Эукариотическая рибосома (80S) - Eukaryotic ribosome (80S)

Rendering of a crystal structure.
Эукариотическая рибосома. В 40S субъединица находится слева, 60S подразделение справа. Рибосомная РНК (рРНК ) сердечник представлен серой трубкой, расширительные сегменты показаны красным. Синим цветом показаны универсально консервативные белки. Эти белки имеют гомологов у эукариот, архей и бактерий. Белки, общие только между эукариотами и археями, показаны оранжевым цветом, а белки, специфичные для эукариот, показаны красным. Идентификаторы PDB 4a17, 4A19, 2XZM выровнены с 3U5B, 3U5C, 3U5D, 3U5E

Рибосомы представляют собой большую и сложную молекулярную машину, катализирующую синтез белки, именуемой перевод. Рибосома выделяет аминоацилированный переносить РНК (тРНК) на основе последовательности кодирующего белок информационная РНК (мРНК) и ковалентно связывает аминокислоты в полипептид цепи.Рибосомы всех организмов разделяют высококонсервативный каталитический центр. Однако рибосомы эукариоты (животные, растения, грибы и многие одноклеточные организмы с ядро ) намного больше, чем прокариотический (бактериальный и архей ) рибосомы и подвержены более сложным путям регуляции и биогенеза.[1][2]Эукариотические рибосомы также известны как 80-е годы рибосомы, имея в виду их коэффициенты седиментации в Единицы Сведберга, потому что они оседают быстрее, чем прокариотические (70S ) рибосомы. Рибосомы эукариот имеют две неравные субъединицы, обозначенные малая единица (40S) и большая субъединица (60S) в соответствии с их коэффициентами седиментации. Обе субъединицы содержат десятки рибосомальные белки установлен на эшафоте, состоящем из рибосомная РНК (рРНК). Небольшой блок контролирует взаимодополняемость между тРНК антикодон и мРНК, в то время как большая субъединица катализирует пептидная связь формирование.

Сочинение

По сравнению с их прокариотическими гомологами, многие эукариотические рибосомные белки увеличены за счет вставок или удлинений в консервативное ядро. Кроме того, несколько дополнительных белков обнаружены в малых и больших субъединицах рибосом эукариот, которые не имеют прокариотических гомологов. Субъединица 40S содержит 18S рибосомная РНК (сокращенно 18S рРНК), которая гомологична прокариотической 16S рРНК. Субъединица 60S содержит 28S рРНК, гомологичную прокариотической 23S рибосомная РНК. Кроме того, он содержит 5,8S рРНК, которая соответствует 5'-концу 23S рРНК, и короткую 5S рРНК. 18S и 28S имеют множественные вставки в сердцевину складки рРНК своих прокариотических аналогов, которые называются сегментами расширения. Для получения подробного списка белков, включая гомологи архей и бактерий, пожалуйста, обратитесь к отдельным статьям на 40S и 60S субъединицы. Недавние исследования предполагают гетерогенность в составе рибосом, то есть, что стехиометрия основных рибосомных белков в клетках дрожжей дикого типа и эмбриональных стволовых клетках зависит как от условий роста, так и от количества рибосом, связанных на мРНК.[3]

Эукариотический[4]Бактериальный[4]
РибосомаКоэффициент седиментации80 ю.ш.70 ю.ш.
Молекулярная масса~3.2×106 Да~2.0×106 Да
Диаметр~250–300 Å~ 200 Å
Большая субъединицаКоэффициент седиментации60 ю.ш.50 ю.ш.
Молекулярная масса~2.0×106 Да~1.3×106 Да
Белки4633
рРНК
  • 25/28 S рРНК (3354 нуклеотиды )
  • 5 S рРНК (120 нуклеотидов)
  • 5,8 S рРНК (154 нуклеотида)
  • 23S рРНК (2839 нуклеотидов)
  • 5S рРНК (122 нуклеотида)
Малая единицаКоэффициент седиментации40 ю.ш.30 ю.ш.
Молекулярная масса~1.2×106 Да~0.7×106 Да
Белки3320
рРНК
  • 18S рРНК (1753 нуклеотида)
  • 16S рРНК (1504 нуклеотида)

Определение структуры

Исходные структуры эукариотических рибосом были определены электронная микроскопия.Первые 3D-структуры были получены с разрешением 30–40 Å для дрожжевых[5]и рибосомы млекопитающих.[6][7]Структуры дрожжевой рибосомы с более высоким разрешением криоэлектронная микроскопия позволили идентифицировать структурные элементы белков и РНК.[8]Совсем недавно структуры с субнанометровым разрешением были получены для комплексов рибосом и факторов, участвующих в трансляции.[9][10][11]После определения первого бактериального[12][13][14]и архей[15]рибосомные структуры с атомным разрешением в 1990-х годах, потребовалось еще десять лет, пока в 2011 году структуры эукариотической рибосомы с высоким разрешением были получены с помощью Рентгеновская кристаллография, в основном из-за трудностей получение кристаллов достаточного качества.[16][17][18]Полная структура эукариотической рибосомной структуры 40S в Tetrahymena thermophila был опубликован и описан, а также многое о взаимодействии субъединицы 40S с eIF1 во время инициации перевода.[16] Структура субъединицы 60S эукариот также была определена из T. thermophila в комплексе с eIF6.[17] Полная структура эукариотической рибосомы 80S из дрожжей Saccharomyces cerevisiae был получен кристаллографией при разрешении 3,0 А.[18] Эти структуры демонстрируют точную архитектуру эукариот-специфических элементов, их взаимодействие с универсально консервативным ядром и все эукариот-специфические мостики между двумя рибосомными субъединицами.

Атомные координаты (Файлы PDB) и структурные факторы эукариотической рибосомы депонированы в Банк данных белков (PDB) под следующими кодами доступа:

СложныйИсточник ОрганизмРазрешениеИдентификатор PDB[19]
80-е: Стм1С. cerevisiae3,0 Å
40S: eIF1T. thermophila3,9 Å
60S: eIF6T. thermophila3,5 Å

Архитектура

Общие особенности

Некоторые общие архитектурные особенности рибосомы сохраняются в разных царствах:[20] Строение малой субъединицы можно подразделить на два больших сегмента: голову и тело. К характерным особенностям тела относятся левая и правая ступня, плечо и платформа. На голове заостренный выступ, напоминающий птичий клюв. На характерном «виде короны» большой субъединицы структурные ориентиры включают центральный выступ, L1-ножку и P-ножку.[21][22]Большинство эукариот-специфичных РНК и белковых элементов находятся на открытых для растворителя сторонах 40S. [16] и 60S[17] субъединицы. Интерфейс субъединицы, а также важные функциональные области, такие как центр пептидилтрансферазы и сайт декодирования, в основном консервативны, с некоторыми различиями, наблюдаемыми в окружающих областях. В отличие от прокариотических рибосомных белков, которые взаимодействуют в первую очередь с РНК, эукариот-специфичные белковые сегменты участвуют во множестве белок-белковых взаимодействий. Взаимодействия на расстоянии опосредуются специфическими для эукариот спиральный расширения рибосомных белков и нескольких эукариотических рибосомных белков вместе для образования межбелковых бета-листы.

Кристаллические структуры эукариотических рибосомных субъединиц из T. thermophila

  • 40S Субблок, вид со стороны интерфейса субблока, идентификатор PDB 2XZM

  • 40S субъединица, вид со стороны, открытой для растворителя, идентификатор PDB 2XZM

  • 60S Субблок, вид со стороны интерфейса субблока, идентификаторы PDB 4A17, 4A19

  • 60S субъединица, вид со стороны, открытой для растворителя, идентификаторы PDB 4A17, 4A19

Ядро рибосомной РНК представлено серой трубкой, сегменты расширения показаны красным. Синим цветом показаны универсально консервативные белки. Эти белки имеют гомологов у эукариот, архей и бактерий. Белки, общие только между эукариотами и археями, показаны оранжевым цветом, а белки, специфичные для эукариот, показаны красным.

Совместная эволюция рРНК и белков

Структура субъединицы 40S выявила, что эукариот-специфические белки (rpS7, rpS10, rpS12 и RACK1), а также многочисленные эукариот-специфичные расширения белков расположены на открытой для растворителя стороне небольшой субъединицы.[16] Здесь они участвуют в стабилизации сегментов экспансии рРНК. Более того, клюв субъединицы 40S ремоделируется, поскольку рРНК заменяется белками rpS10 и rpS12.[16]Как наблюдалось для субъединицы 40S, все эукариот-специфические белки субъединицы 60S (RPL6, RPL22, RPL27, RPL28, RPL29 и RPL36) и многие удлинения расположены на стороне, подверженной воздействию растворителя, образуя сложную сеть взаимодействий с эукариотами. специфические сегменты экспансии РНК. RPL6, RPL27 и RPL29 обеспечивают контакты между наборами ES ES7 – ES39, ES31 – ES20 – ES26 и ES9 – ES12, соответственно, и RPL28 стабилизирует сегмент расширения ES7A.[17]

Слитые белки убиквитина

У эукариот белок маленькой субъединицы RPS27A (или eS31) и белок большой субъединицы RPL40 (или eL40) процессированные полипептиды, которые переводятся как слитые белки несущий N-терминал убиквитин домены. Оба белка расположены рядом с важными функциональными центрами рибосомы: нерасщепленные убиквитиновые домены eS31) и eL40 будут располагаться в сайте декодирования и рядом с сайтом связывания фактора трансляции, соответственно. Эти позиции предполагают, что протеолитическое расщепление является важным этапом в производстве функциональных рибосом.[16][17] Действительно, мутации линкера между ядром eS31 и доменом убиквитина являются летальными для дрожжей.[23]

Активный сайт

Сравнение структур бактериальных, архейных и эукариотических рибосом показывает очень высокую степень консервативности активного центра, также известного как пептидилтрансфераза center (PTC) - регион. Ни один из специфичных для эукариот белковых элементов не является достаточно близким, чтобы напрямую участвовать в катализе.[17] Однако RPL29 проецируется в пределах 18 Å от активного сайта в T. thermophila, а эукариот-специфические расширения связывают несколько белков в непосредственной близости от PTC субъединицы 60S,[17][21] в то время как соответствующие белки 50S являются единичными объектами.[15]

Межсубъединичные мосты

Контакты через две рибосомные субъединицы известны как межсубъединичные мостики. В рибосоме эукариот дополнительные контакты устанавливаются с помощью сегментов расширения 60S и белков.[24] В частности, С-концевое удлинение белка 60S RPL19 взаимодействует с ES6E 40S рРНК, а С-концевое удлинение белка 60S RPL24 взаимодействует с 40S rpS6 и спиралью h10 рРНК. Более того, 60S-сегменты экспансии ES31 и ES41 взаимодействуют с rpS3A (S1) и rpS8 субъединицы 40S, соответственно, и основной 25-аминокислотный пептид RPL41 расположен на границе раздела субъединиц в 80S-рибосоме, взаимодействуя с элементами рРНК оба подразделения.[21][24]

Рибосомные белки, играющие роль в передаче сигналов

Два 40S рибосомных белка (СТОЙКА1 и RPS6 (или eS6) ) вовлечены в клеточную передачу сигналов: RACK1, впервые описанный как рецептор активированная протеинкиназа C (PKC), является неотъемлемым компонентом эукариотической рибосомы и располагается в задней части головы.[16] Он может связывать пути передачи сигнала непосредственно с рибосомой, хотя он также играет роль во множестве трансляционных процессов, которые кажутся не связанными (см. [25]). Рибосомный белок eS6 расположен в правой ноге 40S субъединицы. [16] и фосфорилируется в ответ на мишень рапамицина у млекопитающих (mTOR) сигнализация.[26]

Функциональные аспекты

Инициирование перевода

Синтез белка в первую очередь регулируется на стадии инициирование перевода. У эукариот канонический путь инициации требует не менее 12 белков. факторы инициирования, некоторые из которых сами по себе являются крупными комплексами.[27] Структуры 40S: eIF1 [16] и 60S: eIF6 [17] комплексы обеспечивают первое подробное понимание атомных взаимодействий между эукариотической рибосомой и регуляторными факторами. eIF1 участвует в выборе стартового кодона, а eIF6 стерически препятствует объединению субъединиц. Однако структурная информация о факторах инициации эукариот и их взаимодействиях с рибосомой ограничена и в основном получена из моделей гомологии или анализов с низким разрешением.[28] Выяснение взаимодействий между эукариотической рибосомой и факторами инициации на атомарном уровне важно для механистического понимания регуляторных процессов, но представляет собой значительную техническую задачу из-за присущей им динамики и гибкости инициирующих комплексов. Первое строение комплекса предварительной инициации млекопитающих было получено с помощью криоэлектронной микроскопии.[29] Вскоре последовали и другие структуры инициирующих комплексов, благодаря техническим усовершенствованиям крио-ЭМ.[30][31] Эти структуры помогут лучше понять процесс инициации трансляции у эукариот.

Регуляторные роли рибосомных белков

Недавние генетические данные были интерпретированы как предположение, что отдельные белки эукариотической рибосомы непосредственно участвуют в регуляции трансляции.[32][33][34] Однако эта интерпретация спорна, и некоторые исследователи предположили, что генетические изменения генов рибосомных белков косвенно влияют на общее количество рибосом или процессы биогенеза рибосом.[35][36]

Транслокация белков и нацеливание

Чтобы выполнять свои функции в клетке, вновь синтезированные белки должны быть нацелены в соответствующее место в клетке, что достигается за счет нацеливание на белок и перемещение системы.[37] Растущий полипептид покидает рибосому через узкий туннель в большой субъединице. Область вокруг выходного туннеля субъединицы 60S очень похожа на субъединицы 50S бактерий и архей. Дополнительные элементы ограничены вторым уровнем белков вокруг выхода из туннеля, возможно, за счет консервативных взаимодействий с компонентами механизма транслокации.[17] Механизм нацеливания и транслокации у эукариот намного сложнее.[38]

Рибосомные заболевания и рак

Рибосомопатии находятся врожденные заболевания человека в результате дефектов рибосомного белка или генов рРНК, или других генов, продукты которых участвуют в биогенезе рибосом.[39] Примеры включают Х-сцепленный врожденный дискератоз (X-DC),[40] Анемия Даймонда – Блэкфана,[41] Синдром Тричера Коллинза (TCS) [41][42] и Синдром Швахмана – Бодиана – Даймонда (SBDS).[39] SBDS вызывается мутациями в белке SBDS, которые влияют на его способность связывать гидролиз GTP GTPase EFL1 с высвобождением eIF6 от субъединицы 60S.[43]

Лечебные возможности

Рибосома является важной лекарственной мишенью для антибактериальные препараты, которые мешают трансляции на разных этапах цикла удлинения [44] Большинство клинически релевантных трансляционных соединений являются ингибиторами бактериальной трансляции, но ингибиторы эукариотической трансляции могут также иметь терапевтический потенциал для применения при раке или противогрибковой химиотерапии.[45] Ингибиторы элонгации проявляют противоопухолевую активность «in vivo» и «in vitro».[46][47][48] Одним из токсичных ингибиторов элонгации трансляции эукариот является глютаримид антибиотик циклогексимид (CHX), который был сокристаллизован с эукариотической 60S субъединицей [17] и связывается в рибосомном сайте E. Структурная характеристика эукариотической рибосомы [16][17][24] может позволить использовать структурные методы для разработки новых антибактериальных средств, в которых различия между эукариотическими и бактериальными рибосомами могут быть использованы для повышения селективности лекарств и, следовательно, уменьшения побочные эффекты.

Механизм формирования

Рибосомы эукариот производятся и собираются в ядрышко. Рибосомные белки проникают в ядрышко и соединяются с четырьмя цепями рРНК, чтобы создать две рибосомные субъединицы (одну маленькую и одну большую), которые составят законченную рибосому. Рибосомные единицы покидают ядро ​​через ядерные поры и объединяются один раз в цитоплазме с целью синтеза белка.

Рекомендации

  1. ^ «Разница между рибосомами 70S и рибосомами 80S, РНК, микромолекулы». www.microbiologyprocedure.com. Архивировано из оригинал на 2008-09-05. Получено 2009-08-06.
  2. ^ «Рибосомы 80S, эукариотические рибосомы, прокариотические рибосомы, нуклеиновые кислоты, коэффициент седиментации». www.microbiologyprocedure.com. Архивировано из оригинал на 2009-06-23. Получено 2009-08-06.
  3. ^ Славов, Николай; Семрау, Стефан; Airoldi, Эдоардо; Будник, Богдан; ван Ауденаарден, Александр (2015). «Дифференциальная стехиометрия среди основных рибосомных белков». Отчеты по ячейкам. 13 (5): 865–873. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.09.056. ISSN  2211-1247. ЧВК  4644233. PMID  26565899.
  4. ^ а б Значения основаны на рибосомах Tetrahymena thermophila (PDB: 4V8P) и Термус термофильный (PDB: 4V5D). Точный размер, вес и количество белков варьируются от организма к организму.
  5. ^ Вершур, А; Уорнер, младший; Шривастава, S; Грассуччи, РА; Франк, J (январь 1998 г.). «Трехмерная структура рибосомы дрожжей». Нуклеиновые кислоты Res. 26 (2): 655–661. Дои:10.1093 / nar / 26.2.655. ЧВК  147289. PMID  9421530.
  6. ^ Вершур, А; Франк, Дж (август 1990 г.). «Трехмерная структура цитоплазматической рибосомы млекопитающих». Дж Мол Биол. 214 (3): 737–749. Дои:10.1016 / 0022-2836 (90) 90289-Х. PMID  2388265.
  7. ^ Дубе, П; Wieske, M; Старк, H; Schatz, M; Шталь, Дж; Землин, Ф; Lutsch, G; van Heel, M (март 1998 г.). «Рибосома печени крысы 80S при разрешении 25 A с помощью электронной криомикроскопии и углового восстановления». Структура. 6 (3): 389–399. Дои:10.1016 / s0969-2126 (98) 00040-9. PMID  9551559.
  8. ^ Spahn, CM; Beckmann, R; Eswar, N; Penczek, PA; Сали, А; Blobel, G; Франк, J (ноябрь 2001 г.). «Структура 80S рибосомы из Saccharomyces cerevisiae - взаимодействие тРНК-рибосома и субъединица-субъединица». Клетка. 107 (3): 373–386. Дои:10.1016 / s0092-8674 (01) 00539-6. PMID  11701127.
  9. ^ Халич, М; Гартманн, М; Шленкер, О; Mielke, T; Бассейн, MR; Грешить, я; Бекманн, Р. (май 2006 г.). «Рецептор частицы распознавания сигнала обнажает сайт связывания рибосомного транслокона». Наука. 312 (5774): 745–747. Дои:10.1126 / science.1124864. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-842E-9. PMID  16675701.
  10. ^ Беккер, Т; Бхушан, S; Яраш, А; Armache, JP; Фунес, S; Jossinet, F; Гамбарт, Дж; Mielke, T; Berninghausen, O; Шультен, К; Westhof, E; Гилмор, Р. Мандон, ЕС; Бекманн, Р. (декабрь 2009 г.). «Структура мономерных комплексов Sec61 дрожжей и млекопитающих, взаимодействующих с транслирующей рибосомой». Наука. 326 (5958): 1369–1373. Дои:10.1126 / science.1178535. ЧВК  2920595. PMID  19933108.
  11. ^ Schüler, M; Коннелл, SR; Лескут, А; Giesebrecht, J; Домбровский, М; Schroeer, B; Mielke, T; Penczek, PA; Westhof, E; Spahn, CM (декабрь 2006 г.). "Структура связанной с рибосомами РНК IRES вируса паралича сверчка". Нат Структ Мол Биол. 13 (12): 1092–1096. Дои:10.1038 / nsmb1177. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8321-7. PMID  17115051.
  12. ^ Клемонс, WM младший; May, JL; Wimberly, BT; McCutcheon, JP; Capel, MS; Рамакришнан, V (август 1999 г.). «Структура бактериальной 30S рибосомной субъединицы при разрешении 5,5 А». Природа. 400 (6747): 833–840. Дои:10.1038/23631. PMID  10476960.
  13. ^ Кейт, JH; Юсупов ММ; Юсупова, ГЗ; Эрнест, штат Теннесси; Ноллер, HF (сентябрь 1999 г.). «Рентгеновские кристаллические структуры функциональных комплексов 70S рибосом». Наука. 285 (5436): 2095–2104. Дои:10.1126 / science.285.5436.2095. PMID  10497122.
  14. ^ Юсупов ММ; Юсупова, ГЗ; Baucom, A; Либерман, К; Эрнест, штат Теннесси; Кейт, JH; Ноллер, HF (май 2001 г.). «Кристаллическая структура рибосомы при разрешении 5,5 А». Наука. 292 (5518): 883–896. Дои:10.1126 / science.1060089. PMID  11283358. S2CID  39505192.
  15. ^ а б Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Мур, ПБ; Steitz, TA (август 2000 г.). «Полная атомная структура большой рибосомной субъединицы при разрешении 2,4 А». Наука. 289 (5481): 905–920. Дои:10.1126 / science.289.5481.905. PMID  10937989. S2CID  14056415.
  16. ^ а б c d е ж грамм час я j Rabl, J; Лейбундгут, М; Ataide, SF; Хааг, А; Ban, N (февраль 2011 г.). «Кристаллическая структура эукариотической 40S рибосомной субъединицы в комплексе с фактором инициации 1». Наука. 331 (6018): 730–736. Дои:10.1126 / science.1198308. HDL:20.500.11850/153130. PMID  21205638.
  17. ^ а б c d е ж грамм час я j k Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Лейбундгут, М; Арпагаус, S; Ban, N (ноябрь 2011 г.). «Кристаллическая структура эукариотической 60S рибосомной субъединицы в комплексе с фактором инициации 6». Наука. 334 (6058): 941–948. Дои:10.1126 / наука.1211204. PMID  22052974. S2CID  206536444.
  18. ^ а б Бен-Шем А., Гарро де Лубресс Н., Мельников С., Дженнер Л., Юсупова Г., Юсупов М. (февраль 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы с разрешением 3,0 Å». Наука. 334 (6062): 1524–1529. Дои:10.1126 / наука.1212642. PMID  22096102.
  19. ^ Из-за ограничений по размеру рибосомные структуры часто разделяются на несколько файлов координат.
  20. ^ Мельников, С; Бен-Шем, А; Гарро; de Loubresse, N; Дженнер, L; Юсупова, Г; Юсупов, М. (июн 2012). «Одно ядро, две оболочки: бактериальные и эукариотические рибосомы». Нат Структ Мол Биол. 19 (6): 560–567. Дои:10.1038 / nsmb.2313. PMID  22664983.
  21. ^ а б c Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Лейбундгут, М; Ban, N (май 2012 г.). «Атомные структуры рибосомы эукариот». Тенденции Biochem Sci. 37 (5): 189–198. Дои:10.1016 / j.tibs.2012.02.007. PMID  22436288.
  22. ^ Дженнер, L; Мельников, С; de Loubresse, NG; Бен-Шем, А; Искакова, М; Уржумцев А; Мескаускас, А; Динман, Дж; Юсупова, Г; Юсупов, М. (декабрь 2012 г.). «Кристаллическая структура рибосомы 80S дрожжей». Curr Opin Struct Biol. 22 (6): 759–767. Дои:10.1016 / j.sbi.2012.07.013. PMID  22884264.
  23. ^ Лакомб, Т; Гарсия-Гомес, Дж. Дж.; де ла Крус, Дж; Roser, D; Hurt, E; Linder, P; Кресслер, Д. (апрель 2009 г.). «Линейное слияние убиквитина с Rps31 и его последующее расщепление необходимы для эффективного производства и функциональной целостности 40S рибосомных субъединиц». Мол Микробиол. 72 (1): 69–84. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2009.06622.x. PMID  19210616. S2CID  33924290.
  24. ^ а б c Бен-Шем, А; Гарро; de Loubresse, N; Мельников, С; Дженнер, L; Юсупова, Г; Юсупов, М. (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы с разрешением 3,0». Наука. 334 (6062): 1524–1529. Дои:10.1126 / наука.1212642. PMID  22096102. S2CID  9099683.
  25. ^ Nilsson, J; Сенгупта, Дж .; Франк, Дж; Ниссен, П. (декабрь 2004 г.). «Регуляция эукариотической трансляции с помощью белка RACK1: платформа для сигнальных молекул на рибосоме». EMBO Rep. 5 (12): 1137–1141. Дои:10.1038 / sj.embor.7400291. ЧВК  1299186. PMID  15577927.
  26. ^ Ладонь, L; Андерсен, Дж; Рахбек-Нильсен, H; Hansen, TS; Кристиансен, К; Højrup, P (март 1995 г.). «Фосфорилированный рибосомный белок S7 в Tetrahymena гомологичен S4 млекопитающего, и фосфорилированные остатки расположены в С-концевой области. Структурная характеристика белков, разделенных с помощью двумерного электрофореза в полиакриламидном геле». J Biol Chem. 270 (11): 6000–6005. Дои:10.1074 / jbc.270.11.6000. PMID  7890730.
  27. ^ Hinnebusch, AG; Лорш, младший (октябрь 2012 г.). «Механизм инициации эукариотической трансляции: новые идеи и проблемы». Холодная весна Харб Perspect Biol. 4 (10): a011544. Дои:10.1101 / cshperspect.a011544. ЧВК  3475172. PMID  22815232.
  28. ^ Voigts-Hoffmann, F; Klinge, S; Ban, N (декабрь 2012 г.). «Структурные представления о рибосомах эукариот и инициация трансляции». Curr Opin Struct Biol. 22 (6): 768–777. Дои:10.1016 / j.sbi.2012.07.010. PMID  22889726.
  29. ^ Hashem, Y .; Жорж, А .; Dhote, V .; Langlois, R .; Liao, H. Y .; Грассуччи, Р. А .; Франк, Дж. (2013). «Структура преинициативного комплекса 43S рибосом млекопитающих, связанного со сканирующим фактором DHX29». Клетка. 153 (5): 1108–1119. Дои:10.1016 / j.cell.2013.04.036. ЧВК  3730827. PMID  23706745.
  30. ^ Хашем, Ю., Де Жорж, А., Дхоте, В., Ланглуа, Р., Ляо, Х. Ю., Грассуччи, Р. А., ... и Франк, Дж. (2013). Внутренние сайты входа в рибосомы, подобные вирусу гепатита С, вытесняют eIF3, чтобы получить доступ к субъединице 40S. Природа.
  31. ^ Fernández, I.S .; Bai, X. C .; Hussain, T .; Kelley, A.C .; Lorsch, J. R .; Рамакришнан, В .; Шерес, С. (2013). «Молекулярная архитектура комплекса инициации трансляции эукариот». Наука. 342 (6160): 1240585. Дои:10.1126 / science.1240585. ЧВК  3836175. PMID  24200810.
  32. ^ Гилберт, Венди В. (2011). "Функциональная специализация рибосом?". Тенденции в биохимических науках. 36 (3): 127–132. Дои:10.1016 / j.tibs.2010.12.002. ISSN  0968-0004. ЧВК  3056915. PMID  21242088.
  33. ^ Тописирович, I; Зоненберг, Н. (апрель 2011 г.). «Трансляционный контроль с помощью рибосомы эукариот». Клетка. 145 (3): 333–334. Дои:10.1016 / j.cell.2011.04.006. PMID  21529706.
  34. ^ Прейсс, Томас (2015). «Все рибосомы созданы равными. Неужели?». Тенденции в биохимических науках. 41 (2): 121–123. Дои:10.1016 / j.tibs.2015.11.009. ISSN  0968-0004. PMID  26682497.
  35. ^ Ферретти, Макс Б.; Карбштейн, Катрин (07.02.2019). "Действительно ли существует функциональная специализация рибосом?". РНК. Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. 25 (5): 521–538. Дои:10.1261 / rna.069823.118. ISSN  1355-8382.
  36. ^ Фарли-Барнс, Кэтрин I .; Огава, Лиза М .; Базерга, Сьюзан Дж. (2019). «Рибосомопатии: старые концепции, новые противоречия». Тенденции в генетике. Elsevier BV. 35 (10): 754–767. Дои:10.1016 / j.tig.2019.07.004. ISSN  0168-9525.
  37. ^ Берингер, Даниэль; Гребер, Василий; Бан, Ненад (2011). «Механистическое понимание совместной трансляционной обработки белков, фолдинга, нацеливания и вставки в мембраны». Рибосомы: 405–418. Дои:10.1007/978-3-7091-0215-2_32. ISBN  978-3-7091-0214-5.
  38. ^ Bohnsack, Markus T .; Шлейфф, Энрико (2010). «Эволюция белковых систем нацеливания и транслокации». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1803 (10): 1115–1130. Дои:10.1016 / j.bbamcr.2010.06.005. PMID  20600359.
  39. ^ а б Нарла, А; Эберт, Б.Л. (апрель 2010 г.). «Рибосомопатии: нарушения функции рибосом у человека». Кровь. 115 (16): 3196–3205. Дои:10.1182 / кровь-2009-10-178129. ЧВК  2858486. PMID  20194897.
  40. ^ Штумпф, CR; Руджеро, Д. (август 2011 г.). «Раковой аппарат перевода». Curr Opin Genet Dev. 21 (4): 474–483. Дои:10.1016 / j.gde.2011.03.007. ЧВК  3481834. PMID  21543223.
  41. ^ а б Нарла, А; Эберт, Б.Л. (октябрь 2011 г.). «Трансляционная медицина: рибосомопатии». Кровь. 118 (16): 4300–1. Дои:10.1182 / кровь-2011-08-372250. PMID  22021450.
  42. ^ Dauwerse, JG; Диксон, Дж; Seland, S; Ruivenkamp, ​​CA; ван Херинген, А; Hoefsloot, LH; Питерс, диджей; Буры, AC; Даумер-Хаас, К; Maiwald, R; Zweier, C; Керр, B; Кобо, AM; Toral, JF; Hoogeboom, AJ; Lohmann, DR; Hehr, U; Диксон, MJ; Breuning, MH; Wieczorek, D (январь 2011 г.). «Мутации в генах, кодирующих субъединицы РНК-полимераз I и III, вызывают синдром Тричера Коллинза». Нат Жене. 43 (1): 20–22. Дои:10,1038 / нг.724. PMID  21131976.
  43. ^ Финч, AJ; Хильченко, К; Basse, N; Дрынан, LF; Goyenechea, B; Menne, TF; Гонсалес Фернандес, А; Симпсон, П; Д'Сантос, CS; Арендс, MJ; Donadieu, J; Bellanné-Chantelot, C; Костанцо, М; Бун, C; Маккензи, А.Н.; Freund, SM; Уоррен, AJ (май 2011 г.). «Разделение гидролиза GTP с высвобождением eIF6 на рибосоме вызывает синдром Швахмана-Даймонда». Гены и развитие. 25 (9): 917–929. Дои:10.1101 / gad.623011. ЧВК  3084026. PMID  21536732.
  44. ^ Бланшар, Южная Каролина; Куперман, Б.С.; Уилсон, Д. Н. (июнь 2010 г.). «Пробный перевод с помощью низкомолекулярных ингибиторов». Chem. Биол. 17 (6): 633–645. Дои:10.1016 / j.chembiol.2010.06.003. ЧВК  2914516. PMID  20609413.
  45. ^ Pelletier, J .; Пельц, С. (2007). «Терапевтические возможности перевода». Архив монографий Cold Spring Harbor. 48: 855–895.
  46. ^ Шнайдер-; Poetsch, T .; Usui, T .; и другие. (2010a). «Искаженные сообщения и искаженные переводы». Методы природы. 6 (3): 189–198. Дои:10.1038 / nchembio.326. PMID  20154667.
  47. ^ Шнайдер; Poetsch, T .; Ju, J .; и другие. (2010). "2010b. Ингибирование элонгации эукариотической трансляции циклогексимидом и лактимидомицином". Nat Chem Biol. 6 (3): 209–217. Дои:10.1038 / nchembio.304. ЧВК  2831214. PMID  20118940.
  48. ^ Dang, Y .; и другие. (2011). «Ингибирование элонгации трансляции эукариот противоопухолевым натуральным продуктом Микаламид Б.» РНК. 17 (8): 1578–1588. Дои:10.1261 / rna.2624511. ЧВК  3153980. PMID  21693620.

Примечания