SMCO3 - SMCO3

SMCO3
Идентификаторы
ПсевдонимыSMCO3, C12orf69, однопроходный мембранный белок с доменами coiled-coil 3
Внешние идентификаторыMGI: 2443451 ГомолоГен: 79087 Генные карты: SMCO3
Расположение гена (человек)
Хромосома 12 (человек)
Chr.Хромосома 12 (человек)[1]
Хромосома 12 (человек)
Геномное расположение SMCO3
Геномное расположение SMCO3
Группа12п12.3Начинать14,804,650 бп[1]
Конец14,814,182 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001013698

NM_001039558

RefSeq (белок)

NP_001013720

NP_001034647

Расположение (UCSC)Chr 12: 14,8 - 14,81 МбChr 6: 136,83 - 136,84 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Однопроходная мембрана и белок, содержащий домен спиральной спирали 3 белок, который кодируется у человека SMCO3 ген.

Ген

Расположение SMCO3 на хромосоме 12.

Псевдонимы

SMCO3 имеет 2 псевдонима: C12orf69 и LOC440087.

Место расположения

SMCO3 находится на отрицательной стороне хромосома 12 (12p12.3) и охватывает 10 460 пар оснований (chr12: 14 803 723-14 814 182).[5] Он имеет 2 экзона, фланкирующих один интрон.[5]

Gene Neighborhood

SMCO3 между WW домен связывающий белок 11 (WBP11) и Экто-АДФ-рибозилтрансфераза 4 (ART4) на минусовой нити и перекрывается с C12orf60 на плюсовой нити.[6] Есть только одна изоформа этого гена.

Выражение

SMCO3 в очень низких количествах экспрессируется в нескольких различных тканях человека, включая шейку матки, соединительную ткань, глаза, легкие и простату.[7] Это высшее выражение SMCO3 наблюдается в почках, печени и селезенке.[8] SMCO3 также экспрессируется на более высоких уровнях при раке, особенно хондросаркома и светлоклеточная почечно-клеточная карцинома.[7][9] SMCO3 экспрессия наблюдается только у плода и взрослого, а не в эмбриоидных телах, бластоцисты, младенцы и подростки стадии развития.[7]

Выражение SMCO3 похоже, зависит от вида, с Mus musculus гомолог SMCO3 выражается на гораздо более высоких уровнях в глазах по сравнению с людьми.

Промоутер

Промоутерский регион SMCO3 имеет длину 1100 пар оснований и начинается с 961 пары оснований перед 5'-UTR, причем конец промотора полностью перекрывает первый экзон.[10]

Варианты

Существует 2152 известных варианта нуклеотидного уровня, 27 из которых являются синонимичными. однонуклеотидный полиморфизм.[11] Подавляющее большинство однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) происходит внутри интрона, и только четверть встречающихся транслируемых областей. Нет SMCO3 известно, что варианты связаны с любым заболеванием.

Область, крайКоличество SNP% SNP
3 'UTR29913.9%
5 'UTR16<1%
Экзоны23410.8%
Интрон160374.5%

мРНК

Предсказанная структура петля-стержень 5 'UTR SMCO3.

Варианты соединения

В мРНК стенограмма SMCO3 имеет длину 2104 пары оснований. Нет вариантов мРНК SMCO3[12].

Регулирование

Промотор SMCO3 имеет много сайтов связывания факторов транскрипции, включая хрящевой гомеопротеин 1, белки, связывающие цАМФ-чувствительный элемент, семейство PAR / bZIP и фактор белка, связывающего TATA позвоночных.

Протеин

Общие свойства

SMCO3 состоит из 225 аминокислот с предполагаемой молекулярной массой 24,9.[13] Это слегка базовый белок с прогнозируемым изоэлектрическая точка из 8.3.[14]

Сочинение

SMCO3 сравнительно обогащен лизин и сравнительно беден пролин и фенилаланин по сравнению с другими белками человека.[15] SMCO3 содержит несколько длинных незаряженных сегментов, но не имеет значительно заряженных сегментов. Несмотря на то, что трансмембранный белок нет ни существенно гидрофобных областей, ни каких-либо существенно гидрофильных областей.[15]

Домены и мотивы

SMCO3 имеет единственный домен, DUF4344 (aa15: 221), который в настоящее время не охарактеризован.[16] C12orf60 также содержит этот домен. Он содержит одну трансмембранную область (аа155-175) и две области спиральной спирали (аа62-92, аа183-207).[17] В C-конец SMCO3 содержит KKXX-подобный мотив, предполагающий эндоплазматический ретикулум локализация.[18]

Прогнозируемая структура SMCO3, созданная с помощью iTasser и PYMOL.

Структура

Вторичная структура SMCO3 состоит из нескольких α-спиралей и одной β-гофрированный лист перемежается с неупорядоченными спиральная катушка регионы.[19] в ортологах SMCO3 аналогично обнаруживается вторичная структура с преобладанием альфа-спиралей. Нет дисульфидные мостики предсказано в третичная структура.[20]

Биохимическая функция

Функция белка SMCO3 в настоящее время неизвестна.

Посттрансляционные модификации

N-конец SMCO3 отщепляется, первый остаток метионина удаляется и N-конец ацетилированный для повышения стабильности.[21] Кроме того, есть несколько сайтов, которые, вероятно, фосфорилированы, и один N-связанное гликозилирование сайт, типичный для ER интегральные мембранные белки.[22] В отличие от типичных интегральных мембранных белков ЭПР в нем нет аминокислот. сигнальная последовательность.[23][24]

Субклеточная локализация

SMCO3 содержит трансмембранный домен (аа155-175). Кроме того, KKXX-подобный мотив позволяет предположить, что это интегральный мембранный белок эндоплазматического ретикулума.[18]

Взаимодействующие белки

Двухгибридные анализы показали, что SMCO3 взаимодействует с пятью белками: FUS РНК-связывающим белком (FUS), митоген-активированная протеинкиназа 9 (MAPK9), субъединица STN1 комплекса CST (OBFC1), протеинфосфатаза 2 каталитическая субъединица альфа (PPP2CA) и трехчастный мотив, содержащий 39 (TRIM39).[25] Однако неизвестно, принимает ли он участие в каком-либо пути, хотя структура указывает на то, что он принимает участие во взаимодействиях белок-белок.[26] PP2CA, OBFC1, FUS1 и MAPK9 либо вовлечены в рак, либо имеют измененную экспрессию при раке, что предполагает, что SMCO3 может быть полезен в качестве eQTL для некоторых видов рака.

Клиническое значение

Мутации

Было предсказано, что только 3,4% SNP являются вредоносными, ни один из них не имел клинического значения.[27]

Ассоциации болезней

GWAS не выявил значимых ассоциаций SMCO3 с какой-либо болезнью или особенностями. SMCO3 не известно, причастен к какой-либо болезни. SMCO3 выражается на более высоких уровнях при некоторых видах рака, особенно хондросаркома и светлоклеточная почечно-клеточная карцинома.[7][9]

Эволюция

Сохранение

Сравнение расхождения аминокислотных последовательностей белков и времени расхождения, измеренного миллионами лет до самого последнего общего предка (MRCA). Скорректированный% расхождения последовательностей (m) измеряют по отношению к человеческой последовательности. CYCS [цитохом C], FGA [альфа-цепь фибриногена], SMCO3 [однопроходная мембрана и белок 3, содержащий домен спиральной спирали].

Аминокислотная последовательность SMCO3 высоко консервативна по сравнению с другими белками человека. Уровни дивергенции последовательностей значительно ниже, чем ожидалось, даже по сравнению с белками, о которых известно, что они имеют низкие уровни дивергенции последовательностей со временем.

Гомология

SMCO3 в основном сохраняется в амниот. Ортологи были обнаружены у многих млекопитающих, рептилий и птиц.[28] Ближайший ортолог находится в Пан троглодиты и имеет сходство последовательностей 99,7%. Более далекие гомологи также были идентифицированы у нескольких избранных. костлявая рыба но ортологов в хрящевые рыбы, насекомые или другие беспозвоночные. Паралогов SMCO3 у человека не обнаружено.[28]

РазновидностьРаспространенное имяРасчетное время расхождения (MYA)Регистрационный номер NCBIДлина последовательности (аа)Идентичность последовательности (%)
Homo sapiensЛюди0XP_016874801.1225100
Rhinopithecus roxellanaЗолотая курносая обезьяна29.44XP_010366768.122594.7
Oryctolagus cuniculusЕвропейский кролик90XP_002712692.122591.1
Delphinapterus leucasКит белуга96XP_022433365.122592.0
Phascolarctos cinereusКоала159XP_020849872.122580
Pygoscelis adeliaeПингвин адалии312XP_009320673.122559.6
Анолис каролинскийЗеленый анол312XP_016849216.122753.8
Lepisosteus oculatusПятнистый Гар435XP_015199541.121539.9

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000179256 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000043298 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б «Генные карты SMCO3». www.genecards.org. Получено 2019-05-05.
  6. ^ "Однопроходный мембранный белок с доменами спиральной спирали 3 [Homo sapiens] NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  7. ^ а б c d "Профиль EST - Hs.220931". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  8. ^ «Тканевая экспрессия SMCO3 - Основные данные - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2019-05-05.
  9. ^ а б "GDS4282 / 237484_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  10. ^ "Геноматикс: Эльдорадо". www.genomatix.de. Получено 2019-05-05.
  11. ^ "SMCO3 (ENSG00000179256) Homo sapiens: браузер генома ансамбля". uswest.ensembl.org. Получено 2019-02-26.
  12. ^ «AceView: Gene: C12orf69, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  13. ^ «SMCO3 - Белок, содержащий однопроходную мембрану и домен спиральной спирали 3 - Homo sapiens (Человек) - Ген и белок SMCO3». www.uniprot.org. Получено 2019-02-26.
  14. ^ "ExPASy: инструмент вычисления pI / Mw". web.expasy.org. Получено 2019-05-05.
  15. ^ а б «Статистический анализ белковых последовательностей (EMBL-EBI)». www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-05.
  16. ^ «Однопроходный мембранный белок SMCO3 с доменами 3 спиральной спирали [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  17. ^ «SMCO3 - Белок, содержащий однопроходную мембрану и домен спиральной спирали 3 - Homo sapiens (Человек) - ген и белок SMCO3». www.uniprot.org. Получено 2019-05-05.
  18. ^ а б "WWW-сервер PSORT". psort.hgc.jp. Получено 2019-05-05.
  19. ^ «Инструментарий биоинформатики». toolkit.tuebingen.mpg.de. Получено 2019-05-05.
  20. ^ «iCn3D: веб-средство просмотра трехмерных структур». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-04-22.
  21. ^ "Terminus: N-term PTM Prediction".
  22. ^ "Сервер NetNGlyc 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  23. ^ «Сервер TargetP 1.1». www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  24. ^ «Сервер Сигнал-П 5.0».
  25. ^ "Нить".
  26. ^ "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk. Получено 2019-04-22.
  27. ^ «Дом - СНП - НЦБИ». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-04-22.
  28. ^ а б "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.