ZC3HC1 - ZC3HC1

ZC3HC1
Идентификаторы
Псевдонимы	ZC3HC1, NIPA, HSPC216, цинковый палец типа C3HC, содержащий 1
Внешние идентификаторы	MGI: 1916023 ГомолоГен: 32315 Генные карты: ZC3HC1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 7 (человек)[1] Группа 7q32.2 Начните 130,018,287 бп[1] Конец 130,051,451 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[2] Группа 6 | 6 A3.3 Начните 30,366,380 бп[2] Конец 30,391,028 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • связывание ионов цинка • GO: 0001948 связывание с белками • связывание протеинкиназы • связывание ионов металлов Сотовый компонент • не мембрана • ядро клетки Биологический процесс • клеточный цикл • отрицательная регуляция внешнего апоптотического сигнального пути в отсутствие лиганда • убиквитинирование белков • деление клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	51530	232679
Ансамбль	ENSG00000091732	ENSMUSG00000039130
UniProt	Q86WB0	Q80YV2
RefSeq (мРНК)	NM_001282190 NM_001282191 NM_016478 NM_001363701	NM_172735 NM_001311086
RefSeq (белок)	NP_001269119 NP_001269120 NP_057562 NP_001350630	NP_001298015 NP_766323
Расположение (UCSC)	Chr 7: 130.02 - 130.05 Мб	Chr 6: 30.37 - 30.39 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Партнер ALK по ядерному взаимодействию (НИПА), также известный как белок 1 типа C3HC цинкового пальца (ZC3HC1), представляет собой белок что у людей кодируется ZC3HC1 ген на хромосома 7.^[5][6] Он повсеместно экспрессируется во многих тканях и типах клеток, хотя экспрессируется исключительно в ядерный субклеточное расположение.^[7][8] NIPA - это skp1 Cullin F-бокс (SCF) -тип убиквитин E3 лигаза (SCFNIPA) сложный белок, участвующий в регуляции входа в митоз.^[9] В ZC3HC1 ген также содержит один из 27 SNP связано с повышенным риском ишемическая болезнь сердца.^[10]

Структура

Ген

В ZC3HC1 ген находится на хромосоме 7 в полосе 7q32.2 и включает 14 экзоны.^[6]

Протеин

NIPA представляет собой лигазу E3 массой 60 кДа, которая содержит один C3HC-тип цинковый палец и одна область в виде F-бокса.^[11][12][13] Более того, 50-остаток области (аминокислоты 352-402) на ее C-терминал служит сигнал ядерной транслокации (Последовательность NLS), а участок из 96 остатков (аминокислоты 306-402) предлагается в качестве фосфотирозин-связывающий домен.^[9][11] NIPA является одним из компонентов ядерного комплекса SCFNIPA, и было продемонстрировано, что фосфорилирование NIPA по трем сериновым остаткам, Ser-354, Ser-359 и Ser-395, инактивирует комплекс в целом.^[9]

Функция

NIPA широко экспрессируется в тканях человека, с наибольшей экспрессией в сердце, скелетных мышцах и семенниках.^[11] Это белок F-бокса человека, который определяет SCF -тип убиквитин E3 лигаза, образование которой регулируется зависимым от клеточного цикла фосфорилированием NIPA. Циклин В1, необходимо для входа в митоз, является мишенью SCFNIPA в промежуточной фазе. Фосфорилирование NIPA происходит в Фаза G2, приводит к диссоциации NIPA от ядра SCF, и было доказано, что он имеет решающее значение для правильного перехода G2 / M.^[8] Колеблющийся убиквитинирование ядерного циклина B1, управляемого комплексом SCFNIPA, вносит вклад в определение времени входа в митоз.^[9][14] Сообщается также, что NIPA задерживает апоптоз и для этой антиапоптотической функции требуется локализация НИПА.^[11]

Модельные организмы

Zc3hc1 нокаутный фенотип мыши

Характеристика	Фенотип
Гомозигота жизнеспособность	Аномальный
Рецессивный смертельное исследование	Нормальный
Гомозиготная фертильность	Аномальный
Масса тела	Аномальный[15]
Тревога	Аномальный[16]
Неврологический осмотр	Аномальный[17]
Сила захвата	Нормальный
Горячая тарелка	Нормальный
Дисморфология	Аномальный[18]
Косвенная калориметрия	Аномальный[19]
Тест толерантности к глюкозе	Нормальный
Слуховой ответ ствола мозга	Нормальный
DEXA	Аномальный[20]
Рентгенография	Аномальный[21]
Температура тела	Нормальный
Морфология глаза	Нормальный
Клиническая химия	Нормальный
Гематология	Аномальный[22]
Лимфоциты периферической крови	Аномальный[23]
Вес сердца	Нормальный
Сальмонелла инфекция	Нормальный[24]
Citrobacter инфекция	Нормальный[25]
Все тесты и анализы от[26][27]

Модельные организмы были использованы при изучении функции ZC3HC1. Условный нокаутирующая мышь линия, называемая Zc3hc1^{tm1a (КОМП) Wtsi[28][29]} был создан как часть Международный консорциум Knockout Mouse программа - проект по мутагенезу с высокой пропускной способностью для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых.^[30][31][32]

Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения последствий удаления.^[26][33] Было проведено двадцать два испытания на мутант мышей и одиннадцать значительных отклонений от нормы.^[26] Меньше, чем ожидалось гомозиготный мутант мышей были идентифицированы в отлучение от груди. Мутанты кажутся субфертильными, у них снижена вертикальная активность в открытом поле, уменьшилась мышечная масса тела, уменьшилось количество ребер и уменьшилось количество взрослых В клетка номер. У мужчин также была пониженная масса тела, неправильная осанка и атипичная непрямая калориметрия данные. У самок также была аномально короткая морда и атипичные гематологические параметры.^[26]

Клиническая значимость

У людей NIPA был вовлечен в сердечно-сосудистые заболевания в результате исследований полногеномных ассоциаций (GWAS). В частности, было показано, что однонуклеотидный полиморфизм (SNP), расположенный в ZC3HC1, позволяет прогнозировать заболевание коронарной артерии.^[34][35] Этот прогноз, по-видимому, не зависит от традиционных факторов риска сердечно-сосудистых заболеваний, таких как высокий уровень холестерина, высокое кровяное давление, ожирение, курение и сахарный диабет, которые являются основными целями современных методов лечения ишемической болезни сердца. Следовательно, изучение функции этого гена может выявить новые пути развития ишемической болезни сердца, что приведет к разработке новых терапевтических средств.

Клинический маркер

В локусе 7q32.2, ассоциированном с заболеванием коронарной артерии, только один SNP (rs11556924) связан с риском ишемической болезни сердца, без других вариантов с сильным неравновесием по сцеплению. SNP rs11556924 в гене ZC3HC1 приводит к аргинин-гистидиновому полиморфизму по аминокислотному остатку 363 в NIPA.^[36] Кроме того, rs11556924 также был связан с изменением толщины интима-медиа сонной артерии у пациентов с ревматоидным артритом.^[37] и с измененным риском фибрилляции предсердий.^[38]

Кроме того, многолокусное исследование генетического риска, основанное на комбинации из 27 локусов, включая ген ZC3HC1, выявило лиц с повышенным риском как эпизодов, так и рецидивов ИБС, а также усиление клинической пользы от терапии статинами. Исследование было основано на когортном исследовании сообщества (исследование Malmo Diet and Cancer) и четырех дополнительных рандомизированных контролируемых исследованиях когорт первичной профилактики (JUPITER и ASCOT) и когорт вторичной профилактики (CARE и PROVE IT-TIMI 22).^[10]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000091732 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000039130 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Чжан QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J , Ху GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (октябрь 2000 г.). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых / предшественниках». Геномные исследования. 10 (10): 1546–60. Дои:10.1101 / гр.140200. ЧВК  310934. PMID  11042152.
6. «Энтрез Ген: цинковый палец ZC3HC1, C3HC-тип, содержащий 1».
7. «BioGPS - ваша система генного портала». biogps.org. Получено 2016-10-11.
8. Бассерманн Ф., фон Клитцинг С., Мюнч С., Бай Р.Й., Кавагути Х., Моррис С.В., Пешель С., Дуйстер Дж. (Июль 2005 г.). «NIPA определяет лигазу E3 млекопитающих SCF-типа, которая регулирует митотический вход». Ячейка. 122 (1): 45–57. Дои:10.1016 / j.cell.2005.04.034. PMID  16009132. S2CID  16122567.
9. Bassermann F, von Klitzing C, Illert AL, Münch S, Morris SW, Pagano M, Peschel C, Duyster J (июнь 2007 г.). «Мультисайтовое фосфорилирование партнера по ядерному взаимодействию ALK (NIPA) в G2 / M включает циклин B1 / Cdk1». Журнал биологической химии. 282 (22): 15965–72. Дои:10.1074 / jbc.M610819200. PMID  17389604.
10. Mega JL, Stitziel NO, Smith JG, Chasman DI, Caulfield MJ, Devlin JJ, Nordio F, Hyde CL, Cannon CP, Sacks FM, Poulter NR, Sever PS, Ridker PM, Braunwald E, Melander O, Kathiresan S, Sabatine MS (Июнь 2015 г.). «Генетический риск, события ишемической болезни сердца и клиническая польза от терапии статинами: анализ испытаний первичной и вторичной профилактики». Ланцет. 385 (9984): 2264–71. Дои:10.1016 / S0140-6736 (14) 61730-X. ЧВК  4608367. PMID  25748612.
11. Оуян Т., Бай Р.Ю., Бассерманн Ф., фон Клитцинг С., Клумпен С., Митинг С., Моррис С.В., Пешель С., Дуйстер Дж. (Август 2003 г.). «Идентификация и характеристика взаимодействующего с ядром партнера киназы анапластической лимфомы (NIPA)». Журнал биологической химии. 278 (32): 30028–36. Дои:10.1074 / jbc.M300883200. PMID  12748172.
12. Куннас Т., Никкари СТ (август 2015 г.). «Ассоциация цинкового пальца, содержащего C3HC-типа 1 (ZC3HC1) rs11556924, генетический вариант с гипертонией в популяции Финляндии, исследование TAMRISK». Лекарство. 94 (32): e1221. Дои:10.1097 / MD.0000000000001221. ЧВК  4616712. PMID  26266351.
13. «ZC3HC1 - ядерно взаимодействующий партнер ALK - Homo sapiens (человек) - ген и белок ZC3HC1». www.uniprot.org. Получено 2016-10-11.
14. Bassermann F, Peschel C, Duyster J (ноябрь 2005 г.). «Митотический вход: вопрос осциллирующего разрушения». Клеточный цикл. 4 (11): 1515–7. Дои:10.4161 / cc.4.11.2192. PMID  16258267.
15. "Данные о массе тела для Zc3hc1". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
16. "Данные о тревоге для Zc3hc1". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
17. «Данные неврологической оценки Zc3hc1». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
18. «Данные дисморфологии для Zc3hc1». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
19. «Данные косвенной калориметрии для Zc3hc1». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
20. "Данные DEXA для Zc3hc1". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
21. «Данные рентгенографии для Zc3hc1». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
22. «Гематологические данные для Zc3hc1». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
23. «Данные лимфоцитов периферической крови для Zc3hc1». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
24. "Сальмонелла данные о заражении Zc3hc1 ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
25. "Citrobacter данные о заражении Zc3hc1 ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
26. Гердин А.К. (2010). "Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
27. Портал ресурсов мыши, Институт Wellcome Trust Sanger.
28. «Международный консорциум нокаут-мышей».
29. "Информатика генома мыши".
30. Скарнес В.С., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
31. Долгин Е. (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
32. Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Ячейка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
33. ван дер Вейден Л., Уайт Дж. К., Адамс Д. Д., Логан Д. В. (2011). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма». Геномная биология. 12 (6): 224. Дои:10.1186 / gb-2011-12-6-224. ЧВК  3218837. PMID  21722353.
34. Jones PD, Kaiser MA, Ghaderi Najafabadi M, McVey DG, Beveridge AJ, Schofield CL, Samani NJ, Webb TR (июль 2016 г.). «Вариант кодирования, связанный с заболеванием коронарной артерии, в цинковом пальце C3HC-типа, содержащем 1 (ZC3HC1), влияет на регуляцию клеточного цикла». Журнал биологической химии. 291 (31): 16318–27. Дои:10.1074 / jbc.M116.734020. ЧВК  4965579. PMID  27226629.
35. Jones PD, Kaiser MA, Ghaderi Najafabadi M, McVey DG, Beveridge AJ, Schofield CL, Samani NJ, Webb TR (июль 2016 г.). «Вариант кодирования, связанный с заболеванием коронарной артерии, в цинковом пальце C3HC-типа, содержащем 1 (ZC3HC1), влияет на регуляцию клеточного цикла». Журнал биологической химии. 291 (31): 16318–27. Дои:10.1074 / jbc.M116.734020. ЧВК  4965579. PMID  27226629.
36. Bassermann F, von Klitzing C, Münch S, et al. (Июль 2005 г.). «NIPA определяет лигазу E3 млекопитающих SCF-типа, которая регулирует митотический вход». Ячейка. 122 (1): 45–57. Дои:10.1016 / j.cell.2005.04.034. PMID  16009132. S2CID  16122567.
37. Лопес-Мехиас Р., Жанр F, Гарсия-Бермудес М., Корралес А., Гонсалес-Хуанатей С., Льорка Дж., Миранда-Филлой Дж. А., Руэда-Готор Дж., Бланко Р., Кастаньеда С., Мартин Дж., Гонсалес-Гэй М.А. (2013- 01-01). «Полиморфизм ZC3HC1 rs11556924 связан с увеличением толщины интима-медиа сонной артерии у пациентов с ревматоидным артритом». Исследования и лечение артрита. 15 (5): R152. Дои:10.1186 / ar4335. ЧВК  3978706. PMID  24286297.
38. Ямасе Й, Като К., Хорибе Х, Уэяма С., Фудзимаки Т, Огури М., Араи М., Ватанабэ С., Мурохара Т., Ямада Ю. (февраль 2016 г.). «Ассоциация генетических вариантов с мерцательной аритмией». Биомедицинские отчеты. 4 (2): 178–182. Дои:10.3892 / br.2015.551. ЧВК  4734142. PMID  26893834.

дальнейшее чтение

• Диас Нето Е., Корреа Р.Г., Верджовски-Алмейда С., Брионес М.Р., Нагаи М.А., да Силва В., Заго М.А., Бордин С., Коста Ф.Ф., Голдман Г.Х., Карвалью А.Ф., Мацукума А., Байя Г.С., Симпсон Д.Х., Брунштейн А., де Оливейра П.С., Бучер П., Джонженил К.В., О'Хара М.Дж., Соарес Ф., Брентани Р.Р., Рейс Л.Ф., де Соуза С.Дж., Симпсон А.Дж. (март 2000 г.). «Секвенирование человеческого транскриптома с использованием тегов последовательности, экспрессируемой ORF». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (7): 3491–6. Дои:10.1073 / pnas.97.7.3491. ЧВК  16267. PMID  10737800.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Геномные исследования. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Оуян Т., Бай Р.Ю., Бассерманн Ф., фон Клитцинг С., Клумпен С., Митинг С., Моррис С.В., Пешель С., Дуйстер Дж. (Август 2003 г.). «Идентификация и характеристика взаимодействующего с ядром партнера киназы анапластической лимфомы (NIPA)». Журнал биологической химии. 278 (32): 30028–36. Дои:10.1074 / jbc.M300883200. PMID  12748172.
• Wiemann S, Arlt D, Huber W., Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Геномные исследования. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
• Бассерманн Ф., фон Клитцинг С., Мюнч С., Бай Р.Й., Кавагути Х., Моррис С.В., Пешель С., Дуйстер Дж. (Июль 2005 г.). «NIPA определяет лигазу E3 млекопитающих SCF-типа, которая регулирует митотический вход». Ячейка. 122 (1): 45–57. Дои:10.1016 / j.cell.2005.04.034. PMID  16009132. S2CID  16122567.
• Ambrogio C, Voena C, Manazza AD, Piva R, Riera L, Barberis L, Costa C, Tarone G, Defilippi P, Hirsch E, Boeri Erba E, Mohammed S, Jensen ON, Palestro G, Inghirami G, Chiarle R (декабрь 2005). «p130Cas опосредует трансформирующие свойства киназы анапластической лимфомы». Кровь. 106 (12): 3907–16. Дои:10.1182 / кровь-2005-03-1204. ЧВК  1895100. PMID  16105984.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бехтель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К. Х., Хубер В., Пепперкок Р., Поустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.
• Босолей С.А., Виллен Дж., Гербер С.А., Раш Дж., Гиги С.П. (октябрь 2006 г.). «Вероятностный подход к высокопроизводительному анализу фосфорилирования белков и локализации сайтов». Природа Биотехнологии. 24 (10): 1285–92. Дои:10.1038 / nbt1240. PMID  16964243. S2CID  14294292.
• Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мачек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.