Дебора Маркс - Debora Marks

Дебора Маркс
Альма-матерБристольский университет, Манчестерский университет, Университет Гумбольдта
НаградыПриз Овертона, Премия Бена Барреса за раннюю карьеру
Научная карьера
ПоляСтруктурная биология, Биоинформатика
УчрежденияГарвардская медицинская школа
Тезис (2010)
ДокторантРейнхард Генрих, Ханспетер Герцль
Интернет сайтhttps://marks.hms.harvard.edu/

Дебора С. Маркс исследователь в вычислительная биология и доцент кафедры Системная биология в Гарвардская медицинская школа.[1] В ее исследованиях используются вычислительные подходы для решения множества биологических проблем.

Карьера и исследования

Получив степень бакалавра медицины, она работала в фармацевтической промышленности, вернувшись к исследованиям в конце жизни, получив степень математика в университете. Манчестерский университет.[2] Она заинтересовалась микроРНК в начале 2000-х[2][3][4] и ее работа по биологии микроРНК в конечном итоге стала докторской диссертацией, которую она представила под руководством Рейнхарт Генрих к Берлинский университет имени Гумбольдта в 2010.[5] Одним из ключевых вкладов было ее открытие, что трансфекция микроРНК в клетки противоречиво увеличивает экспрессию некоторых генов из-за конкуренции за клеточный аппарат, который обрабатывает малые РНК.[6] В сотрудничестве с Александр ван Ауденаарден и Nils Bluthgen, она показала, что микроРНК снижают шум в экспрессии белка при низком уровне мРНК, снижая вероятность нежелательной экспрессии белка в результате утечки на промоторе гена.[7]

Она наиболее известна своей работой по предсказанию структуры белка: ее метод, основанный на подходе из статистической физики, максимальная энтропия при ограничениях, использует корреляции между последовательностями членов семейства белков разных видов для построения моделей структуры белка только на основе последовательности. .[8] В некоторых случаях предсказанные модели достаточно точны, чтобы позволить молекулярная замена модели в Рентгеновская кристаллография данные, облегчающие замену фаз.[9] Алгоритм[10] широко использовался другими исследователями для прогнозирования и понимания структур белков, например, структур рецептора σ2.[11] и тетраспанин CD81.[12] Маркс и ее близкий соавтор Крис Сандер показали, что этот подход также может быть использован для прогнозирования структуры некодирующие РНК и РНК-белковые комплексы,[13] для идентификации неупорядоченных структурных состояний в неупорядоченных белках[14] и для прогнозирования функциональных эффектов мутаций последовательности.[15]

Награды

В 2016 году Маркс был награжден Приз Овертона посредством Международное общество вычислительной биологии.[16]

В 2018 году Маркс был награжден премией Бена Барреса за раннюю карьеру от Инициатива Чана Цукерберга как часть Neurodegeneration Challenge Network.[17]

Рекомендации

  1. ^ "Лаборатория Деборы С. Маркс". Получено 11 июля, 2016.
  2. ^ а б «Премия Овертона 2016: Дебора Маркс». www.iscb.org. Получено 1 января, 2019.
  3. ^ Энрайт AJ, Джон B, Gaul U, Tuschl T, Sander C, Marks DS (2003). «Мишени микроРНК у дрозофилы». Геномная биология. 5 (1): R1. Дои:10.1186 / gb-2003-5-1-r1. ЧВК  395733. PMID  14709173.
  4. ^ Джон Б., Энрайт А.Дж., Аравин А., Тушл Т., Сандер С., Маркс Д.С. (ноябрь 2004 г.). «Мишени МикроРНК человека». PLoS Биология. 2 (11): e363. Дои:10.1371 / journal.pbio.0020363. ЧВК  521178. PMID  15502875.
  5. ^ Fogg CN, Kovats DE (5 июля 2016 г.). «Премия ISCB Overton 2016 присуждена Деборе Маркс». F1000 Исследования. 5: 1575. Дои:10.12688 / f1000research.9158.1. ЧВК  4934501. PMID  27429747.
  6. ^ Хан А.А., Бетель Д., Миллер М.Л., Сандер С., Лесли К.С., Маркс Д.С. (июнь 2009 г.). «Трансфекция малых РНК глобально нарушает регуляцию генов эндогенными микроРНК». Природа Биотехнологии. 27 (6): 549–55. Дои:10.1038 / nbt.1543. ЧВК  2782465. PMID  19465925.
  7. ^ Schmiedel JM, Klemm SL, Zheng Y, Sahay A, Blüthgen N, Marks DS, van Oudenaarden A (апрель 2015 г.). «Экспрессия гена. Контроль микроРНК шума экспрессии белка». Наука. 348 (6230): 128–32. Bibcode:2015Научный ... 348..128С. Дои:10.1126 / science.aaa1738. PMID  25838385.
  8. ^ Хопф Т.А., Колвелл Л.Дж., Шеридан Р., Рост Б., Сандер С., Маркс Д.С. (июнь 2012 г.). «Трехмерные структуры мембранных белков из геномного секвенирования». Клетка. 149 (7): 1607–21. Дои:10.1016 / j.cell.2012.04.012. ЧВК  3641781. PMID  22579045.
  9. ^ Sjodt M, Brock K, Dobihal G, Rohs PD, Green AG, Hopf TA, Meeske AJ, Srisuknimit V, Kahne D, Walker S, Marks DS, Bernhardt T.G., Rudner DZ, Kruse AC (апрель 2018 г.). «Структура пептидогликанполимеразы RodA, определенная с помощью анализа эволюционного связывания». Природа. 556 (7699): 118–121. Bibcode:2018Натура.556..118S. Дои:10.1038 / природа25985. ЧВК  6035859. PMID  29590088.
  10. ^ "EVcouplings". evfold.org. Получено 1 января, 2019.
  11. ^ Алон А., Шмидт HR, Вуд, доктор медицины, Сан Дж. Дж., Мартин С.Ф., Круз А.С. (июль 2017 г.). «2 рецептора». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 114 (27): 7160–7165. Дои:10.1073 / pnas.1705154114. ЧВК  5502638. PMID  28559337.
  12. ^ Циммерман Б., Келли Б., Макмиллан Б.Дж., Сигар Т.С., Дрор РО, Круз А.С., Блэклоу СК (ноябрь 2016 г.). «Кристаллическая структура полноразмерного тетраспанина человека обнаруживает холестерин-связывающий карман». Клетка. 167 (4): 1041–1051.e11. Дои:10.1016 / j.cell.2016.09.056. ЧВК  5127602. PMID  27881302.
  13. ^ Вайнреб К., Рисельман А.Дж., Ингрэм Дж. Б., Гросс Т., Сандер С., Маркс Д.С. (май 2016 г.). «3D РНК и функциональные взаимодействия от эволюционных связей». Клетка. 165 (4): 963–75. Дои:10.1016 / j.cell.2016.03.030. ЧВК  5024353. PMID  27087444.
  14. ^ Тот-Петрочи А., Пальмедо П., Ингрэм Дж., Хопф Т.А., Бергер Б., Сандер С., Маркс Д.С. (сентябрь 2016 г.). «Структурированные состояния неупорядоченных белков из геномных последовательностей». Клетка. 167 (1): 158–170.e12. Дои:10.1016 / j.cell.2016.09.010. ЧВК  5451116. PMID  27662088.
  15. ^ Hopf TA, Ingraham JB, Poelwijk FJ, Schärfe CP, Springer M, Sander C, Marks DS (февраль 2017 г.). «Эффекты мутации, предсказанные на основе совместной вариации последовательности». Природа Биотехнологии. 35 (2): 128–135. Дои:10.1038 / nbt.3769. ЧВК  5383098. PMID  28092658.
  16. ^ «17 февраля 2016 г .: ISCB поздравляет победителей премии 2016 года, Сорен Брунак, Дебору Маркс, Буркхарда Роста и Серафима Бацоглу». www.iscb.org. Получено 11 июля, 2016.
  17. ^ "Научная инициатива Чана Цукерберга". Сеть проблем нейродегенерации. Получено 1 января, 2019.

внешняя ссылка