15 СЕН - SEP15

СЕЛЕНОФ
Идентификаторы
Псевдонимы	СЕЛЕНОФ, селенопротеин F, SEP15
Внешние идентификаторы	OMIM: 606254 MGI: 1927947 ГомолоГен: 3145 Генные карты: СЕЛЕНОФ
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п22.3 Начните 86,862,445 бп[1] Конец 86,914,424 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 H2 Начните 144,570,304 бп[2] Конец 144,597,680 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • селеновое связывание • GO: 0001948 связывание с белками Сотовый компонент • эндоплазматический ретикулум • просвет эндоплазматического ретикулума Биологический процесс • Посттрансляционный фолдинг белка de novo Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	9403	93684
Ансамбль	ENSG00000183291	ENSMUSG00000037072
UniProt	O60613	Q9ERR7
RefSeq (мРНК)	NM_004261 NM_203341	NM_053102
RefSeq (белок)	NP_004252 NP_976086	NP_444332
Расположение (UCSC)	Chr 1: 86.86 - 86.91 Мб	Chr 3: 144,57 - 144,6 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Селенопротеин 15 кДа это белок что у людей кодируется 15 СЕН ген.^[5] Два альтернативно соединенных варианта транскрипта, кодирующие разные изоформы были обнаружены для этого гена.

Функция

Этот ген кодирует селенопротеин, который содержит селеноцистеин (Sec) остаток на его активном сайте. Селеноцистеин кодируется UGA кодон это обычно сигнализирует о прекращении трансляции. 3 'UTR генов селенопротеинов имеют общий стебель-петля структура, последовательность вставки sec (SECIS ), что необходимо для распознавания UGA в качестве кодона Sec, а не в качестве стоп-сигнала. Исследования на мышах показывают, что этот селенопротеин может иметь редокс функции и могут участвовать в контроле качества сворачивание белка.^[5]

Клиническое значение

Этот ген локализован на хромосоме 1p31, генетическом локусе, который обычно мутирует или удаляется при раке человека.^[5]

Белковый домен

15 сентября
Структура решения SelM от Mus musculus
Идентификаторы
Символ	15 сентября_SelM
Pfam	PF08806
ИнтерПро	IPR014912
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Белок, кодируемый этим геном, часто называют 15 сентября однако в случае мышей, это называется SelM. Этот белок представляет собой селенопротеин только найдено в эукариоты. У этого домена есть тиоредоксин -подобно домен и доступная поверхность активный сайт редокс мотив.^[6] Это говорит о том, что они действуют как тиоловыедисульфид изомеразы участвует в дисульфидном связь формирование в эндоплазматический ретикулум.^[6]

Функция

Недавние исследования показали, что на мышах ген SEP15 был замолчать впоследствии мыши стали испытывать дефицит SEP15 и были способны ингибировать развитие колоректального рака.^[7]

Структура

Конкретная структура имеет альфа / бета центральный домен, который фактически состоит из трех альфа спирали и смешанный параллельный / антипараллельный четырехцепочечный бета-лист.^[6]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000183291 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037072 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Ген Entrez: селенопротеин 15 кДа SEP15".
6. Фергюсон А.Д., Лабунский В.М., Фоменко Д.Е., Арак Д., Челлия Й., Амезкуа К.А., Ризо Дж., Гладышев В.Н., Дайзенхофер Дж. (Февраль 2006 г.). «Структуры ЯМР селенопротеинов Sep15 и SelM показывают окислительно-восстановительную активность нового семейства тиоредоксиноподобных». Журнал биологической химии. 281 (6): 3536–43. Дои:10.1074 / jbc.M511386200. PMID  16319061.
7. Tsuji PA, Naranjo-Suarez S, Carlson BA, Tobe R, Yoo MH, Davis CD (сентябрь 2011 г.). «Дефицит селенопротеина 15 кДа подавляет рост клеток рака толстой кишки человека». Питательные вещества. 3 (9): 805–17. Дои:10.3390 / nu3090805. ЧВК  3257736. PMID  22254125.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Гладышев В.Н., Джанг К.Т., Вуттон Дж.С., Хэтфилд Д.Л. (апрель 1998 г.). «Новый селен-содержащий белок человека. Очистка, характеристика и последовательность кДНК». Журнал биологической химии. 273 (15): 8910–5. Дои:10.1074 / jbc.273.15.8910. PMID  9535873.
• Кумарасвами Э., Малых А., Коротков К.В., Козявкин С., Ху Ю., Квон С.Ю., Мустафа М.Э., Карлсон Б.А., Берри М.Дж., Ли Б.Дж., Хэтфилд Д.Л., Даймонд А.М., Гладышев В.Н. (ноябрь 2000). «Взаимосвязь между структурой и экспрессией гена селенопротеина 15 кДа. Возможная роль белка в этиологии рака». Журнал биологической химии. 275 (45): 35540–7. Дои:10.1074 / jbc.M004014200. PMID  10945981.
• Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Обермайер Б., Тампе Дж., Хойбнер Д., Вамбутт Р., Корн Б., Кляйн М., Поустка А. (март 2001 г.). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Геномные исследования. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК  311072. PMID  11230166.
• Коротков К.В., Кумарасвами Э., Чжоу Ю., Хэтфилд Д.Л., Гладышев В.Н. (май 2001 г.). «Связь между селенопротеином 15 кДа и UDP-глюкозой: гликопротеин-глюкозилтрансферазой в эндоплазматическом ретикулуме клеток млекопитающих». Журнал биологической химии. 276 (18): 15330–6. Дои:10.1074 / jbc.M009861200. PMID  11278576.
• Кумарасвами Э., Коротков К.В., Даймонд А.М., Гладышев В.Н., Хэтфилд Д.Л. (2002). «Генетический и функциональный анализ селенопротеина Sep15 млекопитающих». Белковые сенсоры и активные формы кислорода - Часть A: Селенопротеины и тиоредоксин. Методы в энзимологии. 347. С. 187–97. Дои:10.1016 / S0076-6879 (02) 47017-6. ISBN  978-0-12-182248-4. PMID  11898406.
• Wu HJ, Lin C, Zha YY, Yang JG, Zhang MC, Zhang XY, Liang X, Fu M, Wu M (февраль 2003 г.). «[Редокс-реакции 15 сентября и их связь с развитием опухоли]». AI Zheng = Aizheng = Китайский журнал рака. 22 (2): 119–22. PMID  12600282.
• Геваерт К., Гётальс М., Мартенс Л., Ван Дамм Дж., Стаес А., Томас Г. Р., Вандекеркхове Дж. (Май 2003 г.). «Изучение протеомов и анализ процессинга белков с помощью масс-спектрометрической идентификации отсортированных N-концевых пептидов». Природа Биотехнологии. 21 (5): 566–9. Дои:10.1038 / nbt810. PMID  12665801.
• Апостолоу С., Кляйн Дж.О., Мицуучи Ю., Шетлер Дж. Н., Пуликакос П.И., Джанвар С.К., Крюгер В.Д., Теста Дж. Р. (июнь 2004 г.). «Подавление роста и индукция апоптоза в клетках мезотелиомы селеном и зависимость от генотипа селенопротеина SEP15». Онкоген. 23 (29): 5032–40. Дои:10.1038 / sj.onc.1207683. PMID  15107826.
• Wellenreuther R, Schupp I, Poustka A, Wiemann S (июнь 2004 г.). «SMART-амплификация в сочетании с фракционированием кДНК по размеру для получения больших полноразмерных клонов». BMC Genomics. 5 (1): 36. Дои:10.1186/1471-2164-5-36. ЧВК  436056. PMID  15198809.