Rad50 - Rad50

Для компьютерной кодировки символов см. РАДИКС-50.

RAD50
Идентификаторы
Псевдонимы	RAD50, NBSLD, RAD502, hRad50, Rad50, RAD50 белок репарации двухцепочечных разрывов
Внешние идентификаторы	OMIM: 604040 MGI: 109292 ГомолоГен: 38092 Генные карты: RAD50
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 5 (человек)[1] Группа 5q31.1 Начинать 132,556,019 бп[1] Конец 132,646,349 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 B1.3 | 11 31.98 см Начинать 53,649,519 бп[2] Конец 53,707,319 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • связывание с белками, мостик • связывание нуклеотидов • GO: 0004003 ДНК-геликазная активность • связывание ионов металлов • эндодезоксирибонуклеазная активность одноцепочечной ДНК • АТФазная активность • GO: 0001948 связывание с белками • 3'-5 'экзонуклеазная активность • гидролазная активность • Связывание АТФ • связывание двухцепочечной теломерной ДНК • активность аденилаткиназы • Связывание с G-квадруплексом ДНК • связывание одноцепочечной теломерной ДНК Сотовый компонент • место двухцепочечного разрыва • мембрана • нуклеоплазма • хромосома • хромосома, теломерная область • ядерная хромосома, теломерная область • ядро клетки • ядерный хроматин • конденсированная ядерная хромосома • Комплекс МРЭ11 Биологический процесс • реципрокная мейотическая рекомбинация • Рекомбинация ДНК • поддержание теломер через теломеразу • положительная регуляция киназной активности • теломерное 3 'выступающее образование • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • положительная регуляция поддержания теломер • отрицательная регуляция кейпинга теломер • Раскрутка дуплекса ДНК • GO: 0007126 мейотический клеточный цикл • восстановление двухниточного разрыва • положительная регуляция аутофосфорилирования белков • клеточный цикл • GO: 0022415 вирусный процесс • восстановление двухниточного разрыва за счет негомологичного соединения концов • поддержание теломер • регуляция митотической рекомбинации • гидролиз фосфодиэфирной связи нуклеиновой кислоты • Репликация ДНК • Обработка двухцепочечных разрывов ДНК • поддержание теломер посредством рекомбинации • Синтез ДНК, участвующий в репарации ДНК • организация хромосом, вовлеченная в мейотический клеточный цикл • регуляция передачи сигнала медиатором класса p53 • фосфорилирование нуклеотидов • Ремонт ДНК • репарация двухцепочечных разрывов посредством гомологичной рекомбинации • смещение прядей • покрытие теломер • фосфорилирование нуклеозидмонофосфата Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10111	19360
Ансамбль	ENSG00000113522	ENSMUSG00000020380
UniProt	Q92878	P70388
RefSeq (мРНК)	NM_133482 NM_005732	NM_009012
RefSeq (белок)	NP_005723	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 5: 132,56 - 132,65 Мб	Chr 11: 53,65 - 53,71 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок репарации ДНК RAD50, также известный как RAD50, это белок что у людей кодируется RAD50 ген.^[5]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, очень похож на Saccharomyces cerevisiae Rad50, белок, участвующий в Двухцепочечный разрыв ДНК ремонт. Этот белок образует комплекс с MRE11 и NBS1 (также известный как Xrs2 в дрожжах). Этот Комплекс МРН (Комплекс MRX в дрожжах) связывается с разорванными концами ДНК и проявляет многочисленные ферментативные активности, которые необходимы для репарации двухцепочечных разрывов путем негомологичного соединения концов или гомологичной рекомбинации. Джин нокаут исследования мышиного гомолога Rad50 показывают, что он важен для роста и жизнеспособности клеток. Сообщалось о двух альтернативно сплайсированных вариантах транскрипта Rad50, которые кодируют разные белки.^[5]

Структура

Rad50 является членом семейства белков хромосом (SMC).^[6] Как и другие белки SMC, Rad50 содержит длинный внутренний спиральная катушка домен, который складывается назад, объединяя N- и C-концы вместе, чтобы сформировать глобулярный ABC АТФаза головной домен. Rad50 может димеризоваться как через свой головной домен, так и через мотив димеризации, связывающий цинк на противоположном конце спиральной спирали, известной как «цинковый крючок».^[7] Результаты атомно-силовой микроскопии предполагают, что в свободных комплексах Mre11-Rad50-Nbs1 цинковые крючки одного димера Rad50 объединяются, образуя замкнутую петлю, в то время как цинковые крючки отрываются при связывании ДНК, принимая конформацию, которая, как считается, позволяют закреплять разорванные концы ДНК с помощью цинкового крючка.^[8]

Взаимодействия

Rad50 был показан взаимодействовать с:

• BRCA1,^[9][10][11]
• MRE11A,^{[9][10][12][13][14]}
• NBN,^{[9][13][15][16]}
• RINT1,^[17]
• TERF2IP,^[18] и
• TERF2.^[18][19]

Эволюционное происхождение

Белок Rad50 в основном изучался у эукариот. Однако недавняя работа показала, что ортологи белка Rad50 также сохраняются в прокариотический археи где они, вероятно, функционируют в гомологичной рекомбинационной репарации.^[20] В гипертермофильном архоне Sulfolobus acidocaldarius белки Rad50 и Mre11 взаимодействуют и, по-видимому, играют активную роль в восстановлении повреждений ДНК, вызванных гамма-излучением.^[21] Эти находки предполагают, что эукариотический Rad50 может происходить от предкового архейного белка Rad50, который играет роль в гомологичной рекомбинационной репарации повреждений ДНК.

Болезни

Сообщается о дефиците RAD50 у пациентов с микроцефалией и низким ростом. Их клинический фенотип напоминал Синдром разрыва Неймегена. Клетки этих пациентов показали повышенную радиочувствительность с нарушенной реакцией на хромосомные разрывы. ^[22][23]

Смотрите также

• Комплекс МРН
• Гомологичная рекомбинация
• Mre11
• Синдром Неймегена

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000113522 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020380 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: RAD50 гомолог RAD50 (S. cerevisiae)».
6. Киношита Э, ван дер Линден Э, Санчес Х, Вайман С (2009). «RAD50, член семейства SMC с множеством ролей в репарации разрывов ДНК: как АТФ влияет на функцию?». Хромосома Res. 17 (2): 277–88. Дои:10.1007 / s10577-008-9018-6. ЧВК  4494100. PMID  19308707.
7. Хопфнер К.П., Крейг Л., Монкалян Дж., Зинкель Р.А., Усуи Т., Оуэн Б.А., Керхер А., Хендерсон Б., Бодмер Дж. Л., МакМюррей К. Т., Карни Дж. П., Петрини Дж. Х., Тайнер Дж. А. (август 2002 г.). «Цинковый крючок Rad50 - это структура, соединяющая комплексы Mre11 в процессе рекомбинации и репарации ДНК». Природа. 418 (6897): 562–6. Bibcode:2002Натура 418..562H. Дои:10.1038 / природа00922. PMID  12152085. S2CID  4414704.
8. Морено-Эрреро Ф., де Ягер М., Деккер Н.Х., Канаар Р., Вайман С., Деккер С. (сентябрь 2005 г.). «Мезомасштабные конформационные изменения в комплексе репарации ДНК Rad50 / Mre11 / Nbs1 при связывании ДНК». Природа. 437 (7057): 440–3. Bibcode:2005Натура.437..440М. Дои:10.1038 / природа03927. PMID  16163361. S2CID  4357195.
9. Ван И, Кортез Д., Язди П., Нефф Н., Элледж С. Дж., Цинь Дж. (2000). «BASC, суперкомплекс белков, связанных с BRCA1, участвующих в распознавании и восстановлении аберрантных структур ДНК». Genes Dev. 14 (8): 927–39. Дои:10.1101 / gad.14.8.927 (неактивно 11.10.2020). ЧВК  316544. PMID  10783165.
10. Чиба Н., Парвин Дж. Д. (2001). «Перераспределение BRCA1 среди четырех различных белковых комплексов после блокировки репликации». J. Biol. Chem. 276 (42): 38549–54. Дои:10.1074 / jbc.M105227200. PMID  11504724.
11. Чжун Кью, Чен С.Ф., Ли С., Чен И, Ван СС, Сяо Дж., Чен П.Л., Шарп З.Д., Ли У.Х. (1999). «Ассоциация BRCA1 с комплексом hRad50-hMre11-p95 и ответ на повреждение ДНК». Наука. 285 (5428): 747–50. Дои:10.1126 / science.285.5428.747. PMID  10426999.
12. Долганов GM, Мазер RS, Новиков A, Tosto L, Chong S, Bressan DA, Petrini JH (1996). «Человеческий Rad50 физически связан с человеческим Mre11: идентификация консервативного мультибелкового комплекса, участвующего в рекомбинационной репарации ДНК». Мол. Клетка. Биол. 16 (9): 4832–41. Дои:10.1128 / MCB.16.9.4832. ЧВК  231485. PMID  8756642.
13. Трухильо К.М., Юань С.С., Ли Э.Й., Сун П. (1998). «Нуклеазная активность в комплексе факторов рекомбинации и репарации ДНК человека Rad50, Mre11 и p95». J. Biol. Chem. 273 (34): 21447–50. Дои:10.1074 / jbc.273.34.21447. PMID  9705271.
14. Goedecke W, Eijpe M, Offenberg HH, van Aalderen M, Heyting C (1999). «Mre11 и Ku70 взаимодействуют в соматических клетках, но по-разному экспрессируются в раннем мейозе». Nat. Genet. 23 (2): 194–8. Дои:10.1038/13821. PMID  10508516. S2CID  13443404.
15. Cerosaletti KM, Concannon P (2003). «Связанный с нибриновой вилкой домен и С-концевой домен рака молочной железы необходимы для формирования ядерного фокуса и фосфорилирования». J. Biol. Chem. 278 (24): 21944–51. Дои:10.1074 / jbc.M211689200. PMID  12679336.
16. Desai-Mehta A, Cerosaletti KM, Concannon P (2001). «Определенные функциональные домены нибрина опосредуют связывание Mre11, формирование фокуса и ядерную локализацию». Мол. Клетка. Биол. 21 (6): 2184–91. Дои:10.1128 / MCB.21.6.2184-2191.2001. ЧВК  86852. PMID  11238951.
17. Сяо Дж., Лю СС, Чен П.Л., Ли У.Х. (2001). «RINT-1, новый белок, взаимодействующий с Rad50, участвует в радиационно-индуцированном контроле контрольных точек G (2) / M». J. Biol. Chem. 276 (9): 6105–11. Дои:10.1074 / jbc.M008893200. PMID  11096100.
18. О'Коннор М.С., Safari A, Лю Д., Цинь Дж., Сунъян З. (2004). «Белковый комплекс человека Rap1 и модуляция длины теломер». J. Biol. Chem. 279 (27): 28585–91. Дои:10.1074 / jbc.M312913200. PMID  15100233.
19. Zhu XD, Küster B, Mann M, Petrini JH, de Lange T (2000). «Регулируемая клеточным циклом ассоциация RAD50 / MRE11 / NBS1 с TRF2 и теломерами человека». Nat. Genet. 25 (3): 347–52. Дои:10.1038/77139. PMID  10888888. S2CID  6689794.
20. Белый MF (январь 2011 г.). «Гомологичная рекомбинация у архей: средства оправдывают цель». Biochem. Soc. Транс. 39 (1): 15–9. Дои:10.1042 / BST0390015. PMID  21265740. S2CID  239399.
21. Квайзер А, Константинеско Ф, Белый М. Ф., Фортер П, Эли С. (2008). «Белок Mre11 взаимодействует как с Rad50, так и с биполярной геликазой HerA и рекрутируется в ДНК после гамма-облучения в архее Sulfolobus acidocaldarius». BMC Mol. Биол. 9: 25. Дои:10.1186/1471-2199-9-25. ЧВК  2288612. PMID  18294364.
22. Уолтес Р., Калб Р., Гатеи М., Киджас А.В., Штумм М., Собек А., Виланд Б., Варон Р., Леренталь Ю., Лавин М.Ф., Шиндлер Д., Дёрк Т. (2009). «Дефицит RAD50 у человека при расстройстве, подобном синдрому разрыва Неймегена». Являюсь. J. Hum. Genet. 84 (5): 605–16. Дои:10.1016 / j.ajhg.2009.04.010. ЧВК  2681000. PMID  19409520.
23. Рагамин А., Йигит Дж., Буссет К., Беледжиа Ф., Верхейен Ф. В., де Вит М.Я., Стром TM, Дерк Т., Волльник Б., Манчини Г.М. (2020). «Дефицит RAD50 человека: подтверждение отличительного фенотипа». Являюсь. J. Med. Genet. 182 (6): 1378–86. Дои:10.1002 / ajmg.a.61570. ЧВК  7318339. PMID  32212377.

дальнейшее чтение

• Stracker TH, Theunissen JW, Моралес M, Петрини JH (2005). «Комплекс Mre11 и метаболизм хромосомных разрывов: важность общения и удержания вместе». Ремонт ДНК (Amst.). 3 (8–9): 845–54. Дои:10.1016 / j.dnarep.2004.03.014. PMID  15279769.
• Долганов Г.М., Мазер Р.С., Новиков А.А. и др. (1996). «Человеческий Rad50 физически связан с человеческим Mre11: идентификация консервативного мультибелкового комплекса, участвующего в рекомбинационной репарации ДНК». Мол. Клетка. Биол. 16 (9): 4832–41. Дои:10.1128 / MCB.16.9.4832. ЧВК  231485. PMID  8756642.
• Мазер RS, Монсен К.Дж., Нелмс Б.Е., Петрини Дж. Х. (1997). «Ядерные фокусы hMre11 и hRad50 индуцируются во время нормального клеточного ответа на двухцепочечные разрывы ДНК». Мол. Клетка. Биол. 17 (10): 6087–96. Дои:10.1128 / MCB.17.10.6087. ЧВК  232458. PMID  9315668.
• Карни Дж. П., Мазер Р. С., Оливарес Х. и др. (1998). «Белковый комплекс hMre11 / hRad50 и синдром разрыва Неймегена: связь репарации двухцепочечных разрывов с ответом на повреждение клеточной ДНК». Клетка. 93 (3): 477–86. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81175-7. PMID  9590181. S2CID  14548642.
• Паулл Т.Т., Геллерт М (1998). «Экзонуклеазная активность Mre 11 с 3 'на 5' способствует репарации двунитевых разрывов ДНК». Мол. Клетка. 1 (7): 969–79. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80097-0. PMID  9651580.
• Трухильо К.М., Юань С.С., Ли ЭЙ, Сун П. (1998). «Нуклеазная активность в комплексе факторов рекомбинации и репарации ДНК человека Rad50, Mre11 и p95». J. Biol. Chem. 273 (34): 21447–50. Дои:10.1074 / jbc.273.34.21447. PMID  9705271.
• Паулл Т. Т., Геллерт М (1999). «Nbs1 усиливает АТФ-управляемое раскручивание ДНК и эндонуклеазное расщепление комплексом Mre11 / Rad50». Genes Dev. 13 (10): 1276–88. Дои:10.1101 / gad.13.10.1276. ЧВК  316715. PMID  10346816.
• Ким К.К., Шин Б.А., Со К.Х. и др. (1999). «Молекулярное клонирование и характеристика вариантов сплайсинга гена RAD50 человека». Ген. 235 (1–2): 59–67. Дои:10.1016 / S0378-1119 (99) 00215-2. PMID  10415333.
• Чжун К., Чен К.Ф., Ли С. и др. (1999). «Ассоциация BRCA1 с комплексом hRad50-hMre11-p95 и ответ на повреждение ДНК». Наука. 285 (5428): 747–50. Дои:10.1126 / science.285.5428.747. PMID  10426999.
• Ван И, Кортез Д., Язди П. и др. (2000). «BASC, суперкомплекс белков, связанных с BRCA1, участвующих в распознавании и восстановлении аберрантных структур ДНК». Genes Dev. 14 (8): 927–39. Дои:10.1101 / gad.14.8.927 (неактивно 11.10.2020). ЧВК  316544. PMID  10783165.
• Гатеи М., Янг Д., Серосалетти К.М. и др. (2000). «АТМ-зависимое фосфорилирование нибрина в ответ на радиационное воздействие». Nat. Genet. 25 (1): 115–9. Дои:10.1038/75508. PMID  10802669. S2CID  23521589.
• Чжао С., Вэн Ю.С., Юань С.С. и др. (2000). «Функциональная связь между продуктами генов атаксии-телеангиэктазии и синдрома разрушения Неймегена». Природа. 405 (6785): 473–7. Bibcode:2000Натура.405..473Z. Дои:10.1038/35013083. PMID  10839544. S2CID  4428170.
• Чжу XD, Кюстер Б., Манн М. и др. (2000). «Регулируемая клеточным циклом ассоциация RAD50 / MRE11 / NBS1 с TRF2 и теломерами человека». Nat. Genet. 25 (3): 347–52. Дои:10.1038/77139. PMID  10888888. S2CID  6689794.
• Пол ТТ, Рогаку Э.П., Ямазаки В. и др. (2001). «Критическая роль гистона H2AX в рекрутировании факторов репарации в ядерные фокусы после повреждения ДНК». Curr. Биол. 10 (15): 886–95. Дои:10.1016 / S0960-9822 (00) 00610-2. PMID  10959836. S2CID  16108315.
• Сяо Дж., Лю СС, Чен П.Л., Ли У.Х. (2001). «RINT-1, новый белок, взаимодействующий с Rad50, участвует в радиационно-индуцированном контроле контрольных точек G (2) / M». J. Biol. Chem. 276 (9): 6105–11. Дои:10.1074 / jbc.M008893200. PMID  11096100.
• Desai-Mehta A, Cerosaletti KM, Concannon P (2001). «Определенные функциональные домены нибрина опосредуют связывание Mre11, формирование фокуса и ядерную локализацию». Мол. Клетка. Биол. 21 (6): 2184–91. Дои:10.1128 / MCB.21.6.2184-2191.2001. ЧВК  86852. PMID  11238951.
• Бушеми Г., Савио С., Заннини Л. и др. (2001). «Зависимость активации Chk2 от Nbs1 после повреждения ДНК». Мол. Клетка. Биол. 21 (15): 5214–22. Дои:10.1128 / MCB.21.15.5214-5222.2001. ЧВК  87245. PMID  11438675.
• Чиба Н., Парвин Дж. Д. (2001). «Перераспределение BRCA1 среди четырех различных белковых комплексов после блокировки репликации». J. Biol. Chem. 276 (42): 38549–54. Дои:10.1074 / jbc.M105227200. PMID  11504724.
• Гренон М., Гилберт С., Лаундес Н.Ф. (2001). «Активация контрольной точки в ответ на двухцепочечные разрывы требует комплекса Mre11 / Rad50 / Xrs2». Nat. Cell Biol. 3 (9): 844–7. Дои:10.1038 / ncb0901-844. PMID  11533665. S2CID  32286986.
• де Ягер М., ван Ноорт Дж., ван Гент Д.К. и др. (2002). «Человеческий Rad50 / Mre11 - гибкий комплекс, который может связывать концы ДНК». Мол. Клетка. 8 (5): 1129–35. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00381-1. PMID  11741547.
• М. Бейкзаде, М.П. Латам (2020). «Динамическая природа комплекса репарации разрывов ДНК Mre11-Rad50». Прогресс в биофизике и молекулярной биологии. Дои:10.1016 / j.pbiomolbio.2020.10.007. PMID  33121960.

внешняя ссылка

• RAD50 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
• RAD50 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.