TMTC4 - TMTC4

TMTC4
Идентификаторы
ПсевдонимыTMTC4, трансмембранный и тетратрикопептидный повтор, содержащий 4, трансмембранная O-маннозилтрансфераза, нацеленная на кадгерины 4
Внешние идентификаторыOMIM: 618203 MGI: 1921050 ГомолоГен: 32796 Генные карты: TMTC4
Расположение гена (человек)
Хромосома 13 (человек)
Chr.Хромосома 13 (человек)[1]
Хромосома 13 (человек)
Геномное расположение TMTC4
Геномное расположение TMTC4
Группа13q32.3Начинать100,603,927 бп[1]
Конец100,675,093 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_028651
NM_001360598
NM_001360599

RefSeq (белок)

NP_082927
NP_001347527
NP_001347528

Расположение (UCSC)Chr 13: 100,6 - 100,68 МбChr 14: 122.92 - 122.98 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трансмембранный и тетратрикопептидный повтор, содержащий 4 это белок что у людей кодируется TMTC4 ген.[5] Этот белок пересекает плазматическая мембрана 10 раз и находится в ER просвет и цитозоль. Предполагаемая структура белка TMTC4 представляет собой серию альфа-спирали.

Ген

TMTC4 расположен на хромосома 13 при 13q32.3. Ген фланкирован псевдогеном 3 фактора рибозилирования 4 АДФ (ARF4P3) слева и псевдогеном 47 рибосомного белка S26 (RPS26P47) справа. TMTC4 охватывает 4043 п.н. и имеет всего 23 экзона.[5]

мРНК

TMTC4 состоит из семи изоформа варианты, наиболее распространенной изоформой 1 является 4043 п.н.[5]

ИзоформаДлина (п.
14043
23833
33500
44217
54120
64037
73827

В 5 ’UTR так как TMTC4 короткий, и во многих более коротких изоформах части этой нетранслируемой области вырезаны. Для сравнения, 3 ’UTR длинный и часто бывает полным по семи изоформам.

Протеин

Физические свойства

В молекулярный вес для TMTC4 составляет 85,0 кДал, и нет положительных, отрицательных или нейтральных кластеров аминокислот или пробегов заряда, превышающих нормальную длину. Глядя на далекий ортолог (пурпурный морской еж) молекулярная масса TMTC4 составляет 85,5 кДал, и здесь, опять же, отсутствуют пробеги заряда, положительные, отрицательные или нейтральные кластеры или необычные промежутки. Белковые составы разных видов сильно схожи. В изоэлектрическая точка для область неизвестной функции (DUF 1736) ниже, чем у белка в целом.

Схематическая иллюстрация известных и предсказанных доменов и мотивов TMTC4
ДоменАминокислотыМолекулярный вес (кдал)Изоэлектрическая точка
Человеческий TMTC476085.09.135
DUF 1736758.64.123
TPR повторяется23426.79.509

Домены

Прогнозируемая вторичная структура TMTC4. Начиная с синего и заканчивая красным, диаграмма показывает n-конец через c-конец.

TMTC4 имеет десять трансмембранный области, все они расположены в пределах первой половины белка.[6]

TMTC4 состоит из тетратрикопептид (TPR) повторяющиеся последовательности, которые являются частью надсемейства белков TPR. DUF1736 присутствует перед областью TPR. Повторение из семи остатков (SRR) находится ближе к концу белка, и считается, что он кодирует спиральная катушка структура.[7] Другой член семейства TPR, PFTA (повтор альфа-субъединицы протеина пренилтрансферазы), расположен в области TPR протеина и, как полагают, участвует в преобразование сигнала и везикулярное движение регулирование.[8] Фактор свертывания V LSPR, также повторяющийся мотив, расположен в области TPR и считается центральным регулятором гемостаз.[9]

Вторичная структура

TMTC4 берет на себя серию альфа-спираль структур, особенно в области TPR, хотя существует минимальное количество структур с бета-цепью, расположенных по всей начальной половине белка.[10]

Посттрансляционные модификации

Прогнозируемые посттрансляционные модификации белка TMTC4

Есть четыре предсказанных сигналы ядерной локализации, каждый из которых маркирует белок для ядерный импорт.[6] Однако в самом конце протеина предсказывается Удержание ER сигнал, который не позволит белку покинуть ER. У белка есть три предсказанных N-гликозилирование сайтов, потенциально изменяющих свою структуру и функции. сайты фосфорилирования, каждый из которых является возможным сайтом активации регуляторного механизма.[6]

Выражение

TMTC4 экспрессируется во всех тканях человека. Однако этот ген наиболее сильно выражен в мозг и в спинной мозг.[11]

Изобилие белка, по-видимому, для TMTC4 ниже нормы.

Регулирование

Есть один возможный промоутер для гена TMTC4, расположенного в 5 ’UTR, но до начала кодирующая последовательность.

Функция

В настоящее время функция TMTC4 не охарактеризована.

Взаимодействующие белки

Возможные взаимодействующие белки - это NRG1, PEX19, HERC3, TXNDC15 и COL1A1. Все это было обнаружено с помощью аффинной хроматографии.[12]

Название белкаИзвестная функцияМесто расположения
Нейрегулин 1 [NRG1]опосредует передачу сигналов от клетки к клетке[13]мембранный гликопротеин[13]
Фактор 19 пероксисомального биогенеза [PEX19]цитозольный шаперон[14]мембранный рецепторный белок[14]
Домен ECT и RLD, содержащий убиквитин-протеин-лигазу 3 E3 [HERC3]член семейства убиквитинлигаз[15]цитозоль[15]
Домен тиоредоксина, содержащий 15 [TXNDC15]НеизвестныйНеизвестный
Коллагеновая цепь альфа-1 типа I [COL1A1]белок коллагена тройной спирали[16]внеклеточный[16]

Гомология

Ортологи

Ортолог пространство для TMTC4 занимает большую часть эволюционное время. TMTC4 присутствует в млекопитающие, рептилии, амфибии, птицы, рыбы, и беспозвоночные. Его нет в растения, бактерии, археи, или же грибы.[17]

Порядковый номерРод и видРаспространенное имяНомер доступа (белок)ЛичностьДата расхождения (MYA)
1Heterocephalus glaberГолый землекопEHB03258.188%94
2Раттус норвегикусКоричневая крысаNP_001127886.190%94
3Myotis brandtiiЛетучая мышь БрандтаEPQ01527.190%94
4Pteropus alectoЧерная летучая лисицаXP_006909447.193%88
5Erinaceus europaeusЕвропейский ёжикXP_016040457.185%94
6Sorex araneusОбыкновенная бурозубкаXP_004614101.186%94
7Sus scrofaДикий кабанNP_001239134.191%94
8Липоты вексиллиферБайджиXP_007461591.190%88
9Ailuropoda melanoleucaГигантская пандаXP_019650336.190%94
10Acinonyx jubatusГепардXP_014931490.193%94
11Tyto albaСипухаKFV56414.185%320
12Charadrius voiceiferusУбийцаKGL87053.184%320
13Питон бивиттатусБирманский питонXP_007425712.181%320
14Анолис каролинскийКаролина анолXP_008105174.182%320
15Xenopus tropicalisЗападная когтистая лягушкаNP_001121486.138%353
16Nanorana parkeriNanorana parkeriXP_018432106.173%353
17Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призракXP_007885231.168%465
18Crassostrea gigasТихоокеанская устрицаXP_011422949.150%758
19Стронгилоцентротус пурпуратусФиолетовый морской ежXP_011670776.149%627

Паралоги

Паралог пространство для TMTC4 охватывает семейство генов TMTC. В этом семействе генов четыре гена: TMTC1, TMTC2, TMTC3 и TMTC4. TMTC1 и TMTC3 отделились от TMTC4 около 1200 миллионов лет назад, в то время как TMTC2 отделился от TMTC4 1400 миллионов лет назад. Оба эти события произошли где-то между беспозвоночными и растениями.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000125247 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000041594 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c «Трансмембранный и тетратрикопептидный повтор TMTC4, содержащий 4». Entrez Gene.
  6. ^ а б c "Сканер мотивов". Швейцарский институт биоинформатики. Получено 2017-05-04.
  7. ^ Григорян Г., Китинг А.Е. (2008). «Структурная специфика взаимодействия спиральной спирали». Текущее мнение в структурной биологии. 18 (4): 477–83. Дои:10.1016 / j.sbi.2008.04.008. ЧВК  2567808. PMID  18555680.
  8. ^ Чжан Х., Гришин Н.В. (август 1999 г.). «Альфа-субъединица протеиновых пренилтрансфераз является членом семейства тетратрикопептидных повторов». Белковая наука. 8 (8): 1658–67. Дои:10.1110 / пс. 8.8.1658. ЧВК  2144414. PMID  10452610.
  9. ^ «Фактор свертывания крови V, LSPD (IPR009271)». ИнтерПро. EMBL-EBI. Получено 2017-04-27.
  10. ^ «Итоги I-TASSER». И-ТАССЕР. университет Мичигана. Получено 2017-04-27.
  11. ^ "2906582". Профили GEO. NCBI. Получено 2017-04-27.
  12. ^ Huttlin EL, Ting L, Bruckner RJ, Gebreab F, Gygi MP, Szpyt J, et al. (Июль 2015 г.). "Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого взаимодействия". Клетка. 162 (2): 425–40. Дои:10.1016 / j.cell.2015.06.043. ЧВК  4617211. PMID  26186194.
  13. ^ а б "Ген NRG1". Генные Карты. Получено 2017-04-27.
  14. ^ а б «Ген PEX19». Генные Карты. Получено 2017-04-27.
  15. ^ а б «Ген HERC3». Генные Карты. Получено 2017-04-27.
  16. ^ а б «Ген COL1A1». Генные Карты. Получено 2017-04-27.
  17. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". NCBI. Получено 2017-04-27.

дальнейшее чтение