Список программ для визуализации системной биологии - List of systems biology visualization software
 | Эта статья нужны дополнительные цитаты для проверка. (Ноябрь 2020) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
Программное обеспечение онлайн
| Имя | Описание | Сайт |
|---|---|---|
| Верстак GESTALT | графический инструмент для анализа крупномасштабных данных геномной последовательности | [1] |
| N-Просмотр | интерактивный графический браузер для биологических сетей | [2] |
| NetPath | кураторский ресурс путей передачи сигналов человека | [3] |
| МЕГА | бесплатно, онлайн, с открытым исходным кодом, филогенетический анализ, рисование дендрограмм и т. д. | [4] |
| РЕАКТАЦИЯ | бесплатная онлайн-база данных с открытым исходным кодом и тщательно подобранными путями, охватывающая многие области биологии человека | [5] |
| WikiPathways | курировать биологические пути | [6] |
| MetaboMAPS | визуализировать данные omics об общих метаболических путях [1] | [7] |
Приложения
| Имя | Описание | Операционные системы | Лицензия | Сайт |
|---|---|---|---|---|
| БиоГобелен | интерактивный инструмент для построения, визуализации и моделирования сетей генетического регулирования | мультиплатформенный (на основе Java) | LGPL | [8] |
| Cytoscape | интеграция данных, визуализация сети и анализ | мультиплатформенность (на основе Java) | LGPL | [9] |
| GenMAPP | визуализировать и анализировать геномные данные в контексте путей | Windows | Лицензия Apache | [10] |
| MATLAB | инструмент для моделирования, моделирования и анализа динамических биологических систем | Windows, Linux, macOS | Проприетарный | [11] |
| МЕГА | бесплатно, онлайн, с открытым исходным кодом, филогенетический анализ, рисование дендрограмм и т. д. | Windows / DOS-Win / Mac / Linux | Условно-бесплатное ПО | [12] |
| PathVisio | инструмент для отображения и редактирования биологических путей | мультиплатформенный (на основе Java) | Лицензия Apache | [13] |
| InCroMAP | инструмент для интеграции данных omics и совместной визуализации экспериментальных данных в путях | мультиплатформенный (на основе Java) | LGPL | [14] |
| Просмотр пути | интеграция и визуализация данных на основе путей, проста в использовании и интегрируется в анализ путей | мультиплатформенный (R / Bioconductor) | GPL | [15] [16] |
| Systrip | анализ данных временных рядов в контексте биологических сетей | Windows, Linux | LGPL, GPL | [17] |
Рекомендации
- ^ Коблиц Дж., Шомбург Д. и Нойман-Шааль М.,«MetaboMAPS: совместное использование путей и визуализация мультиомных данных в метаболическом контексте», F1000 Исследования, 17 июля 2020 г.