Джон Quackenbush - John Quackenbush

Для политика см. Джон А. Квакенбуш.
Джон Quackenbush
JohnQuackenbush.jpg
Родившийся
Кингстон, Пенсильвания, Соединенные Штаты
Альма-матерКалифорнийский технологический институт (Б.С. )
Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе (Кандидат наук. )
Известенбиоинформатика, вычислительная биология, микроматричный анализ, геномика, функциональная геномика
Научная карьера
УчрежденияГарвардский университет
Институт рака Дана-Фарбер
Институт молекулярной биологии, (Университет Квинсленда )
ТезисТеория калибровочного поля в двух измерениях пространства-времени: аномалии и приложения к моделям струн  (1990)
ДокторантТерри Томбулис
Интернет сайтwww.dfhcc.harvard.edu/ инсайдер/ деталь-член/член/ Джон-quackenbush-phd/

Джон Quackenbush является Американец компьютерный биолог и геном ученый. Он является профессор из биостатистика и вычислительная биология и профессор рак биология на Институт рака Дана-Фарбер (DFCI),[1][2][3] а также директор Центра вычислительной биологии рака (CCCB).[4] Quackenbush также занимает должность профессора вычислительной биологии и биоинформатика в отделе Биостатистика на Гарвардская школа общественного здравоохранения (HSPH).[5][6][7][8][9]

Образование и ранняя жизнь

Уроженец Mountain Top, Пенсильвания, Quackenbush посетил Средняя школа епископа Хобана в Wilkes Barre, который окончил в 1979 г., после чего поступил в Калифорнийский технологический институт, где получил степень бакалавра физики. Он получил докторскую степень в теоретическая физика от Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе (UCLA) в 1990 году.[10][11]

Карьера и исследования

Проработав два года в качестве Сотрудник докторантуры по физике Квакенбуш был удостоен награды за карьеру в области специальных исследований от Национального центра исследований генома человека (предшественник Национальный институт исследования генома человека ), а затем провел следующие два года в Институт Солка работа над физическими картами хромосома человека 11, а затем еще два года в Стэндфордский Университет разработка новых лабораторных и вычислительных стратегий для секвенирования человеческий геном.[10]

В 1997 году Квакенбуш поступил на факультет Институт геномных исследований (ТИГР) в Роквилл, Мэриленд,[10] где его внимание начало переключаться на постгеномные приложения с упором на микроматричный анализ. Используя комбинацию лабораторных и вычислительных подходов, Квакенбуш и его группа разработали аналитические методы, основанные на интеграции данные в разных областях, чтобы извлечь биологический смысл из многомерных данных.

В 2005 году Квакенбуш был назначен на свои нынешние должности в Институт рака Дана-Фарбер (DFCI) и Гарвардская школа общественного здравоохранения.[10] Четыре года спустя он основал Центр вычислительной биологии рака (CCCB) при DFCI.[12] которой он руководит и которая обеспечивает широкую биоинформатика и вычислительная биология поддержка исследовательского сообщества через модель совместного консультирования, которая также выполняет и анализирует крупномасштабные исследования второго поколения Секвенирование ДНК.[13]

Текущее исследование Quackenbush сосредоточено на анализе человеческого рак с помощью системная биология подходы к пониманию и моделированию биологических сетей, лежащих в основе болезни. Это привело его и его коллег к фундаментальным открытиям о роли этого изменения в экспрессия гена играет в определении биологических фенотипов.

В 2010 году Квакенбуш и его коллеги из CCCB вместе со следователями из Национальное еврейское здоровье Центр генов, окружающей среды и здоровья, Питтсбургский университет Центр интерстициальной болезни легких Дороти П. и Ричарда П. Симмонса, Бостонский университет Секция вычислительной биомедицины и легочного центра, а также Колорадский университет в Денвере Основной фонд Genomics получил грант в размере 11 миллионов долларов в рамках Закон о восстановлении и реинвестировании Америки от 2009 г. запустить Консорциум исследований геномики легких.[14][15] Этот проект, финансируемый Национальный институт сердца, легких и крови (NHLBI), добавит генетические, геномные и эпигенетические данные в коллекцию клинических биологических образцов, разработанную Консорциумом исследований легких NHLBI. Консорциум стремится использовать геномные технологии и передовые инструменты анализа данных на имеющихся образцах легочной ткани пациентов, чтобы получить новое понимание легочная болезнь и, таким образом, разработать более эффективные индивидуальные методы лечения.

В 2011 году Quackenbush опубликовал Геном человека: книга основных знаний (Imagine Publishing, США), в котором излагаются история, наука и последствия Проект "Геном человека". Он также был награжден стипендией в четыре миллиона долларов, предоставленной Австралийским национальным советом по здравоохранению и медицинским исследованиям для изучения химиотерапевтических устойчивых форм рака яичников в сотрудничестве с коллегами из Института молекулярной биологии Университета Квинсленда.[16]

Квакенбуш в настоящее время входит в состав редакционных советов пяти крупных журналов и является главным редактором в Геномика. Он работал в нескольких комитетах Национальные академии и Институт медицины, включая Комитет по валидации токсикогеномных технологий: фокус на стратегиях химической классификации,

[17][18] Комиссия по сбору, хранению, доступу и защите биологических образцов и исследований в области биологических наук,[19] и Комитет по обзору тестов, основанных на омиксе, для прогнозирования исходов у пациентов в клинических испытаниях.[20] В настоящее время он является членом научных консультативных советов при Детская исследовательская больница Св. Иуды, то Институт респираторных исследований Лавлейс, Фонды надежды на исследования рака и Национальный институт здоровья Проект «Эпигеномика дорожной карты». Quackenbush также является членом научных консультативных советов ряда биотехнологических компаний и компаний точной медицины, включая Caris Life Sciences, SynapDx, Perthera и NABsys.[нужна цитата ]

В 2011 году Quackenbush вместе с партнером Миком Корреллом основал Genospace, компанию по разработке программного обеспечения, специализирующуюся на разработке инструментов для обеспечения точной геномной медицины.[10] По состоянию на 2014 г., Quackenbush был Директор компании Genospace.[10] Летом 2013 года Квакенбуш был удостоен чести Белого дома в качестве поборника перемен в области открытой науки.[21]

В январе 2017 года Genospace была приобретена больничной корпорацией Америки (HCA) и слилась с онкологическим институтом Сары Кэннон, принадлежащим HCA, в качестве 100-процентной дочерней компании.

Публикации

Книги
  • Автор, Геном человека: книга основных знаний (Imagine Publishing, США, 2011 г.)
  • Автор, Биоинформатика: практическое руководство по анализу генов и белков (Wiley Interscience, 2004 г.)
  • Соавтор, Анализ данных экспрессии генов на микрочипах: руководство для новичков (Уайли-Блэквелл, 2003)

Рекомендации

  1. ^ Джон Quackenbush публикации, проиндексированные Google ученый
  2. ^ Публикации Джона Квакенбуша индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  3. ^ «Профиль исследователя, Джон Квакенбуш, доктор философии». Институт рака Даны Фарбер. Архивировано из оригинал на 2015-04-07.
  4. ^ "Лаборатория вычислительной биологии и функциональной геномики - Джон Квакенбуш". Гарвардский университет. Архивировано из оригинал 2015-01-25.
  5. ^ "Джон Квакенбуш, Биография Гарвардской школы общественного здравоохранения". Гарвардский университет. Архивировано из оригинал 25 февраля 2011 г.
  6. ^ Бейтман, А; Quackenbush, J (2009). «Биоинформатика для секвенирования нового поколения». Биоинформатика. 25 (4): 429. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp037. PMID  19202193.
  7. ^ Окадзаки, Й .; Furuno, M .; Kasukawa, T .; Adachi, J .; Bono, H .; Кондо, С .; Nikaido, I .; Osato, N .; Saito, R .; Suzuki, H .; Яманака, I .; Kiyosawa, H .; Яги, К .; Tomaru, Y .; Hasegawa, Y .; Nogami, A .; Schönbach, C .; Годжобори, Т.; Baldarelli, R .; Hill, D. P .; Bult, C .; Хьюм, Д. А .; Quackenbush, J.; Schriml, L.M .; Канапин, А .; Matsuda, H .; Баталов, С .; Beisel, K. W .; Blake, J. A .; и другие. (2002). «Анализ транскриптома мыши на основе функциональной аннотации 60 770 полноразмерных кДНК». Природа. 420 (6915): 563–573. Bibcode:2002Натура.420..563O. Дои:10.1038 / природа01266. PMID  12466851.
  8. ^ Фантом, Консорциум; Сузуки, H; Форрест, А. Р .; Ван Нимвеген, Э; Daub, C.O .; Balwierz, P.J .; Ирвин, К. М .; Лассманн, Т; Раваси, Т; Hasegawa, Y; Де Хун, М. Дж .; Катаяма, S; Шредер, К; Carninci, P; Томару, Y; Канамори-Катаяма, М. Кубосаки, А; Акалин, А; Андо, Y; Арнер, Э; Асада, М; Асахара, H; Бейли, Т; Bajic, V. B .; Бауэр, Д; Beckhouse, A.G .; Бертин, Н; Björkegren, J; Бромбахер, Ф; и другие. (2009). «Транскрипционная сеть, которая контролирует остановку роста и дифференцировку в линии клеток миелоидной лейкемии человека». Природа Генетика. 41 (5): 553–62. Дои:10,1038 / нг.375. ЧВК  6711855. PMID  19377474.
  9. ^ Carninci, P; Kasukawa, T; Катаяма, S; Гоф, Дж.; Frith, M.C .; Maeda, N; Ояма, Р. Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, С; Кодзиус, Р; Shimokawa, K; Bajic, V. B .; Бреннер, С.; Баталов, С; Форрест, А. Р .; Заволан, М; Дэвис, М. Дж .; Wilming, L.G .; Aidinis, V; Allen, J.E .; Амбези-Импиомбато, А; Апвейлер, Р; Aturaliya, R. N .; Bailey, T. L .; Бансал, М; Бакстер, L; Beisel, K. W .; Берсано, Т; и другие. (2005). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука. 309 (5740): 1559–63. Bibcode:2005Наука ... 309.1559F. Дои:10.1126 / science.1112014. PMID  16141072. S2CID  8712839.
  10. ^ а б c d е ж Персонал (2014). «2014-БИТ-Брошюра» (PDF). 2014 Bio-IT World Expo. Кембриджский институт Healthtech. п. 4. Получено 15 июн 2016.
  11. ^ Quackenbush, Джон (1990). Теория калибровочного поля в двух измерениях пространства-времени: аномалии и приложения к моделям струн (Кандидат наук.). Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе. OCLC  22713736 - через ProQuest.
  12. ^ Дублин, Мэтью. "Дана-Фарбер, Quackenbush запускают консультационный центр по анализу | Геномные технологии | Информатика". GenomeWeb. Получено 2012-05-07.
  13. ^ «Объединение клинических и геномных данных». Биотехнологический мир. Получено 2012-05-07.
  14. ^ "Джон Квакенбуш, Исследователь Био Исследовательского консорциума по геномике легких". light-genomics.org. Архивировано из оригинал 19 марта 2012 г.
  15. ^ «Консорциум исследований по геномике легких запускает веб-сайт». Национальная еврейская организация. Получено 2013-04-04.
  16. ^ "Industry-News.net - Главная". Biotechnologynews.net. Получено 2012-05-07.
  17. ^ «КОМИТЕТ ПО ВАЛИДАЦИИ ТОКСИКОГЕНОМНЫХ ТЕХНОЛОГИЙ: В ФОКУСЕ СТРАТЕГИИ ХИМИЧЕСКОЙ КЛАССИФИКАЦИИ». Валидация токсикогеномных технологий. Национальная академия прессы. Получено 2013-04-04.
  18. ^ «ПРИЛОЖЕНИЕ A - КОМИТЕТ ПО ПЛАНИРОВАНИЮ СЕМИНАРА, БИОГРАФИЧЕСКАЯ ИНФОРМАЦИЯ». Валидация токсикогеномных технологий. Национальная академия прессы. Получено 2013-04-04.
  19. ^ «Проведение биосоциальных исследований: сбор, хранение, доступ и защита биологических образцов и биоданных». Национальная академия прессы. Получено 2013-04-04.
  20. ^ «Эволюция трансляционной омики». Национальная академия прессы. Получено 2013-04-04.
  21. ^ Чествование сторонников перемен в «открытой науке» в Белом доме