Манолис Келлис - Manolis Kellis

Манолис Келлис
Профессор Манолис Келлис на встрече Американского общества генетиков человека в Орландо в 2017 году 19 октября 2017.jpg
Манолис Келлис в Американское общество генетики человека (ASHG) встреча в Орландо, Флорида, 19 октября 2017 г.
Родился
Манолис Камвиселлис
Греческий: Μανώλης Καμβυσέλλης

(1977-03-13) 13 марта 1977 г. (возраст 43 года)
Афины, Греция
Альма-матерМассачусетский Институт Технологий (Кандидат наук)
ИзвестенКОДИРОВАТЬ
Награды
Научная карьера
Поля
ТезисВычислительная сравнительная геномика: гены, регуляция, эволюция.  (2003)
Докторант
Интернет сайтcompbio.mit.edu

Манолис Келлис (1977 г.р., Греческий: Μανώλης Καμβυσέλλης) является профессором Информатика на Массачусетский Институт Технологий (MIT) в районе Вычислительная биология и член Broad Institute Массачусетского технологического института и Гарвард.[3] Он возглавляет группу вычислительной биологии Массачусетского технологического института.[4] и является главным исследователем в Лаборатория компьютерных наук и искусственного интеллекта (CSAIL) в Массачусетском технологическом институте.[5]

Келлис известен своим вкладом в геномика, генетика человека, эпигеномика, генная регуляция, и эволюция генома. Он был одним из руководителей Национальные институты здравоохранения США Дорожная карта проекта эпигеномики[6] усилия по созданию всеобъемлющей карты эпигенома человека,[7][8][9] сравнительный анализ 29 млекопитающих для создания всеобъемлющей карты консервативных элементов в геноме человека,[10][11] то КОДИРОВАТЬ, GENCODE, а также проекты modENCODE для характеристики генов, некодирующих элементов и цепей человеческого генома и модельных организмов.[12][13][14] Основное внимание в его работе уделяется пониманию влияния генетических вариаций на болезни человека,[15] с вкладом в ожирение,[16][17][18] сахарный диабет,[19] Болезнь Альцгеймера,[20][21][22] шизофрения,[23] и рак.[24]

Образование и начало карьеры

Келлис родился в Греции, переехал с семьей во Францию, когда ему было 12 лет, и приехал в США в 1993 году.[25] Он получил свой кандидат наук из MIT, где он работал с Эрик Ландер, директор-основатель Института Броуда, и Бонни Бергер, профессор MIT[26] и получил награду Sprowls за лучшую докторскую диссертацию в области компьютерных наук,[27] и первая стипендия для выпускников Пэрис Канеллакис.[28] До вычислительной биологии он работал над искусственным интеллектом, распознаванием эскизов и изображений, робототехникой и вычислительной геометрией в Массачусетском технологическом институте и Исследовательский центр Xerox в Пало-Альто.[26]

Исследования и карьера

По состоянию на июль 2018 года Манолис Келлис является автором 187 журнальных публикаций.[29] которые были процитированы 68 ​​380 раз.[1] Он помог руководить несколькими крупномасштабными проектами в области геномики, в том числе проектом Roadmap Epigenomics,[30][7] то Энциклопедия элементов ДНК (ENCODE) проект,[31] проект Genotype Tissue-Expression (GTEx).[15]

Сравнительная геномика

Келлис начал сравнивать геномы видов дрожжей, будучи аспирантом Массачусетского технологического института. В рамках этой работы, которая была опубликована в Природа в 2003 г.,[32] он разработал вычислительные методы для выявления закономерностей сходства и различия между близкородственными геномами. Цель заключалась в разработке методов понимания геномов с целью их применения в геноме человека.

Он перешел от дрожжей к мухам и, в конечном итоге, к млекопитающим, сравнивая несколько видов, чтобы изучить гены, их элементы управления и их дерегуляцию при заболеваниях человека.[33] Келлис руководил несколькими проектами сравнительной геномики у человека,[33] млекопитающие[34][10] мухи,[35][36] и дрожжи.[37]

Эпигеномика

Келлис был одним из руководителей финансируемого правительством проекта NIH по каталогизации эпигенома человека. Он сказал в интервью MIT Technology Review.[33] «Если геном - это книга жизни, то эпигеном - это полный набор аннотаций и закладок».[33] Его лаборатория теперь использует эту карту для дальнейшего понимания фундаментальных процессов и болезней у людей.

Ожирение

Келлис и его коллеги использовали эпигеномные данные, чтобы исследовать механистическую основу сильнейшей генетической связи с ожирением.[16] Они показали, что этот механизм действует в жировых клетках как людей, так и мышей, и подробно описали, как изменения в соответствующих областях генома вызывают переход от рассеивания энергии в виде тепла (термогенез ) для хранения энергии в виде жира.[18] Полное понимание этого явления может привести к лечению людей, у которых «медленный метаболизм» приводит к избыточному весу.[17]

Болезнь Альцгеймера

Келлис, Ли-Хуэй Цай и другие сотрудники Массачусетского технологического института использовали эпигеномную маркировку в мозге человека и мыши для изучения механизмов, ведущих к Альцгеймера Болезнь.[20] Они показали, что активация иммунных клеток и воспаление, которые долгое время были связаны с этим заболеванием, не являются просто результатом нейродегенерации, как утверждали некоторые исследователи. Скорее, у мышей, у которых развиваются симптомы, подобные болезни Альцгеймера, они обнаружили, что иммунные клетки начинают меняться еще до того, как наблюдаются нейронные изменения.[21]

Генотип-тканевая экспрессия (GTEx)

Келлис является участником проекта Genotype-Tissue Expression (GTEx), целью которого является выяснение основ предрасположенности к заболеваниям. Это проект, спонсируемый Национальным институтом здравоохранения, который стремится охарактеризовать генетические вариации в тканях человека с их ролью в диабете, сердечных заболеваниях и раке.[15]

На сегодняшний день его лаборатория накопила специальные знания в области ожирения,[17] сахарный диабет,[19] Болезнь Альцгеймера,[20] шизофрения,[23] и рак.[24]

Обучение

В дополнение к своим исследованиям, Келлис в течение нескольких лет преподавал вводные курсы для студентов MIT. алгоритм курсы 6.006: Введение в алгоритмы и 6.046: Разработка и анализ алгоритмов[38][39] с проф. Рон Ривест, Эрик Демейн, Петр Индык, Шринивас Девадас и другие.

Он также преподает вычислительная биология курс в Массачусетском технологическом институте под названием «Вычислительная биология: геномы, сети, эволюция».[40] Курс (6.047 / 6.878) ориентирован на продвинутых студентов и аспирантов, стремящихся изучить основы алгоритмического и машинного обучения вычислительной биологии, а также познакомиться с текущими рубежами исследований, чтобы стать активными практиками в этой области.[41] Он начал 6.881: Вычислительная персональная геномика: понимание полных геномов.[42] Этот курс направлен на изучение вычислительных задач, связанных с интерпретацией того, как различия в последовательностях между людьми приводят к фенотипическим различиям, таким как экспрессия генов, предрасположенность к заболеванию или реакция на лечение.[43]

Награды и отличия

Келлис получила США Президентская премия за раннюю карьеру для ученых и инженеров (ПОЖАЛУЙСТА),[44] то Награда КАРЬЕРА Национального научного фонда,[45] а Стипендия Sloan Research,[46] то Грегор Мендель медаль за выдающиеся достижения в науке Лекции Менделя комитет Афинской премии Ники в области информационных технологий (AIT) в области науки и техники,[47] награда за преподавание Рут и Джоэла Спира,[48] и премию Джорджа М. Спроулза за лучшую докторскую степень. Диссертация по информатике в MIT.[27] За свои исследования в области сравнительной геномики он был назван одним из 35 лучших новаторов в возрасте до 35 лет по версии журнала Technology Review.[49]

Появления в СМИ

  • Расшифровка геномной революции, TEDx Кембридж, 2013 «Вычислительный биолог из Массачусетского технологического института Манолис Келлис дает нам представление о визите врача в будущее и использует свои собственные генетические мутации, чтобы показать, как революция в геномике открывает методы лечения, которые могут изменить медицину в том виде, в каком мы ее знаем»[50]
  • Регуляторная геномика и эпигеномика комплексных заболеваний, Welcome Trust, 2014 »Манолис Келлис, Массачусетский технологический институт, США, читает одну из основных лекций на конференции« Эпигеномика распространенных болезней »(28–31 октября 2014 г.), организованной Кампус Wellcome Genome Команда продвинутых курсов и научных конференций в Черчилль-колледж, Кембридж[51]
  • Манолис Келлис Reddit Спроси меня о чем угодно (AMA), Reddit Science AMA Series: «Я Манолис Келлис, профессор информатики в Массачусетском технологическом институте, изучаю геном человека, чтобы узнать, что вызывает ожирение, болезнь Альцгеймера, рак и другие состояния. AMA о комп-био и эпигеномике, а также о том, как они влияют человеческое здоровье".


использованная литература

  1. ^ а б Манолис Келлис публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  2. ^ Камвисселис, Манолис (2003). Вычислительная сравнительная геномика: гены, регуляция, эволюция (Кандидатская диссертация). Массачусетский технологический институт. HDL:1721.1/7999. OCLC  53277177. Бесплатно читать
  3. ^ "Манолис Келлис | MIT CSAIL". www.csail.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  4. ^ "MIT Computational Biology Group". Руководитель лаборатории группы вычислительной биологии Массачусетского технологического института. Получено 2018-07-19.
  5. ^ Келлис, Манолис. "Люди | MIT CSAIL". www.csail.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  6. ^ "Дорожная карта проекта эпигеномики - Главная". www.roadmapepigenomics.org. Получено 2018-07-24.
  7. ^ а б Кундаже, Аншул; Meuleman, Wouter; Эрнст, Джейсон; Биленький, Миша; Йен, Анджела; Херави-Муссави, Алиреза; Керадпур, Пуйя; Чжан, Чжичжуо; Келлис, Манолис (2015). «Интегративный анализ 111 эталонных эпигеномов человека». Природа. 518 (7539): 317–330. Bibcode:2015Натура.518..317.. Дои:10.1038 / природа14248. ISSN  0028-0836. ЧВК  4530010. PMID  25693563.
  8. ^ «Исследователи создают справочную карту эпигенома человека». Новости MIT. Получено 2018-07-18.
  9. ^ «Исследователи создают справочную карту эпигенома человека». Новости MIT. Получено 2018-07-19.
  10. ^ а б Линдблад-То, Керстин; Гарбер, Мануэль; Зук, Ор; Лин, Майкл Ф .; Паркер, Брайан Дж .; Washietl, Стефан; Керадпур, Пуйя; Эрнст, Джейсон; Келлис, Манолис (2011). «Карта с высоким разрешением эволюционных ограничений человека с использованием 29 млекопитающих». Природа. 478 (7370): 476–482. Bibcode:2011Натура 478..476.. Дои:10.1038 / природа10530. ISSN  0028-0836. ЧВК  3207357. PMID  21993624.
  11. ^ "Анализ 29 млекопитающих выявил геномную" темную материю "'". Новости MIT. Получено 2018-07-21.
  12. ^ Келлис, Манолис; Уолд, Барбара; Снайдер, Майкл П .; Бернштейн, Брэдли Э .; Кундаже, Аншул; Маринов, Георгий К .; Ward, Lucas D .; Бирни, Юэн; Кроуфорд, Грегори Э. (29 апреля 2014 г.). «Определение функциональных элементов ДНК в геноме человека». Труды Национальной академии наук. 111 (17): 6131–6138. Bibcode:2014ПНАС..111.6131К. Дои:10.1073 / pnas.1318948111. ISSN  0027-8424. ЧВК  4035993. PMID  24753594.
  13. ^ Эрнст, Джейсон; Керадпур, Пуйя; Mikkelsen, Tarjei S .; Шореш, Ноам; Ward, Lucas D .; Эпштейн, Чарльз Б .; Чжан, Сяолань; Ван, Ли; Исснер, Роббин (23 марта 2011 г.). «Картирование и анализ динамики состояния хроматина в девяти типах клеток человека». Природа. 473 (7345): 43–49. Bibcode:2011Натура 473 ... 43E. Дои:10.1038 / природа09906. ISSN  0028-0836. ЧВК  3088773. PMID  21441907.
  14. ^ Консорциум, ModENCODE; Рой, Сушмита; Эрнст, Джейсон; Харченко, Петр В .; Керадпур, Пуйя; Негре, Николас; Eaton, Matthew L .; Ландолин, Джейн М .; Бристоу, Кристофер А. (24 декабря 2010 г.). «Идентификация функциональных элементов и регуляторных цепей с помощью Drosophila modENCODE». Наука. 330 (6012): 1787–1797. Bibcode:2010Научный ... 330.1787R. Дои:10.1126 / science.1198374. ISSN  0036-8075. ЧВК  3192495. PMID  21177974.
  15. ^ а б c «Келлис возглавит команду Массачусетского технологического института на новом этапе проекта GTEx, чтобы выяснить основы предрасположенности к заболеваниям». Новости MIT. Получено 2018-07-19.
  16. ^ а б «Выявление переключателя генов, который превращает жировые клетки в плохие». Наука | AAAS. 2015-08-19. Получено 2018-07-19.
  17. ^ а б c «Ген, сжигающий жир, может помочь сбросить вес». Время. Получено 2018-07-19.
  18. ^ а б Клаусницер, Мелина; Dankel, Simon N .; Ким, Кён-Хан; Куон, Джеральд; Meuleman, Wouter; Хауген, Кристина; Глунк, Виктория; Sousa, Isabel S .; Келлис, Манолис (2015-09-03). «Схема варианта ожирения FTO и потемнение адипоцитов у людей». Медицинский журнал Новой Англии. 373 (10): 895–907. Дои:10.1056 / nejmoa1502214. ISSN  0028-4793. ЧВК  4959911. PMID  26287746.
  19. ^ а б Оненгут-Гумуску, Суна; Чен, Вэй-Минь; Буррен, Оливер; Купер, Ник Дж; Куинлан, Аарон Р.; Mychaleckyj, Josyf C; Фарбер, Эмили; Бонни, Джессика К; Келлис, Манолис (09.03.2015). «Точное картирование локусов восприимчивости к диабету 1 типа и доказательства совместной локализации причинных вариантов с энхансерами лимфоидных генов». Природа Генетика. 47 (4): 381–386. Дои:10,1038 / нг.3245. ISSN  1061-4036. ЧВК  4380767. PMID  25751624.
  20. ^ а б c Гьонеска, Элизабета; Pfenning, Andreas R .; Матис, Хансруеди; Куон, Джеральд; Кундаже, Аншул; Цай, Ли-Хуэй; Келлис, Манолис (2015). «Консервированные эпигеномные сигналы у мышей и людей раскрывают иммунную основу болезни Альцгеймера». Природа. 518 (7539): 365–369. Bibcode:2015Натура.518..365G. Дои:10.1038 / природа14252. ISSN  0028-0836. ЧВК  4530583. PMID  25693568.
  21. ^ а б «Эпигеномика прогрессирования болезни Альцгеймера». Новости MIT. Получено 2018-07-19.
  22. ^ «Манолис Келлис - Фонд излечения болезни Альцгеймера». Фонд лечения Альцгеймера. Получено 2018-07-19.
  23. ^ а б Манолис, Келлис; Марк, Дэли; Кевин, Эгган; Алкес, Прайс. "NIH Grant, Сетевое прогнозирование и проверка генов и вариантов причинной шизофрении". Грантом.
  24. ^ а б Хорншой, Хенрик; Нильсен, Мортен Мюлиг; Sinnott-Armstrong, Nicholas A .; Свитницкий, Михал П .; Юул, Мален; Мэдсен, Тобиас; Саллари, Ричард; Келлис, Манолис; Эрнтофт, Торбен (11.01.2018). «Панорамный скрининг на мутации в некодирующих элементах с сохранением и специфичностью рака выявляет корреляцию с экспрессией и выживаемостью». NPJ Геномная медицина. 3 (1): 1. Дои:10.1038 / s41525-017-0040-5. ISSN  2056-7944. ЧВК  5765157. PMID  29354286.
  25. ^ «К истокам генетики». Новости MIT. Получено 2018-07-19.
  26. ^ а б "Резюме Центра исследований генома Манолиса Келлиса Массачусетского технологического института" (PDF). Архивировано из оригинал (PDF) на 2018-08-22. Получено 2018-07-19.
  27. ^ а б "Все награды | MIT CSAIL". csail.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  28. ^ "Стипендии Канеллакиса | MIT EECS". www.eecs.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  29. ^ pubmeddev. "Манолис Келлис - PubMed - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-07-19.
  30. ^ «Исследователи, поддерживаемые Национальным институтом здравоохранения, нанесли на карту эпигеном более 100 типов тканей и клеток». Национальные институты здоровья (NIH). 2015-07-03. Получено 2018-07-19.
  31. ^ Келлис, Манолис; Уолд, Барбара; Снайдер, Майкл П .; Бернштейн, Брэдли Э .; Кундаже, Аншул; Маринов, Георгий К .; Ward, Lucas D .; Бирни, Эван; Кроуфорд, Грегори Э. (29 апреля 2014 г.). «Определение функциональных элементов ДНК в геноме человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 111 (17): 6131–6138. Bibcode:2014ПНАС..111.6131К. Дои:10.1073 / pnas.1318948111. ISSN  0027-8424. ЧВК  4035993. PMID  24753594.
  32. ^ Келлис, Манолис; Паттерсон, Ник; Эндриззи, Мэтью; Биррен, Брюс; Лендер, Эрик С. (2003). «Секвенирование и сравнение видов дрожжей для идентификации генов и регуляторных элементов». Природа. 423 (6937): 241–254. Bibcode:2003Натура.423..241K. Дои:10.1038 / природа01644. ISSN  0028-0836. PMID  12748633. S2CID  1530261.
  33. ^ а б c d Шаффер, Аманда. «Аннотирование книги жизни». Обзор технологий MIT. Получено 2018-07-19.
  34. ^ Се, Сяохуэй; Лу, Джун; Кульбокас, Э. Дж .; Голуб, Тодд Р .; Мутха, Вамси; Линдблад-То, Керстин; Lander, Eric S .; Келлис, Манолис (27 февраля 2005 г.). «Систематическое открытие регуляторных мотивов в промоторах человека и 3 'UTRs при сравнении нескольких млекопитающих». Природа. 434 (7031): 338–345. Bibcode:2005Натура.434..338X. Дои:10.1038 / природа03441. ISSN  0028-0836. ЧВК  2923337. PMID  15735639.
  35. ^ Лин, Майкл Ф .; Карлсон, Джозеф В .; Кросби, Мэдлин А.; Мэтьюз, Беверли Б.; Ю, Чарльз; Пак, Су; Ван, Кеннет Х .; Шредер, Эндрю Дж .; Келлис, Манолис (2007). «Пересмотр каталога генов, кодирующих белок Drosophila melanogaster, с использованием 12 геномов мух». Геномные исследования. 17 (12): 1823–1836. Дои:10.1101 / гр.6679507. ISSN  1088-9051. ЧВК  2099591. PMID  17989253.
  36. ^ Старк, Александр; Лин, Майкл Ф .; Керадпур, Пуйя; Pedersen, Jakob S .; Запчасти, Леопольд; Карлсон, Джозеф В .; Кросби, Мэдлин А.; Расмуссен, Мэтью Д.; Келлис, Манолис (2007). «Открытие функциональных элементов в 12 геномах дрозофилы с использованием эволюционных сигнатур». Природа. 450 (7167): 219–232. Bibcode:2007Натура.450..219S. Дои:10.1038 / природа06340. ISSN  0028-0836. ЧВК  2474711. PMID  17994088.
  37. ^ Келлис, Манолис; Биррен, Брюс У .; Лендер, Эрик С. (2004-03-07). «Доказательство и эволюционный анализ дупликации древнего генома дрожжей Saccharomyces cerevisiae». Природа. 428 (6983): 617–624. Bibcode:2004Натура.428..617K. Дои:10.1038 / природа02424. ISSN  0028-0836. PMID  15004568. S2CID  4422074.
  38. ^ «6.006: Введение в алгоритмы - Массачусетский технологический институт». курсы.csail.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  39. ^ «6.046 / 18.410 Class Home». stellar.mit.edu. Получено 2018-07-20.
  40. ^ «6.047 / 6.878 Class Home». stellar.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  41. ^ «Вычислительная биология». MIT OpenCourseWare. Получено 2018-07-19.
  42. ^ «6.881 Вычислительная персональная геномика: понимание полных геномов | MIT EECS». www.eecs.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  43. ^ «Вычислительная персональная геномика: понимание полных геномов». MIT OpenCourseWare. Получено 2018-07-19.
  44. ^ «Ааронсон, Келлис, получившие премию PECASE 2010 | MIT EECS». www.eecs.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  45. ^ «Поиск награды NSF: Награда № 0644282 - КАРЬЕРА: Сравнительная геномика и открытие биологических сигналов в геноме человека». www.nsf.gov. Получено 2018-07-19.
  46. ^ "Стипендиаты Фонда Слоуна". sloan.org. Получено 2018-07-19.
  47. ^ «Келлис получает премию Ники | MIT CSAIL». www.csail.mit.edu. Получено 2018-07-19.
  48. ^ «Школа инженерии Массачусетского технологического института |» Награды за преподавание ». Mit Engineering. Получено 2018-07-19.
  49. ^ MIT Technology Review. «Новатор до 35 лет: Манолис Келлис, 29». Обзор технологий MIT. Получено 2018-07-19.
  50. ^ «Расшифровка геномной революции | TEDxCambridge». TEDxCambridge. Получено 2018-07-19.
  51. ^ Курсы и конференции в кампусе Wellcome Genome (25 февраля 2016 г.), Регуляторная геномика и эпигеномика комплексных заболеваний - Манолис Келлис, получено 2018-07-19