DAP3 - DAP3

DAP3
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3J9M
Идентификаторы
Псевдонимы	DAP3, DAP-3, MRP-S29, MRPS29, bMRP-10, белок, связанный со смертью 3, S29mt
Внешние идентификаторы	OMIM: 602074 MGI: 1929538 ГомолоГен: 3404 Генные карты: DAP3
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1q22 Начните 155,687,960 бп[1] Конец 155,739,010 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 F1 | 3 39,01 см Начните 88,920,803 бп[2] Конец 88,951,181 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • структурная составляющая рибосомы • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • связывание нуклеотидов • Связывание GTP Сотовый компонент • малая рибосомная субъединица • митохондриальная внутренняя мембрана • рибосома • митохондриальная рибосома • митохондрия • митохондриальная малая рибосомная субъединица • нуклеоплазма Биологический процесс • апоптотический сигнальный путь • трансляционное удлинение митохондрий • прекращение трансляции митохондрий • апоптотический процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	7818	65111
Ансамбль	ENSG00000132676	ENSMUSG00000068921
UniProt	P51398	Q9ER88
RefSeq (мРНК)	NM_001199849 NM_001199850 NM_001199851 NM_004632 NM_033657	NM_001164533 NM_022994 NM_001368419
RefSeq (белок)	NP_001186778 NP_001186779 NP_001186780 NP_004623 NP_387506	NP_001158005 NP_075370 NP_001355348
Расположение (UCSC)	Chr 1: 155.69 - 155.74 Мб	Chr 3: 88.92 - 88.95 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

28S рибосомный белок S29, митохондриальный, также известный как ассоциированный со смертью белок 3 (DAP3), является белок что у людей кодируется DAP3 ген на хромосоме 1.^[5][6][7][8] Этот ген кодирует белок субъединицы 28S митохондриальный рибосома (миторибосома ) и играет ключевую роль в перевод, клеточное дыхание, и апоптоз.^{[7][8][9][10]} Более того, DAP3 связан с развитием рака, но было замечено, что он помогает одним видам рака, подавляя другие.^[10][11][12]

Структура

В DAP3 Ген кодирует белок 46 кДа, расположенный в нижней части малой миторибосомной субъединицы.^{[9][12][13][14]} Этот белок содержит P-петля мотив, который связывает GTP и высококонсервативную целевую последовательность из 17 остатков, ответственную за его локализацию в митохондриях.^{[9][11][12][13]} Интересно, что многие из фосфорилирование сайты этого белка являются высококонсервативными и сгруппированы вокруг GTP-связывающих мотивов.^[9]

Несколько вариантов сплайсинга наблюдались у человека. EST которые во многом различаются 5 ’UTR область.^[7][14] Псевдогены этого гена также находятся в хромосомах 1 и 2.^[7]

Функция

DAP3 представляет собой белок субъединицы 28S миторибосом и локализует к митохондриальный матрикс.^[7][8][9] В составе миторибосомы DAP3 участвует в трансляции 13 ТАК ДАЛЕЕ сложные белки, закодированные в митохондриальный геном, а следовательно, и в регуляции клеточного дыхания.^{[7][8][9][10]} Как член ассоциированного со смертью белка (DAP ) семейства DAP3 также можно найти за пределами митохондрий, чтобы инициировать внешний путь апоптоза через взаимодействие с апоптотическими факторами, такими как фактор некроза опухоли альфа, Fas лиганд, и гамма-интерферон.^{[7][8][11][12][13]} Кроме того, DAP3 взаимодействует с фактором ИПС-1 для активации каспаз 3, 8 и 9, что приводит к типу внеклеточный апоптоз называется Anoikis.^[12][13] Более того, DAP3 может вносить вклад в апоптоз посредством своего посредничества в фрагментации митохондрий, поскольку эта функция распространяется на посредничество окислительный стресс ответ, активные формы кислорода (АФК) и, в конечном итоге, митохондриальная гомеостаз.^[10][11][13] DAP3 необходим для жизни, и его делеция у эмбрионов смертельна.^[14] Тем не менее, DAP3 и его апоптотическая активность могут подавляться AKT фосфорилирование.^[12][13]

Клиническое значение

Как упоминалось выше, ассоциированный со смертью белок 3 (DAP3) играет регуляторную роль в клеточное дыхание и апоптоз. И противоположности, и клеточное дыхание являются важными элементами путей гибели клеток и играют основную механистическую роль в ишемии-реперфузионном повреждении.^[15][16][17]

Во время нормального эмбриологический процессов или во время повреждения клеток (например, ишемия-реперфузия во время сердечные приступы и удары ) или во время разработки и процессов в рак, апоптотическая клетка претерпевает структурные изменения, включая сжатие клеток, образование пузырей плазматической мембраны, ядерную конденсацию и фрагментацию ДНК и ядро. Далее следует фрагментация на апоптотические тельца, которые быстро удаляются фагоциты, тем самым предотвращая воспалительный ответ.^[18] Это способ гибели клеток, определяемый характерными морфологическими, биохимическими и молекулярными изменениями. Сначала он был описан как «усадочный некроз», а затем этот термин был заменен на апоптоз, чтобы подчеркнуть его противоположную роль. митоз в кинетике тканей. На более поздних стадиях апоптоза вся клетка становится фрагментированной, образуя ряд апоптотических телец, связанных с плазматической мембраной, которые содержат ядерные и / или цитоплазматические элементы. Ультраструктурный вид некроз Совершенно иначе, основными признаками которого являются набухание митохондрий, разрушение плазматической мембраны и распад клеток. Апоптоз встречается во многих физиологический и патологический процессы. Он играет важную роль во время эмбриональный развитие как запрограммированная гибель клеток и сопровождает множество нормальных инволюционных процессов, в которых оно служит механизмом для удаления «нежелательных» клеток.

DAP3 участвует во многих раковых заболеваниях. Исследования показали, что экспрессия DAP3 в опухолевых клетках обычно бывает низкой или отсутствует. В-клеточная лимфома, немелкоклеточный рак легкого, рак головы и шеи, рак молочной железы, рак желудка, и рак толстой кишки, возможно, из-за гиперметилирование гена промоутер.^[11][12] Более того, экспрессия DAP3 положительно коррелировала с улучшением рака. прогноз, что указывает на то, что белок борется с прогрессированием рака благодаря своей проапоптотической функции.^[11][12] В результате DAP3 может служить потенциальным биомаркер для контроля эффективности терапевтических методов лечения, таких как химиотерапия.^[11]Однако при других формах рака, таких как мультиформная глиобластома (GBM) и тимома, Было обнаружено, что экспрессия DAP3 активируется.^[10][14] Таким образом, конкретная роль DAP3 при различных раковых заболеваниях требует дальнейшего изучения.^[17]

Взаимодействия

DAP3 был показан взаимодействовать с участием:

• DELE,^[12]
• ИПС-1,^[12]
• AKT,^[12]
• PKA,^[14]
• PKC,^[14]
• NOA1,^[8][14]
• FADD,^[19]
• Рецептор глюкокортикоидов,^[20]
• Белок теплового шока 90 кДа альфа (цитозольный), член A1,^[20] и
• TNFRSF10A.^[19]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000132676 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000068921 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Киссил Дж. Л., Дайс Л. П., Бэйвич М., Раве Т., Хаспеков Г., Кимчи А. (ноябрь 1995 г.). «Выделение DAP3, нового медиатора гибели клеток, вызванной гамма-интерфероном». Журнал биологической химии. 270 (46): 27932–6. Дои:10.1074 / jbc.270.46.27932. PMID  7499268.
6. Киссил Дж. Л., Кимчи А. (сентябрь 1997 г.). «Отнесение ассоциированного со смертью белка 3 (DAP3) к хромосоме 1q21 человека путем гибридизации in situ». Цитогенетика и клеточная генетика. 77 (3–4): 252. Дои:10.1159/000134587. PMID  9284927.
7. «Ген Entrez: белок 3, связанный со смертью DAP3».
8. Тан Т., Чжэн Б., Чен С.Х., Мерфи А.Н., Кудлика К., Чжоу Х., Фаркуар М.Г. (февраль 2009 г.). «hNOA1 взаимодействует с комплексом I и DAP3 и регулирует митохондриальное дыхание и апоптоз». Журнал биологической химии. 284 (8): 5414–24. Дои:10.1074 / jbc.M807797200. ЧВК  2643507. PMID  19103604.
9. Миллер JL, Koc H, Koc EC (февраль 2008 г.). «Идентификация сайтов фосфорилирования в митохондриальном рибосомном белке DAP3 млекопитающих». Белковая наука. 17 (2): 251–60. Дои:10.1110 / пс.073185608. ЧВК  2222727. PMID  18227431.
10. Жак С., Фонтен Дж. Ф., Франк Б., Миребо-Прунье ​​Д., Трио С., Савагнер Ф., Мальтьери Y (июль 2009 г.). «Связанный со смертью белок 3 сверхэкспрессируется в онкоцитарных опухолях щитовидной железы человека». Британский журнал рака. 101 (1): 132–8. Дои:10.1038 / sj.bjc.6605111. ЧВК  2713694. PMID  19536094.
11. Jia Y, Ye L, Ji K, Zhang L, Hargest R, Ji J, Jiang WG (январь 2014 г.). «Связанный со смертью белок-3, DAP-3, коррелирует с эффективностью предоперационной химиотерапии и прогнозом пациентов с раком желудка после периоперационной химиотерапии и радикальной гастрэктомии». Британский журнал рака. 110 (2): 421–9. Дои:10.1038 / bjc.2013.712. ЧВК  3899757. PMID  24300973.
12. Wazir U, Jiang WG, Sharma AK, Mokbel K (февраль 2012 г.). «Экспрессия мРНК DAP3 при раке груди человека: корреляция с клинико-патологическими параметрами». Противораковые исследования. 32 (2): 671–4. PMID  22287761.
13. Миядзаки Т., Шен М., Фудзикура Д., Тоса Н., Ким Х. Р., Кон С., Уэде Т., Рид Дж. К. (октябрь 2004 г.). «Функциональная роль белка 3, связанного со смертью (DAP3) в аноикисе». Журнал биологической химии. 279 (43): 44667–72. Дои:10.1074 / jbc.M408101200. PMID  15302871.
14. Хан MJ, Chiu DT, Koc EC (апрель 2010 г.). «Регулирование экспрессии митохондриального рибосомного белка S29 (MRPS29) с помощью 5'-расположенной выше открытой рамки считывания». Митохондрия. 10 (3): 274–83. Дои:10.1016 / j.mito.2009.12.150. ЧВК  2844934. PMID  20079882.
15. Грасиа-Санчо Дж., Касильяс-Рамирес А., Перальта С. (август 2015 г.). «Молекулярные пути защиты печени от ишемии / реперфузионного повреждения: обновление 2015 г.». Клиническая наука. 129 (4): 345–62. Дои:10.1042 / CS20150223. PMID  26014222.
16. Ekert PG, Vaux DL (декабрь 2005 г.). «Митохондриальный отряд смерти: закоренелые убийцы или невинные прохожие?». Текущее мнение в области клеточной биологии. 17 (6): 626–30. Дои:10.1016 / j.ceb.2005.09.001. PMID  16219456.
17. Киссил Дж. Л., Кимчи А. (июнь 1998 г.). «Белки, ассоциированные со смертью: от идентификации генов до анализа их апоптотических и опухолевых супрессивных функций». Молекулярная медицина сегодня. 4 (6): 268–74. Дои:10.1016 / с 1357-4310 (98) 01263-5. PMID  9679246.
18. Керр Дж. Ф., Уилли А. Х., Карри А. Р. (август 1972 г.). «Апоптоз: основной биологический феномен с широким спектром влияния на кинетику тканей». Британский журнал рака. 26 (4): 239–57. Дои:10.1038 / bjc.1972.33. ЧВК  2008650. PMID  4561027.
19. Миядзаки Т., Рид Дж. С. (июнь 2001 г.). «GTP-связывающий адаптерный белок связывает рецепторы TRAIL с белками, вызывающими апоптоз». Иммунология природы. 2 (6): 493–500. Дои:10.1038/88684. PMID  11376335.
20. Халкко С.М., Вакуи Х., Зиллиакус Дж. (Август 2000 г.). «Проапоптотический белок 3, связанный со смертью белка (DAP3), взаимодействует с рецептором глюкокортикоидов и влияет на функцию рецептора». Биохимический журнал. 349 (3): 885–93. Дои:10.1042 / bj3490885. ЧВК  1221218. PMID  10903152.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Халкко С.М., Вакуи Х., Зиллиакус Дж. (2000). «Проапоптотический белок 3, связанный со смертью белка (DAP3), взаимодействует с рецептором глюкокортикоидов и влияет на функцию рецептора». Biochem. J. 349 (Pt 3): 885–93. Дои:10.1042 / bj3490885. ЧВК  1221218. PMID  10903152.
• Морган CJ, Жак C, Савагнер F, Турмен Y, Mirebeau DP, Malthièry Y, Reynier P (2001). «Консервативная N-концевая последовательность направляет человеческий DAP3 в митохондрии». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 280 (1): 177–81. Дои:10.1006 / bbrc.2000.4119. PMID  11162496.
• Кавдар Коч Э., Ранасинге А., Буркхарт В., Блэкберн К., Коч Х, Мозли А., Спремулли Л. Л. (2001). «Новое лицо апоптоза: ассоциированный со смертью белок 3 и PDCD9 - митохондриальные рибосомные белки». FEBS Lett. 492 (1–2): 166–70. Дои:10.1016 / S0014-5793 (01) 02250-5. PMID  11248257.
• Кавдар Коч Э, Буркхарт В., Блэкберн К., Мозли А., Спремулли Л.Л. (2001). «Маленькая субъединица митохондриальной рибосомы млекопитающих. Идентификация полного набора присутствующих рибосомных белков». J. Biol. Chem. 276 (22): 19363–74. Дои:10.1074 / jbc.M100727200. PMID  11279123.
• Миядзаки Т., Рид Дж. С. (2001). «GTP-связывающий адаптерный белок связывает рецепторы TRAIL с белками, вызывающими апоптоз». Nat. Иммунол. 2 (6): 493–500. Дои:10.1038/88684. PMID  11376335.
• Сузуки Т., Терасаки М., Такемото-Хори К., Ханада Т., Уэда Т., Вада А., Ватанабе К. (2001). «Протеомный анализ митохондриальной рибосомы млекопитающих. Идентификация белковых компонентов в малой субъединице 28 S». J. Biol. Chem. 276 (35): 33181–95. Дои:10.1074 / jbc.M103236200. PMID  11402041.
• Кенмоти Н., Сузуки Т., Уэчи Т., Магури М., Куниба М., Хига С., Ватанабе К., Танака Т. (2001). «Гены митохондриальных рибосомных белков человека: отображение 54 генов на хромосомы и последствия для заболеваний человека». Геномика. 77 (1–2): 65–70. Дои:10.1006 / geno.2001.6622. PMID  11543634.
• Бергер Т, Кретцлер М (2002). «Взаимодействие DAP3 и FADD только после клеточного разрушения». Nat. Иммунол. 3 (1): 3–5. Дои:10.1038 / ni0102-3b. PMID  11753396.
• Халкко С.М., Зиллиакус Дж. (2002). «Функциональное взаимодействие между проапоптотическим DAP3 и рецептором глюкокортикоидов». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 295 (3): 749–55. Дои:10.1016 / S0006-291X (02) 00713-1. PMID  12099703.
• Бергер Т, Кретцлер М (2002). «TRAIL-индуцированный апоптоз не зависит от митохондриального медиатора апоптоза DAP3». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 297 (4): 880–4. Дои:10.1016 / S0006-291X (02) 02310-0. PMID  12359235.
• Чжан З., Герштейн М (2003). «Идентификация и характеристика более 100 псевдогенов митохондриальных рибосомных белков в геноме человека». Геномика. 81 (5): 468–80. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00004-1. PMID  12706105.
• Мукамель З., Кимчи А. (2004). «Связанный со смертью белок 3 локализуется в митохондриях и участвует в процессе фрагментации митохондрий во время гибели клеток». J. Biol. Chem. 279 (35): 36732–8. Дои:10.1074 / jbc.M400041200. PMID  15175341.
• Хирота Т., Обара К., Мацуда А., Акахоши М., Накашима К., Хасэгава К., Такахаши Н., Симидзу М., Секигути Х., Кокубо М., Дои С., Фудзивара Х, Миятаке А, Фудзита К., Эномото Т., Киши Ф, Судзуки Ю. , Сайто Х, Накамура Й, Сиракава Т, Тамари М (2004). «Связь между генетической изменчивостью гена ассоциированного со смертью белка-3 (DAP3) и астмой у взрослых». J. Hum. Genet. 49 (7): 370–5. Дои:10.1007 / s10038-004-0161-4. PMID  15179560.
• Миядзаки Т., Шен М., Фудзикура Д., Тоса Н., Ким Х.Р., Кон С., Уэде Т., Рид Дж. К. (2004). «Функциональная роль белка 3, связанного со смертью (DAP3) в аноикисе». J. Biol. Chem. 279 (43): 44667–72. Дои:10.1074 / jbc.M408101200. PMID  15302871.
• Сасаки Х, Иде Н, Юкиуэ Х, Кобаяси Й, Фукаи И, Ямакава Й, Фудзи Й (2004). «Экспрессия Arg и DAP3 коррелировала со стадией тимомы человека». Clin. Exp. Метастаз. 21 (6): 507–13. Дои:10.1007 / s10585-004-2153-3. PMID  15679048.

внешние ссылки

• PDBe-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для человеческого рибосомного белка 28S S29, митохондриального (DAP3)