозимы.[2]
ROOL РНК присутствуют в профаги и очищенный фаги, но и в бактериальных геномный места, которые не связаны с фагами.[1] ROOL РНК также часто расположены поблизости от тРНК. Большой размер и сложная вторичная структура РНК ROOL в сочетании с их ассоциацией с тРНК и фагами являются общими свойствами Мотив РНК GOLLD, другая бактериальная некодирующая РНК. Эти общие свойства могут указывать на связанную функцию, но общие черты могут возникать по другим причинам.[1]
РНК ROOL присутствуют у бактерий в тип Фирмикуты, Фузобактерии и Tenericutes,[1] в дополнение к фагам и метагеномам коровьего рубца, как упоминалось выше. Внутри Firmicutes они присутствуют в нескольких видах Clostridia и много молочнокислые бактерии, особенно в род Лактобациллы.
ROOL РНК в Lactobacillus salivarius были независимо обнаружены на основании их чрезвычайно высоких показателей экспрессии в Lactobacillus salivarius UCC118[3] ROOL РНК в различных штаммах Lactobacillus salivarius затем были изучены; существует очень большой диапазон уровней экспрессии РНК ROOL в различных штаммах, и некоторые штаммы, по-видимому, не имеют этих РНК в своем геноме.[3] ROOL РНК в L. salivarius UC118 настолько распространены в некоторых условиях роста, что в поздней стационарной фазе они превышают даже 16S рибосомные РНК.[3] Экспериментально определенный размер РНК ROOL в L. salivarius[3] близко соответствует размеру предложенной структуры РНК, основанной на биоинформатике.[1]
Рекомендации
- ^ а б c d е ж Вайнберг, Заша; Lünse, Christina E .; Корбино, Кейт А.; Эймс, Тайлер Д .; Нельсон, Джеймс У .; Рот, Адам; Перкинс, Кевин Р .; Шерлок, Мэдлин Э .; Брейкер, Рональд Р. (10 августа 2017 г.). «Обнаружение 224 кандидатных структурированных РНК путем сравнительного анализа конкретных подмножеств межгенных регионов». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (18): 10811–10823. Дои:10.1093 / нар / gkx699. ЧВК 5737381. PMID 28977401.
- ^ Вайнберг З., Перро Дж., Мейер М.М., Брейкер Р.Р. (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Природа. 462 (7273): 656–659. Дои:10.1038 / природа08586. ЧВК 4140389. PMID 19956260.
- ^ а б c d Кузен, Фабьен Дж .; Линч, Дениз Б.; Чуат, Виктория; Bourin, Maxence J. B .; Кейси, Пэт Дж .; Далмассо, Марион; Харрис, Хью М. Б.; Макканн, Анджела; О’Тул, Пол У. (17 июля 2017 г.). «Длинная и многочисленная некодирующая РНК в Lactobacillus salivarius». Микробная геномика. 3 (9): e000126. Дои:10.1099 / мген.0.000126. ЧВК 5643018. PMID 29114404.
 | Этот молекулярный или же клеточная биология статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |