DCPS (ген) - DCPS (gene)

DCPS
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1ST0, 1СТ4, 1XML, 1XMM, 3BL7, 3BL9, 3BLA, 4QDE, 4QDV, 4QEB
Идентификаторы
Псевдонимы	DCPS, DCS1, HINT-5, HINT5, HSL1, ARS, HSPC015, фермент декапирования, поглотитель
Внешние идентификаторы	OMIM: 610534 MGI: 1916555 ГомолоГен: 32202 Генные карты: DCPS
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q24.2 Начните 126,304,060 бп[1] Конец 126,350,005 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 9 (мышь)[2] Группа 9 | 9 A4 Начните 35,124,408 бп[2] Конец 35,176,061 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • Активность дифосфатазы m7G (5 ') pppN • GO: 0001948 связывание с белками • гидролазная активность • Связывание кэпа 7-метилгуанозина РНК • активность экзорибонуклеазы Сотовый компонент • цитоплазма • митохондрия • ядро клетки • нуклеоплазма • П-боди • цитозоль Биологический процесс • цис-сплайсинг мРНК через сплайсосомы • отрицательная регуляция запрограммированной гибели клеток • обработка мРНК • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, зависимый от деаденилирования распад • клеточный ответ на менадион • Сплайсинг РНК • экзонуклеолитическая транскрибируемая ядерной мРНК катаболический процесс, вовлеченный в зависимый от деаденилирования распад • Гидролиз фосфодиэфирной связи РНК, экзонуклеолитический • зависимое от деаденилирования декапирование транскрибируемой ядерной мРНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	28960	69305
Ансамбль	ENSG00000110063	ENSMUSG00000032040
UniProt	Q96C86	Q9DAR7
RefSeq (мРНК)	NM_014026 NM_001350236	NM_027030
RefSeq (белок)	NP_054745 NP_001337165	NP_081306
Расположение (UCSC)	Chr 11: 126,3 - 126,35 Мб	Chr 9: 35.12 - 35.18 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Поглотитель мРНК фермента декапирования (DcpS) N-конец
Кристаллическая структура фермента обезглавливания мРНК (dcps) из mus musculus при разрешении 1,83
Идентификаторы
Символ	DcpS
Pfam	PF05652
ИнтерПро	IPR008594
SCOP2	1st4 / Объем / СУПФАМ
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Поглотитель мРНК, фермент, связывающий концевую часть С
Идентификаторы
Символ	DcpS_C
Pfam	PF11969
Pfam клан	CL0265
SCOP2	1st4 / Объем / СУПФАМ
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Поглотитель мРНК фермент DcpS это белок что у людей кодируется DCPS ген.^[5][6][7]

Ферменты, убирающие мРНК, включают Dcp2 и DcpS. DcpS - мусорщик пирофосфатаза это гидролизует структура остаточной крышки, следующая 3' к 5' мРНК деградация. DcpS использует ограничение динуклеотиды или закрытый олигонуклеотиды так как субстраты для высвобождения m (7) GMP (N7-метил GMP), в то время как Dcp2 использует кэпированную мРНК в качестве субстрата для гидролиза кэпа с высвобождением m (7) GDP (N7-метил GDP).^[8] Связь DcpS с 3 'на 5' экзонуклеаза экзосома компоненты предполагают, что эти две активности связаны и существует связанный экзонуклеолитический распад-зависимый путь декапирования. В семье есть гистидин триада (HIT) последовательность в его C-концевом домене с тремя гистидины разделены по гидрофобный остатки.^[9] Центральный гистидин в DcpS HIT мотив имеет решающее значение для деятельности по снятию крышки и определяет HIT мотив как новый домен декапирования мРНК, что делает DcpS первым членом HIT семейство белков с определенным биологический функция.

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000110063 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000032040 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Лю Х., Роджерс Н.Д., Цзяо Х, Киледжян М. (август 2002 г.). «Поглотитель мРНК, декэпирующий фермент DcpS, является членом семейства пирофосфатаз HIT». EMBO J. 21 (17): 4699–4708. Дои:10.1093 / emboj / cdf448. ЧВК  126188. PMID  12198172.
6. ван Дейк Э, Ле Хир Х, Серафин Б. (октябрь 2003 г.). «DcpS может действовать в пути распада мРНК 5'-3 'в дополнение к пути 3'-5'». Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (21): 12081–12086. Bibcode:2003ПНАС..10012081В. Дои:10.1073 / pnas.1635192100. ЧВК  218716. PMID  14523240.
7. «Ген Entrez: энзим для удаления колпачков DCPS, поглотитель».
8. Лю Х., Киледжян М. (февраль 2006 г.). «Обеззараживание сообщения: начало или конец». Biochem. Soc. Транс. 34 (Pt 1): 35–8. Дои:10.1042 / BST20060035. PMID  16246173.
9. Han GW, Schwarzenbacher R, McMullan D, Abdubek P, Ambing E, Axelrod H, Biorac T, Canaves JM, Chiu HJ, Dai X, Deacon AM, DiDonato M, Elsliger MA, Godzik A, Grittini C, Grzechnik SK, Hale J , Hampton E, Haugen J, Hornsby M, Jaroszewski L, Klock HE, Koesema E, Kreusch A, Kuhn P, Lesley SA, McPhillips TM, Miller MD, Moy K, Nigoghossian E, Paulsen J, Quijano K, Reyes R, Spraggon Дж., Стивенс Р. К., ван ден Бедем Х., Веласкес Дж., Винсент Дж., Уайт А., Вольф Дж., Сюй К., Ходжсон К. О., Вули Дж., Уилсон И. А. (сентябрь 2005 г.). «Кристаллическая структура фермента деэпинга мРНК Апо (DcpS) от мышей с разрешением 1,83 А». Белки. 60 (4): 797–802. Дои:10.1002 / prot.20467. PMID  16001405. S2CID  20494085.

Смотрите также

• Синдром Аль-Ракада

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–174. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–156. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Чжан К.Х., Е М., Ву XY и др. (2001). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых / предшественниках». Genome Res. 10 (10): 1546–1560. Дои:10.1101 / гр.140200. ЧВК  310934. PMID  11042152.
• Ван З., Киледжиан М (2002). «Функциональная связь между экзосомой млекопитающих и декапированием мРНК». Клетка. 107 (6): 751–762. Дои:10.1016 / S0092-8674 (01) 00592-X. PMID  11747811. S2CID  8098116.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–16903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Квасницка Д.А., Краковяк А., Такер С. и др. (2003). «Координированная экспрессия НАДФН-зависимой флавинредуктазы, Fre-1, и Hint-связанной 7meGMP-направленной гидролазы, DCS-1». J. Biol. Chem. 278 (40): 39051–39058. Дои:10.1074 / jbc.M306355200. ЧВК  2556063. PMID  12871939.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–45. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Гу М., Фабрега С., Лю С.В. и др. (2004). «Понимание структуры, механизма и регуляции активности декапирования мРНК скавенджера». Мол. Клетка. 14 (1): 67–80. Дои:10.1016 / S1097-2765 (04) 00180-7. PMID  15068804.
• Лю С.В., Цзяо X, Лю Х. и др. (2004). «Функциональный анализ ферментов, обезвреживающих мРНК». РНК. 10 (9): 1412–1422. Дои:10.1261 / rna.7660804. ЧВК  1370627. PMID  15273322.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Малис Н., Кэрролл К., Миян Дж., Толлервей Д., Маккарти Дж. Э. (2004). «Пирофосфатазная активность Dcs1« мусорщика »m7GpppX модулирует реакции дрожжей, вызванные питательными веществами». Нуклеиновые кислоты Res. 32 (12): 3590–3600. Дои:10.1093 / нар / гх687. ЧВК  484174. PMID  15240832.
• Чен Н., Уолш М.А., Лю Й. и др. (2005). «Кристаллические структуры человеческого DcpS в безлигандных и связанных с m7GDP формах предполагают динамический механизм декапирования скавенджера мРНК». J. Mol. Биол. 347 (4): 707–718. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.01.062. PMID  15769464.
• Квасницка-Кроуфорд Д.А., Винсент С.Р. (2005). «Роль новой двойной флавинредуктазы (NR1) и ассоциированного белка гистидиновой триады (DCS-1) в цитотоксичности, вызванной менадионом». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 336 (2): 565–571. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.08.129. PMID  16140270.
• Малис Н., Маккарти JEG (2006). «Dcs2, новый стресс-индуцированный модулятор активности пирофосфатазы m7GpppX, который локализуется в P-тельцах». J. Mol. Биол. 363 (2): 370–382. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.08.015. PMID  16963086.

внешняя ссылка

• PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для человеческой m7GpppX дифосфатазы (DCPS)

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR008594