Плазмотрон - Plasmapper
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Сервер сопоставления плазмид |
| Типы данных захвачен | Ввод данных: Последовательность плазмиды (формат FASTA); Вывод данных: Текстовая и графическая карта плазмиды (PNG, JPG и SVG) |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты |
| Лаборатория | Д-р Дэвид Вишарт |
| Основное цитирование | PlasMapper: веб-сервер для рисования и автоматического аннотирования плазмидных карт.[1] |
| Доступ | |
| Интернет сайт | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Скачать URL | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Разное | |
| Политика курирования | Курируется вручную |
PlasMapper (сопоставитель плазмид) [1] это бесплатный веб-сервер, который автоматически генерирует и аннотирует высококачественные циркуляры плазмида карты. Это особенно полезный онлайн-сервис для молекулярных биологов, желающих создать плазмида карты без необходимости покупать или поддерживать дорогое коммерческое программное обеспечение. PlasMapper принимает плазмида /вектор ДНК последовательность как вход (Формат FASTA ) и использует сопоставление с образцом последовательности и ВЗРЫВ выравнивание последовательностей для автоматического определения и маркировки распространенных промоторов, терминаторов, сайтов клонирования, сайты ограничения, репортерные гены, Теги сходства, выбираемый маркерные гены, истоки репликации и открытые рамки для чтения. Затем PlasMapper переформатирует и представляет идентифицированные функции как в простой текстовой форме, так и в виде многоцветного изображения с высоким разрешением.
Внешний вид и содержание вывода можно настраивать различными способами с помощью различных онлайн-опций. Изображения PlasMapper могут отображаться как в растровом (Переносимая сетевая графика (PNG) и JPG ) и масштабируемая векторная графика (SVG ) форматы для удовлетворения различных потребностей или предпочтений пользователей. Качество изображений и текста достаточно, чтобы их можно было использовать непосредственно в публикациях или презентациях.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ а б Донг, Х; Stothard P; Форсайт Эй Джей; Wishart DS. (Июль 2004 г.). «PlasMapper: веб-сервер для рисования и автоматического аннотирования плазмидных карт». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Проблема с веб-сервером): W660-4. Дои:10.1093 / нар / гх410. ЧВК 441548. PMID 15215471.