TMEM267 - TMEM267

TMEM267
Идентификаторы
ПсевдонимыTMEM267, C5orf28, трансмембранный белок 267
Внешние идентификаторыMGI: 3648543 ГомолоГен: 49708 Генные карты: TMEM267
Расположение гена (человек)
Хромосома 5 (человек)
Chr.Хромосома 5 (человек)[1]
Хромосома 5 (человек)
Геномное расположение TMEM267
Геномное расположение TMEM267
Группа5п12Начинать43,444,252 бп[1]
Конец43,483,893 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

64417

633640

Ансамбль

ENSG00000151881

ENSMUSG00000074634

UniProt

Q0VDI3

Q8VDR5

RefSeq (мРНК)

NM_022483

NM_001039244
NM_001177666
NM_001370626
NM_001370627

RefSeq (белок)

NP_001034333
NP_001171137
NP_001357555
NP_001357556

Расположение (UCSC)Chr 5: 43.44 - 43.48 МбChr 13: 119.49 - 119.61 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

TMEM267 представляет собой белок, который у человека кодируется геном TMEM267. Это возможно онкоген который кодирует трансмембранный белок. Функция TMEM267, скорее всего, включает транспортировку молекул из цитозоля, так как присутствие мотивов и доменов, участвующих в транспортировке, было консервативным в ортологах. TMEM267 имеет ортологи у многих видов и экспрессируется на самом высоком уровне в щитовидная железа.

Прогнозирование третичной структуры PHYRE для TMEM267

Ген

Известные псевдонимы для TMEM267 включают C5orf28, B2RDA6 и Q9H6Z2.[5] TMEM267 находится на хромосома 5, цитобанда p12 на обратной цепи между парами оснований 43 444 252 и 43 485 178, что означает, что она имеет длину 40 927 пар оснований.[6] TMEM267 продуцирует 13 различных интронов gt-ag и 12 различных мРНК, с 9 вариантами альтернативного сплайсинга и 3 формами без сплайсинга. Имеет 2 альтернативы промоутеры и 7 проверенных полиаденилирование места.[7] Предусмотрено 6 промоторов различной длины.[8]

Расположение TMEM267 на хромосоме 5 у человека от GeneCards.
ИмяРегистрационный номерКоличество экзоновРазмер (пп)
Вариант стенограммы 1NM_02248332736
Вариант стенограммы 2NM_001377394.142887
Вариант стенограммы X2XM_01151407543574
Вариант стенограммы 3NM_001377395.153210
Вариант стенограммы 4NM_001377396.132960
Вариант стенограммы 5NM_001377397.143108
Вариант стенограммы 6NM_001377398.153283
Вариант стенограммы 7NM_001377399.133377
Вариант стенограммы 8NM_001377400.143528
Вариант стенограммы 9NM_001377401.142834
Вариант 10 стенограммыNM_001377402.132809
Вариант стенограммы 11NM_001377403.152979

Протеин

Общая информация

Белок TMEM267 во всех изоформах имеет длину 215 аминокислот.[9] Все изоформы имеют прогнозируемую молекулярную массу 24,2 кДа и теоретическая изоэлектрическая точка из 8.91.[10][11] Был выше среднего процент гистидин и триптофан остатки. Процент аспарагин, глютаминовая кислота и тирозин были ниже среднего. После анализа антарктической желтобрюхой трески, Тропическая когтистая лягушка, Ивовая мухоловка, Обыкновенная ящерица, и Тихоокеанский белобокий дельфин ортологов, процентный состав триптофана выше среднего и процентный состав ниже среднего остатков аспарагина и глутаминовой кислоты сохранялся в амфибии, рыбы, млекопитающие, птицы, и рептилии.[12]

Изоформы

ИмяРегистрационный номерРазмер (аа)
Вариант стенограммы 2NP_001364323.1215
Вариант стенограммы X2XM_011514075215
Вариант стенограммы 3NP_001364324215
Вариант стенограммы 4NP_001364325215
Вариант стенограммы 5NP_001364326215
Вариант стенограммы 6NP_001364327215
Вариант стенограммы 7NP_001364328215
Вариант стенограммы 8NP_001364329215
Вариант стенограммы 9NP_001364330215
Вариант 10 стенограммыNP_001364331215
Вариант стенограммы 11NP_001364332215
Вариант стенограммы 12NP_071928215

Трансмембранные области

Предсказания, касающиеся трансмембранных регионов TMEM267, неясны. Некоторые инструменты прогнозирования утверждают, что нет трансмембранный или же гидрофобный регионы.[13] Другие предсказывают от 2 до 5 трансмембранных доменов.[14] [15] По общему мнению, существует по крайней мере две трансмембранные области в аминокислотах в районе 113–135 и 176–198. Диаграммы спирального колеса трех трансмембранных областей, представленные NCBI Gene, указывают на присутствие полярных аминокислот, которые являются основными и кислыми в трансмембранных областях, что является необычным.[16]

Прогнозирование NetWheels для трансмембранных областей TMEM267
Схема Проттера трансмембранных областей TMEM267 у человека.

Домены

Для TMEM267 были предсказаны два домена. Во-первых, это LaxA-связывающая мутация, связанная с внутренней мембраной. гидролаза, что указывает на то, что TMEM267 может участвовать как группа мембраносвязанных металл-зависимых гидролаз, которые могут действовать как фосфолипазы. Другой предположительно является доменом Vacuolar sorting protein 9 (VPS9), что указывает на то, что TMEM267 может участвовать в транспортировке молекул в лизосомы и клеточная сигнализация.[17][18]

ДоменМесто расположенияСохраняется в изоформахСохранилось в ортологах
Сайт связывания LaxA55-161дада
Сайт связывания вакуолярного сортирующего белка 9 (VSP9)175-199данет

Мотивы

Предсказанные мотивы представляют собой канонический аргинин-содержащий фосфопептидный мотив, который может участвовать в транспортировке 14-3-3 белков которые участвуют во многих клеточных процессах.[19] Сайт связывания белка фактора регуляции интерферона 3 (IRF-3) может быть вовлечен в сигнальный путь, который активизирует IRF-3 в присутствии вирусных и микробных инфекций.[20] Мотивы на основе триптофана, которые позволяют нацеливать привязку к домену гомологии, могут означать, что TMEM267 может играть роль в опосредовании транспортировки из Гольджи в ER. Субъединица катомера дельта (дельта-COP) представляет собой цитозольный белковый комплекс, который связывается с мотивами и ассоциируется с везикулами, участвующими в транспорте белка от ER и Гольджи.[21] Был предсказан мотив LC3-взаимодействующей области (LIR), который указывает на то, что TMEM267 может участвовать в аутофагия пути, который участвует в переносе цитоплазматического материала в аутофагосомы к лизосомам, а также удаление токсичных макромолекул и органелл для поддержания здоровья клетки.[22] Класс 2 ПДЗ -связывающий мотив предсказывает, что TMEM267 может быть вовлечен в белки PDZ, которые влияют на транспортировку, рециклинг и внутриклеточную сортировку.[23] Мотив Wxxx [FY] указывает на то, что TMEM267 может участвовать во взаимодействии Pex14 с белками Pex5.[24][25]

МотивМесто расположенияСохраняется в изоформахСохранилось в ортологахСотовая связь
Канонический аргининсодержащий фосфопептидный мотив49-56дадацитозоль
Сайт связывания регуляторного фактора 3 интерферона (IRF-3)139-146дадацитозоль
Мотивы на основе триптофана, которые делают возможной привязку к домену гомологии144-151дадацитозоль
Мотив LIR64-68дадацитозоль
PDZ-связывающий мотив210-215дадацитозоль
Мотив Wxxx [FY]166-170дадацитозоль

Локализация и изобилие

Изобилие белка TMEM267 в организме человека из PAXdb

В целом TMEM267, скорее всего, находится в цитоплазме. Утверждалось, что белок TMEM267 локализован в нуклеоплазма ячеек.[26] Другой инструмент предсказал, что его можно найти в цитоплазма (69,6%) и митохондриальный (13%) с надежностью 94,1 по методу Рейнхардта для цитоплазматической / ядерной дискриминации.[27] TMEM267 не содержится в организме человека в количестве 0,05 ppm.[28]

Прогнозы вторичной структуры

Вторичная структура прогнозы были сделаны с использованием трансмембранных областей TMEM267, предоставленных NCBI Gene. Серверы прогнозов показывают, что аминокислоты 1-76 имеют спиральную природу. Предполагается, что внеклеточные и внутриклеточные области белка TMEM267 представляют собой комбинацию альфа спирали и бета-листы, но единого мнения нет.[29][30][31]

PHYRE2 предсказание вторичной и третичной структуры TMEM267

Посттрансляционные модификации

Нет никаких доказательств посттрансляционные модификации белка TMEM267, обнаруженного в тканях.[32] Согласно анализу последовательности белков, есть предсказание одного пальмитоилирование сайт, SUMO Interaction и два сумоилирование места.[33][34] Есть много предсказаний фосфорилирование сайтов в нетрансмембранных областях с различными протеинкиназы включая AGC, CKII и Case киназу II.[35][36] Предполагается, что один сайт будет ацетилированный на N-конце TMEM267.[37] TMEM267 имеет четыре предсказанных гликирование сайтов, а также семь O-бета-GlycNAc места.[38][39]

Выражение

Белок TMEM267 экспрессируется более чем в 100 тканях организма, что означает, что он имеет низкую тканевую специфичность, но в основном присутствует в тканях. щитовидная железа, гипофиз, и поджелудочная железа. Данные NCBI Geo показывают, что существуют более высокие уровни экспрессии в основном в щитовидная железа но другие ткани имеют различную экспрессию для каждого образца. Похоже, что в среднем самые высокие уровни экспрессии щитовидная железа, яичники, яички, гипофиз, и поджелудочная железа. TMEM267 не экспрессируется на очень высоком уровне по сравнению с бета Актин, что почти втрое больше РПКМ по сравнению с TMEM267.[40] TMEM267 экспрессируется в 1,6 раза больше, чем средний ген на хромосоме 5.[41]

Данные по экспрессии TMEM267 в конкретных тканях.

Взаимодействия

Факторы транскрипции

В таблице ниже описывается тщательно подобранный набор факторов транскрипции, которые, как предполагается, связываются в предсказанной Genomatix промоторной области TMEM267.[42]

Фактор транскрипцииПодробная информация
RU49Разрастание цинковых пальцев 1-Zipro
СОРИSOX-SOY-определение пола / яичек и связанные факторы коробки HMG
FKHDДомен вилки факторы
BRACБрачьюры ген, фактор развития мезодермы
EVI1EVI1-милеидный трансформирующий белок
ВТБППозвоночное животное Связывающий белок ТАТА фактор
ПОРЫВSWI / SNF родственные нуцелофосфопротеины с ДНК-связывающим мотивом RING finger
NKXHФакторы гомеодомена NKX
BRN5Brn-5 POU домены
PDX1ТФ гомеодомена поджелудочной железы и кишечника
CEBPA / BCCAAT / связывающий белок-энхансер
CAATФакторы связывания CCAAT
SPZ1Специфичные для семенников TF bHLH-Zip
NFATЯдерный фактор активированных Т-клеток
DMRTDM-домен содержащие TF
ZF01C2H2 цинковый палец TF1
CREBбелки, связывающие цАМФ-чувствительный элемент
XBBFФакторы привязки X-box
GCNRЯдерный рецептор зародышевой клетки
PLZFC2H2 белок цинковых пальцев PLZF

Взаимодействующие белки

Было предсказано, что TMEM267 будет взаимодействовать с белками, указанными в таблице ниже.

Название белкаЭтикетка UniProtФункцияМесто расположения
TMEM52BQ4KMG9Функция не изученаНеотъемлемый компонент мембраны, внеклеточная область
TMEM14BQ9NUH8Участвует в расширении и складывании коры в развивающемся неокортексе; может управлять пролиферацией нейральных предшественников через ядерную транслокациюНеотъемлемый компонент мембраны
RTP2 (рецептор-транспортный белок 2)Q5QGT7Способствует функциональной экспрессии на клеточной поверхности обонятельный рецепторПлазматическая мембрана
SAR1AQ9NR31Участвовал в транспортировке из ER в аппарат Гольджи; SAR1S-GTP-зависимая сборка SEC16A на мембране ER формирует организованный каркас, определяющий сайты выхода ERER, аппарат Гольджи
STX7 (Синтаксин-7)Q15400Может участвовать в транспортировке белков от плазматической мембраны к раннему эндосома; опосредует передачу от ранних эндосом к поздним и лизосомыЭндосома, плазматическая мембрана
CPLX4 (Комплексин-4)Q7Z7G2Регулирует SNARE белок комплексно-опосредованное слияние синаптических пузырьковПлазматическая мембрана
APP (белок-предшественник амилоида-бета P4)P05067Функционирует как рецептор клеточной поверхности в нейронах; участвует в регуляции подвижности клеток и транскрипцииВнеклеточная область / секретируемая, плазматическая мембрана, эндосома, ядро, цитоплазматическая везикула
EGFRP00533Рецептор триггера связывания лиганда гомо / гетеродимеризация и аутофосфорилирование по ключевым цитоплазматическим остаткам; этот фосфорилированный рецептор привлекает адаптерные белки которые активируют сигнальные каскады ниже по потокуЯдерная мембрана, мембрана ER
LNPEP (лейцил-цистиниламинопептидаза)Q9UIQ6Высвобождение N-концевой аминокислоты, расщепляющейся перед цистеин и лейцин; помогает поддерживать гомеостаз во время беременностиПлазматическая мембрана, внеклеточная область
ECM29Q5VYK3Адаптер / каркасный белок связывается со специфическими белками; может соединять протеасому с ER, эндосомой и центросомойЯдро, центросома, ER, эндосома, цитоплазматический пузырек

Гомология и эволюция

Ортологи и паралоги

TMEM267 имеет ортологи в Млекопитающие, Рептилии, Амфибия, Моллюска, Членистоногие, Бранкиостома, Trichoplax, Оомицеты, и Бактерии, среди прочих, но не имеет паралогов. Таблица избранных ортологов приведена ниже.[43]

Род и видРаспространенное имяТаксономическая группаПредполагаемая дата расхождения (MYA)Регистрационный номерДлина последовательности (аа)Выравнивание последовательностиСходство последовательности
Nannospalax galiliСеверный израильский слепой подземный кротRodentia90XP_008831143.121585.19%93%
Опистокомус хоазинРептилия ПтицаОпистокомиформные312XP_009941974.121583.26%92%
Протоботропс мукроскваматусЯдовитая гадюкаSquamata312XP_015672610.121982.16%89%
Xenopus TropicalisТропическая когтистая лягушкаАнура351.8XP_031750178.121574.88%86%
Notothenia coriicepsАнтарктическая желтобрюхая роккодаОколообразные435XP_010772860.124467.21%82%
Branchiostoma belcheriБранкиостомаАмфиоксообразные684XP_019622820.121532.09%63%
Стронгилоцентротус пурпуратусПурпурный морской ежИглокожие684XP_030828106.122136.3%59%
Aethina tumidaМаленький жук-улейЖесткокрылые 797XP_019869992.120135.82%49%
Crassostrea gigasТихоокеанская устрицаОстреоида797XP_011423125.120934.93%52%

Эволюция

Прогнозируется, что TMEM267 будет развиваться медленнее, чем Альфа-цепь фибриногена но быстрее чем Цитохром с.[44]

Эволюционный график TMEM267

Функция

Клиническое значение

Этот белок был идентифицирован как член большой группы белков, которые составляют фильтр в клетках млекопитающих, который позволяет селективному прохождению белков внутрь и наружу. ресничка, регулирующий содержание.[45] TMEM267 был одним из десяти генов, выбранных с использованием двухвыборочного t-критерия и анализа данных обучения Уилкоксона Манна-Уитни на атопический дерматит (кожное заболевание, характеризующееся сильным зудом, покраснением, шелушением и потерей поверхности кожи) в качестве гена, который предоставил наибольшую информацию о разделении между контрольной и экспериментальной группами.[46] TMEM267 упоминается в статьях, касающихся подавления двух микроРНК, одна из которых участвует в регуляции широкого спектра клеточных функций, таких как пролиферация, апоптоз, миграция и дифференцировка, все из которых жизненно важны для нормального развития клетки сердца.[47][48]

Рак

Было показано, что белок TMEM267 мутировал в 0,1-0,9% колоректальный, желудок, легкое, эндометрий, почка, и рак молочной железы.[49] TMEM267 пострадал от повышенного уровня NUDT21 ген, и был идентифицирован как часть большой группы возможных онкогенов, которые при укорочении 3'-UTR могут вызывать неконтролируемый рост клеток.[50] Он является частью группы генов, которые, возможно, могут определять выживаемость пациентов с PNI +. рак языка.[51] Было показано, что TMEM267 является одним из 26 сверхэкспрессированных генов на хромосоме 5р, что означает, что он принадлежит к группе генов, которые, вероятно, обеспечивают раковые клетки преимуществами в росте и инвазии окружающих клеток.[52] Кроме того, исследователи из Университета Джона Хопкинса подали патент на 63 гена, в том числе TMEM267, экспрессия которого увеличивалась в присутствии HMGA1 белка по сравнению с контрольной группой, который, по их мнению, может быть использован в методе ингибирования раковых стволовых клеток с помощью ингибиторов HMGA1.[53]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000151881 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000074634 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Запись на GeneCards.org о TMEM267
  6. ^ Запись на GeneCards.org о TMEM267
  7. ^ Запись UniProtKB на Q0VDI3 (TM267_HUMAN)
  8. ^ Эльдорадо в Genomatix
  9. ^ NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) Запись AceView на C5orf28[1]
  10. ^ Запись на GeneCards.org о TMEM267
  11. ^ ExPASy Compute предсказатель pI / MW [2] /
  12. ^ Запись SAPS на TMEM267
  13. ^ Запись SAPS на TMEM267
  14. ^ Запись ELM для TMEM267
  15. ^ Запись продома на TMEM267
  16. ^ Спиральная проекция NetWheels для TMEM267
  17. ^ Запись MotifFinder на TMEM267
  18. ^ Хислоп Дж. Н., Марли А., фон Застров М. Роль белков-сортировщиков вакуолярных белков млекопитающих в эндоцитарном переносе неубиквитинированного рецептора, связанного с G-белком, в лизосомы. J Biol Chem 2004; 279: 22522–22531.[3]
  19. ^ ELM Деталь канонического аргининсодержащего фосфопептидного мотива
  20. ^ Информация IRF3
  21. ^ белок дельта-COP
  22. ^ Вирт, М., Чжан, В., Рази, М. и др. Молекулярные детерминанты, регулирующие избирательное связывание адаптеров и рецепторов аутофагии с белками ATG8. Нац Коммуна 10, 2055 (2019). [4]
  23. ^ Ромеро, Г., фон Застров, М., и Фридман, П. А. (2011). Роль белков PDZ в регулировании трафика, передачи сигналов и функции GPCR: средства, мотив и возможности. Успехи фармакологии (Сан-Диего, Калифорния), 62, 279–314. [5]
  24. ^ Детали ELM для LIG_Pex14
  25. ^ Запись ELM для TMEM267
  26. ^ Запись в Атласе белков человека на TMEM267
  27. ^ Прогноз PSORT для TMEM267
  28. ^ Изобилие белка PaxDb
  29. ^ Прогноз Чау-Фасмана для TMEM267
  30. ^ Прогноз GOR4 для TMEM267
  31. ^ Предсказание Phyre 2 для TMEM267
  32. ^ Запись в Атласе белков человека на TMEM267
  33. ^ CSS-Palm для TMEM267
  34. ^ Прогноз SUMOsp для TMEM267
  35. ^ GPS для TMEM267
  36. ^ Прогноз NetPhos для TMEM267
  37. ^ Прогноз NetACET для TMEM267
  38. ^ Прогноз NetGlycate для TMEM267
  39. ^ Прогноз YinOYang для TMEM267
  40. ^ NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) Запись AceView на C5orf28 [6]
  41. ^ NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) Запись AceView на C5orf28 [7]
  42. ^ Эльдорадо в GenoMatix MatInspector для TMEM267
  43. ^ NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) Запись AceView на C5orf28 [8]
  44. ^ Данные TimeTree о дате расхождения
  45. ^ Валентин, Меган Смит, «Полицистин-2 (PKD2), эксцентрик (XNTA) и мекелин (MKS3) в модельном организме с ресничками Paramecium tetraurelia» (2015). Диссертации и диссертации аспирантуры. 419. [9]
  46. ^ Тадесс, Давит. (2018). Сравнение выбранных параметрических и непараметрических статистических подходов для отбора генов-кандидатов в данных транскриптома. [10]
  47. ^ Хан, С., Ван, В., Дуань, Л., Хоу, З., Цзэн, Дж., Ли, Л.,… Цзян, Л. (2019). МикроРНК-профилирование пациентов со спорадическим дефектом межпредсердной перегородки. Биотехнология и биотехнологическое оборудование, 33 (1), 510–519. [11]
  48. ^ Сунь, Сяоянь и Сун, Чжэньхуа и Си, Явэй и Ван, Цзинь-Хуэй. (2018). Профили микроРНК и мРНК в вентральной тегментальной области, относящиеся к стресс-индуцированной депрессии и устойчивости. Прогресс нейропсихофармакологии и биологической психиатрии. 86.10.1016 [12]
  49. ^ Яо, З., Даровски, К., Сен-Дени, Н., Вонг, В., Оффенспергер, Ф., Вилледё, А.,… Стагляр, И. (2017). Глобальный анализ взаимодействия рецепторной тирозинкиназы и протеинфосфатазы. Молекулярная ячейка, 65 (2), 347–360. [13]
  50. ^ Xiong, M., Chen, L., Zhou, L., Ding, Y., Kazobinka, G., Chen, Z., & Hou, T. (2019). NUDT21 подавляет прогрессирование рака мочевого пузыря через ANXA2 и LIMK2 путем альтернативного полиаденилирования. Тераностика, 9 (24), 7156–7167. [14]
  51. ^ Reddy RB, Khora SS, Suresh A (2019) Молекулярные прогностические факторы в клинически и патологически различных когортах плоскоклеточного рака головы и шеи - подход к метаанализу. PLoS ONE 14 (7): e0218989. [15]
  52. ^ Скотто, Л., Нараян, Г., Нандула, С.В. и другие. Интегративный геномный анализ увеличения хромосомы 5p при раке шейки матки выявил сверхэкспрессированные гены-мишени, включая Дроша. Молекулярный рак 7, 58 (2008). [16]
  53. ^ Патенты Google