Справочные гены - Reference genes

В этой статье обсуждается конкретная тема референсных генов. Более общий список генов домашнего хозяйства см. гены домашнего хозяйства

Справочные гены находятся выразил во всех клетках организма при нормальных и патофизиологических условиях.[1][2][3][4] Хотя некоторые гены домашнего хозяйства (Такие как LDHA,[5] НЕТ НЕТ,[5] PGK1[5] и PPIH,[5]) экспрессируются на относительно постоянных уровнях в большинстве непатологических ситуаций, другие гены домашнего хозяйства могут варьироваться в зависимости от условий эксперимента.[6]Хотя термины «домашний ген» и «эталонный ген» используются в некоторой степени взаимозаменяемо, следует соблюдать осторожность при выборе генов для эталонных целей. Подходящие референсные гены должны стабильно экспрессироваться в конкретных экспериментальных условиях или интересующей ткани. [1]. Недавно появилась веб-база данных человек и мышь специфичные для клетки референсные гены / транскрипты, названные Атлас служебных и справочных записей (Атлас HRT), был разработан, чтобы предложить надежные эталонные гены / транскрипты для нормализации данных RT-qPCR [1].

Это список гены домашнего хозяйства и транскрипты, стабильно экспрессируемые в 52 тканях и типах клеток человека, которые могут быть использованы для справочных целей после эмпирической проверки: [1]

ГенАнсамбль №ОписаниеХромосома
AESENST00000309311Аминотерминальный усилитель расщепленияchr19
AP2M1ENST00000292807Адаптер-родственный белковый комплекс 2 субъединица mu 1chr3
BSGENST00000353555Басигин (Ок группа крови)chr19
CD59ENST00000395850Молекула CD59chr11
CSNK2BENST00000375882Казеин киназа 2 бетаchr6
EDF1ENST00000224073Фактор 1, связанный с эндотелиальной дифференцировкойchr9
EEF2ENST00000309311Фактор элонгации трансляции эукариот 2chr19
ГАБАРАПENST00000577035Белок, связанный с рецептором ГАМК типа Аchr17
PFDN5ENST00000334478Префолдин субъединица 5chr12
RHOAENST00000418115Член семейства гомологов Ras Achr3
убиквитин СENST00000546120Убиквитин Сchr12

HRT Атлас позволяет искать полный список надежных референсных генов и транскриптов для нормализации RT-qPCR более чем в 120 человек и мышь ткани или типы клеток. База данных также предлагает некоторые эмпирически подтвержденные праймеры и предсказанные модификаторы (болезнь и небольшие молекулы) экспрессии этих эталонных генов.

Ниже представлены гены, которые, вероятно, должны не использоваться для справочных целей: GUSB,[5] RPLP0,[5] TFRC,[5] GAPDH, HSP90, и β-актин. Хотя когда-то они считались «генами домашнего хозяйства», последние данные показывают, что они не так надежны, как считалось ранее.[1][2]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е Хункпе, Бидоссесси Вильфрид; Чену, Франсин; де-Лима, Франсьель; Де-Паула, Эрих Винисиус (14.07.2020). «База данных HRT Atlas v1.0: новое определение генов домашнего хозяйства человека и мыши и возможных эталонных транскриптов путем анализа массивных наборов данных RNA-seq». Исследования нуклеиновых кислот: gkaa609. Дои:10.1093 / нар / gkaa609. ISSN  0305-1048.
  2. ^ а б Айзенберг Э., Леванон Э.Ю. (октябрь 2013 г.). «Повторение генов домашнего хозяйства человека». Тенденции в генетике. 29 (10): 569–574. Дои:10.1016 / j.tig.2013.05.010. PMID  23810203.
  3. ^ Кон Бьютт, AJ .; и другие. (2001). «Дальнейшее определение домашнего хозяйства или« обслуживания »генов сосредоточено на« компендиуме экспрессии генов в нормальных тканях человека.'". Physiol. Геномика. 7 (2): 95–96. Дои:10.1152 / физиолгеномика.2001.7.2.95. PMID  11773595.
  4. ^ Zhu, J .; и другие. (2008). «О природе генов домашнего хозяйства человека». Тенденции в генетике. 24 (10): 481–484. Дои:10.1016 / j.tig.2008.08.004. PMID  18786740.
  5. ^ а б c d е ж грамм Quiagen. «RT2 Profiler PCR Array (96-луночный формат и 384-луночный формат»). Qiagen Каталожный № 330231 PAHS-00ZA.
  6. ^ Грир С., Ханивелл Р., Гелету М., Аруланандам Р., Раптис Л. (19 февраля 2010 г.). «Гены домашнего хозяйства; уровни экспрессии могут изменяться в зависимости от плотности культивируемых клеток». J Immunol методы. 355 (1–2): 76–9. Дои:10.1016 / j.jim.2010.02.006. PMID  20171969.