Тим Хаббард - Tim Hubbard

Тим Хаббард
Тим Хаббард (8243443127) .jpg
Родившийся
Тимоти Джон Филлип Хаббард
Альма-матер
Известен
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисДизайн, экспрессия и характеристика нового белка  (1988)
ДокторантТом Бланделл
Интернет сайт

Тимоти Джон Филлип Хаббард это Профессор из Биоинформатика в Королевский колледж Лондона, Руководитель отдела геномного анализа Геномика Англия и почетный факультет Wellcome Trust Sanger Institute в Кембридже, Великобритания.[7][8][9][10][11][12][13]

Образование

Хаббард получил образование в Кембриджском университете, где получил степень Бакалавр искусств степень в области Естественные науки (биохимия) в 1985 году. Он продолжил исследования в белковый дизайн в Кафедра кристаллографии, Биркбек-колледж, Лондон где он был награжден кандидат наук в 1988 г.[14] для исследований под руководством Том Бланделл.

Исследования и карьера

Исследовательские интересы Хаббарда лежат в Биоинформатика, Вычислительная биология и Геном Информатика.[6] Во время своей работы в WTSI он руководил несколькими успешными аспирантами в этих областях исследований.[15][16][17][18][19][20]

После постдокторская стипендия в научно-исследовательском институте белковой инженерии в Осака под Европа программа научной подготовки в Япония (1989-90) он вернулся в Кембридж, став Зенека Сотрудник Совет медицинских исследований (MRC), Центр белковой инженерии. В 1997 году он присоединился к Wellcome Trust Sanger Institute стать главой Человеческий геном Анализ. Тим был руководителем отдела информатики с 2007 по 2013 год, когда он был направлен на полставки в качестве советника специалиста в NHS England, участвующий в предоставлении геномики для программ здравоохранения.[21]

Хаббард был назначен профессором биоинформатики в King's в октябре 2013 года.[22] Его исследования были опубликованы в ведущих экспертная оценка научные журналы включая Природа,[23][24][25] то Журнал молекулярной биологии,[1][26] Исследования нуклеиновых кислот,[3][4] Геномная биология,[2] Методы природы,[27] Обзоры природы Рак[28] и Биоинформатика.[29] Его исследование финансировалось Совет медицинских исследований (MRC) и Совет по исследованию биотехнологии и биологических наук (BBSRC).[30]

Рекомендации

  1. ^ а б Мурзин, А.Г .; Бреннер, С.; Хаббард, Т.; Чотия, К. (1995). «SCOP: структурная классификация базы данных белков для исследования последовательностей и структур» (PDF). Журнал молекулярной биологии. 247 (4): 536–540. Дои:10.1016 / S0022-2836 (05) 80134-2. PMID  7723011. Архивировано из оригинал (PDF) на 2012-04-26.
  2. ^ а б Харроу, Дж; Denoeud, F; Франкский, А; Реймонд, А; Chen, C.K .; Chrast, J; Лагард, Дж; Gilbert, J. G .; Этаж, р; Swarbreck, D; Россье, C; Ucla, C; Хаббард, Т; Antonarakis, S.E .; Гиго, Р. (2006). «GENCODE: создание справочной аннотации для ENCODE». Геномная биология. 7 Дополнение 1: S4.1–9. Дои:10.1186 / gb-2006-7-s1-s4. ЧВК  1810553. PMID  16925838.
  3. ^ а б Хаббард, Т.; Barker, D .; Бирни, Э.; Cameron, G .; Chen, Y .; Clark, L .; Cox, T .; Cuff, J .; Curwen, V .; Вниз, Т .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Hammond, M .; Huminiecki, L .; Kasprzyk, A .; Lehvaslaiho, H .; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pocock, M .; Potter, S .; Rust, A .; Schmidt, E .; Searle, S .; Слейтер, G .; Smith, J .; Spooner, W .; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 38–41. Дои:10.1093 / nar / 30.1.38. ЧВК  99161. PMID  11752248.
  4. ^ а б Farrell, C.M .; О'Лири, Н. А .; Harte, R.A .; Loveland, J.E .; Wilming, L.G .; Валлин, С .; Diekhans, M .; Barrell, D .; Searle, S.M.J .; Aken, B .; Hiatt, S.M .; Франкский, А .; Сунер, М. -М .; Раджпут, Б .; Steward, C.A .; Brown, G.R .; Bennett, R .; Мерфи, М .; Wu, W .; Kay, M. P .; Hart, J .; Rajan, J .; Weber, J .; Снег, Ц .; Riddick, L.D .; Хант, Т .; Webb, D .; Thomas, M .; Tamez, P .; Рангвала, С. Х. (2013). «Текущее состояние и новые возможности базы данных согласованных последовательностей кодирования». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D865 – D872. Дои:10.1093 / nar / gkt1059. ЧВК  3965069. PMID  24217909.
  5. ^ Линька, Дж; Хаббард Т.; Фиделис, К; Педерсен, Дж. Т. (1999). «Критическая оценка методов предсказания структуры белков (CASP): Раунд III». Белки. Дополнение 3: 2–6. Дои:10.1002 / (sici) 1097-0134 (1999) 37: 3+ <2 :: aid-prot2> 3.3.co; 2-u. PMID  10526346.
  6. ^ а б Тим Хаббард публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  7. ^ а б «Genomics England публикует результаты оценки аннотаций». Геномика Англии. 2014. Архивировано с оригинал на 2015-01-12.
  8. ^ Тим Хаббард на Twitter Отредактируйте это в Викиданных
  9. ^ Хаббард, публикации Тима Дж. П. индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  10. ^ Тим Дж. П. Хаббард страница профиля автора на ACM Цифровая библиотека Отредактируйте это в Викиданных
  11. ^ Тим Дж. П. Хаббард в DBLP Сервер библиографии Отредактируйте это в Викиданных
  12. ^ Хопкин, Карен (2009-10-01). "Тим Хаббард: гуру генома". Ученый. Архивировано из оригинал на 2014-03-04.
  13. ^ Тим Хаббард публикации из Европа PubMed Central
  14. ^ Хаббард, Тим (1988). Дизайн, экспрессия и характеристика нового белка (Кандидатская диссертация). Лондонский университет. Архивировано из оригинал на 2015-05-19.
  15. ^ Брош, Маркус (2010). Разработка вычислительных методов анализа протеомных данных для аннотации генома (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890149364.
  16. ^ Вниз, Томас Александр (2004). Вычислительная локализация промоторов и сайтов старта транскрипции в геномах млекопитающих (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  17. ^ Догруэль, Мутлу (2008). Вычислительная идентификация субклеточной локализации белка на основе мотивов (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890154619.
  18. ^ Мэттисон, Дженни (2009). Анализ полногеномных наборов данных о мутациях, связанных с раком, у мышей и людей (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890152898.
  19. ^ Пийпари, Матиас (2011). Вывод и классификация цис-регуляторных мотивов эукариот (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  20. ^ Покок, Мэтью Ричард (2004). Вычислительный анализ геномов (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890159072.
  21. ^ "Почетный факультет Wellcome Trust Sanger Institute - доктор Тим Хаббард". Архивировано из оригинал на 2015-03-23.
  22. ^ "Профессор Тим Хаббард, Королевский колледж Лондона". Архивировано из оригинал на 2014-02-23.
  23. ^ Консорциум проектов ENCODE, Бирни Э, Стаматояннопулос Ж.А., Дутта А., Гиго Р., Джингерас Т.Р., Маргулиес Э.Х., Вен Зи, Снайдер М., Дермитзакис Е.Т.; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Натура.447..799Б. Дои:10.1038 / природа05874. ЧВК  2212820. PMID  17571346.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  24. ^ Ландер, Э.С.; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Болдуин, Дж .; Девон, К .; Dewar, K .; Дойл, М .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Месиров, Дж. П .; Миранда, С .; Моррис, В .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Шеридан, А .; и другие. (Февраль 2001 г.). "Начальная последовательность и анализ человеческого генома" (PDF). Природа. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001Натура.409..860л. Дои:10.1038/35057062. ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  25. ^ Бирни, Э; Бейтман, А; Зажим, M.E .; Хаббард, Т. Дж. (2001). «Разработка проекта генома человека». Природа. 409 (6822): 827–8. Дои:10.1038/35057004. ЧВК  2658632. PMID  11236999.
  26. ^ Парк, Дж; Тайхманн, С.А.; Хаббард Т.; Chothia, C (1997). «Промежуточные последовательности увеличивают обнаружение гомологии между последовательностями». Журнал молекулярной биологии. 273 (1): 349–54. Дои:10.1006 / jmbi.1997.1288. PMID  9367767.
  27. ^ Энгстрём, П. Р. Г .; Steijger, T .; Sipos, B .; Grant, G.R .; Kahles, A .; Алиото, Т .; Behr, J .; Bertone, P .; Bohnert, R .; Campagna, D .; Davis, C.A .; Добин, А .; Энгстрём, П. Р. Г .; Gingeras, T. R .; Goldman, N .; Grant, G.R .; Guigó, R .; Harrow, J .; Hubbard, T. J .; Jean, G.R .; Kahles, A .; Косарев, П .; Li, S .; Liu, J .; Mason, C.E .; Молодцов, В .; Нин, З .; Ponstingl, H .; Prins, J. F .; Рэтч, Г. (2013). «Систематическая оценка программ сплайсированного выравнивания для данных RNA-seq». Методы природы. 10 (12): 1185–91. Дои:10.1038 / nmeth.2722. ЧВК  4018468. PMID  24185836.
  28. ^ Futreal, P. A .; Монета, л; Маршалл, М; Вниз, Т; Хаббард Т.; Вустер, Р. Рахман, Н; Страттон, М. (2004). «Перепись генов рака человека». Обзоры природы Рак. 4 (3): 177–83. Дои:10.1038 / nrc1299. ЧВК  2665285. PMID  14993899.
  29. ^ Ривз, Г. А .; Eilbeck, K .; Magrane, M .; О'Донован, К .; Montecchi-Palazzi, L .; Harris, M. A .; Orchard, S .; Jimenez, R.C .; Prlic, A .; Хаббард, Т. Дж. П.; Hermjakob, H .; Торнтон, Дж. М. (2008). «Онтология свойств белка: инструмент для объединения аннотаций свойств белка». Биоинформатика. 24 (23): 2767–2772. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn528. ЧВК  2912506. PMID  18936051.
  30. ^ «Гранты правительства Великобритании присуждены Тиму Хаббарду». Исследовательские советы Великобритании. Архивировано из оригинал на 2015-04-09.