Метавирус - Metavirus

Метавирус
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Парарнавиры
Тип:Artverviricota
Учебный класс:Revtraviricetes
Заказ:Ортервиралес
Семья:Metaviridae
Род:Метавирус

Метавирус это род вирусы в семье Metaviridae. Они есть ретротранспозоны которые вторгаются в геном эукариотического хозяина и могут реплицироваться только после того, как вирус заразил хозяина.[1] Эти генетические элементы существуют для инфицирования и репликации в геноме своего хозяина и происходят от предковых элементов, не связанных с их хозяином. Метавирус может использовать несколько разных хозяев для передачи, и было обнаружено, что он передается через семяпочки и пыльцу некоторых растений.[2]

Метавирус содержит пять семейств Ty3 / Цыганский элемент с одним или двумя открытые рамки для чтения; эти семьи mdg1, mdg3, бластопия, 412, и микропия.[3] Каждое из пяти семейств содержит одну или две открытые рамки считывания, кляп3 и / или pol3.[4] Существуют доказательства, подтверждающие, что недостаток аминокислот в элементах генома хозяина часто вызывает сдвиг рамки считывания в сторону Ty3 элемент.[5] Метавирус соответствует Огре / Тат генеалогическое происхождение.[6]

Морфология

Виды Метавирус представляют собой ретротранспозоны одноцепочечной РНК. Они имеют икосаэдрическое и линейное строение и не заключены в оболочку.[7] Их диаметр составляет примерно 50 нм, а длина обычно составляет от 42 до 52 нм.[7] Эти генетические элементы содержат ядро ​​и капсид.

Разновидность

Признаны следующие виды:[8]

Эволюция

Из-за их высокой скорости мутации и рекомбинации и их способности проводить горизонтальный перенос генов, эволюционную историю многих ретроэлементов может быть сложно проследить (Benachenhou et al., 2013).[9] Ученые часто обращаются к геномам Метавирус сравнивать последовательности нуклеиновых кислот с последовательностями других вирусов, конструируя клоны и предлагая общих предков.

Множественные таксоны Метавирус имеют геномную последовательность, гомологичную другим родам Metaviridae, и предполагают общего предка и / или совместную эволюцию.[10] Ученые часто смотрят на белки капсида в поисках доказательств Метавирус эволюция.[11] Большая часть родословной Метавирус остается нерешенным и в настоящее время исследуется.

Исследования

Mascagni et al. (2017) провели исследования по поиску гомологов и идентификации нитей у видов подсолнечника. В эксперименте ДНК выделяли из различных подсолнечник виды и геномы ретротранспозонов были идентифицированы с использованием BLASTX анализ. Филогенетические деревья были построены с использованием метода объединения соседей, и был построен биоинформатический конвейер для проведения геномного анализа. Два элемента, КОНЕЧНО и Геликопия, были идентифицированы и помещены в Цыганский и Копия суперсемейства соответственно.[12] Таким образом КОНЕЧНО элемент принадлежит к Цыганский группа, из Огре / Тат родословная, рода Метавирус.[12] Дальнейший анализ привел Mascagni et al. (2017) для выявления мутаций и заключения, что Метавирус родословная развивалась раньше Сиревирус. Mascagni et al. (2017) также нашли доказательства того, что КОНЕЧНО элементы и Helicopia элементы были гибридизированы, потенциал для новых линий.

Нефедова и Ким (2009) провели исследование Drosophila melanogaster для дальнейшего определения происхождения Метавирус. Гомологи были идентифицированы из ранее выделенной ДНК ретротранспозонов и Drosophila melanogaster были построены филогенетические деревья.[13] Метавирусы обладают геном env, что позволяет им быть инфекционными, что, к заключению Нефедовой и Ким (2009), было получено в результате горизонтального переноса генов из бакуловирусов.[13] Метавирус содержит элемент roo, который, как считается, был получен в результате переноса гена из Эрранвирус, или, что более вероятно, два рода разделяют общий предок.[13]

Рекомендации

  1. ^ Зиберт, C (2006). «Неразумный замысел» (PDF). Обнаружить.
  2. ^ Сингх, Р. Финни, Р. (сентябрь 1973 г.). «Передача через семена метавируса веретеновидного клубня картофеля через семяпочку Scopolia sinensis». Канадский журнал болезней растений. 53: 153–154.
  3. ^ Нефедова, Лидия; Ким, Александр. «Механизмы транспозиции LTR-ретроэлементов: уроки Drosophilia melanogaster». Вирусы. 9: 1–10.
  4. ^ Леви, Камилла; и другие. (2013). «Вакцина из вирусоподобных частиц индуцирует перекрестную защиту от человеческих метапневмовирусных инфекций у мышей». Вакцина. 31 (25): 2778–2785. Дои:10.1016 / j.vaccine.2013.03.051. PMID  23583815.
  5. ^ Тюркель, Сезай (июнь 2016 г.). «Аминокислотное голодание усиливает запрограммированный сдвиг рибосомных рамок в метавирусе Ty3 Saccharomyces cerevisiae». Достижения в биологии. 2016: 1–6. Дои:10.1155/2016/1840782.
  6. ^ Neumann, P; Позаркова, Д; Макас, Дж (2003). «Обильный LTR ретротранспозон гороха Ogre конститутивно транскрибируется и частично сращивается». Молекулярная биология растений. 53 (3): 399–410. Дои:10.1023 / B: PLAN.0000006945.77043.ce. PMID  14750527.
  7. ^ а б Менес, Томас (2018). Индекс вирусов Спрингера. Springer Nature. С. 843–849.
  8. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 30 апреля 2020.
  9. ^ Беначенху, Фарид; Sperber, Göran O .; Бонгкам-Рудлофф, Эрик; Андерссон, Горан; Boeke, Jef D .; Бломберг, Джонас (2013). «Консервированная структура и предполагаемая эволюционная история длинных концевых повторов (LTR)». Мобильная ДНК. 4 (1): 5. Дои:10.1186/1759-8753-4-5. ЧВК  3601003. PMID  23369192.
  10. ^ Кунин, М; Доля, В; Крупович, М (2015). «Происхождение и эволюция вирусов эукариот: абсолютная модульность». Вирусология. Дои:10.1016 / j.virol.2015.02.039.
  11. ^ Гонг, Z; Хан, Г. (2018). «Ретроэлементы насекомых позволяют по-новому взглянуть на происхождение вирусов гепатита B». Молекулярная биология и эволюция. 35 (9): 2254–2259. Дои:10.1093 / molbev / msy129. PMID  29924338.
  12. ^ а б Масканьи, Фарид (2017). «Различные истории двух сильно изменчивых ретротранспозонов LTR у видов подсолнечника» (PDF). Ген. 634: 5–14. Дои:10.1016 / j.gene.2017.08.014. HDL:11568/885451. PMID  28867564.
  13. ^ а б c Нефедове, Л (2009). «Молекулярная филогения и систематика ретротранспозонов и ретровирусов дрозофил». Молекулярная биология. 43 (5): 747–756. Дои:10.1134 / S0026893309050069.

внешняя ссылка