Список секвенированных эукариотических геномов - List of sequenced eukaryotic genomes

Saccharomyces cerevisiae был первым эукариотическим организмом, у которого была определена полная последовательность генома.

Этот список «секвенированных» геномов эукариот содержит все эукариоты известно как общедоступный полный ядерный и органелла последовательности генома которые были упорядочены, собраны, аннотированы и опубликованы; проекты геномов не включены, как и последовательности, состоящие только из органелл.

ДНК была впервые секвенирована в 1977 году. Первым свободноживущим организмом, геном которого был полностью секвенирован, была бактерия Haemophilus influenzae, в 1995 г. В 1996 г. Saccharomyces cerevisiae (пекарские дрожжи) были первой последовательностью генома эукариота, которая была выпущена, а в 1998 году первой последовательностью генома для многоклеточного эукариота, Caenorhabditis elegans, был выпущен.

Протисты

Ниже приведены шесть самых ранних секвенированных геномов протистов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов протистов.

Организм	Тип	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год окончания
Гиллардия тета	Криптомонады	Модельный организм	0.551 МБ (нуклеоморф только геном)	465,[1] 513, 598 (UniProt)	Канадский институт перспективных исследований, Филиппский университет Марбург и Университет Британской Колумбии	2001[1]
Плазмодий falciparum Клон: 3D7	Апикомплексан	Патоген человека (малярия )	22.9 Мб	5,268[2]	Консорциум проекта генома малярии	2002[2]
Плазмодий yoelii yoelii Штамм: 17XNL	Апикомплексан	Возбудитель грызунов (малярия)	23,1 Мб	5,878[3]	TIGR и NMRC	2002[3]
Cryptosporidium hominis Штамм: TU502	Апикомплексан	Человеческий патоген	10,4 Мб	3,994[4]	Университет Содружества Вирджинии	2004[4]
Криптоспоридиум парвум Изолят С- или генотипа 2	Апикомплексан	Человеческий патоген	16,5 Мб	3,807[5]	UCSF и Университет Миннесоты	2004[5]
Thalassiosira pseudonana Штамм: CCMP 1335	Диатомовый	Модельный организм	34,5 Мб	11,242[6]	Объединенный институт генома и Вашингтонский университет	2004[6]

Растения

Ниже приведены пять наиболее ранних секвенированных геномов растений. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов растений.

Организм	Тип	Актуальность	Размер генома	Количество хромосом	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год окончания
Arabidopsis thaliana Экотип: Колумбия	Дикий горчица Thale Cress	Модель растение	135 Мб[7]	5	25,498,[8] 27,400,[9] 31 670 (UniProt)	Инициатива по геному арабидопсиса[10]	2000[8]
Cyanidioschyzon merolae Напряжение: 10D	Красные водоросли	Простой эукариот	16,5 Мб	20	5,331[11]	Токийский университет, университет Рикке, университет Сайтама и университет Кумамото	2004[11]
Oryza sativa ssp индика	Рис	Культура и модельный организм	420 Мб	12	32-50,000[12]	Пекинский институт геномики, Чжэцзянский университет и Китайская академия наук	2002[12]
Остреококк тавр	Зеленые водоросли	Простой эукариот, небольшой геном	12,6 Мб		7 969 (UniProt)	Laboratoire Arago	2006[13]
Populus trichocarpa	Тополь бальзам или черный тополь	Связывание углерода, модельное дерево, коммерческое использование (древесина) и сравнение с A. thaliana	550 Мб	19	45,555[14]	Международный консорциум по геному тополя	2006[14]

Грибы

Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов грибов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов грибов.

Организм	Тип	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год окончания
Saccharomyces cerevisiae Штамм: S288C	Сахаромицеты	Пекарские дрожжи; Модель эукариот	12,1 Мб	6,294[15]	Международное сотрудничество по секвенированию генома дрожжей[16]	1996[15]
Encephalitozoon cuniculi	Микроспоридиум	Человеческий патоген	2.9 Мб	1,997[17]	Геноскоп и Université Blaise Pascal	2001[17]
Schizosaccharomyces pombe Штамм: 972h-	Шизосахаромицеты	Модель эукариот	14 Мб	4,824[18]	Институт Сэнгера и Лаборатория Колд-Спринг-Харбор	2002[18]
Neurospora crassa	Сордариомицеты	Модель эукариот	40 Мб	10,082[19]	Broad Institute, Орегонский университет здоровья и науки, Университет Кентукки, а Канзасский университет	2003[19]
Phanerochaete chrysosporium Штамм: RP78 Представлять себе!	Агарикомицеты	Грибок древесной гнили, использование в mycoremediation	30 Мб	11,777[20]	Объединенный институт генома	2004[20]

Животные

Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов животных. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов животных.

Организм	Тип	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год окончания
Caenorhabditis elegans Штамм: Bristol N2	Нематода	Модельное животное	100 Мб	19,000[21]	Вашингтонский университет и Институт Сэнгера	1998[21]
Drosophila melanogaster	Плодовая муха	Модельное животное	165 Мб	13,600[22]	Селера, Калифорнийский университет в Беркли, Медицинский колледж Бейлора, European DGP	2000[22]
Anopheles gambiae Штамм: PEST	Комар	Вектор из малярия	278 МБ	13,683[23]	Celera Genomics и Геноскоп	2002[23]
Такифугу рубрипс	рыба фугу	Позвоночное животное с небольшим геномом	390 Мб	22–29,000[24]	Международный консорциум генома фугу[25]	2002[26]
Homo sapiens	Человек		3,2 Гб[27]	18 826 (консорциум CCDS)	Консорциум проекта "Геном человека" и Celera Genomics	Проект 2001 г.[28][29] Завершить 2006 год[30]

Смотрите также

• Геномный проект, Человеческий геном
• Геномная организация
• История генетики
• Список секвенированных геномов животных
• Список секвенированных геномов архей
• Список секвенированных бактериальных геномов
• Список секвенированных геномов грибов
• Список секвенированных геномов растений
• Список секвенированных пластомов
• Список секвенированных геномов протистов

Рекомендации

1. Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М. и др. (Апрель 2001 г.). «Сильно восстановленный геном порабощенного ядра водорослей». Природа. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Натур.410.1091D. Дои:10.1038/35074092. PMID  11323671.
2. Гарднер М.Дж., Холл Н., Фунг Э. и др. (Октябрь 2002 г.). "Последовательность генома малярийного паразита человека Плазмодий falciparum". Природа. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002Натура.419..498Г. Дои:10.1038 / природа01097. ЧВК  3836256. PMID  12368864.
3. Карлтон JM, Angiuoli SV, Suh BB, et al. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома и сравнительный анализ модельного паразита малярии грызунов» Плазмодий yoelii yoelii". Природа. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002Натура. 419..512C. Дои:10.1038 / природа01099. PMID  12368865.
4. Xu P, Widmer G, Wang Y, et al. (Октябрь 2004 г.). "Геном Cryptosporidium hominis". Природа. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004 Натур.431.1107X. Дои:10.1038 / природа02977. PMID  15510150.
5. Абрахамсен М.С., Темплтон Т.Дж., Эномото С. и др. (Апрель 2004 г.). "Полная последовательность генома апикомплексана, Криптоспоридиум парвум". Наука. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Наука ... 304..441A. Дои:10.1126 / science.1094786. PMID  15044751. S2CID  26434820.
6. Армбраст Э.В., Бергес Дж. А., Боулер С. и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Наука. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004 Наука ... 306 ... 79А. CiteSeerX  10.1.1.690.4884. Дои:10.1126 / science.1101156. PMID  15459382. S2CID  8593895.
7. https://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/gene_structural_annotation/agicomplete.jsp
8. Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения. Arabidopsis thaliana". Природа. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Натура 408..796Т. Дои:10.1038/35048692. PMID  11130711.
9. Ensembl entry
10. Инициатива по геному арабидопсиса В архиве 2006-02-07 на Wayback Machine
11. Мацузаки М., Мисуми О, Шин-И Т. и др. (Апрель 2004 г.). "Последовательность генома сверхмалой одноклеточной красной водоросли Cyanidioschyzon merolae 10D ". Природа. 428 (6983): 653–7. Bibcode:2004Натура 428..653М. Дои:10.1038 / природа02398. PMID  15071595.
12. Гофф С.А., Рике Д., Лан Т.Х. и др. (Апрель 2002 г.). "Черновая последовательность генома риса (Oryza sativa L. ssp. японика)". Наука. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Наука ... 296 ... 92Г. Дои:10.1126 / science.1068275. PMID  11935018. S2CID  2960202.
13. Derelle E, Ferraz C, Rombauts S и др. (Август 2006 г.). «Анализ генома самого маленького свободноживущего эукариота Ostreococcus tauri выявил множество уникальных особенностей». PNAS. 103 (31): 11647–52. Bibcode:2006PNAS..10311647D. Дои:10.1073 / pnas.0604795103. ЧВК  1544224. PMID  16868079.
14. Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Геном черного тополя, Populus trichocarpa (Торр и Грей) ". Наука. 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Научный ... 313.1596Т. Дои:10.1126 / science.1128691. PMID  16973872. S2CID  7717980.
15. Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Н. и др. (Октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Наука ... 274..546G. Дои:10.1126 / science.274.5287.546. PMID  8849441. S2CID  16763139.
16. Международное сотрудничество по секвенированию генома дрожжей В архиве 2007-09-27 на Wayback Machine
17. Катинка М.Д., Дюпра С., Корнильо Э. и др. (Ноябрь 2001 г.). «Последовательность генома и уплотнение генов паразита эукариот» Encephalitozoon cuniculi". Природа. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001Натура.414..450K. Дои:10.1038/35106579. PMID  11719806.
18. Вуд В., Гвиллиам Р., Раджандрим М.А. и др. (Февраль 2002 г.). "Последовательность генома Schizosaccharomyces pombe". Природа. 415 (6874): 871–80. Дои:10.1038 / природа724. PMID  11859360.
19. Галаган Ю.Е., Кальво С.Е., Боркович К.А. и др. (Апрель 2003 г.). "Последовательность генома мицелиальных грибов Neurospora crassa". Природа. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003Натура.422..859Г. Дои:10.1038 / природа01554. PMID  12712197.
20. Мартинес, Диего; Ларрондо, Луис Ф; Патнэм, Ник; Гелпке, Маартен Д Соллевейн; Хуанг, Кэтрин; Чепмен, Джаррод; Helfenbein, Kevin G; Рамайя, Прити; и другие. (2004). «Последовательность генома гриба, разрушающего лигноцеллюлозу, штамм RP78 Phanerochaete chrysosporium». Природа Биотехнологии. 22 (6): 695–700. Дои:10.1038 / nbt967. PMID  15122302.
21. Консорциум по секвенированию C. elegans (декабрь 1998 г.). "Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии ». Наука. 282 (5396): 2012–8. Bibcode:1998На ... 282.2012.. Дои:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID  9851916.
22. Адамс, доктор медицины, Сельникер С.Е., Холт Р.А. и др. (Март 2000 г.). "Последовательность генома Drosophila melanogaster". Наука. 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci ... 287.2185.. CiteSeerX  10.1.1.549.8639. Дои:10.1126 / science.287.5461.2185. PMID  10731132.
23. Холт Р.А., Субраманиан Г.М., Халперн А. и др. (Октябрь 2002 г.). "Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae". Наука. 298 (5591): 129–49. Bibcode:2002Наука ... 298..129H. CiteSeerX  10.1.1.149.9058. Дои:10.1126 / science.1076181. PMID  12364791. S2CID  4512225.ЧАС
24. Международный консорциум генома фугу. Четвертая сборка генома В архиве 2012-02-05 в Wayback Machine
25. Международный консорциум генома фугу В архиве 2012-02-05 в Wayback Machine
26. Aparicio S, Chapman J, Stupka E, et al. (Август 2002 г.). "Сборка полногеномного ружья и анализ генома Fugu rubripes". Наука. 297 (5585): 1301–10. Bibcode:2002Научный ... 297.1301A. Дои:10.1126 / science.1072104. PMID  12142439. S2CID  10310355.
27. Консорциум по секвенированию генома человека, международный (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа. 431 (7011): 931–45. Bibcode:2004Натура.431..931H. Дои:10.1038 / природа03001. PMID  15496913.
28. Макферсон Дж. Д., Марра М., Хиллиер Л. и др. (Февраль 2001 г.). «Физическая карта генома человека». Природа. 409 (6822): 934–41. Bibcode:2001Натура.409..934М. Дои:10.1038/35057157. PMID  11237014.
29. Вентер Дж. К., Адамс, доктор медицины, Майерс Э. У. и др. (Февраль 2001 г.). «Последовательность генома человека». Наука. 291 (5507): 1304–51. Bibcode:2001Научный ... 291.1304V. Дои:10.1126 / science.1058040. PMID  11181995.
30. Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (Май 2006 г.). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека». Природа. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Натура.441..315Г. Дои:10.1038 / природа04727. PMID  16710414.

внешняя ссылка

• Diark - ресурс для исследования генома эукариот
• EMBL-EBL Эукариотические геномы
• Браузер генома UCSC
• Международный консорциум секвенирования - база данных крупномасштабных проектов секвенирования
• Ансамбль В Ансамбль Браузер генома (включает черновые геномы и геномы с низким уровнем покрытия)
• ЗОЛОТО: База данных Genomes OnLine v 3.0
• База данных сравнительной геномики SUPERFAMILY Включает в себя геномы всех полностью секвенированных эукариот, а также сложную систему сбора данных и инструменты визуализации для анализа
• База данных генома крысы