SNRPD3 - SNRPD3

SNRPD3
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1D3B, 3CW1, 3PGW, 3VRI, 4PJO, 4WZJ, 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	SNRPD3, SMD3, Sm-D3, полипептид малого ядерного рибонуклеопротеина D3
Внешние идентификаторы	OMIM: 601062 MGI: 1914582 ГомолоГен: 3078 Генные карты: SNRPD3
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q11.23 Начинать 24,555,958 бп[1] Конец 24,582,052 бп[1]
Генная онтология Молекулярная функция • связывание пре-мРНК гистонов с ДКП • Связывание U2 мяРНК • GO: 0001948 связывание с белками • связывание ферментов • Связывание мяРНК U7 • связывание теломеразной РНК • Связывание U1 snRNP • Связывание РНК Сотовый компонент • Белковый комплекс SMN-Sm • цитозоль • пресплицеосома • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • сплайсосомный три-мяРНП • U5 snRNP • Сплайсосомальный комплекс типа U12 • U2 snRNP • нуклеоплазма • метилосома • U7 snRNP • прекаталитическая сплайсосома • малый ядерный рибонуклеопротеидный комплекс • Белковый комплекс pICln-Sm • теломеразный холоферментный комплекс • сплайсосомальный комплекс • комплекс обязательств • U4 snRNP • внеклеточная экзосома • ядро клетки • U1 snRNP • цитоплазма • ядерное тело • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5 • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 • Каталитическая сплайсосома 2-го типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II • Обработка РНК • обработка мРНК • сборка сплайсосомального комплекса • Сплайсинг РНК • метаболический процесс мРНК гистонов • метилирование белков • ядерный импорт • сплайсосомная сборка snRNP Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	6634	67332
Ансамбль	ENSG00000100028	ENSMUSG00000020180
UniProt	P62318	P62320
RefSeq (мРНК)	NM_001278656 NM_004175	NM_026095
RefSeq (белок)	NP_001265585 NP_004166	NP_080371
Расположение (UCSC)	Chr 22: 24,56 - 24,58 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Малый ядерный рибонуклеопротеин Sm D3 это белок что у людей кодируется SNRPD3 ген.^[4][5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к семейству белков ядра малых ядерных рибонуклеопротеидов. Он необходим для сплайсинга пре-мРНК и биогенеза малых ядерных рибонуклеопротеидов.^[6]

Взаимодействия

SNRPD3 показал себя взаимодействовать с:

• CDC5L,^[7]
• CLNS1A,^[8]
• DDX20,^[9] и
• Белок аргининметилтрансфераза 5.^[8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000100028 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Lehmeier T, Foulaki K, Lührmann R (январь 1991 г.). «Доказательства наличия трех различных белков D, которые по-разному реагируют с аутоантителами против Sm, в ядрах основных snRNPs U1, U2, U4 / U6 и U5». Нуклеиновые кислоты Res. 18 (22): 6475–84. Дои:10.1093 / nar / 18.22.6475. ЧВК  332598. PMID  1701240.
5. Лемайер Т., Рейкер В., Херманн Х., Люрманн Р. (январь 1995 г.). «Клонирование кДНК белков D2 и D3 Sm из малых ядерных рибонуклеопротеинов человека: доказательства прямого взаимодействия D1-D2». Proc Natl Acad Sci U S A. 91 (25): 12317–21. Дои:10.1073 / пнас.91.25.12317. ЧВК  45428. PMID  7527560.
6. «Ген Entrez: малый ядерный рибонуклеопротеин D3 SNRPD3, полипептид 18 кДа».
7. Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». EMBO J. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ЧВК  305846. PMID  11101529.
8. Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (декабрь 2001 г.). «Метилосома, комплекс 20S, содержащий JBP1 и pICln, производит диметиларгинин-модифицированные белки Sm». Мол. Клетка. Биол. 21 (24): 8289–300. Дои:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. ЧВК  99994. PMID  11713266.
9. Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.

дальнейшее чтение

• Лю Кью, Фишер У., Ван Ф., Дрейфус Дж. (1997). «Продукт гена мышечной атрофии позвоночника, SMN, и связанный с ним белок SIP1 находятся в комплексе со сплайсосомными белками snRNP». Клетка. 90 (6): 1013–21. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80367-0. PMID  9323129.
• Ярость М.Г., Чжан В., Христодулопулос И., Зиеве Г.В. (1998). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками snRNP». Exp. Cell Res. 237 (1): 63–9. Дои:10.1006 / excr.1997.3750. PMID  9417867.
• Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (1999). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки spliceosomal snRNPs». Клетка. 96 (3): 375–87. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80550-4. PMID  10025403.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (2000). «Gemin3: новый белок мертвого ящика, который взаимодействует с Smn, продуктом гена спинной мышечной атрофии и является компонентом драгоценных камней». J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Йонг Дж., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (2000). «Gemin4: новый компонент комплекса Smn, который содержится как в драгоценных камнях, так и в ядрышках». J. Cell Biol. 148 (6): 1177–86. Дои:10.1083 / jcb.148.6.1177. ЧВК  2174312. PMID  10725331.
• Брамс Х., Раймакерс Дж., Юнион А, де Кейзер Ф., Мехеус Л., Люрманн Р. (2000). «С-концевые дипептидные повторы RG сплайсосомных белков Sm D1 и D3 содержат симметричные диметиларгинины, которые образуют главный B-клеточный эпитоп для аутоантител против Sm». J. Biol. Chem. 275 (22): 17122–9. Дои:10.1074 / jbc.M000300200. PMID  10747894.
• Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (2001). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». EMBO J. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ЧВК  305846. PMID  11101529.
• Урлауб Х., Рейкер В.А., Костка С., Люрманн Р. (2001). «Взаимодействие белка Sm с сайтом РНК Sm внутри внутреннего кольца сплайсосомной основной структуры snRNP». EMBO J. 20 (1–2): 187–96. Дои:10.1093 / emboj / 20.1.187. ЧВК  140196. PMID  11226169.
• Friesen WJ, Massenet S, Paushkin S, Wyce A, Dreyfuss G (2001). «SMN, продукт гена спинальной мышечной атрофии, связывается преимущественно с диметиларгинин-содержащими белками-мишенями». Мол. Клетка. 7 (5): 1111–7. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00244-1. PMID  11389857.
• Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2001). «Метилосома, комплекс 20S, содержащий JBP1 и pICln, производит диметиларгинин-модифицированные белки Sm». Мол. Клетка. Биол. 21 (24): 8289–300. Дои:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. ЧВК  99994. PMID  11713266.
• Губиц А.К., Мурелатос З., Абель Л., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (2002). «Gemin5, новый компонент белка с повтором WD в комплексе SMN, который связывает белки Sm». J. Biol. Chem. 277 (7): 5631–6. Дои:10.1074 / jbc.M109448200. PMID  11714716.
• Meister G, Eggert C, Bühler D, Brahms H, Kambach C, Fischer U (2002). «Метилирование белков Sm комплексом, содержащим PRMT5 и предполагаемый фактор сборки U snRNP pICln». Curr. Биол. 11 (24): 1990–4. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00592-9. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-F501-7. PMID  11747828.
• Пеллиццони Л., Баккон Дж., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (2002). «Очистка естественного выживания комплексов мотонейронов и идентификация Gemin6 как нового компонента». J. Biol. Chem. 277 (9): 7540–5. Дои:10.1074 / jbc.M110141200. PMID  11748230.
• Friesen WJ, Wyce A, Paushkin S, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2002). «Новый компонент повторяющегося белка WD метилосомы связывает белки Sm». J. Biol. Chem. 277 (10): 8243–7. Дои:10.1074 / jbc.M109984200. PMID  11756452.
• Фонг YW, Чжоу Q (2002). «Стимулирующее действие факторов сплайсинга на удлинение транскрипции». Природа. 414 (6866): 929–33. Дои:10.1038 / 414929a. PMID  11780068.
• Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х, Манн М., Ламонд А. И. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID  11790298.
• Юрица М.С., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.Р., Григорьев Н., Мур М.Дж. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Баккон Дж., Пеллиццони Л., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (2002). «Идентификация и характеристика Gemin7, нового компонента выживания комплекса двигательных нейронов». J. Biol. Chem. 277 (35): 31957–62. Дои:10.1074 / jbc.M203478200. PMID  12065586.