C19orf44 - C19orf44

C19orf44
Идентификаторы
ПсевдонимыC19orf44, открытая рамка считывания хромосомы 19 44, открытая рамка считывания хромосомы 19 44
Внешние идентификаторыMGI: 1919504 ГомолоГен: 12975 Генные карты: C19orf44
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение C19orf44
Геномное расположение C19orf44
Группа19п13.11Начинать16,496,394 бп[1]
Конец16,521,352 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

84167

72254

Ансамбль

ENSG00000105072

ENSMUSG00000052794

UniProt

Q9H6X5

Q922C1

RefSeq (мРНК)

NM_001288834
NM_032207

NM_028170

RefSeq (белок)

NP_001275763
NP_115583

NP_082446

Расположение (UCSC)Chr 19: 16,5 - 16,52 МбChr 8: 72.44 - 72.46 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Хромосома 19 открытая рамка считывания 44 это белок что у человека кодируется C19orf44 ген.[5] C19orf44 - это не охарактеризованный белок с неизвестной функцией у человека. C19orf44 не является ограничивающим, подразумевая, что белок (и ген) существует у других видов, помимо человека. Белок содержит один домен неизвестной функции (DUF ), который хорошо сохраняется во всех своих ортологах. Этот белок наиболее высоко экспрессируется в яичках и яичниках,[6] но также имеет значительную экспрессию в щитовидной и паращитовидной железах.[7] Другие названия этого белка включают: LOC84167.[8]

Ген

Полный ген - 25 416 пар оснований в длину,[9] и имеет необработанный мРНК то есть 3446 нуклеотиды в длину.[6] Он содержит 10 экзоны этот код для 657 аминокислота белок. Есть 7 варианты стыковки которые существуют для C19orf44.[10]

Locus

C19orf44 находится на девятнадцатом хромосома 19п13.11.[6]

Положение C19orf44 на хромосоме 19. Изображение взято с GeneCards.[11]

Протеин

Первичная последовательность

C19orf44 имеет молекулярный вес 71 343 Да,[11] и изоэлектрическая точка 5,52.[12] Аминокислотная последовательность C19orf44 оказалась богатой серином с использованием инструментов на EMBL-EBI.[13] Кроме того, существует домен с неизвестной функцией (DUF), расположенный от аминокислоты 474 до 641.[14]

Посттрансляционные модификации

C19orf44 экспериментально определил сайты фосфорилирования в положениях S114 и S213.[14] Другие предсказанные посттрансляционные модификации были обнаружены с помощью инструментов на ExPASy[15] и показаны на иллюстрации белка ниже. N-концевое ацетилирование прогнозируется на S3. Также есть предсказанный сумоилирование мотив от аминокислоты 212 до 221.

Мультяшное изображение, иллюстрирующее белок C19orf44 и его предполагаемые свойства. Изображение создано с помощью программного обеспечения DOG от CUCKOO WorkGroup.[16]

Локализация

C19orf44, по прогнозам, будет локализован в ядро или же цитозоль.[17]

Выражение

Показано, что C19orf44 экспрессируется на низких уровнях в различных тканях по всему телу, как показано в профиле EST NCBI.[18] Наиболее выражен в яичках и яичниках,[6] но также имеет значительную экспрессию в щитовидной и паращитовидной железах.[7] C19orf44 экспрессируется на всех стадиях развития, кроме младенцев. У развивающегося плода наблюдается повышенная экспрессия C19orf44.[18]

Гомология и эволюция

Ортологи

Ортологи C19orf44 были обнаружены у большинства млекопитающих и некоторых других позвоночных и беспозвоночных. Множественные выравнивания последовательностей используя ClustalW[19] предоставили доказательства того, что DUF в C19orf44 высоко консервативен в своих ортологах. В таблице ниже представлена ​​небольшая подборка ортологов, найденных с помощью NCBI Blast.[20]

C19orf44 Значимые ортологи[6]
Род и видРаспространенное имяРегистрационный номер (из NCBI[21])Дивергенция (MYA)[22]Идентичность последовательности (%)[23]
Rhinopithecus roxellanaЗолотая курносая обезьянаXP_010359783.12986.9
Orcinus orcaКосаткаXP_004277754.19683.2
Sus scrofaДикий кабанXP_005661251.29660.1
Monodelphis domesticaОпоссумXP_007489796.115945.5
Chelonia mydasЗеленая морская черепахаXP_007072179.131235.2
Astyanax mexicanusМексиканская тетраXP_007246256.243528.2
Mizuhopecten yessoensisГребешокXP_021343742.179724.4

Паралоги

Нет паралоги для C19orf44 в Homo sapiens.

Взаимодействующие белки

Было обнаружено, что C19orf44 взаимодействует с различными белками из двухгибридный скрининг метод. Взаимодействие с ко-шапероном Hsp90 (CDC37 ),[24] и сперматида ассоциированный белок (SPERT)[25] были найдены.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000105072 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000052794 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "Entrez Gene: хромосома 19 открытая рамка считывания 44". Получено 2018-05-06.
  6. ^ а б c d е «Открытая рамка считывания 44 хромосомы 19 C19orf44 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-05.
  7. ^ а б «Тканевая экспрессия C19orf44 - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2018-05-06.
  8. ^ [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: C19orf44, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червей с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-05.
  9. ^ «Открытая рамка считывания 44 (C19orf44) хромосомы 19 человека Homo sapiens, транскрип - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-05.
  10. ^ "C19orf44 - Запись на Aceview". NCBI. Получено 2018-04-17.
  11. ^ а б База данных, генокарты Human Gene. "Ген C19orf44 - GeneCards | Белок CS044 | Антитело CS044". www.genecards.org. Получено 2018-02-17.
  12. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2018-05-06.
  13. ^ EMBL-EBI. «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-06.
  14. ^ а б "не охарактеризованный белок C19orf44 изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-17.
  15. ^ "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Главная". www.expasy.org. Получено 2018-05-06.
  16. ^ Лю В., Се И, Ма Дж, Ло Икс, Не П, Цзо З, Ларманн У, Чжао Ц., Чжэн И, Чжао И, Сюэ И, Рен Дж (октябрь 2015 г.). «IBS: иллюстратор для представления и визуализации биологических последовательностей». Биоинформатика. 31 (20): 3359–61. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv362. ЧВК  4595897. PMID  26069263.
  17. ^ Хортон П., Накай К. (1997). «Лучшее предсказание сайтов локализации белка в клетке с классификатором k ближайших соседей». Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 5: 147–52. PMID  9322029.
  18. ^ а б Группа, Шулер. "Профиль EST - Hs.631627". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  19. ^ «Выравнивание нескольких последовательностей - CLUSTALW». www.genome.jp. Получено 2018-05-06.
  20. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  21. ^ «Национальный центр биотехнологической информации». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  22. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2018-02-25.
  23. ^ «Выравнивание нескольких последовательностей - CLUSTALW». www.genome.jp. Получено 2018-02-25.
  24. ^ Vinayagam A, Stelzl U, Foulle R, Plassmann S, Zenkner M, Timm J, Assmus HE, Andrade-Navarro MA, Wanker EE (сентябрь 2011 г.). «Направленная сеть взаимодействия белков для исследования внутриклеточной передачи сигнала». Научная сигнализация. 4 (189): RS8. Дои:10.1126 / scisignal.2001699. PMID  21900206. S2CID  7418133.
  25. ^ Роллан Т., Ташан М., Шарлото Б., Певзнер С.Дж., Чжун К., Сахни Н. и др. (Ноябрь 2014 г.). «Карта человеческого взаимодействия в масштабе протеома». Клетка. 159 (5): 1212–1226. Дои:10.1016 / j.cell.2014.10.050. ЧВК  4266588. PMID  25416956.