Бета-дефенсин 2 - Beta-defensin 2

DEFB4B
Доступные конструкции PDB Human UniProt search: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1E4Q, 1FD3, 1FD4, 1FQQ
Идентификаторы
Псевдонимы	DEFB4B, DEFB4P, дефенсин бета 4B
Внешние идентификаторы	ГомолоГен: 122147 Генные карты: DEFB4B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 8 (человек)[1] Группа 8p23.1 Начинать 7,414,855 бп[1] Конец 7,416,863 бп[1]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание с хемокиновым рецептором CCR6 • хемоаттрактантная активность Сотовый компонент • Просвет Гольджи • внеклеточная область • внеклеточный • внутриклеточный Биологический процесс • Путь передачи сигналов рецептора, сопряженного с G-белком • ответ защиты • иммунная реакция • хемотаксис • защитный ответ на грамотрицательные бактерии • защитный ответ на бактерию • защитный ответ на грамположительные бактерии • антимикробный гуморальный ответ • антимикробный гуморальный иммунный ответ, опосредованный антимикробным пептидом • положительный хемотаксис • хемотаксис клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	100289462	н / д
Ансамбль	ENSG00000177257 ENSG00000275444 ENSG00000285433	н / д
UniProt	O15263	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_001205266	н / д
RefSeq (белок)	NP_001192195 NP_004933	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 8: 7,41 - 7,42 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Бета-дефенсин 2 (BD-2) также известный как кожно-антимикробный пептид 1 (SAP1) - это пептид что у людей кодируется DEFB4 (дефенсин, бета 4) ген.^[3]

Человеческий бета-дефенсин-2 (hBD-2) представляет собой богатый цистеином катионный низкомолекулярный антимикробный пептид, недавно обнаруженный в пораженной коже.

Структура

hBD-2 - это белок, первичная структура которого состоит из 64 аминокислот. При концентрациях ≤2,4 мМ hBD-2 является мономерным.^[4] Структура амфифильный с неоднородным поверхностным распределением положительного заряда и содержит несколько ключевых структурных элементов, в том числе трехцепочечный, антипараллельный бета-лист с прядями 2 и 3 в бета шпилька конформация. Определение других структурных элементов зависит от используемой техники. При использовании рентгеновской кристаллографии альфа-спираль можно наблюдать на N-концевой конец белка (коды PDB: 1fd3​,1fd4, И 6cs9). При использовании ЯМР эта альфа-спираль не появляется (код PDB: 1e4q), Однако эта структура была определена с использованием усеченной версии hBD-2, в которой отсутствовали исходные 4 аминокислоты, что может быть причиной расхождения.

Функция

Defensins образуют семейство микробицидных и цитотоксический пептиды, произведенные нейтрофилы. Члены семейства дефенсинов очень похожи по последовательности белков. Бета-дефенсин 2 представляет собой пептид антибиотика, который локально регулируется воспаление.^[5]

Бета-дефенсин 2 человека продуцируется рядом эпителиальный клеток и проявляет сильную антимикробную активность против Грамотрицательные бактерии и Candida, но не грамположительные S. aureus. Было высказано предположение, что бета-дефенсин 2 может способствовать редкости грамотрицательных инфекций кожи и тканей легких.^[6]

hBD-2 представляет собой первый человеческий дефенсин, который продуцируется после стимуляции эпителиальных клеток при контакте с такими микроорганизмами, как P. aeruginosa или цитокины, такие как TNF-альфа и IL-1 бета. Ген и белок HBD-2 локально экспрессируются в кератиноциты связанные с воспалительными поражениями кожи. Интересно предположить, что HBD-2 является динамическим компонентом местной эпителиальной защитной системы кожи и дыхательных путей, который играет роль в защите поверхностей от инфекции и дает возможную причину того, почему инфекции кожи и легких, вызванные грамотрицательными бактериями, являются довольно редко.^[6]

Хотя этот белок не обладает антибактериальной активностью против грамположительных бактерий, есть исследование, показывающее, что существует синергизм между hBD-2 и другими белками.^[7] Одним из примеров этого синергетического эффекта является epiP, белок, сегрегированный некоторыми штаммами S. epidermidis. hBD2, держась за руки с epiP, способен убивать S. aureus, a грамположительные бактерии, вызывающие болезни человека.

Рекомендации

1. ENSG00000275444, ENSG00000285433 GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000177257, ENSG00000275444, ENSG00000285433 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. Хардер Дж., Бартельс Дж., Кристоферс Э., Шредер Дж. М. (июнь 1997 г.). «Пептидный антибиотик из кожи человека». Природа. 387 (6636): 861. Дои:10.1038/43088. PMID  9202117. S2CID  4354862.
4. Савай М.В., Цзя Х.П., Лю Л., Асеев В., Винсек Дж. М., МакКрей ПБ, Ганц Т., Кирни В. Р., Тэк Б. Ф. (апрель 2001 г.). «Структура ЯМР бета-дефенсина-2 человека обнаруживает новый альфа-спиральный сегмент». Биохимия. 40 (13): 3810–3816. Дои:10.1021 / bi002519d. PMID  11300761.
5. «Энтрез Ген: дефенсин DEFB4, бета 4».
6. Шредер Дж. М., Хардер Дж. (Июнь 1999 г.). «Бета-дефенсин-2 человека». Международный журнал биохимии и клеточной биологии. 31 (6): 645–651. Дои:10.1016 / S1357-2725 (99) 00013-8. PMID  10404637.
7. Ивасе Т., Уэхара Й, Синдзи Х, Тадзима А., Со Х., Такада К., Агата Т., Мидзуно Й. (май 2010 г.). «Staphylococcus epidermidis Esp подавляет образование биопленок Staphylococcus aureus и колонизацию носа». Природа. 465 (7296): 346–349. Дои:10.1038 / природа09074. PMID  20485435. S2CID  4392908.

внешняя ссылка

• Человек DEFB4A расположение генома и DEFB4A страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Вайнберг А., Крисанапракорнкит С., Дейл Б.А. (1999). «Эпителиальные антимикробные пептиды: обзор и значение для перорального применения». Критические обзоры по оральной биологии и медицине. 9 (4): 399–414. Дои:10.1177/10454411980090040201. PMID  9825219.
• Шредер Дж. М., Хардер Дж. (Июнь 1999 г.). «Бета-дефенсин-2 человека». Международный журнал биохимии и клеточной биологии. 31 (6): 645–651. Дои:10.1016 / S1357-2725 (99) 00013-8. PMID  10404637.
• Балс Р., Ван Х, Ву З., Фриман Т., Бафна В., Заслофф М., Уилсон Дж. М. (сентябрь 1998 г.). «Человеческий бета-дефенсин 2 представляет собой солеочувствительный пептидный антибиотик, экспрессируемый в легких человека». Журнал клинических исследований. 102 (5): 874–880. Дои:10.1172 / JCI2410. ЧВК  508952. PMID  9727055.
• Лю Л., Ван Л., Цзя Х. П., Чжао С., Хэн Х. Х., Шютте BC, МакКрей П. Б., Ганц Т. (ноябрь 1998 г.). «Структура и картирование человеческого гена бета-дефенсина HBD-2 и его экспрессия в местах воспаления». Ген. 222 (2): 237–244. Дои:10.1016 / S0378-1119 (98) 00480-6. PMID  9831658.
• Мэтьюз М., Джиа Х.П., Гатмиллер Дж. М., Лош Г., Грэм С., Джонсон Г. К., Так Б. Ф., МакКрей П. Б. (июнь 1999 г.). «Производство антимикробных пептидов бета-дефенсина слизистой оболочкой полости рта и слюнными железами». Инфекция и иммунитет. 67 (6): 2740–2745. Дои:10.1128 / IAI.67.6.2740-2745.1999. ЧВК  96577. PMID  10338476.
• Джиа Х.П., Миллс Дж. Н., Бараманд-Пур Ф., Нишимура Д., Маллампали Р.К., Ван Дж., Уайлс К., Тэк Б.Ф., Бевинс С.Л., МакКрей ПБ (сентябрь 1999 г.). «Молекулярное клонирование и характеристика генов крыс, кодирующих гомологи бета-дефенсинов человека». Инфекция и иммунитет. 67 (9): 4827–4833. Дои:10.1128 / IAI.67.9.4827-4833.1999. ЧВК  96815. PMID  10456937.
• Ян Д., Чертов О., Быковская С. Н., Чен К., Буффо М. Дж., Шоган Дж., Андерсон М., Шредер Дж. М., Ван Дж. М., Ховард О. М., Оппенгейм Дж. Дж. (Октябрь 1999 г.). «Бета-дефенсины: связь врожденного и адаптивного иммунитета через дендритные и Т-клеточные CCR6». Наука. 286 (5439): 525–528. Дои:10.1126 / science.286.5439.525. PMID  10521347.
• Diamond G, Kaiser V, Rhodes J, Russell JP, Bevins CL (январь 2000 г.). «Транскрипционная регуляция экспрессии гена бета-дефенсина в эпителиальных клетках трахеи». Инфекция и иммунитет. 68 (1): 113–119. Дои:10.1128 / iai.68.1.113-119.2000. ЧВК  97109. PMID  10603376.
• Хардер Дж., Мейер-Хофферт Ю., Теран Л. М., Швихтенберг Л., Бартельс Дж., Мауне С., Шредер Дж. М. (июнь 2000 г.). «Mucoid Pseudomonas aeruginosa, TNF-alpha и IL-1beta, но не IL-6, индуцируют человеческий бета-дефенсин-2 в респираторном эпителии». Американский журнал респираторной клетки и молекулярной биологии. 22 (6): 714–721. Дои:10.1165 / ajrcmb.22.6.4023. PMID  10837369.
• Гувер Д.М., Раджашанкар К.Р., Блюменталь Р., Пури А., Оппенгейм Дж. Дж., Чертов О., Лубковски Дж. (Октябрь 2000 г.). «Структура человеческого бета-дефенсина-2 свидетельствует о олигомеризации более высокого порядка». Журнал биологической химии. 275 (42): 32911–32918. Дои:10.1074 / jbc.M006098200. PMID  10906336.
• Мейер Дж. Э., Хардер Дж., Гёрёг Т., Шредер Дж. М., Мауне С. (июль 2000 г.). «[экспрессия гена hBD-2 в слизистой оболочке носа]». Ларинго- Носорог- Отология. 79 (7): 400–403. Дои:10.1055 / с-2000-4626. PMID  11005092.
• Али Р.С., Фалконер А., Икрам М., Биссет С.Э., Церио Р., Куинн А.Г. (июль 2001 г.). «Экспрессия пептидных антибиотиков бета-дефенсин-1 человека и бета-дефенсин-2 человека в нормальной коже человека». Журнал следственной дерматологии. 117 (1): 106–111. Дои:10.1046 / j.0022-202x.2001.01401.x. PMID  11442756.
• Carothers DG, Graham SM, Jia HP, Ackermann MR, Tack BF, McCray PB (2001). «Производство антимикробных пептидов бета-дефенсина слизистой оболочкой гайморовой пазухи». Американский журнал ринологии. 15 (3): 175–179. Дои:10.2500/105065801779954238. PMID  11453504. S2CID  31583849.
• Бирагин А., Суренху М., Ян Д., Руффини П.А., Хейнс Б.А., Клюшненкова Э., Оппенгейм Дж. Дж., Квак Л. В. (декабрь 2001 г.). «Медиаторы врожденного иммунитета, которые нацелены на незрелые, но не зрелые дендритные клетки, индуцируют противоопухолевый иммунитет при генетическом слиянии с неиммуногенными опухолевыми антигенами». Журнал иммунологии. 167 (11): 6644–6653. Дои:10.4049 / jimmunol.167.11.6644. PMID  11714836.
• Bauer F, Schweimer K, Klüver E, Conejo-Garcia JR, Forssmann WG, Rösch P, Adermann K, Sticht H (декабрь 2001 г.). «Определение структуры бета-дефенсинов человека и мыши выявляет структурную консервацию в отсутствие значительного сходства последовательностей». Белковая наука. 10 (12): 2470–2479. Дои:10.1110 / пс 24401. ЧВК  2374044. PMID  11714914.
• Такахаши А., Вада А., Огуши К., Маэда К., Кавахара Т., Маватари К., Куразоно Х., Мосс Дж., Хираяма Т., Накая И. (ноябрь 2001 г.). «Продукция бета-дефенсина-2 эпителиальными клетками толстой кишки человека, индуцированная структурным белком нитей жгутиков Salmonella enteritidis». Письма FEBS. 508 (3): 484–488. Дои:10.1016 / S0014-5793 (01) 03088-5. PMID  11728477. S2CID  24925463.
• Schibli DJ, Хантер HN, Асеев V, Starner TD, Wiencek JM, McCray PB, Tack BF, Vogel HJ (март 2002 г.). «Структуры раствора бета-дефенсинов человека позволяют лучше понять мощную бактерицидную активность HBD3 против Staphylococcus aureus». Журнал биологической химии. 277 (10): 8279–8289. Дои:10.1074 / jbc.M108830200. PMID  11741980.