Белок, содержащий домен спиральной спирали 135 - Coiled-coil domain-containing protein 135

DRC7
Идентификаторы
Псевдонимы	DRC7, C16orf50, CCDC135, CFAP50, FAP50, белок 135, содержащий домен спиральной спирали, субъединица 7 регуляторного комплекса динеина
Внешние идентификаторы	MGI: 2685616 ГомолоГен: 12996 Генные карты: DRC7
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 16 (человек)
Конец	57,731,805 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 8 (мышь)
Конец	95,078,141 бп
Генная онтология
Молекулярная функция	• GO: 0001948 связывание с белками;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • проекция клетки; • подвижная ресничка; • ресничка; • цитоскелет;
Биологический процесс	• подвижность жгутиковых сперматозоидов; • подвижность клеток;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	84229
	330830
	ENSG00000159625
	ENSMUSG00000031786
	Q8IY82
	Q6V3W6
	NM_001289162; NM_001289163; NM_032269
	NM_001042715
	NP_001276091; NP_001276092; NP_115645
	NP_001036180
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Белок, содержащий домен спиральной спирали 135, также известный как CCDC135, это белок что у людей кодируется CCDC135 ген.^[5]^[6]

Ген

CCDC90B находится на хромосома 16 в людях. Рядом с ним:^[7]

GPR97, Рецептор, связанный с G-белком 97.
GPR56, кодирует член семейства рецепторов, связанных с G-белком (рецептор, связанный с G-белком, 56). Ген участвует в регуляции формирования коркового паттерна головного мозга. Белок специфически связывается с трансглютаминазой 2 во внеклеточном пространстве.
КАТНБ1, катанин p80, субъединица B 1. Дополнительный белок, который помогает нацеливать фермент на центросому.
KIFC3, член семейства кинезинов C3, изоформа 3. KIFC3 принадлежит к большому суперсемейству кинезинов, молекулярных моторов, которые используют энергию гидролиза АТФ для перемещения грузов по микротрубочкам.

Протеин

Структура

Этот белок характеризуется наличием двух доменов.^[8]

Последовательность ядерной локализации с оценкой 4 в аминокислотах 265–279. Аминокислотная последовательность для этой области:

KKQQEIRAQEKKRLR

Семейство трансглутаминаз со значением E 0,0018 в аминокислотах 149–308. Аминокислотная последовательность для этой области:

CAQFVSDFLTMVPLPDPLKPPSHLYSSTTVLKYQKGNCFDFSTLLCSMLIGSGYDAYCVNGYGSLDLCHMDLTREVCPLTVKPKETIKKEEKVLPKKYTIKPPRDLCSRFEQEQEVKKERLKQEIRLA

Белок предсказал 17 альфа спирали сайты, характерные для белков coiled-coil, и 1 предсказал бета-складчатый лист. На следующем изображении показаны области альфа-спиралей и бета-гофрированных листов, предсказанные двумя программами STRAP.^[9] и Quickphyre:^[10]Примечание: показаны вторичные структуры консенсуса. Это было выполнено путем построения множественное выравнивание последовательностей белков с их вторичными структурами (как показано ниже). Затем предсказанные регионы были перепроверены с Quickphyre Программа.

Гомология

Аннотация последовательности CCDC135.

LRRC57 чрезвычайно хорошо сохраняется, как показано в аннотации последовательности справа. Аннотации последовательности были созданы с использованием 20 ортологов, показанных в таблице ниже, и были подготовлены с использованием ClustalX2 ^[11] и ClustalW (инструмент в Biology Workbench).^[12]

В следующей таблице приведены некоторые сведения об ортологах человеческой версии CCDC135. Эти ортологи были взяты из BLAT.^[13] и поиск BLAST^[14]

Разновидность	Общее название организма	Присоединение к NCBI	Идентичность последовательности	Сходство последовательностей	Длина (AA)	Общее имя гена
Homo sapiens	Человек	NP_115645.4	100%	100%	874	Домен спиральной спирали, содержащий 135 (CCDC135) человека (Homo sapiens)
Macaca mulatta	Обезьяна-резус	XP_001100628.1	96%	98%	830	Прогнозировано: аналогично открытой рамке считывания 50 хромосомы 16
Bos taurus	Корова	NP_001033120.1	86%	93%	872	белок, содержащий домен спиральной спирали 135
Собаки фамильярные	Собака	XP_544386.2	85%	92%	903	Прогнозировано: аналогично открытой рамке считывания 50 хромосомы 16
Equus caballus	Лошадь	XP_001915581	81%	87%	831	Прогнозировано: аналогично домену Coiled-coil, содержащему 135
Раттус норвегикус	Крыса	NP_001099639	84%	91%	874	гипотетический белок LOC291853
Mus musculus	Мышь	NP_001036180	82%	90%	876	спиральный домен, содержащий 135
Орниторинхус анатинус	Утконос	XP_001508368.1	71%	85%	860	Прогнозировано: аналогично домену Coiled-coil, содержащему 135
Monodelphis domestica	Опоссум	XP_001363193.1	70%	84%	866	Прогнозировано: гипотетическая изоформа белка 1
Gallus gallus	Курица	XP_425101.2	57%	72%	868	Прогноз: гипотетический белок
Taeniopygia guttata	Зебра зяблик	XP_002195392.1	50%	67%	731	Прогноз: гипотетический белок
Xenopus troicalis	Лягушка	NP_001072331.1	56%	71%	856	спиральный домен, содержащий 135
Данио Рерио	Данио	XP_683491	46%	66%	721	Прогнозировано: аналогично белку, содержащему домен спиральной спирали 135
Тетраодон нигровиридис	Тетраодон	CAG07272	42%	59%	526	безымянный белковый продукт
Nematostella vectensis	Актинии	XP_001632291	53%	70%	817	предсказанный белок
Branchiostoma floridae	Ланцетник	XP_002610594	51%	71%	850	гипотетический белок BRAFLDRAFT_275841
Циона кишечника	Морской брызг	XP_002123665	49%	69%	837	Прогнозировано: аналогично домену спиральной катушки, содержащему 135
Anopheles gambiae	Комар	XP_312247.4	32%	49%	662	AGAP002677-PA
Nasonia vitripennis	Оса	XP_001607094	34%	55%	868	Прогноз: гипотетический белок
Drosophila melanogaster	Плодовая муха	NP_001036757.1	28%	47%	897	CG34110

Прогнозируемые свойства

Молекулярный вес: 103502,53 = 103484,53 + 18 кДа
Изоэлектрическая точка: 5.358000
Трансмембранные спирали: нет
Постпереводные модификации:^[15]

Транзитные пептиды хлоропластов: Нет

Сигнальные точки: Да ^[8]

Последовательность ядерной локализации: KKQQEIRAQEKKRLR

Сайты C-маннозилирования: отсутствуют (однако было предсказано 14 сайтов с оценками ниже порогового значения.^[16])

Нацеливание на митохондрии: нет

Сайты N-гликозилирования: Да

Последовательность gi | 223941912 в позициях 100 и 493 с потенциалами 0,7200 и 0,6031 рецептивно.

Сотовая связь

Предполагается, что CCDC135 является цитозольным / ядерным белком.^[17] без трансмембранных промежутков или сегментов. Предполагается, что он будет содержать не менее 56 специфических сайтов фосфорилирования.^[18] которые включают: 20 сайтов фосфорилирования протеинкиназы C, 11 сайтов фосфорилирования казеинкиназы II и 8 сайтов цАМФ / цГМФ-зависимого фосфорилирования. Аминокислотная последовательность также предположительно содержит 10 сайтов сумоилирования.^[19] сайты в позициях K236, K236, K45, K773, K499, K679, K249, K167, K540, K445 и K292.

Функция

Функция CCDC135 еще недостаточно изучена, но предполагается, что она участвует в тератоспермия.^{[сомнительный – обсуждать]}^{[нужна цитата ]}

Рекомендации

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000159625 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031786 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Обермайер Б., Тампе Дж., Хойбнер Д., Вамбутт Р., Корн Б., Кляйн М., Поустка А. (март 2001 г.). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК 311072. PMID 11230166.
^ «Энтрез Ген: домен спиральной спирали, содержащий 135».
^ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?insideX=115&revCmplDisp=0&hgsid=157359316&hgt.out1=1.5x&position=chr16%3A56276931-56332628&hgtgroup_map_close=0&hgtgroup_phenDis_close=1&hgtgroup_genes_close=0&hgtgroup_rna_close=0&hgtgroup_expression_close=1&hgtgroup_regulation_close=0&hgtgroup_compGeno_close=0&hgtgroup_varRep_close=1&hgtgroup_encodeGenes_close = 1 & hgtgroup_encodeTxLevels_close = 1 & hgtgroup_encodeChip_close = 1 & hgtgroup_encodeChrom_close = 1 & hgtgroup_encodeCompAndVar_close = 1
^ ^а ^б http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:84229
^ http://www.bioinformatics.org/strap/
^ http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/
^ "Домашняя страница Clustal". Получено 4 мая 2009.
^ http://workbench.sdsc.edu/
^ "Поисковый геном BLAT". Получено 4 мая 2009.
^ "ВЗРЫВ". Получено 4 мая 2009.
^ «ExPASy». SIB Switzerland. 5 января 2009 г.. Получено 14 мая 2009.
^ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCGlyc/
^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал 29 марта 2009 г.. Получено 9 мая 2010.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
^ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/
^ http://www.abgent.com/tools/sumoplot

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000159625 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031786 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid11230166-5] Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Обермайер Б., Тампе Дж., Хойбнер Д., Вамбутт Р., Корн Б., Кляйн М., Поустка А. (март 2001 г.). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК 311072. PMID 11230166.

[entrez-6] «Энтрез Ген: домен спиральной спирали, содержащий 135».

[7] ttp://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?insideX=115&revCmplDisp=0&hgsid=157359316&hgt.out1=1.5x&position=chr16%3A56276931-56332628&hgtgroup_map_close=0&hgtgroup_phenDis_close=1&hgtgroup_genes_close=0&hgtgroup_rna_close=0&hgtgroup_expression_close=1&hgtgroup_regulation_close=0&hgtgroup_compGeno_close=0&hgtgroup_varRep_close=1&hgtgroup_encodeGenes_close = 1 & hgtgroup_encodeTxLevels_close = 1 & hgtgroup_encodeChip_close = 1 & hgtgroup_encodeChrom_close = 1 & hgtgroup_encodeCompAndVar_close = 1

[genome.jp-8] а ^б http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:84229

[9] ttp://www.bioinformatics.org/strap/

[10] ttp://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/

[ClustalX2-11] "Домашняя страница Clustal". Получено 4 мая 2009.

[12] ttp://workbench.sdsc.edu/

[BLAT-13] "Поисковый геном BLAT". Получено 4 мая 2009.

[BLAST-14] "ВЗРЫВ". Получено 4 мая 2009.

[SIB_Switzerland_2009-01-05-15] «ExPASy». SIB Switzerland. 5 января 2009 г.. Получено 14 мая 2009.

[16] ttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetCGlyc/

[17] «Архивная копия». Архивировано из оригинал 29 марта 2009 г.. Получено 9 мая 2010.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)

[18] ttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/

[19] ttp://www.abgent.com/tools/sumoplot

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]