Рон Шамир - Ron Shamir

Рон Шамир
Рон Шамир.jpg
Родившийся (1953-11-29) 29 ноября 1953 г. (67 лет)
Иерусалим, Израиль
НациональностьИзраильский
Альма-матерТель-Авивский университет
Еврейский университет Иерусалима
Калифорнийский университет
ИзвестенЦентр биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры
Тель-авивский университет B.Sc. программа в Биоинформатика
Программное обеспечение расширителя[нужна цитата ]
Награды
  • Премия Майкла Ландау в области биоинформатики (2011)
  • Член ISCB (2012)[1]
Научная карьера
ПоляБиоинформатика
Разработка и анализ алгоритмов
Алгоритмический теория графов
УчрежденияТель-авивский университет
Школа компьютерных наук им. Блаватника
ДокторантРичард М. Карп
Илан Адлер[2]
Интернет сайтwww.cs.тау.ac.il/ ~ rshamir/

Рон Шамир (иврит: רון שמיר; родился 29 ноября 1953 г.) - израильский профессор Информатика известен своей работой в теория графов И в вычислительная биология. Он заведует кафедрой биоинформатики Раймонда и Беверли Саклер, а также является основателем и руководителем Центра биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры. Тель-авивский университет.

биография

Рон Шамир родился в Иерусалиме, Израиль в 1953 году, был старшим сыном Варды и Рафаэля Шамир. Семья его отца сефарадов жила в старом городе Иерусалима в течение более 400 лет. Родители его матери были пионерами, приехавшими из России в Израиль в Третья алия в начале 1920-х гг. У него есть две младшие сестры, Дафна и Гадит.

Шамир учился в Гимназия Рехавия, Иерусалим, на 12 лет. В старших классах он активно занимался разведкой и спортом; среди других достижений, он выиграл чемпионат средней школы Иерусалима в толкание ядра.

Шамир поступил на степень бакалавра наук. учеба по математике и физике в Тель-Авивский университет (1973–1975) и получил степень в Еврейский университет Иерусалима (1975–1977). Позже он получил степень магистра наук. учеба в исследование операций в Тель-Авивском университете под руководством Ури Йехиали, а затем присоединился к программе PhD на отделении IEOR Калифорнийский университет в Беркли, где учился с 1981–1984 гг. Его кандидатская диссертация была выполнена под руководством Ричард Карп и Илан Адлер.

Исследование

Ранние годы

Шамир начал свои исследования[3][4][5][6] карьера в области исследования операций, изучение проблем оптимизации, связанных с линейное программирование и к симплексный метод. Его докторская диссертация с Адлером и Карпом касалась анализа среднего случая Симплексный метод, и показал, что определенный вариант симплекса был квадратичным при простой модели входных данных.[7] Аналогичные результаты были получены одновременно Майклом Тоддом, Адлером и Нимрод Мегиддо. Позже он работал с Дорит С. Хохбаум по эффективным алгоритмам для задач структурированной оптимизации.[8]

Алгоритмическая теория графов

В начале 1990-х Шамир обратил внимание на алгоритмические теория графов. Вместе со своим учеником Хаимом Капланом и Мартин Голумбик, он изучал задачи сэндвича с графами,[9] проблемы завершения графа и различные проблемы, связанные с интервальные графики.[10][11]Одна из его работ по проблеме интервальной выполнимости позже была применена к исследованию Физическое картирование ДНК;[12] это ознаменовало его введение в сферу вычислительная биология.

Биоинформатика

Шамир использовал свой опыт в теории графов для разработки алгоритмы кластеризации для анализа экспрессия гена проблемы. Его первая работа в этой области с Эрезом Хартувом представила Алгоритм кластеризации HCS.[13] Его алгоритм CAST с Зохаром Яхини и Амиром Бен-Дором был опубликован в 1999 году.[14] и привлек большое внимание биоинформатического сообщества; методы, описанные в статье, стали популярными для анализа геномных данных. Алгоритм кластеризации CLICK[15] с Roded Sharan и алгоритмом SAMBA с Amos Tanay и Roded Sharan для бикластеризация[16] широко используются.

Шамир расширил свои исследования, включив в него дополнительные аспекты биоинформатики, такие как анализ биологические сети,[17][18] перестройки генома,[19] мотив последовательности находка[20][21] и транскрипционная регуляция.[22][23]Многие инструменты, разработанные в его лаборатории, доступны как часть пакета EXPANDER,[6] который обеспечивает интегрированную среду для анализа биологических данных с высокой пропускной способностью.

Текущее исследование Шамира сосредоточено на интегративном анализе гетерогенных биомедицинских данных с высокой пропускной способностью, перестройках генома при раке и регуляции генов.

Дополнительные мероприятия

Шамир входил в состав учредительного руководящего комитета собрания РЕКОМБ,[24] ведущая теоретическая конференция по биоинформатике и проработала на ней тринадцать лет. Он стал соучредителем Израильского общества биоинформатики и вычислительной биологии и был президентом общества с 2004 по 2006 год. Он возглавляет Центр биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры при Тель-Авивском университете и возглавляет кафедру Раймонда и Беверли Саклер по биоинформатике .[25] Шамир также уделяет время обучению в области биоинформатики. Он разработал обширные конспекты лекций, которые широко используются в области вычислительной геномики (алгоритмы молекулярной биологии) и анализа экспрессии генов, ДНК-чипов и генных сетей. Он основал совместную программу бакалавриата наук о жизни / информатики по биоинформатике в Тель-Авивском университете; он преподает основные курсы программы и руководил многими магистрами наук. и к.т.н. студенты. Он также был одним из редакторов книги «Биоинформатика для биологов».[26] с Павел Александрович Певзнер.

Награды и отличия

Личная жизнь

Шамир женат на Михале Орен-Шамире.[когда? ] У них трое сыновей: Алон, Иттай и Йоав. Они живут в Реховот, Израиль.[нужна цитата ]

Рекомендации

  1. ^ а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB». iscb.org. Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинал на 20.03.2017.
  2. ^ Рон Шамир на Проект "Математическая генеалогия"
  3. ^ Бен-Дор, А .; Шамир, Р .; Яхини, З. (1999), "Кластеризация паттернов экспрессии генов", Журнал вычислительной биологии, 6 (3–4): 281–297, CiteSeerX  10.1.1.34.5341, Дои:10.1089/106652799318274, PMID  10582567
  4. ^ Шаран, Р .; Марон-Кац, А .; Шамир, Р. (2000), "ЩЕЛЧОК: алгоритм кластеризации с приложениями к анализу экспрессии генов", Интеллектуальные системы в молекулярной биологии - ISMB, 19 (14): 307–316, CiteSeerX  10.1.1.126.8500, Дои:10.1093 / биоинформатика / btg232, PMID  14512350.
  5. ^ Шаран, Р .; Марон-Кац, А .; Шамир, Р. (2003), «ЩЕЛЧОК и РАСШИРЕНИЕ: система для кластеризации и визуализации данных экспрессии генов», Биоинформатика, 19 (14): 1787–1799, CiteSeerX  10.1.1.126.8500, Дои:10.1093 / биоинформатика / btg232, PMID  14512350
  6. ^ а б Улицкий, Игорь; Марон-Кац, Ади; Шавит, Чайка; Сагир, Дорит; Линхарт, Хаим; Элкон, Ран; Танай, Амос; Шаран, Родед; Шайло, Йосеф; Шамир, Рон (2010), «Expander: от экспрессионных микромассивов к сетям и функциям», Протоколы природы, 5 (2): 303–22, Дои:10.1038 / nprot.2009.230, PMID  20134430, S2CID  3504270
  7. ^ Адлер, Илан; Карп, Ричард М .; Шамир, Рон (1987), "Симплексный вариант решения линейной программы m × d за O (min (m ^ 2, d ^ 2)) ожидаемого числа шагов поворота", Журнал сложности, 3 (4): 372–387, Дои:10.1016 / 0885-064X (87) 90007-0
  8. ^ Хохбаум, Дорит С.; Шамир, Рон (1991). «Сильно полиномиальные алгоритмы для задачи расписания с высокой кратностью». Исследование операций. 39 (4): 648–653. Дои:10.1287 / opre.39.4.648. ISSN  0030-364X.
  9. ^ Голумбик, Мартин Чарльз; Каплан, Хаим; Шамир, Рон (1995), "Задачи графического сэндвича", Журнал алгоритмов, 19 (3): 449–473, CiteSeerX  10.1.1.12.8158, Дои:10.1006 / jagm.1995.1047
  10. ^ Каплан, Хаим; Шамир, Рон (1996), "Проблемы с пропускной способностью, пропускной способностью и завершением для правильных интервальных графов с небольшими кликами", SIAM Журнал по вычислениям, 25 (3): 540–561, CiteSeerX  10.1.1.34.9275, Дои:10.1137 / S0097539793258143
  11. ^ Каплан, Хаим; Шамир, Рон; Тарджан, Роберт Э. (1999), "Управляемость параметризованных задач завершения на хордовых, строго хордовых и собственных интервальных графах", SIAM Журнал по вычислениям, 28 (5): 1906–1922, CiteSeerX  10.1.1.12.2803, Дои:10.1137 / S0097539796303044
  12. ^ Golumbic, M.C .; Kaplan, H .; Шамир Р. (1994), "О сложности физического картирования ДНК", Успехи в прикладной математике, 15 (3): 251–261, Дои:10.1006 / aama.1994.1009
  13. ^ Hartuv, E .; Шамир, Р. (2000), "Алгоритм кластеризации, основанный на связности графов", Письма об обработке информации, 76 (4–6): 175–181, CiteSeerX  10.1.1.17.1450, Дои:10.1016 / S0020-0190 (00) 00142-3
  14. ^ Бен-Дор, Амир; Шамир, Рон; Яхини, Зохар (1999), "Кластеризация паттернов экспрессии генов", Журнал вычислительной биологии, 6 (3–4): 281–97, CiteSeerX  10.1.1.34.5341, Дои:10.1089/106652799318274, PMID  10582567
  15. ^ Шаран, Р .; Шамир, Р. (2000), "ЩЕЛЧОК: алгоритм кластеризации с приложениями к анализу экспрессии генов", Труды ISMB '00, 8: 307–316 ° C, PMID  10977092
  16. ^ Tanay, A .; Шаран, Р .; Шамир, Р. (2000), «Обнаружение статистически значимых бикластеров в данных по экспрессии генов», Биоинформатика, 18 (1): S136 – S144, Дои:10.1093 / биоинформатика / 18.suppl_1.S136, PMID  12169541
  17. ^ Улицкий, И .; Шамир, Р. (2007), «Идентификация функциональных модулей с использованием сетевой топологии и данных с высокой пропускной способностью», BMC Systems Biology, 1 (8): 8, Дои:10.1186/1752-0509-1-8, ЧВК  1839897, PMID  17408515
  18. ^ Mueller, F.J .; Williams, R .; Костка, Д .; Laurent, L .; Улицкий, И .; Lu, C .; Rao, M.S .; Шамир, Р .; Schwartz, P.H .; Schmidt, N.O .; Лоринг, Дж. Ф. (2008), «Регуляторные сети определяют фенотипические классы линий стволовых клеток человека», Природа, 455 (7211): 401–405, Bibcode:2008Натура.455..401М, Дои:10.1038 / природа07213, ЧВК  2637443, PMID  18724358
  19. ^ Kaplan, H .; Шамир, Р .; Тарьян, Р. (1999), «Более быстрый и простой алгоритм сортировки перестановок со знаком по переворачиванию», SIAM Журнал по вычислениям, 29 (3): 880–892, CiteSeerX  10.1.1.43.5245, Дои:10.1137 / s0097539798334207
  20. ^ Elkon, R .; Linhart, C .; Шаран, Р .; Шамир, Р .; Шайло, Ю. (2003), "Идентификация in silico в масштабе всего генома регуляторов транскрипции, контролирующих клеточный цикл в клетках человека", Геномные исследования, 13 (5): 773–780, Дои:10.1101 / гр.947203, ЧВК  430898, PMID  12727897
  21. ^ Linhart, C .; Гальперин, Ю .; Шамир, Р. (2008), «Открытие фактора транскрипции и мотива микроРНК: платформа Amadeus и сборник наборов мишеней для многоклеточных животных», Геномные исследования, 18 (7): 1180–1189, Дои:10.1101 / гр.076117.108, ЧВК  2493407, PMID  18411406
  22. ^ Tanay, A .; Regev, A .; Шамир, Р. (2005), "Сохранение и возможность эволюции в регуляторных сетях: эволюция рибосомной регуляции у дрожжей", Труды Национальной академии наук США, 102 (20): 7203–7208, Bibcode:2005ПНАС..102.7203Т, Дои:10.1073 / pnas.0502521102, ЧВК  1091753, PMID  15883364
  23. ^ Belle, A .; Tanay, A .; Bitincka, L .; Шамир, Р .; О'Ши, Э. (2006), «Количественная оценка периода полужизни белка в протеоме почкующихся дрожжей», Труды Национальной академии наук США, 103 (35): 13004–9, Bibcode:2006ПНАС..10313004Б, Дои:10.1073 / pnas.0605420103, ЧВК  1550773, PMID  16916930
  24. ^ Руководящий комитет RECOMB, включая бывшего участника Рона Шамира. Доступ 12 января 2014 г.
  25. ^ http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Члены руководящего комитета Центра биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры
  26. ^ Певзнер, Павел; Шамир, Рон (2011), Биоинформатика для биологов, Издательство Кембриджского университета, ISBN  9781107648876
  27. ^ Шаран, Родед; Идекер, Трей; Келли, Брайан; Шамир, Рон; Карп, Ричард М. (июль 2005 г.). «Идентификация белковых комплексов путем сравнительного анализа данных взаимодействия белков дрожжей и бактерий». Журнал вычислительной биологии. 12 (6): 835–846. CiteSeerX  10.1.1.139.231. Дои:10.1089 / cmb.2005.12.835. ISSN  1066-5277. PMID  16108720.
  28. ^ Профиль участника ACM, Ассоциация вычислительной техники
  29. ^ Лауреаты премии РЕКОМБ. Доступ 12 января 2014 г.
  30. ^ Лауреаты Премии Ландау 2010 года В архиве 2011-10-08 на Wayback Machine (Иврит). Доступ 12 января 2014 г.
  31. ^ Кафедра Раймонда и Беверли Саклер в области биоинформатики обеспечила стулья. Доступ 12 января 2014 г.
  32. ^ Основные докладчики Интеллектуальной системы молекулярной биологии (ISMB), ISMB. По состоянию на 12 января 2014 г.