Модель перехода спираль – катушка - Helix–coil transition model

Модели перехода спираль – катушка формализованные техники в статистическая механика разработан для описания конформации линейных полимеры в растворе. Модели обычно, но не исключительно, применяются к полипептиды как мера относительной доли молекулы в альфа спираль конформация против повернуть или же случайный катушки. Главная достопримечательность в расследовании альфа спираль формация состоит в том, что можно встретить многие особенности сворачивание белка но в их простейшем варианте.^[1] Большинство моделей спираль-спираль содержат параметры вероятности спирали. зарождение от области спирали и распространение спирали вдоль последовательности после зарождения; потому что полипептиды являются направленными и имеют четкие N-концевой и C-терминал заканчивается, параметры распространения могут отличаться в каждом направлении.

Два государства

• состояние спирали: характеризуется общим узором вращения, удерживаемым вместе водородные связи, (видеть альфа-спираль ).
• состояние клубка: конгломерат случайно упорядоченной последовательности атомов (см. случайный катушки ).

Общие модели перехода включают Модель Зимма – Брэгга и Модель Лифсона – Ройга, а также их расширения и варианты.

Энергия полиаланиновой спирали хозяина в водном растворе:

${\displaystyle \Delta G_{\text{folding}}=(m-2)\Delta H_{\alpha }-mT\Delta S}$

куда м - количество остатков в спирали.^[2]

Рекомендации

1. Дойг AJ (2008). «Альфа-спираль как простейшая модель белка: теория спирали-спирали, стабильность и дизайн». В Муньос V (ред.). Сворачивание, неправильная укладка и агрегация белков: классические темы и новые подходы. Королевское химическое общество.
2. Чакрабартти А., Болдуин Р.Л. (1995). «Устойчивость альфа-спиралей». Adv Protein Chem. Успехи в химии белков. 46: 141–176. Дои:10.1016 / S0065-3233 (08) 60334-4. ISBN  9780120342464. PMID  7771317.