PRPF31 - PRPF31

PRPF31
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2OZB, 3SIU, 3SIV, 3JCR, %% s3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	PRPF31, фактор процессинга пре-мРНК 31, NY-BR-99, PRP31, RP11, SNRNP61
Внешние идентификаторы	OMIM: 606419 MGI: 1916238 ГомолоГен: 5980 Генные карты: PRPF31
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 19 (человек)[1] Группа 19q13.42 Начинать 54,115,410 бп[1] Конец 54,131,719 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 7 (мышь)[2] Группа 7 | 7 A1 Начинать 3,629,985 бп[2] Конец 3,642,486 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • связывание snRNP • Связывание мяРНК U4 • Связывание мяРНК U4atac • GO: 0001948 связывание с белками • связывание рибонуклеопротеинового комплекса • Связывание РНК Сотовый компонент • Тело Кахала • ядерное пятнышко • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5 • U4atac snRNP • нуклеоплазма • MLL1 комплекс • Сплайсосомальный комплекс типа U2 • прекаталитическая сплайсосома • сплайсосомальный комплекс • U4 snRNP • ядро клетки • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • сплайсосомная сборка комплекса три-мяРНП • обработка мРНК • локализация мяРНК • локализация рибонуклеопротеидного комплекса • Сплайсинг РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	26121	68988
Ансамбль	ENSG00000275885 ENSG00000105618	ENSMUSG00000008373
UniProt	Q8WWY3	Q8CCF0
RefSeq (мРНК)	NM_015629	NM_001159714 NM_027328
RefSeq (белок)	NP_056444 NP_056444.3	NP_001153186 NP_081604
Расположение (UCSC)	Chr 19: 54.12 - 54.13 Мб	Chr 7: 3.63 - 3.64 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гомолог 31 фактора процессинга пре-мРНК PRP31 (S. cerevisiae), также известный как PRPF31, это белок который у человека кодируется PRPF31 ген.^[5]

Функция

PRPF31 - это ген, кодирующий коэффициент сращивания hPRP31. Это важно для формирования сплайсосома hPRP31 связан с U4 /U6 di-snRNP и взаимодействует с другим фактором сплайсинга, hPRP6, чтобы сформировать U4 / U6-U5 три-мяРНП. Было показано, что когда hPRP31 сбивается РНКи, Ди-snRNP U4 / U6 накапливаются в Тела Кахала и три-snRNP U4 / U6-U5 образоваться не могут.^[6]

PRPF31 набирается в интроны после присоединения РНК U4 и U6 и белка 15.5K NHP2L1. Добавление PRPF31 имеет решающее значение для перехода сплайсосомального комплекса в активированное состояние.^[7]

Клиническое значение

Мутация в PRPF31 - одна из 4 известных мутаций факторов сплайсинга, которые, как известно, вызывают пигментный ретинит. Первая мутация в PRPF31 была обнаружена Vithana et al. в 2001.^[5] Пигментный ретинит (ПП) - это клинически и генетически гетерогенная группа дистрофий сетчатки, характеризующаяся прогрессирующей дегенерацией фоторецепторы, что в конечном итоге приводит к серьезным нарушениям зрения.^[8]

Наследование

Мутации в PRPF31 наследуются в аутосомно-доминантный образом, что составляет 2,5% случаев аутосомно-доминантный пигментный ретинит (adRP) среди смешанного населения Великобритании.^[9] Однако паттерн наследования мутаций PRPF31 нетипичен для доминантного наследования, показывая феномен частичная пенетрантность, в результате чего доминантные мутации, кажется, «пропускают» поколения. Считается, что это связано с наличием двух дикого типа аллели, высокая выразительность аллель и аллель с низкой экспрессией. Если у пациента есть мутантный аллель и аллель с высокой экспрессией, он не проявляет фенотип заболевания. Если у пациента есть мутантный аллель и аллель с низкой экспрессией, остаточный уровень белка опускается ниже порогового значения для нормальной функции, и поэтому у него действительно проявляется фенотип заболевания. Таким образом, образец наследования PRPF31 можно рассматривать как разновидность гаплонедостаточность. Этот вариант гаплонедостаточности наблюдается только при двух других заболеваниях человека: Эритропоэтическая протопорфирия, вызванные мутациями в FECH ген; и наследственный эллиптоцитоз, вызванные мутациями в спектрин ген.^[10][11]

Рекомендации

1. ENSG00000105618 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000275885, ENSG00000105618 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000008373 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Витана Э. Н., Абу-Сафие Л., Аллен М. Дж., Кэри А., Папайоанну М., Чакарова С., Аль-Магтх М., Эбенезер Н. Д., Уиллис С., Мур А. Т., Берд А. С., Хант Д. М., Бхаттачарья С. С. (август 2001 г.). «Человеческий гомолог гена сплайсинга пре-мРНК дрожжей, PRP31, лежит в основе аутосомно-доминантного пигментного ретинита на хромосоме 19q13.4 (RP11)». Мол. Клетка. 8 (2): 375–81. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00305-7. PMID  11545739.
6. Шафферт Н., Хоссбах М., Хайнцманн Р., Ахсель Т., Люрманн Р. (август 2004 г.). «Нокдаун hPrp31 РНКи приводит к накоплению ди-мяРНП U4 / U6 в тельцах Кахаля». EMBO J. 23 (15): 3000–9. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600296. ЧВК  514917. PMID  15257298.
7. Лю С., Ли П., Дыбков О., Нотротт С., Хартмут К., Люрманн Р., Карломаньо Т., Валь М.С. (апрель 2007 г.). «Связывание человеческого домена Prp31 Nop с платформой составного РНК-белка в U4 snRNP». Наука. 316 (5821): 115–20. Дои:10.1126 / science.1137924. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-E16C-F. PMID  17412961. S2CID  22091845.
8. «Ген Entrez: PRPF31, гомолог фактора 31 процессинга пре-мРНК PRP31 (S. cerevisiae)».
9. Waseem NH, Vaclavik V, Webster A, Jenkins SA, Bird AC, Bhattacharya SS (март 2007 г.). «Мутации в гене, кодирующем фактор сплайсинга пре-мРНК, PRPF31, у пациентов с аутосомно-доминантным пигментным ретинитом». Исследовательская офтальмология и визуализация. 48 (3): 1330–4. Дои:10.1167 / iovs.06-0963. PMID  17325180.
10. Randon J, Boulanger L, Marechal J, Garbarz M, Vallier A, Ribeiro L, Tamagnini G, Dhermy D, Delaunay J (ноябрь 1994 г.). «Вариант аллеля альфа LELY с низкой экспрессией спектрина, несущий наследственную мутацию эллиптоцитоза в кодоне 28». Br J Haematol. 88 (3): 534–40. Дои:10.1111 / j.1365-2141.1994.tb05070.x. PMID  7819065. S2CID  39527747.
11. Gouya L, Puy H, Lamoril J, Da Silva V, Grandchamp B, Nordmann Y, Deybach JC (июнь 1998 г.). «Наследование при эритропоэтической протопорфирии: общий аллельный вариант феррохелатазы дикого типа с низкой экспрессией является причиной клинических проявлений». Am J Hum Genet. 93 (6): 2150–10. PMID  10068685.

дальнейшее чтение

• Тариццо ML (1975). «Всемирная организация здравоохранения и профилактика слепоты». Сделки. Раздел по офтальмологии. Американская академия офтальмологии и отоларингологии. 79 (3, часть 2): OP453–6. PMID  1154573.
• аль-Магтх М., Инглхерн С.Ф., Кин Т.Дж. и др. (1994). «Идентификация шестого локуса аутосомно-доминантного пигментного ретинита на хромосоме 19». Гм. Мол. Genet. 3 (2): 351–4. Дои:10.1093 / hmg / 3.2.351. PMID  8004108.
• Аль-Магтх М, Витана Э, Тарттелин Э и др. (1996). «Доказательства наличия основного локуса пигментного ретинита на 19q13.4 (RP11) и ассоциации с уникальным бимодальным фенотипом экспрессивности». Являюсь. J. Hum. Genet. 59 (4): 864–71. ЧВК  1914817. PMID  8808602.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК  311072. PMID  11230166.
• Симпсон Дж. К., Велленройтер Р., Поустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Rep. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК  1083732. PMID  11256614.
• Vithana EN, Abu-Safieh L, Allen MJ, et al. (2001). «Человеческий гомолог гена сплайсинга пре-мРНК дрожжей, PRP31, лежит в основе аутосомно-доминантного пигментного ретинита на хромосоме 19q13.4 (RP11)». Мол. Клетка. 8 (2): 375–81. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00305-7. PMID  11545739.
• Макарова О.В., Макаров Е.М., Лю С и др. (2002). «Белок 61K, кодируемый геном (PRPF31), связанным с аутосомно-доминантным пигментным ретинитом, необходим для образования три-мяРНП U4 / U6 · U5 и сплайсинга пре-мРНК». EMBO J. 21 (5): 1148–57. Дои:10.1093 / emboj / 21.5.1148. ЧВК  125353. PMID  11867543.
• Deery EC, Vithana EN, Newbold RJ и др. (2003). «Механизм заболевания пигментного ретинита (RP11), вызванного мутациями в гене фактора сплайсинга PRPF31». Гм. Мол. Genet. 11 (25): 3209–19. Дои:10,1093 / чмг / 11,25,3209. PMID  12444105.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Мартинес-Химено М., Гамунди М.Дж., Эрнан И. и др. (2003). «Мутации в генах PRPF3, PRPF8 и PRPF31 пре-мРНК факторов сплайсинга в испанских семьях с аутосомно-доминантным пигментным ретинитом». Вкладывать деньги. Офтальмол. Vis. Наука. 44 (5): 2171–7. Дои:10.1167 / iovs.02-0871. PMID  12714658.
• Scanlan MJ, Gout I, Gordon CM, et al. (2003). «Гуморальный иммунитет к раку груди человека: определение антигена и количественный анализ экспрессии мРНК». Иммунный против рака. 1: 4. PMID  12747765.
• Ван Л., Рибаудо М., Чжао К. и др. (2003). «Новая делеция гена пре-мРНК PRPF31 вызывает аутосомно-доминантный пигментный ретинит в большой китайской семье». Являюсь. J. Med. Genet. А. 121 (3): 235–9. Дои:10.1002 / ajmg.a.20224. ЧВК  1579744. PMID  12923864.
• Рейтер Т.Ю., Медхерст А.Л., Вайсфис К. и др. (2003). «Двухгибридный скрининг дрожжей предполагает участие белков анемии Фанкони в регуляции транскрипции, передаче сигналов в клетках, окислительном метаболизме и клеточном транспорте». Exp. Cell Res. 289 (2): 211–21. Дои:10.1016 / S0014-4827 (03) 00261-1. PMID  14499622.
• Витана Э. Н., Абу-Сафие Л., Пелосини Л. и др. (2003). «Экспрессия мРНК PRPF31 у пациентов с аутосомно-доминантным пигментным ретинитом: молекулярный ключ к неполной пенетрантности?». Вкладывать деньги. Офтальмол. Vis. Наука. 44 (10): 4204–9. Дои:10.1167 / iovs.03-0253. PMID  14507862.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Гримвуд Дж., Гордон Л.А., Олсен А. и др. (2004). «Последовательность ДНК и биология хромосомы 19 человека». Природа. 428 (6982): 529–35. Дои:10.1038 / природа02399. PMID  15057824.
• Xia K, Zheng D, Pan Q и др. (2004). «Новая мутация сайта сплайсинга PRPF31 в китайской семье с аутосомно-доминантным пигментным ретинитом». Мол. Vis. 10: 361–5. PMID  15162096.
• Шафферт Н., Хоссбах М., Хайнцманн Р. и др. (2005). «Нокдаун hPrp31 с помощью РНКи приводит к накоплению ди-snRNP U4 / U6 в тельцах Кахаля». EMBO J. 23 (15): 3000–9. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600296. ЧВК  514917. PMID  15257298.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.

внешняя ссылка

• GeneReviews / NCBI / NIH / UW запись об обзоре пигментного ретинита