Визуализация биологических данных - Biological data visualization

Визуализация биологических данных это филиал биоинформатика озабочены применением компьютерная графика, научная визуализация, и визуализация информации в разные области Науки о жизни. Это включает визуализацию последовательности, геномы, выравнивания, филогении, макромолекулярные структуры, системная биология, микроскопия, и магнитно-резонансная томография данные. Программные инструменты, используемые для визуализации биологических данных, варьируются от простых автономных программ до сложных интегрированных систем.

Современное состояние и перспективы

Сегодня мы переживаем стремительный рост объема и разнообразия биологических данных, что ставит перед биологами все большую проблему. Ключевым шагом в понимании и изучении этих данных является визуализация. Таким образом, произошло соответствующее увеличение количества и разнообразия систем для визуализации биологических данных.

Возникающая тенденция - стирание границ между визуализацией трехмерных структур с атомарным разрешением и визуализацией более крупных комплексов с помощью криоэлектронная микроскопия, и визуализация расположения белков и комплексов в целых клетках и тканях.[1][2]

Вторая новая тенденция - это увеличение доступности и важности данных с временным разрешением из системная биология, электронная микроскопия[3][4] и визуализация клеток и тканей. Напротив, визуализация траекторий долгое время была важной частью молекулярная динамика.

Наконец, поскольку наборы данных увеличиваются в размере, сложности и взаимосвязанности, системы биологической визуализации улучшаются в юзабилити, интеграция данных и стандартизация.

Список систем визуализации

Для визуализации биологических данных доступно множество программных систем.[5][6][7][8] Ссылки ниже ссылаются на списки таких систем, сгруппированные по областям применения.

использованная литература

  1. ^ Лучич В., Фёрстер Ф., Баумейстер В. (2005). «Структурные исследования с помощью электронной томографии: от клеток к молекулам». Ежегодный обзор биохимии. 74: 833–65. Дои:10.1146 / annurev.biochem.73.011303.074112. PMID  15952904.
  2. ^ Стивен А.С., Баумейстер В. (2008). «Будущее за гибридом». Журнал структурной биологии. 163 (3): 186–95. Дои:10.1016 / j.jsb.2008.06.002. PMID  18602011.
  3. ^ Платтнер Х, Хентшель Дж (2006). «Субсекундная клеточная динамика: электронная микроскопия с временным разрешением и функциональная корреляция». Обзор клеточной биологии (Представлена ​​рукопись). Международный обзор цитологии. 255. С. 133–76. Дои:10.1016 / S0074-7696 (06) 55003-X. ISBN  9780123735997. PMID  17178466.
  4. ^ Франк Дж., Шлихтинг I (2004). «Визуализация с временным разрешением макромолекулярных процессов и взаимодействий». Журнал структурной биологии. 147 (3): 209–10. Дои:10.1016 / j.jsb.2004.06.003. PMID  15450290.
  5. ^ Павлопулос, Джорджия; Маллиаракис, D; Папаниколау, N; Теодосиу, Т; Энрайт, AJ; Илиопулос, I (2015). «Визуализация генома и системной биологии: технологии, инструменты, методы и тенденции реализации, прошлое, настоящее и будущее». GigaScience. 4: 38. Дои:10.1186 / s13742-015-0077-2. ЧВК  4548842. PMID  26309733.
  6. ^ Павлопулос, Джорджия; Wegener, AL; Шнайдер, Р. (28 ноября 2008 г.). «Обзор средств визуализации для анализа биологических сетей». BioData Mining. 1: 12. Дои:10.1186/1756-0381-1-12. ЧВК  2636684. PMID  19040716.
  7. ^ Павлопулос, Джорджия; Soldatos, TG; Барбоса-Сильва, А; Шнайдер, Р. (22 февраля 2010 г.). «Справочное руководство по древовидному анализу и визуализации». BioData Mining. 3 (1): 1. Дои:10.1186/1756-0381-3-1. ЧВК  2844399. PMID  20175922.
  8. ^ Павлопулос, Георгиос А .; Якуччи, Эрнесто; Илиопулос, Иоаннис; Багос, Пантелис (2013). Интерпретация данных эпохи Омикс. Мультимедийные услуги в интеллектуальных средах. Умные инновации, системы и технологии. 25. С. 79–100. Дои:10.1007/978-3-319-00375-7_6. ISBN  978-3-319-00374-0.

внешние ссылки

Связанные конференции