Мотив РНК GOLLD - GOLLD RNA motif

ГОЛЛД
RF02032.svg
Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности 3'-половины гигантской, богато украшенной, производной от озера и лактобацилл (GOLLD) РНК
Идентификаторы
СимволГОЛЛД
РфамRF02032
Прочие данные
РНК типГен
ТАКSO: 0001263
PDB структурыPDBe

Гигантская, богато украшенная РНК, полученная из озер и лактобацилл (GOLLD) консервированный РНК структура присутствует в бактерии. РНК GOLLD были первоначально обнаружены на основе метагеном последовательности ДНК изолирован от Озеро Гатун в Панаме.[1] Однако известно, что они присутствуют по крайней мере в восьми штаммах культивируемых бактерий. РНК GOLLD необычайно велики по сравнению с другими РНК с консервативной сложной структурой. вторичная структура и в среднем около 800 нуклеотидов. Такие большие и сложные РНК часто рибозимы, хотя биохимическая функция РНК GOLLD остается неизвестной. Обнаружение больших РНК, таких как РНК GOLLD, среди бактерий, которые в основном не культивируются в лабораторных условиях, предполагает, что многие другие необычно большие РНК могут быть обнаружены у бактерий, которые еще не были изучены.[1]

РНК GOLLD в Lactobacillus brevis ATCC 367 был изучен экспериментально.[1] Эта РНК GOLLD, по-видимому, кодируется профаг, и его транскрипция увеличивается во время фаговой литический цикл. Следовательно, эта РНК GOLLD предположительно выполняет функцию, которая полезна фагу во время этого процесса. РНК GOLLD часто расположены рядом с переносить РНК (тРНК), и в некоторых случаях предполагается, что тРНК находится внутри самой структуры РНК GOLLD. Однако биологическая причина, лежащая в основе этой ассоциации, не выяснена.[1]

Недавно обнаруженная крупная бактериальная РНК, названная ROOL мотив РНК, имеет общие свойства с РНК GOLLD. В дополнение к относительно большому размеру и высокой степени структурной сложности этих мотивов РНК, они оба лишь иногда локализуются в профагах и часто расположены рядом с тРНК. Однако последовательность и структура РНК GOLLD и ROOL не связаны.

В Рфам модель GOLLD РНК использует только 3'-половину GOLLD, так как эта область полной РНК очень согласована по своей структуре.

Рекомендации

  1. ^ а б c d Вайнберг З., Перро Дж., Мейер М.М., Брейкер Р.Р. (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Природа. 462 (7273): 656–659. Дои:10.1038 / природа08586. ЧВК  4140389. PMID  19956260.